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\title{Progetto Sorveglianza Infezioni}
\author{}
\date{\vspace{-2.5em}}

\begin{document}
\maketitle

{
\setcounter{tocdepth}{2}
\tableofcontents
}
\hypertarget{petalo-infectionlight}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{Petalo Infectionlight}}{Petalo Infectionlight}}\label{petalo-infectionlight}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{Petalo Infectionlight}}

Anno 2022

Periodo analizzato 2022-01-01 - 2022-12-31

Popolazione complessiva: 62 TI

TI Nord

Le regioni appartenenti all'area Nord sono:
Emilia Romagna, Friuli Venezia Giulia, Liguria, Lombardia, Piemonte, Trentino Alto Adige, Valle d'Aosta, Veneto.

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}\label{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}}

\begin{figure}[h!]
  \includegraphics{C:/Lavori/Analysis/Results/INFECTIONLIGHT/2022/Nord/flowchart.png}
\end{figure}

Per N = 109 pazienti non è presente l'informazione completa relativa allo stato di infezione.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/piePazienti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Pazienti NON infetti & 12483 & 60.4\\
Pazienti infetti solo in degenza & 1314 & 6.4\\
Pazienti infetti solo all'ammissione & 5795 & 28.1\\
Pazienti infetti all'ammissione e in degenza & 1063 & 5.1\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale viene calcolata sul totale dei pazienti ammessi con informazione completa rispetto lo stato di infezione (N = 20655).

\newpage

\hypertarget{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/degTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}c>{}c>{}c}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza in TI ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{12483} & \cellcolor{white}{60.1} & \cellcolor{white}{1} & \cellcolor{white}{( 1 - 3 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{5795} & \cellcolor{white}{27.9} & \cellcolor{white}{4} & \cellcolor{white}{( 2 - 9 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{1063} & \cellcolor{white}{5.1} & \cellcolor{white}{20} & \cellcolor{white}{( 11 - 35 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1314} & \cellcolor{white}{6.3} & \cellcolor{white}{16} & \cellcolor{white}{( 10 - 27 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{6858} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{33.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 2 - 12 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2377} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11.4} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{18} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 10 - 30 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/degOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccl}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza ospedaliera ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{12483} & \cellcolor{white}{60.1} & \cellcolor{white}{11} & \cellcolor{white}{( 6 - 20 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{5795} & \cellcolor{white}{27.9} & \cellcolor{white}{17} & \cellcolor{white}{( 8 - 31 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{1063} & \cellcolor{white}{5.1} & \cellcolor{white}{33} & \cellcolor{white}{( 18 - 55 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1314} & \cellcolor{white}{6.3} & \cellcolor{white}{28} & \cellcolor{white}{( 16 - 46 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{6858} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{33.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{18} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 9 - 34 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2377} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11.4} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{30} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 17 - 50 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 694)

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/graficoMortalitaTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalit\`a in TI} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalit\`a & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{12483} & \cellcolor{white}{1389} & \cellcolor{white}{11.1} & \cellcolor{white}{( 10.6 - 11.7 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{5795} & \cellcolor{white}{1419} & \cellcolor{white}{24.5} & \cellcolor{white}{( 23.4 - 25.6 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{1063} & \cellcolor{white}{396} & \cellcolor{white}{37.4} & \cellcolor{white}{( 34.4 - 40.3 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1314} & \cellcolor{white}{249} & \cellcolor{white}{19.0} & \cellcolor{white}{( 16.9 - 21.2 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{6858} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1815} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{26.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 25.5 - 27.6 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2377} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{645} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{27.2} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 25.4 - 29.1 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/graficoMortalitaOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalit\`a ospedaliera} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalit\`a & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{12483} & \cellcolor{white}{1963} & \cellcolor{white}{16.2} & \cellcolor{white}{( 15.5 - 16.9 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{5795} & \cellcolor{white}{1842} & \cellcolor{white}{33.9} & \cellcolor{white}{( 32.7 - 35.2 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{1063} & \cellcolor{white}{439} & \cellcolor{white}{44.3} & \cellcolor{white}{( 41.1 - 47.4 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1314} & \cellcolor{white}{324} & \cellcolor{white}{25.7} & \cellcolor{white}{( 23.3 - 28.2 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{6858} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2281} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{35.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 34.4 - 36.7 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2377} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{763} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{33.8} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 31.9 - 35.8 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 694)

\newpage

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione}\label{gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{4cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}c}
\toprule
Pazienti & N & No sepsi & Sepsi & Shock settico & \% no sepsi & \% sepsi & \% shock settico\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{5795} & \cellcolor{white}{1598} & \cellcolor{white}{2238} & \cellcolor{white}{1955} & \cellcolor{white}{27.6} & \cellcolor{white}{38.6} & \cellcolor{white}{33.8}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{1063} & \cellcolor{white}{140} & \cellcolor{white}{460} & \cellcolor{white}{463} & \cellcolor{white}{13.2} & \cellcolor{white}{43.3} & \cellcolor{white}{43.6}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1314} & \cellcolor{white}{621} & \cellcolor{white}{514} & \cellcolor{white}{179} & \cellcolor{white}{47.3} & \cellcolor{white}{39.1} & \cellcolor{white}{13.6}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{6858} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1738} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2698} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2418} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{25.4} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{39.4} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{35.3}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2377} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{761} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{974} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{642} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{32.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{41.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{27.0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/graficoMortalitaGravita-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalit\`a - Pazienti senza sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{1598} & \cellcolor{white}{153} & \cellcolor{white}{9.6} & \cellcolor{white}{1513} & \cellcolor{white}{257} & \cellcolor{white}{17.1}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{140} & \cellcolor{white}{27} & \cellcolor{white}{19.4} & \cellcolor{white}{132} & \cellcolor{white}{32} & \cellcolor{white}{24.6}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{621} & \cellcolor{white}{66} & \cellcolor{white}{10.7} & \cellcolor{white}{609} & \cellcolor{white}{98} & \cellcolor{white}{16.4}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1738} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{180} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{10.4} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1645} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{289} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{17.7}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{761} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{93} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{12.3} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{741} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{130} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{17.9}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalit\`a - Pazienti con sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2238} & \cellcolor{white}{407} & \cellcolor{white}{18.2} & \cellcolor{white}{2090} & \cellcolor{white}{582} & \cellcolor{white}{28.1}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{460} & \cellcolor{white}{136} & \cellcolor{white}{29.6} & \cellcolor{white}{438} & \cellcolor{white}{164} & \cellcolor{white}{38.2}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{514} & \cellcolor{white}{98} & \cellcolor{white}{19.1} & \cellcolor{white}{502} & \cellcolor{white}{129} & \cellcolor{white}{26.0}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2698} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{543} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{20.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2528} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{746} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{29.9}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{974} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{234} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{24.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{940} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{293} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{31.6}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalit\`a - Pazienti con shock settico} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{1955} & \cellcolor{white}{858} & \cellcolor{white}{43.9} & \cellcolor{white}{1873} & \cellcolor{white}{1002} & \cellcolor{white}{54.1}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{463} & \cellcolor{white}{233} & \cellcolor{white}{50.4} & \cellcolor{white}{438} & \cellcolor{white}{243} & \cellcolor{white}{56.1}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{179} & \cellcolor{white}{85} & \cellcolor{white}{47.5} & \cellcolor{white}{174} & \cellcolor{white}{97} & \cellcolor{white}{57.1}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2418} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1091} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{45.2} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2311} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1245} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{54.5}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{642} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{318} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{49.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{612} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{340} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{56.4}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}{%
\subsubsection{Mortalità - Pazienti infetti all'ammissione con shock settico - COVID VS NON COVID}\label{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/mortalitaShockSetticoCovid-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcccccc}
\toprule
\multicolumn{1}{c}{ } & \multicolumn{6}{c}{Mortalit\`a} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){2-7}
Pazienti & N pazienti & N morti TI & TI & N pazienti (escluso riamm.) & N morti H & H\\
\midrule
Covid & 305 & 193 & 63.3 & 302 & 204 & 68.2\\
Non covid & 2113 & 898 & 42.5 & 2009 & 1041 & 52.4\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{tutti-i-pazienti-n-20764}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Tutti i pazienti} ( N = 20764 )}{Tutti i pazienti ( N = 20764 )}}\label{tutti-i-pazienti-n-20764}}

\hypertarget{sesso}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/sesso-1} \end{center}

\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 12886 & 62.1\\
Femmina & 7875 & 37.9\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{etuxe0}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/eta1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 264 & 1.3\\
17-45 & 2406 & 11.6\\
46-65 & 6266 & 30.2\\
66-75 & 5882 & 28.3\\
>75 & 5946 & 28.6\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaPreTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 4.7\\
DS & 12.1\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-4\\
Missing & 74\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{provenienza-reparto}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/Provenienza-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 3112 & 15.1\\
Reparto chirurgico & 8083 & 39.2\\
Pronto soccorso & 7427 & 36.0\\
Altra TI & 1299 & 6.3\\
Terapia subintensiva & 716 & 3.5\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 127 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{trauma}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/Trauma-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 18207 & 88.0\\
Sì & 2492 & 12.0\\
Missing & 65 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{stato-chirurgico}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/StatoChirurgico-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 10416 & 50.3\\
Chirurgico d'elezione & 5066 & 24.5\\
Chirurgico d'urgenza & 5216 & 25.2\\
Missing & 66 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{motivo-di-ammissione}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MotivoAmmissione-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 8111 & 39.2\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 12403 & 60.0\\
Sedazione Palliativa & 90 & 0.4\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 75 & 0.4\\
\addlinespace
Missing & 85 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{insufficienza-neurologica}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuro-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 14899 & 86.0\\
Coma cerebrale & 1249 & 7.2\\
Coma metabolico & 426 & 2.5\\
Coma postanossico & 617 & 3.6\\
Coma tossico & 129 & 0.7\\
\addlinespace
Missing & 3444 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/Gcs-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 12.9\\
DS & 3.7\\
Mediana & 15\\
Q1-Q3 & 13-15\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsorta-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 20337 & 98.4\\
Coma cerebrale & 201 & 1.0\\
Coma metabolico & 57 & 0.3\\
Coma postanossico & 67 & 0.3\\
Missing & 104 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 17199 & 83.3\\
Deceduti & 3454 & 16.7\\
Missing & 111 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaOspedaliera-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 15249 & 76.9\\
Deceduti & 4570 & 23.1\\
Missing & 237 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 20056 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 708 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaGiorni-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 6.4 (10.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 2 (1-7)\\
Missing & 110\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 20.5 (22.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 14 (7-26)\\
Missing & 237\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 20056 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 708 ).

\hypertarget{pazienti-infetti-n-8172}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti} ( N = 8172 )}{Pazienti infetti ( N = 8172 )}}\label{pazienti-infetti-n-8172}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/Gravita-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione senza sepsi & 2359 & 28.9\\
Sepsi & 3212 & 39.3\\
Shock settico & 2597 & 31.8\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaInfez-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione senza sepsi & 10.5 & 17.4\\
Sepsi & 20.0 & 29.2\\
Shock settico & 45.3 & 54.7\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{pazienti-non-infetti-n-12483}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti non infetti} ( N = 12483 )}{Pazienti non infetti ( N = 12483 )}}\label{pazienti-non-infetti-n-12483}}

\hypertarget{sesso-1}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/SessoNonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 7585 & 60.8\\
Femmina & 4897 & 39.2\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{etuxe0-1}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/etaNonNonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 198 & 1.6\\
17-45 & 1597 & 12.8\\
46-65 & 3747 & 30.0\\
66-75 & 3278 & 26.3\\
>75 & 3663 & 29.3\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaPreTINonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 3.5\\
DS & 9.1\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-2\\
Missing & 12\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{provenienza-reparto-1}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ProvenienzaNonInfetti1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 1189 & 9.6\\
Reparto chirurgico & 6277 & 50.4\\
Pronto soccorso & 4228 & 34.0\\
Altra TI & 495 & 4.0\\
Terapia subintensiva & 257 & 2.1\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 37 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{trauma-1}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/TraumaNonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 10634 & 85.2\\
Sì & 1849 & 14.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{stato-chirurgico-1}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/StatoChirurgicoNonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 5034 & 40.3\\
Chirurgico d'elezione & 4622 & 37.0\\
Chirurgico d'urgenza & 2826 & 22.6\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{motivo-di-ammissione-1}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneNonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 6808 & 54.6\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 5529 & 44.3\\
Sedazione Palliativa & 64 & 0.5\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 69 & 0.6\\
\addlinespace
Missing & 13 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroNonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 9068 & 87.3\\
Coma cerebrale & 678 & 6.5\\
Coma metabolico & 148 & 1.4\\
Coma postanossico & 407 & 3.9\\
Coma tossico & 89 & 0.9\\
\addlinespace
Missing & 2093 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/GcsNonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 11.3\\
DS & 3.6\\
Mediana & 13\\
Q1-Q3 & 12-13\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaNonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 12345 & 98.9\\
Coma cerebrale & 86 & 0.7\\
Coma metabolico & 13 & 0.1\\
Coma postanossico & 40 & 0.3\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-1}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaTINonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 11088 & 88.9\\
Deceduti & 1389 & 11.1\\
Missing & 6 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-1}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 10165 & 83.8\\
Deceduti & 1963 & 16.2\\
Missing & 48 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 12176 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 307 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaGiorniNonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 2.9 (4.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-3)\\
Missing & 6\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-1}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 16.2 (18.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 11 (6-20)\\
Missing & 47\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 12176 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 307 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-infezione-allammissione}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}\label{pazienti-con-infezione-allammissione}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}

Sono presenti 6858 pazienti che contraggono un'infezione all'ammissione,
i quali rappresentano il 33.03\% della popolazione
totale ammessa in TI.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/pazInfAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione & 6858 & 33.03\\
Non infetti all'ammissione & 13906 & 66.97\\
\bottomrule
\end{longtable}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 20764).

I pazienti infetti all'ammissione possono presentare peritonite o polmonite:

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/pazInfAmmPerPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione 
 (no peritonite, no polmonite) & 4652 & 67.83\\
Peritonite all'ammissione & 1170 & 17.06\\
Polmonite all'ammissione & 2401 & 35.01\\
\bottomrule
\end{longtable}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti infetti all'ammissione (N = 6858).

\hypertarget{pazienti-infetti-allammissione-n-6858}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti all'ammissione} (N = 6858)}{Pazienti infetti all'ammissione (N = 6858)}}\label{pazienti-infetti-allammissione-n-6858}}

\hypertarget{provenienza-reparto-2}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ProvenienzaInfAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 1767 & 25.9\\
Reparto chirurgico & 1587 & 23.3\\
Pronto soccorso & 2424 & 35.5\\
Altra TI & 633 & 9.3\\
Terapia subintensiva & 411 & 6.0\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 36 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{trauma-2}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/TraumaInfAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 6629 & 96.7\\
Sì & 229 & 3.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{stato-chirurgico-2}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 4581 & 66.8\\
Chirurgico d'elezione & 349 & 5.1\\
Chirurgico d'urgenza & 1928 & 28.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{motivo-di-ammissione-2}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 1162 & 17.0\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 5662 & 82.6\\
Sedazione Palliativa & 26 & 0.4\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 3 & 0.0\\
\addlinespace
Missing & 5 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezioni-allammissione-top-10}{%
\subsection{Infezioni all'ammissione ( top 10 )}\label{infezioni-allammissione-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InfAdmTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 2401 & 35.0\\
COVID-19 & 1609 & 23.5\\
Peritonite secondaria NON chir. & 555 & 8.1\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 403 & 5.9\\
Peritonite post-chirurgica & 395 & 5.8\\
\addlinespace
IVU NON catetere correlata & 393 & 5.7\\
Batteriemia primaria sconosciuta & 351 & 5.1\\
Colecistite/colangite & 280 & 4.1\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 272 & 4.0\\
Sepsi clinica & 228 & 3.3\\
\addlinespace
Missing & 0 & NA\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 6065 & 88.4\\
Sì & 793 & 11.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità massima raggiunta in degenza dell'infezione all'ammissione}\label{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/GravitaInfAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione all'ammissione & N & \%\\
\midrule
Infezione senza sepsi & 1738 & 25.4\\
Sepsi & 2698 & 39.4\\
Shock settico & 2418 & 35.3\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 2161 & 32.4\\
Sì & 4502 & 67.6\\
Missing & 24 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{6687} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{5822} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 604 & 13.4 & 507 & 119 & 23.5\\
Staphylococcus capitis & 30 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 34 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 48 & 1.1 & 39 & 24 & 61.5\\
Staphylococcus hominis & 65 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 9 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 135 & 3.0 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 15 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 34 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 258 & 5.7 & 197 & 12 & 6.1\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 127 & 2.8 & 100 & 7 & 7\\
Enterococco faecalis & 182 & 4.0 & 150 & 3 & 2\\
Enterococco faecium & 189 & 4.2 & 157 & 45 & 28.7\\
Enterococco altra specie & 31 & 0.7 & 23 & 2 & 8.7\\
Clostridium difficile & 39 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 21 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{1821} & \textbf{40.4} & \textbf{1173} & \textbf{212} & \textbf{18.1}\\
Klebsiella pneumoniae & 433 & 9.6 & 345 & 76 & 22\\
Klebsiella altra specie & 103 & 2.3 & 82 & 2 & 2.4\\
Enterobacter spp & 141 & 3.1 & 110 & 14 & 12.7\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 36 & 0.8 & 23 & 1 & 4.3\\
Serratia & 82 & 1.8 & 62 & 2 & 3.2\\
Pseudomonas aeruginosa & 349 & 7.8 & 279 & 53 & 19\\
Pseudomonas altra specie & 4 & 0.1 & 4 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 881 & 19.6 & 702 & 10 & 1.4\\
\addlinespace
Proteus & 110 & 2.4 & 86 & 1 & 1.2\\
Acinetobacter & 83 & 1.8 & 70 & 55 & 78.6\\
Emofilo & 117 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 66 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 49 & 1.1 & 35 & 2 & 5.7\\
\addlinespace
Morganella & 30 & 0.7 & 19 & 0 & 0\\
Providencia & 3 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 5 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 71 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{2563} & \textbf{56.9} & \textbf{1817} & \textbf{216} & \textbf{11.9}\\
\addlinespace
Candida albicans & 185 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 5 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 82 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 16 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 27 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 19 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 4 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 13 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 61 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 20 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 68 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{500} & \textbf{11.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 52 & 1.2 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 21 & 0.5 &  &  & \\
Influenza altro A & 1 & 0.0 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza tipo non specificato & 4 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 23 & 0.5 &  &  & \\
Herpes simplex & 18 & 0.4 &  &  & \\
Altro Virus & 74 & 1.6 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{193} & \textbf{4.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Mycoplasma & 9 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 14 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 8 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{31} & \textbf{0.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 604 & 13.4 & 507 & 119 & 23.5\\
Staphylococcus capitis & 30 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 34 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 48 & 1.1 & 39 & 24 & 61.5\\
Staphylococcus hominis & 65 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 9 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 135 & 3.0 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 15 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 34 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 258 & 5.7 & 197 & 12 & 6.1\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 127 & 2.8 & 100 & 7 & 7\\
Enterococco faecalis & 182 & 4.0 & 150 & 3 & 2\\
Enterococco faecium & 189 & 4.2 & 157 & 45 & 28.7\\
Enterococco altra specie & 31 & 0.7 & 23 & 2 & 8.7\\
Clostridium difficile & 39 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 21 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{1821} & \textbf{40.4} & \textbf{1173} & \textbf{212} & \textbf{18.1}\\
Klebsiella pneumoniae & 433 & 9.6 & 345 & 76 & 22\\
Klebsiella altra specie & 103 & 2.3 & 82 & 2 & 2.4\\
Enterobacter spp & 141 & 3.1 & 110 & 14 & 12.7\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 36 & 0.8 & 23 & 1 & 4.3\\
Serratia & 82 & 1.8 & 62 & 2 & 3.2\\
Pseudomonas aeruginosa & 349 & 7.8 & 279 & 53 & 19\\
Pseudomonas altra specie & 4 & 0.1 & 4 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 881 & 19.6 & 702 & 10 & 1.4\\
\addlinespace
Proteus & 110 & 2.4 & 86 & 1 & 1.2\\
Acinetobacter & 83 & 1.8 & 70 & 55 & 78.6\\
Emofilo & 117 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 66 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 49 & 1.1 & 35 & 2 & 5.7\\
\addlinespace
Morganella & 30 & 0.7 & 19 & 0 & 0\\
Providencia & 3 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 5 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 71 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{2563} & \textbf{56.9} & \textbf{1817} & \textbf{216} & \textbf{11.9}\\
\addlinespace
Candida albicans & 185 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 5 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 82 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 16 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 27 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 19 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 4 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 13 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 61 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 20 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 68 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{500} & \textbf{11.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 52 & 1.2 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 21 & 0.5 &  &  & \\
Influenza altro A & 1 & 0.0 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza tipo non specificato & 4 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 23 & 0.5 &  &  & \\
Herpes simplex & 18 & 0.4 &  &  & \\
Altro Virus & 74 & 1.6 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{193} & \textbf{4.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Mycoplasma & 9 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 14 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 8 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{31} & \textbf{0.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 48 & 39 & 15 & 24 & 61.54 & 9\\
Enterococco & 402 & 330 & 280 & 50 & 15.15 & 72\\
Escpm & 222 & 167 & 164 & 3 & 1.80 & 55\\
Klebsiella & 536 & 427 & 349 & 78 & 18.27 & 109\\
Pseudomonas & 353 & 283 & 230 & 53 & 18.73 & 70\\
\addlinespace
Streptococco & 127 & 100 & 93 & 7 & 7.00 & 27\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 340 & Ertapenem & 58 & 17.06\\
Klebsiella pneumoniae & 345 & Meropenem & 73 & 21.16\\
Klebsiella altra specie & 80 & Ertapenem & 2 & 2.50\\
Citrobacter & 35 & Meropenem & 2 & 5.71\\
Enterobacter spp & 108 & Ertapenem & 11 & 10.19\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 110 & Meropenem & 6 & 5.45\\
Altro enterobacterales & 23 & Ertapenem & 1 & 4.35\\
Altro enterobacterales & 23 & Meropenem & 1 & 4.35\\
Escherichia coli & 693 & Ertapenem & 10 & 1.44\\
Escherichia coli & 700 & Meropenem & 8 & 1.14\\
\addlinespace
Proteus & 83 & Ertapenem & 1 & 1.20\\
Proteus & 86 & Meropenem & 1 & 1.16\\
Serratia & 61 & Ertapenem & 2 & 3.28\\
Serratia & 61 & Meropenem & 1 & 1.64\\
Acinetobacter & 69 & Imipenem & 41 & 59.42\\
\addlinespace
Acinetobacter & 70 & Meropenem & 55 & 78.57\\
Pseudomonas aeruginosa & 276 & Imipenem & 51 & 18.48\\
Pseudomonas aeruginosa & 279 & Meropenem & 38 & 13.62\\
Staphylococcus haemolyticus & 39 & Meticillina & 24 & 61.54\\
Staphylococcus aureus & 507 & Meticillina & 119 & 23.47\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 197 & Penicillina & 12 & 6.09\\
Streptococcus altra specie & 100 & Penicillina & 7 & 7.00\\
Enterococco faecalis & 150 & Vancomicina & 3 & 2.00\\
Enterococco faecium & 157 & Vancomicina & 45 & 28.66\\
Enterococco altra specie & 23 & Vancomicina & 2 & 8.70\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 55 & 5.42\\
No & 178 & 17.55\\
Non testato & 781 & 77.02\\
Missing & 854 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 4 & 5.6 & 219 & 782\\
kpc & 44 & 62.0 & 192 & 778\\
ndm & 7 & 9.9 & 215 & 782\\
oxa & 10 & 14.1 & 214 & 782\\
vim & 6 & 8.5 & 217 & 782\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmm-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-1170}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con peritonite all'ammissione} (N = 1170)}{Pazienti con peritonite all'ammissione (N = 1170)}}\label{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-1170}}

\hypertarget{tipologia-di-peritonite}{%
\subsection{Tipologia di peritonite}\label{tipologia-di-peritonite}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/TipologiaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Peritonite primaria & 190 & 16.2\\
Peritonite secondaria NON chir. & 555 & 47.4\\
Peritonite terziaria & 30 & 2.6\\
Peritonite post-chirurgica & 395 & 33.8\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{tipo-di-infezione}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/TipoInfPeritoniteAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 704 & 60.4\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 450 & 38.6\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 12 & 1.0\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-batteriemica}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/BatteriemicaPeritoniteAmm2-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 976 & 83.8\\
Sì & 189 & 16.2\\
Missing & 5 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezioni-multisito}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MultisitoPeritoniteAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Multisito & N & \%\\
\midrule
No & 999 & 85.4\\
Sì & 171 & 14.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/GravitaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione senza sepsi & 116 & 11.6\\
Sepsi & 310 & 31.0\\
Shock settico & 573 & 57.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 999 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 171 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-2}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaTIPeritoniteAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 840 & 71.8\\
Deceduti & 330 & 28.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-2}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 618 & 59.7\\
Deceduti & 417 & 40.3\\
Missing & 15 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 1050 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 120 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPeritoniteAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 8.6 (13.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 4 (2-9)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-2}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 27.9 (27.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 20 (10-36.5)\\
Missing & 15\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 1050 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 120 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 698 & 60.0\\
Sì & 465 & 40.0\\
Missing & 7 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{1170} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{765} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 18 & 3.9 & 16 & 7 & 43.8\\
Staphylococcus capitis & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 4 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 9 & 1.9 & 9 & 6 & 66.7\\
Staphylococcus hominis & 6 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 18 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 4 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 0.2 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 23 & 4.9 & 17 & 1 & 5.9\\
Enterococco faecalis & 41 & 8.8 & 34 & 1 & 2.9\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 90 & 19.4 & 77 & 20 & 26\\
Enterococco altra specie & 12 & 2.6 & 10 & 1 & 10\\
Clostridium altra specie & 5 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{234} & \textbf{50.3} & \textbf{164} & \textbf{36} & \textbf{22}\\
Klebsiella pneumoniae & 76 & 16.3 & 60 & 18 & 30\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 17 & 3.7 & 13 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 34 & 7.3 & 24 & 3 & 12.5\\
Altro enterobacterales & 6 & 1.3 & 5 & 1 & 20\\
Serratia & 3 & 0.6 & 3 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 29 & 6.2 & 24 & 5 & 20.8\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.2 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 209 & 44.9 & 176 & 2 & 1.1\\
Proteus & 19 & 4.1 & 12 & 1 & 8.3\\
Acinetobacter & 5 & 1.1 & 5 & 5 & 100\\
Emofilo & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 11 & 2.4 & 7 & 0 & 0\\
Morganella & 5 & 1.1 & 4 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 18 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{434} & \textbf{93.3} & \textbf{334} & \textbf{35} & \textbf{10.5}\\
Candida albicans & 51 & 11.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 25 & 5.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 5 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 4 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{94} & \textbf{20.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 18 & 3.9 & 16 & 7 & 43.8\\
Staphylococcus capitis & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 4 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 9 & 1.9 & 9 & 6 & 66.7\\
Staphylococcus hominis & 6 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 18 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 4 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 0.2 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 23 & 4.9 & 17 & 1 & 5.9\\
Enterococco faecalis & 41 & 8.8 & 34 & 1 & 2.9\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 90 & 19.4 & 77 & 20 & 26\\
Enterococco altra specie & 12 & 2.6 & 10 & 1 & 10\\
Clostridium altra specie & 5 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{234} & \textbf{50.3} & \textbf{164} & \textbf{36} & \textbf{22}\\
Klebsiella pneumoniae & 76 & 16.3 & 60 & 18 & 30\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 17 & 3.7 & 13 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 34 & 7.3 & 24 & 3 & 12.5\\
Altro enterobacterales & 6 & 1.3 & 5 & 1 & 20\\
Serratia & 3 & 0.6 & 3 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 29 & 6.2 & 24 & 5 & 20.8\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.2 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 209 & 44.9 & 176 & 2 & 1.1\\
Proteus & 19 & 4.1 & 12 & 1 & 8.3\\
Acinetobacter & 5 & 1.1 & 5 & 5 & 100\\
Emofilo & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 11 & 2.4 & 7 & 0 & 0\\
Morganella & 5 & 1.1 & 4 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 18 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{434} & \textbf{93.3} & \textbf{334} & \textbf{35} & \textbf{10.5}\\
Candida albicans & 51 & 11.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 25 & 5.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 5 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 4 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{94} & \textbf{20.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Clostridium difficile, Staphylococcus lugdunensis, Pyogens, Clamidia, Legionella, Providencia, Candida auris, Pneumocistie Jirovecii, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza A, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycoplasma, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 9 & 9 & 3 & 6 & 66.67 & 0\\
Enterococco & 143 & 121 & 99 & 22 & 18.18 & 22\\
Escpm & 27 & 19 & 18 & 1 & 5.26 & 8\\
Klebsiella & 93 & 73 & 55 & 18 & 24.66 & 20\\
Pseudomonas & 30 & 25 & 20 & 5 & 20.00 & 5\\
\addlinespace
Streptococco & 23 & 17 & 16 & 1 & 5.88 & 6\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 60 & Ertapenem & 14 & 23.33\\
Klebsiella pneumoniae & 60 & Meropenem & 18 & 30.00\\
Enterobacter spp & 23 & Ertapenem & 3 & 13.04\\
Altro enterobacterales & 5 & Ertapenem & 1 & 20.00\\
Altro enterobacterales & 5 & Meropenem & 1 & 20.00\\
\addlinespace
Escherichia coli & 175 & Ertapenem & 2 & 1.14\\
Escherichia coli & 175 & Meropenem & 1 & 0.57\\
Proteus & 12 & Ertapenem & 1 & 8.33\\
Proteus & 12 & Meropenem & 1 & 8.33\\
Acinetobacter & 5 & Imipenem & 3 & 60.00\\
\addlinespace
Acinetobacter & 5 & Meropenem & 5 & 100.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 23 & Imipenem & 4 & 17.39\\
Pseudomonas aeruginosa & 24 & Meropenem & 3 & 12.50\\
Staphylococcus haemolyticus & 9 & Meticillina & 6 & 66.67\\
Staphylococcus aureus & 16 & Meticillina & 7 & 43.75\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 17 & Penicillina & 1 & 5.88\\
Enterococco faecalis & 34 & Vancomicina & 1 & 2.94\\
Enterococco faecium & 77 & Vancomicina & 20 & 25.97\\
Enterococco altra specie & 10 & Vancomicina & 1 & 10.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 12 & 6.32\\
No & 26 & 13.68\\
Non testato & 152 & 80\\
Missing & 124 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 33 & 152\\
kpc & 10 & 83.3 & 29 & 151\\
ndm & 1 & 8.3 & 32 & 152\\
oxa & 1 & 8.3 & 32 & 152\\
vim & 0 & 0.0 & 33 & 152\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPeritAMM-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-2401}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite all'ammissione} (N = 2401)}{Pazienti con polmonite all'ammissione (N = 2401)}}\label{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-2401}}

\hypertarget{trauma-3}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-3}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/TraumaPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 2312 & 96.3\\
Sì & 89 & 3.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{stato-chirurgico-3}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-3}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 2195 & 91.4\\
Chirurgico d'elezione & 45 & 1.9\\
Chirurgico d'urgenza & 161 & 6.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{tipo-di-infezione-1}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/TipoInfPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 1791 & 74.8\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 468 & 19.6\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 134 & 5.6\\
Missing & 8 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-batteriemica-1}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 2094 & 87.5\\
Sì & 298 & 12.5\\
Missing & 9 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezioni-multisito-1}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MultisitoPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 1353 & 56.4\\
Sì & 1048 & 43.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/GravitaPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione senza sepsi & 366 & 27.1\\
Sepsi & 654 & 48.3\\
Shock settico & 333 & 24.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su
1353 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 1048 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-3}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-3}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaTIPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1604 & 66.9\\
Deceduti & 793 & 33.1\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-3}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-3}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1345 & 59.4\\
Deceduti & 919 & 40.6\\
Missing & 24 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 2288 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 113 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-3}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-3}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 12.4 (14.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 8 (4-16)\\
Missing & 4\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-3}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-3}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 24.9 (23.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 18 (9-33)\\
Missing & 24\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 2288 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 113 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmoniti}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 673 & 28.1\\
Sì & 1719 & 71.9\\
Missing & 9 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{2401} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{2200} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 247 & 14.4 & 208 & 49 & 23.6\\
Staphylococcus capitis & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 9 & 0.5 & 6 & 4 & 66.7\\
Staphylococcus hominis & 6 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 16 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 4 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 10 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 187 & 10.9 & 148 & 10 & 6.8\\
Streptococcus altra specie & 11 & 0.6 & 10 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 17 & 1.0 & 15 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 15 & 0.9 & 15 & 4 & 26.7\\
Enterococco altra specie & 3 & 0.2 & 2 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{529} & \textbf{30.8} & \textbf{404} & \textbf{67} & \textbf{16.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 134 & 7.8 & 104 & 21 & 20.2\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 43 & 2.5 & 33 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 45 & 2.6 & 31 & 2 & 6.5\\
Altro enterobacterales & 13 & 0.8 & 6 & 0 & 0\\
Serratia & 43 & 2.5 & 34 & 2 & 5.9\\
Pseudomonas aeruginosa & 172 & 10.0 & 136 & 33 & 24.3\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.1 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 103 & 6.0 & 80 & 2 & 2.5\\
Proteus & 17 & 1.0 & 13 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 38 & 2.2 & 33 & 24 & 72.7\\
Emofilo & 77 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Legionella & 64 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 17 & 1.0 & 14 & 0 & 0\\
Morganella & 7 & 0.4 & 3 & 0 & 0\\
Clamidia & 4 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 9 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{788} & \textbf{45.8} & \textbf{489} & \textbf{84} & \textbf{17.2}\\
Candida albicans & 32 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 15 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 7 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 5 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 4 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 34 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pneumocistie Jirovecii & 18 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 10 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{128} & \textbf{7.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 35 & 2.0 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 13 & 0.8 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza tipo non specificato & 4 & 0.2 &  &  & \\
Citomegalovirus & 13 & 0.8 &  &  & \\
Altro Virus & 23 & 1.3 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{88} & \textbf{5.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 7 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Mycobacterium tuberculosis & 7 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 5 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{19} & \textbf{1.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 247 & 14.4 & 208 & 49 & 23.6\\
Staphylococcus capitis & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 9 & 0.5 & 6 & 4 & 66.7\\
Staphylococcus hominis & 6 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 16 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 4 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 10 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 187 & 10.9 & 148 & 10 & 6.8\\
Streptococcus altra specie & 11 & 0.6 & 10 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 17 & 1.0 & 15 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 15 & 0.9 & 15 & 4 & 26.7\\
Enterococco altra specie & 3 & 0.2 & 2 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{529} & \textbf{30.8} & \textbf{404} & \textbf{67} & \textbf{16.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 134 & 7.8 & 104 & 21 & 20.2\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 43 & 2.5 & 33 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 45 & 2.6 & 31 & 2 & 6.5\\
Altro enterobacterales & 13 & 0.8 & 6 & 0 & 0\\
Serratia & 43 & 2.5 & 34 & 2 & 5.9\\
Pseudomonas aeruginosa & 172 & 10.0 & 136 & 33 & 24.3\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.1 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 103 & 6.0 & 80 & 2 & 2.5\\
Proteus & 17 & 1.0 & 13 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 38 & 2.2 & 33 & 24 & 72.7\\
Emofilo & 77 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Legionella & 64 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 17 & 1.0 & 14 & 0 & 0\\
Morganella & 7 & 0.4 & 3 & 0 & 0\\
Clamidia & 4 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 9 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{788} & \textbf{45.8} & \textbf{489} & \textbf{84} & \textbf{17.2}\\
Candida albicans & 32 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 15 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 7 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 5 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 4 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 34 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pneumocistie Jirovecii & 18 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 10 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{128} & \textbf{7.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 35 & 2.0 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 13 & 0.8 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza tipo non specificato & 4 & 0.2 &  &  & \\
Citomegalovirus & 13 & 0.8 &  &  & \\
Altro Virus & 23 & 1.3 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{88} & \textbf{5.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 7 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Mycobacterium tuberculosis & 7 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 5 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{19} & \textbf{1.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Clostridium difficile, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Providencia, Herpes simplex, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 9 & 6 & 2 & 4 & 66.67 & 3\\
Enterococco & 35 & 32 & 28 & 4 & 12.50 & 3\\
Escpm & 67 & 50 & 48 & 2 & 4.00 & 17\\
Klebsiella & 177 & 137 & 116 & 21 & 15.33 & 40\\
Pseudomonas & 174 & 138 & 105 & 33 & 23.91 & 36\\
\addlinespace
Streptococco & 11 & 10 & 10 & 0 & 0.00 & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 101 & Ertapenem & 15 & 14.85\\
Klebsiella pneumoniae & 104 & Meropenem & 19 & 18.27\\
Enterobacter spp & 30 & Ertapenem & 2 & 6.67\\
Enterobacter spp & 31 & Meropenem & 1 & 3.23\\
Escherichia coli & 79 & Ertapenem & 2 & 2.53\\
\addlinespace
Escherichia coli & 80 & Meropenem & 2 & 2.50\\
Serratia & 33 & Ertapenem & 2 & 6.06\\
Serratia & 33 & Meropenem & 1 & 3.03\\
Acinetobacter & 33 & Imipenem & 18 & 54.55\\
Acinetobacter & 33 & Meropenem & 24 & 72.73\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 136 & Imipenem & 32 & 23.53\\
Pseudomonas aeruginosa & 136 & Meropenem & 26 & 19.12\\
Staphylococcus haemolyticus & 6 & Meticillina & 4 & 66.67\\
Staphylococcus aureus & 208 & Meticillina & 49 & 23.56\\
Streptococcus pneumoniae & 148 & Penicillina & 10 & 6.76\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 15 & Vancomicina & 4 & 26.67\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 19 & 8.52\\
No & 38 & 17.04\\
Non testato & 166 & 74.44\\
Missing & 199 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 4.3 & 54 & 166\\
kpc & 15 & 65.2 & 42 & 166\\
ndm & 3 & 13.0 & 51 & 166\\
oxa & 2 & 8.7 & 53 & 166\\
vim & 2 & 8.7 & 53 & 166\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmAmm-1} \end{center}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 527 & 27.4\\
Sì & 1397 & 72.6\\
Missing & 1 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{1925} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{1750} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 185 & 13.2 & 154 & 30 & 19.5\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 8 & 0.6 & 5 & 3 & 60\\
Staphylococcus hominis & 5 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 10 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 10 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 171 & 12.2 & 136 & 8 & 5.9\\
Streptococcus altra specie & 10 & 0.7 & 9 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 7 & 0.5 & 6 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 3 & 0.2 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco altra specie & 1 & 0.1 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{416} & \textbf{29.8} & \textbf{314} & \textbf{41} & \textbf{13.1}\\
Klebsiella pneumoniae & 83 & 5.9 & 68 & 11 & 16.2\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 29 & 2.1 & 21 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 28 & 2.0 & 20 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 9 & 0.6 & 5 & 0 & 0\\
Serratia & 31 & 2.2 & 27 & 2 & 7.4\\
Pseudomonas aeruginosa & 99 & 7.1 & 75 & 18 & 24\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.1 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 70 & 5.0 & 52 & 1 & 1.9\\
Proteus & 9 & 0.6 & 5 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 25 & 1.8 & 20 & 13 & 65\\
Emofilo & 68 & 4.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Legionella & 61 & 4.4 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 13 & 0.9 & 10 & 0 & 0\\
Morganella & 4 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Clamidia & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{541} & \textbf{38.7} & \textbf{306} & \textbf{45} & \textbf{14.7}\\
Candida albicans & 19 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 9 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 5 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 23 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pneumocistie Jirovecii & 12 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{78} & \textbf{5.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 35 & 2.5 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 13 & 0.9 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza tipo non specificato & 3 & 0.2 &  &  & \\
Citomegalovirus & 11 & 0.8 &  &  & \\
Altro Virus & 22 & 1.6 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{84} & \textbf{6.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Mycobacterium tuberculosis & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{16} & \textbf{1.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 185 & 13.2 & 154 & 30 & 19.5\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 8 & 0.6 & 5 & 3 & 60\\
Staphylococcus hominis & 5 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 10 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 10 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 171 & 12.2 & 136 & 8 & 5.9\\
Streptococcus altra specie & 10 & 0.7 & 9 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 7 & 0.5 & 6 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 3 & 0.2 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco altra specie & 1 & 0.1 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{416} & \textbf{29.8} & \textbf{314} & \textbf{41} & \textbf{13.1}\\
Klebsiella pneumoniae & 83 & 5.9 & 68 & 11 & 16.2\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 29 & 2.1 & 21 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 28 & 2.0 & 20 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 9 & 0.6 & 5 & 0 & 0\\
Serratia & 31 & 2.2 & 27 & 2 & 7.4\\
Pseudomonas aeruginosa & 99 & 7.1 & 75 & 18 & 24\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.1 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 70 & 5.0 & 52 & 1 & 1.9\\
Proteus & 9 & 0.6 & 5 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 25 & 1.8 & 20 & 13 & 65\\
Emofilo & 68 & 4.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Legionella & 61 & 4.4 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 13 & 0.9 & 10 & 0 & 0\\
Morganella & 4 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Clamidia & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{541} & \textbf{38.7} & \textbf{306} & \textbf{45} & \textbf{14.7}\\
Candida albicans & 19 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 9 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 5 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 23 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pneumocistie Jirovecii & 12 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{78} & \textbf{5.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 35 & 2.5 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 13 & 0.9 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza tipo non specificato & 3 & 0.2 &  &  & \\
Citomegalovirus & 11 & 0.8 &  &  & \\
Altro Virus & 22 & 1.6 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{84} & \textbf{6.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Mycobacterium tuberculosis & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{16} & \textbf{1.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Clostridium difficile, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Providencia, Herpes simplex, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 8 & 5 & 2 & 3 & 60.00 & 3\\
Enterococco & 11 & 10 & 10 & 0 & 0.00 & 1\\
Escpm & 44 & 33 & 31 & 2 & 6.06 & 11\\
Klebsiella & 112 & 89 & 78 & 11 & 12.36 & 23\\
Pseudomonas & 101 & 77 & 59 & 18 & 23.38 & 24\\
\addlinespace
Streptococco & 10 & 9 & 9 & 0 & 0.00 & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 67 & Ertapenem & 10 & 14.93\\
Klebsiella pneumoniae & 68 & Meropenem & 10 & 14.71\\
Escherichia coli & 52 & Ertapenem & 1 & 1.92\\
Escherichia coli & 52 & Meropenem & 1 & 1.92\\
Serratia & 27 & Ertapenem & 2 & 7.41\\
\addlinespace
Serratia & 26 & Meropenem & 1 & 3.85\\
Acinetobacter & 20 & Imipenem & 9 & 45.00\\
Acinetobacter & 20 & Meropenem & 13 & 65.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 75 & Imipenem & 17 & 22.67\\
Pseudomonas aeruginosa & 75 & Meropenem & 13 & 17.33\\
\addlinespace
Staphylococcus haemolyticus & 5 & Meticillina & 3 & 60.00\\
Staphylococcus aureus & 154 & Meticillina & 30 & 19.48\\
Streptococcus pneumoniae & 136 & Penicillina & 8 & 5.88\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 1 & 2.44\\
No & 7 & 17.07\\
Non testato & 33 & 80.49\\
Missing & 76 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 20 & 7 & 33\\
kpc & 1 & 20 & 7 & 33\\
ndm & 1 & 20 & 7 & 33\\
oxa & 1 & 20 & 7 & 33\\
vim & 1 & 20 & 7 & 33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmOsp-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}\label{pazienti-infetti-in-degenza}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}

I pazienti infetti in degenza comprendono tutti i pazienti che contraggono un'infezione durante la loro degenza a prescindere dal fatto che siano infetti all'ammissione o meno.

Sono presenti 2377 pazienti infetti in degenza, che rappresentano il 11.4\% della popolazione totale ammessa in TI.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/pazInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza & 2377 & 11.4\\
Non infetti in degenza & 18387 & 88.6\\
\bottomrule
\end{longtable}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 20764).

I pazienti infetti in degenza possono presentare VAP o batteriemia:

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/pazInfDegVAPCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza (no vap, no batteriemia) & 988 & 41.6\\
VAP & 852 & 35.8\\
Batteriemia primaria di origine sconosciuta & 282 & 11.9\\
Batteriemia da catetere & 226 & 9.5\\
Batteriemia secondaria & 391 & 16.4\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale à calcolata sul totale di pazienti infetti in degenza (N = 2377)

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza-n-2377}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti in degenza} (N = 2377)}{Pazienti infetti in degenza (N = 2377)}}\label{pazienti-infetti-in-degenza-n-2377}}

\hypertarget{sesso-2}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/sessoInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 1637 & 68.9\\
Femmina & 740 & 31.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{etuxe0-2}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/etaInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 8 & 0.3\\
17-45 & 321 & 13.5\\
46-65 & 812 & 34.2\\
66-75 & 767 & 32.3\\
>75 & 469 & 19.7\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaPreTIInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 6.0\\
DS & 14.7\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-5\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{provenienza-reparto-3}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-3}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ProvenienzaInfDeg1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 462 & 19.5\\
Reparto chirurgico & 368 & 15.5\\
Pronto soccorso & 1075 & 45.4\\
Altra TI & 333 & 14.1\\
Terapia subintensiva & 129 & 5.4\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 10 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{trauma-4}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-4}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/TraumaInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 1919 & 80.7\\
Sì & 458 & 19.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{stato-chirurgico-4}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-4}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 1573 & 66.2\\
Chirurgico d'elezione & 113 & 4.8\\
Chirurgico d'urgenza & 691 & 29.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{motivo-di-ammissione-3}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-3}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 177 & 7.4\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 2196 & 92.4\\
Sedazione Palliativa & 1 & 0.0\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 3 & 0.1\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 1365 & 72.5\\
Coma cerebrale & 341 & 18.1\\
Coma metabolico & 62 & 3.3\\
Coma postanossico & 101 & 5.4\\
Coma tossico & 15 & 0.8\\
\addlinespace
Missing & 493 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/GcsInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 9.0\\
DS & 4.5\\
Mediana & 11\\
Q1-Q3 & 5-13\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 2283 & 96.0\\
Coma cerebrale & 64 & 2.7\\
Coma metabolico & 15 & 0.6\\
Coma postanossico & 16 & 0.7\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-4}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-4}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaTIInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1725 & 72.8\\
Deceduti & 645 & 27.2\\
Missing & 7 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-4}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-4}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1492 & 66.2\\
Deceduti & 763 & 33.8\\
Missing & 38 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 2293 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 84 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-4}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-4}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaGiorniInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 22.9 (18.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 18 (10-30)\\
Missing & 6\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-4}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-4}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1InfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 37.6 (29.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 30 (17-50)\\
Missing & 37\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 2293 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 84 ).

\hypertarget{infezioni-in-degenza-top-10}{%
\subsection{Infezioni in degenza ( top 10 )}\label{infezioni-in-degenza-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InfDegTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 975 & 41.0\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 589 & 24.8\\
IVU catetere correlata & 311 & 13.1\\
Batteriemia primaria sconosciuta & 282 & 11.9\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 226 & 9.5\\
\addlinespace
Infezione cute/tessuti molli post-chir. & 70 & 2.9\\
IVU NON catetere correlata & 65 & 2.7\\
Altra infezione fungina & 63 & 2.7\\
Peritonite post-chirurgica & 63 & 2.7\\
Infezione delle alte vie respiratorie & 61 & 2.6\\
\addlinespace
Missing & 0 & NA\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito-1}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 1833 & 77.1\\
Sì & 544 & 22.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezioni-in-degenza}{%
\subsection{Infezioni in degenza}\label{infezioni-in-degenza}}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
  & N\\
\midrule
Numero totale di episodi infettivi  * & 2995\\
Numero totale di microrganismi isolati & 3649\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Non sono considerati gli episodi multipli nella stessa infezione.

\hypertarget{giorni-per-contrarre-linfezione}{%
\subsection{Giorni per contrarre l'infezione}\label{giorni-per-contrarre-linfezione}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/GiorniContrazioneInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 7.8\\
DS & 7.1\\
Mediana & 6\\
Q1-Q3 & 3-10\\
Missing & 10\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}{%
\subsection{Incidenza di infezione in degenza: Incidenza 1 e Incidenza 2}\label{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\raggedright\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) **\\
\midrule
Stima & 24.3 & 17.0 \%\\
CI ( 95\% ) & 23.3 - 25.3 & 16.3 - 17.7\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per le infezioni in degenza,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ Giornate di degenza pre-infezione}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-infezione} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
dell'infezione o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa infezione
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza dell'infezione
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{** Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ ( Giornate di degenza pre-infezione )}/7} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano infezione in degenza?'}.

\hypertarget{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}{%
\subsection{Incidenza di infezioni in degenza e percentuale di infezioni multiresistenti}\label{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}}

\begin{col}{0.2\textwidth}

\color{white}{........}

\end{col}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/GraficoDispersione-1} \end{center}

\end{col}

\vspace{-5.5cm}

Il grafico sovrastante incrocia le variabili \emph{Incidenza di infezioni in degenza} e
\emph{Percentuale di infezioni multiresistenti}
( ad esclusione del germe S. Coagulasi negativo meticillina resistente ).
La nuvola di punti rappresenta i dati delle TI nazionali. .
Le due linee rosse intersecano il grafico in corrispondenza dei valori mediani
nazionali e delineano 4 aree.
L'area \textbf{A1} identifica i centri che sembrano praticare un'efficace prevenzione
delle infezioni e una buona gestione dell'antibiotico terapia.
Per contro a cadere nell'area \textbf{A3} sono i centri che, osservando un'elevata
incidenza di infezioni in degenza ed un'alta percentuale di multiresistenze,
paiono non riuscire a controllare efficacemente i fenomeni.
È bene sottolineare che ad influire notevolmente su tali statistiche sono
i case-mix delle TI. È pertanto importante valutare con estrema cautela
tale grafico e tenere in considerazione che quella appena fornita è
solo una delle tante possibili chiavi di lettura.

\textbf{Rischio di contrarre infezione in TI}

\begin{col}{0.2\textwidth}

\color{white}{........}

\end{col}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/CurvaSopravINFEZDeg-1} \end{center}

\vspace{-3cm}

\end{col}

\textbf{Rischio di contrarre sepsi severa o shock settico in TI}

\begin{col}{0.2\textwidth}

\color{white}{........}

\end{col}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/CurvaSopravSEPSIDeg-1} \end{center}

\vspace{-3.5cm}

\end{col}

I due grafici sovrastanti mostrano le curve di rischio di contrarre infezione e
sepsi/shock settico in TI all'aumentare dei giorni trascorsi in reparto.
Come è logico, il rischio aumenta all'aumentare della degenza del paziente.

Per esempio, la probabilità di aver contratto un'infezione in TI è
pari al 80\% alla decima giornata di degenza.
Tale probabilità sfiora il 94\% se il
paziente rimane ricoverato per almeno 20 giorni ( Dati nazionali ).
Entrambi i grafici sono `troncati' alla ventesima giornata di degenza poichè
le stime successive, basate sui pochi pazienti con degenza superiore a 20 giorni,
sarebbero risultate instabili.
Le aree ombreggiate delineano l'intervallo di confidenza al 95\% delle stime.

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 268 & 9.0\\
Sì & 2713 & 91.0\\
Missing & 14 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{2995} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{3649} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 413 & 15.2 & 337 & 67 & 19.9\\
Staphylococcus capitis & 20 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 9 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 34 & 1.3 & 29 & 23 & 79.3\\
Staphylococcus hominis & 40 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 5 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 145 & 5.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 12 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 47 & 1.7 & 36 & 3 & 8.3\\
Streptococcus altra specie & 27 & 1.0 & 21 & 1 & 4.8\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 147 & 5.4 & 123 & 2 & 1.6\\
Enterococco faecium & 107 & 3.9 & 91 & 35 & 38.5\\
Enterococco altra specie & 16 & 0.6 & 8 & 2 & 25\\
Clostridium difficile & 22 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 5 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{1049} & \textbf{38.6} & \textbf{645} & \textbf{133} & \textbf{20.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 355 & 13.1 & 288 & 51 & 17.7\\
Klebsiella altra specie & 133 & 4.9 & 112 & 4 & 3.6\\
Enterobacter spp & 176 & 6.5 & 140 & 11 & 7.9\\
Altro enterobacterales & 40 & 1.5 & 29 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 117 & 4.3 & 98 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 417 & 15.4 & 361 & 88 & 24.4\\
Pseudomonas altra specie & 7 & 0.3 & 7 & 4 & 57.1\\
Escherichia coli & 358 & 13.2 & 282 & 6 & 2.1\\
Proteus & 74 & 2.7 & 65 & 2 & 3.1\\
\addlinespace
Acinetobacter & 153 & 5.6 & 120 & 100 & 83.3\\
Emofilo & 87 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 65 & 2.4 & 53 & 1 & 1.9\\
Morganella & 35 & 1.3 & 25 & 0 & 0\\
Providencia & 6 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 36 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{2059} & \textbf{75.8} & \textbf{1580} & \textbf{267} & \textbf{16.9}\\
Candida albicans & 160 & 5.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 51 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 6 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 56 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 18 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 5 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 13 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 86 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pneumocistie Jirovecii & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 27 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{423} & \textbf{15.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.0 &  &  & \\
Influenza altro A & 1 & 0.0 &  &  & \\
\addlinespace
Citomegalovirus & 19 & 0.7 &  &  & \\
Herpes simplex & 8 & 0.3 &  &  & \\
Altro Virus & 3 & 0.1 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{32} & \textbf{1.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{2} & \textbf{0.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 413 & 15.2 & 337 & 67 & 19.9\\
Staphylococcus capitis & 20 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 9 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 34 & 1.3 & 29 & 23 & 79.3\\
Staphylococcus hominis & 40 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 5 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 145 & 5.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 12 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 47 & 1.7 & 36 & 3 & 8.3\\
Streptococcus altra specie & 27 & 1.0 & 21 & 1 & 4.8\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 147 & 5.4 & 123 & 2 & 1.6\\
Enterococco faecium & 107 & 3.9 & 91 & 35 & 38.5\\
Enterococco altra specie & 16 & 0.6 & 8 & 2 & 25\\
Clostridium difficile & 22 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 5 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{1049} & \textbf{38.6} & \textbf{645} & \textbf{133} & \textbf{20.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 355 & 13.1 & 288 & 51 & 17.7\\
Klebsiella altra specie & 133 & 4.9 & 112 & 4 & 3.6\\
Enterobacter spp & 176 & 6.5 & 140 & 11 & 7.9\\
Altro enterobacterales & 40 & 1.5 & 29 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 117 & 4.3 & 98 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 417 & 15.4 & 361 & 88 & 24.4\\
Pseudomonas altra specie & 7 & 0.3 & 7 & 4 & 57.1\\
Escherichia coli & 358 & 13.2 & 282 & 6 & 2.1\\
Proteus & 74 & 2.7 & 65 & 2 & 3.1\\
\addlinespace
Acinetobacter & 153 & 5.6 & 120 & 100 & 83.3\\
Emofilo & 87 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 65 & 2.4 & 53 & 1 & 1.9\\
Morganella & 35 & 1.3 & 25 & 0 & 0\\
Providencia & 6 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 36 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{2059} & \textbf{75.8} & \textbf{1580} & \textbf{267} & \textbf{16.9}\\
Candida albicans & 160 & 5.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 51 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 6 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 56 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 18 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 5 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 13 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 86 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pneumocistie Jirovecii & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 27 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{423} & \textbf{15.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.0 &  &  & \\
Influenza altro A & 1 & 0.0 &  &  & \\
\addlinespace
Citomegalovirus & 19 & 0.7 &  &  & \\
Herpes simplex & 8 & 0.3 &  &  & \\
Altro Virus & 3 & 0.1 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{32} & \textbf{1.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{2} & \textbf{0.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Pyogens, Clamidia, Legionella, Candida auris, Influenza AH3N2, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 34 & 29 & 6 & 23 & 79.31 & 5\\
Enterococco & 270 & 222 & 183 & 39 & 17.57 & 48\\
Escpm & 226 & 188 & 186 & 2 & 1.06 & 38\\
Klebsiella & 488 & 400 & 345 & 55 & 13.75 & 88\\
Pseudomonas & 424 & 368 & 276 & 92 & 25.00 & 56\\
\addlinespace
Streptococco & 27 & 21 & 20 & 1 & 4.76 & 6\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 286 & Ertapenem & 46 & 16.08\\
Klebsiella pneumoniae & 288 & Meropenem & 45 & 15.62\\
Klebsiella altra specie & 112 & Ertapenem & 4 & 3.57\\
Klebsiella altra specie & 112 & Meropenem & 2 & 1.79\\
Citrobacter & 52 & Ertapenem & 1 & 1.92\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 137 & Ertapenem & 10 & 7.30\\
Enterobacter spp & 140 & Meropenem & 7 & 5.00\\
Escherichia coli & 281 & Ertapenem & 6 & 2.14\\
Escherichia coli & 282 & Meropenem & 2 & 0.71\\
Proteus & 64 & Ertapenem & 2 & 3.12\\
\addlinespace
Proteus & 65 & Meropenem & 1 & 1.54\\
Acinetobacter & 119 & Imipenem & 80 & 67.23\\
Acinetobacter & 120 & Meropenem & 100 & 83.33\\
Pseudomonas aeruginosa & 359 & Imipenem & 82 & 22.84\\
Pseudomonas aeruginosa & 358 & Meropenem & 66 & 18.44\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 7 & Imipenem & 3 & 42.86\\
Pseudomonas altra specie & 7 & Meropenem & 2 & 28.57\\
Staphylococcus haemolyticus & 29 & Meticillina & 23 & 79.31\\
Staphylococcus aureus & 337 & Meticillina & 67 & 19.88\\
Streptococcus pneumoniae & 36 & Penicillina & 3 & 8.33\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 21 & Penicillina & 1 & 4.76\\
Enterococco faecalis & 123 & Vancomicina & 2 & 1.63\\
Enterococco faecium & 91 & Vancomicina & 35 & 38.46\\
Enterococco altra specie & 8 & Vancomicina & 2 & 25.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 57 & 6.83\\
No & 149 & 17.87\\
Non testato & 628 & 75.3\\
Missing & 612 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 6 & 7.6 & 191 & 651\\
kpc & 51 & 64.6 & 162 & 644\\
ndm & 7 & 8.9 & 191 & 650\\
oxa & 7 & 8.9 & 191 & 650\\
vim & 8 & 10.1 & 189 & 651\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaDeg-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-1063}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza} (N = 1063)}{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza (N = 1063)}}\label{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-1063}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 310 & 11.9\\
Sì & 2301 & 88.1\\
Missing & 10 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{2621} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{3042} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 143 & 11.1 & 121 & 34 & 28.1\\
Staphylococcus capitis & 19 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 8 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 29 & 2.2 & 23 & 19 & 82.6\\
Staphylococcus hominis & 34 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 98 & 7.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 11 & 0.9 & 9 & 2 & 22.2\\
Streptococcus altra specie & 10 & 0.8 & 8 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 93 & 7.2 & 77 & 2 & 2.6\\
Enterococco faecium & 85 & 6.6 & 72 & 29 & 40.3\\
Enterococco altra specie & 6 & 0.5 & 5 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 14 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{556} & \textbf{43.0} & \textbf{315} & \textbf{86} & \textbf{27.3}\\
Klebsiella pneumoniae & 174 & 13.4 & 142 & 30 & 21.1\\
Klebsiella altra specie & 55 & 4.3 & 45 & 2 & 4.4\\
Enterobacter spp & 77 & 6.0 & 62 & 6 & 9.7\\
Altro enterobacterales & 17 & 1.3 & 9 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 57 & 4.4 & 43 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 229 & 17.7 & 200 & 60 & 30\\
Pseudomonas altra specie & 5 & 0.4 & 5 & 3 & 60\\
Escherichia coli & 152 & 11.7 & 126 & 2 & 1.6\\
Proteus & 35 & 2.7 & 28 & 1 & 3.6\\
\addlinespace
Acinetobacter & 102 & 7.9 & 77 & 64 & 83.1\\
Emofilo & 6 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 29 & 2.2 & 25 & 2 & 8\\
Morganella & 12 & 0.9 & 9 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 15 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{966} & \textbf{74.7} & \textbf{771} & \textbf{170} & \textbf{22}\\
Candida albicans & 111 & 8.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 40 & 3.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 54 & 4.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 13 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 12 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 68 & 5.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pneumocistie Jirovecii & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 19 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{324} & \textbf{25.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 19 & 1.5 &  &  & \\
Herpes simplex & 6 & 0.5 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 2 & 0.2 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{27} & \textbf{2.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 143 & 11.1 & 121 & 34 & 28.1\\
Staphylococcus capitis & 19 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 8 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 29 & 2.2 & 23 & 19 & 82.6\\
Staphylococcus hominis & 34 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 98 & 7.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 11 & 0.9 & 9 & 2 & 22.2\\
Streptococcus altra specie & 10 & 0.8 & 8 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 93 & 7.2 & 77 & 2 & 2.6\\
Enterococco faecium & 85 & 6.6 & 72 & 29 & 40.3\\
Enterococco altra specie & 6 & 0.5 & 5 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 14 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{556} & \textbf{43.0} & \textbf{315} & \textbf{86} & \textbf{27.3}\\
Klebsiella pneumoniae & 174 & 13.4 & 142 & 30 & 21.1\\
Klebsiella altra specie & 55 & 4.3 & 45 & 2 & 4.4\\
Enterobacter spp & 77 & 6.0 & 62 & 6 & 9.7\\
Altro enterobacterales & 17 & 1.3 & 9 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 57 & 4.4 & 43 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 229 & 17.7 & 200 & 60 & 30\\
Pseudomonas altra specie & 5 & 0.4 & 5 & 3 & 60\\
Escherichia coli & 152 & 11.7 & 126 & 2 & 1.6\\
Proteus & 35 & 2.7 & 28 & 1 & 3.6\\
\addlinespace
Acinetobacter & 102 & 7.9 & 77 & 64 & 83.1\\
Emofilo & 6 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 29 & 2.2 & 25 & 2 & 8\\
Morganella & 12 & 0.9 & 9 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 15 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{966} & \textbf{74.7} & \textbf{771} & \textbf{170} & \textbf{22}\\
Candida albicans & 111 & 8.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 40 & 3.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 54 & 4.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 13 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 12 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 68 & 5.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pneumocistie Jirovecii & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 19 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{324} & \textbf{25.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 19 & 1.5 &  &  & \\
Herpes simplex & 6 & 0.5 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 2 & 0.2 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{27} & \textbf{2.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Pyogens, Clamidia, Legionella, Candida auris, Influenza A, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Mycoplasma, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 29 & 23 & 4 & 19 & 82.61 & 6\\
Enterococco & 184 & 154 & 123 & 31 & 20.13 & 30\\
Escpm & 104 & 80 & 79 & 1 & 1.25 & 24\\
Klebsiella & 229 & 187 & 155 & 32 & 17.11 & 42\\
Pseudomonas & 234 & 205 & 142 & 63 & 30.73 & 29\\
\addlinespace
Streptococco & 10 & 8 & 8 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 196 & Ertapenem & 37 & 18.88\\
Klebsiella pneumoniae & 198 & Meropenem & 41 & 20.71\\
Klebsiella altra specie & 61 & Ertapenem & 3 & 4.92\\
Citrobacter & 27 & Ertapenem & 2 & 7.41\\
Citrobacter & 26 & Meropenem & 2 & 7.69\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 85 & Ertapenem & 5 & 5.88\\
Enterobacter spp & 85 & Meropenem & 6 & 7.06\\
Escherichia coli & 230 & Ertapenem & 4 & 1.74\\
Escherichia coli & 230 & Meropenem & 4 & 1.74\\
Proteus & 39 & Ertapenem & 1 & 2.56\\
\addlinespace
Proteus & 40 & Meropenem & 1 & 2.50\\
Serratia & 57 & Ertapenem & 1 & 1.75\\
Serratia & 56 & Meropenem & 1 & 1.79\\
Acinetobacter & 91 & Imipenem & 57 & 62.64\\
Acinetobacter & 92 & Meropenem & 77 & 83.70\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 255 & Imipenem & 65 & 25.49\\
Pseudomonas aeruginosa & 256 & Meropenem & 52 & 20.31\\
Pseudomonas altra specie & 5 & Imipenem & 2 & 40.00\\
Pseudomonas altra specie & 5 & Meropenem & 2 & 40.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 31 & Meticillina & 24 & 77.42\\
\addlinespace
Staphylococcus aureus & 217 & Meticillina & 54 & 24.88\\
Streptococcus pneumoniae & 35 & Penicillina & 6 & 17.14\\
Enterococco faecalis & 107 & Vancomicina & 2 & 1.87\\
Enterococco faecium & 100 & Vancomicina & 38 & 38.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 68 & 6.83\\
No & 164 & 16.47\\
Non testato & 764 & 76.71\\
Missing & 702 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 8 & 8.2 & 219 & 793\\
kpc & 61 & 62.2 & 185 & 785\\
ndm & 9 & 9.2 & 219 & 792\\
oxa & 10 & 10.2 & 219 & 792\\
vim & 10 & 10.2 & 217 & 793\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmmDeg-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-1314}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti solo in degenza} (N = 1314)}{Pazienti infetti solo in degenza (N = 1314)}}\label{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-1314}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/GravitaSoloDegenza-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione senza sepsi & 621 & 47.3\\
Sepsi & 514 & 39.1\\
Shock settico & 179 & 13.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaInfezSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione senza sepsi & 10.7 & 16.4\\
Sepsi & 19.1 & 26.0\\
Shock settico & 47.5 & 57.1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti solo in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 166 & 9.8\\
Sì & 1534 & 90.2\\
Missing & 8 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{1708} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{2106} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 295 & 20.7 & 238 & 40 & 16.8\\
Staphylococcus capitis & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 13 & 0.9 & 13 & 9 & 69.2\\
Staphylococcus hominis & 11 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 68 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 11 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 37 & 2.6 & 28 & 1 & 3.6\\
Streptococcus altra specie & 17 & 1.2 & 13 & 1 & 7.7\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 74 & 5.2 & 63 & 2 & 3.2\\
Enterococco faecium & 34 & 2.4 & 30 & 10 & 33.3\\
Enterococco altra specie & 11 & 0.8 & 4 & 2 & 50\\
Clostridium difficile & 9 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{594} & \textbf{41.8} & \textbf{389} & \textbf{65} & \textbf{16.7}\\
Klebsiella pneumoniae & 209 & 14.7 & 172 & 27 & 15.7\\
Klebsiella altra specie & 93 & 6.5 & 77 & 2 & 2.6\\
Enterobacter spp & 125 & 8.8 & 100 & 6 & 6\\
Altro enterobacterales & 24 & 1.7 & 21 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 85 & 6.0 & 71 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 263 & 18.5 & 225 & 52 & 23.1\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.1 & 2 & 1 & 50\\
Escherichia coli & 232 & 16.3 & 177 & 4 & 2.3\\
Proteus & 48 & 3.4 & 45 & 2 & 4.4\\
\addlinespace
Acinetobacter & 71 & 5.0 & 58 & 49 & 84.5\\
Emofilo & 81 & 5.7 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 40 & 2.8 & 32 & 0 & 0\\
Morganella & 25 & 1.8 & 17 & 0 & 0\\
Providencia & 5 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 22 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1325} & \textbf{93.2} & \textbf{997} & \textbf{143} & \textbf{14.3}\\
Candida albicans & 63 & 4.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 16 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 5 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 18 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 7 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 21 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 11 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{144} & \textbf{10.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.1 &  &  & \\
Influenza altro A & 1 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 3 & 0.2 &  &  & \\
\addlinespace
Herpes simplex & 2 & 0.1 &  &  & \\
Altro Virus & 2 & 0.1 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{9} & \textbf{0.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 295 & 20.7 & 238 & 40 & 16.8\\
Staphylococcus capitis & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 13 & 0.9 & 13 & 9 & 69.2\\
Staphylococcus hominis & 11 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 68 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 11 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 37 & 2.6 & 28 & 1 & 3.6\\
Streptococcus altra specie & 17 & 1.2 & 13 & 1 & 7.7\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 74 & 5.2 & 63 & 2 & 3.2\\
Enterococco faecium & 34 & 2.4 & 30 & 10 & 33.3\\
Enterococco altra specie & 11 & 0.8 & 4 & 2 & 50\\
Clostridium difficile & 9 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{594} & \textbf{41.8} & \textbf{389} & \textbf{65} & \textbf{16.7}\\
Klebsiella pneumoniae & 209 & 14.7 & 172 & 27 & 15.7\\
Klebsiella altra specie & 93 & 6.5 & 77 & 2 & 2.6\\
Enterobacter spp & 125 & 8.8 & 100 & 6 & 6\\
Altro enterobacterales & 24 & 1.7 & 21 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 85 & 6.0 & 71 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 263 & 18.5 & 225 & 52 & 23.1\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.1 & 2 & 1 & 50\\
Escherichia coli & 232 & 16.3 & 177 & 4 & 2.3\\
Proteus & 48 & 3.4 & 45 & 2 & 4.4\\
\addlinespace
Acinetobacter & 71 & 5.0 & 58 & 49 & 84.5\\
Emofilo & 81 & 5.7 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 40 & 2.8 & 32 & 0 & 0\\
Morganella & 25 & 1.8 & 17 & 0 & 0\\
Providencia & 5 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 22 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1325} & \textbf{93.2} & \textbf{997} & \textbf{143} & \textbf{14.3}\\
Candida albicans & 63 & 4.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 16 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 5 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 18 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 7 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 21 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 11 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{144} & \textbf{10.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.1 &  &  & \\
Influenza altro A & 1 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 3 & 0.2 &  &  & \\
\addlinespace
Herpes simplex & 2 & 0.1 &  &  & \\
Altro Virus & 2 & 0.1 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{9} & \textbf{0.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Pyogens, Clamidia, Legionella, Candida auris, Pneumocistie Jirovecii, Influenza AH3N2, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDegRaggrup-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 13 & 4 & 9 & 69.23 & 0\\
Enterococco & 119 & 97 & 83 & 14 & 14.43 & 22\\
Escpm & 158 & 133 & 131 & 2 & 1.50 & 25\\
Klebsiella & 302 & 249 & 220 & 29 & 11.65 & 53\\
Pseudomonas & 265 & 227 & 174 & 53 & 23.35 & 38\\
\addlinespace
Streptococco & 17 & 13 & 12 & 1 & 7.69 & 4\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 172 & Ertapenem & 24 & 13.95\\
Klebsiella pneumoniae & 172 & Meropenem & 23 & 13.37\\
Klebsiella altra specie & 77 & Ertapenem & 2 & 2.60\\
Klebsiella altra specie & 77 & Meropenem & 2 & 2.60\\
Enterobacter spp & 97 & Ertapenem & 6 & 6.19\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 100 & Meropenem & 2 & 2.00\\
Escherichia coli & 176 & Ertapenem & 4 & 2.27\\
Proteus & 45 & Ertapenem & 2 & 4.44\\
Acinetobacter & 58 & Imipenem & 40 & 68.97\\
Acinetobacter & 58 & Meropenem & 49 & 84.48\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 224 & Imipenem & 47 & 20.98\\
Pseudomonas aeruginosa & 222 & Meropenem & 39 & 17.57\\
Pseudomonas altra specie & 2 & Imipenem & 1 & 50.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 13 & Meticillina & 9 & 69.23\\
Staphylococcus aureus & 238 & Meticillina & 40 & 16.81\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 28 & Penicillina & 1 & 3.57\\
Streptococcus altra specie & 13 & Penicillina & 1 & 7.69\\
Enterococco faecalis & 63 & Vancomicina & 2 & 3.17\\
Enterococco faecium & 30 & Vancomicina & 10 & 33.33\\
Enterococco altra specie & 4 & Vancomicina & 2 & 50.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 29 & 5.84\\
No & 98 & 19.72\\
Non testato & 370 & 74.45\\
Missing & 366 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 5 & 10.2 & 117 & 383\\
kpc & 27 & 55.1 & 102 & 380\\
ndm & 6 & 12.2 & 117 & 382\\
oxa & 6 & 12.2 & 117 & 382\\
vim & 5 & 10.2 & 117 & 383\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipica_soloDeg-1} \end{center}

\hypertarget{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}{%
\subsection{\texorpdfstring{\textbf{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}\label{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/TabInfezioniAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo isolato & N & Ammissione & \% amm. & Degenza & \% deg.\\
\midrule
Acinetobacter & 294 & 93 & 31.6 & 201 & 68.4\\
Pseudomonas aeruginosa & 983 & 399 & 40.6 & 584 & 59.4\\
Candida albicans & 399 & 204 & 51.1 & 195 & 48.9\\
Aspergillo & 196 & 77 & 39.3 & 119 & 60.7\\
Citrobacter & 135 & 53 & 39.3 & 82 & 60.7\\
\addlinespace
Coronavirus & 838 & 832 & 99.3 & 6 & 0.7\\
Enterobacter spp & 411 & 167 & 40.6 & 244 & 59.4\\
Staphylococcus epidermidis & 350 & 145 & 41.4 & 205 & 58.6\\
Escherichia coli & 1444 & 988 & 68.4 & 456 & 31.6\\
Enterococco faecalis & 405 & 209 & 51.6 & 196 & 48.4\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 382 & 228 & 59.7 & 154 & 40.3\\
Candida glabrata & 154 & 91 & 59.1 & 63 & 40.9\\
Emofilo & 232 & 131 & 56.5 & 101 & 43.5\\
Staphylococcus hominis & 125 & 70 & 56 & 55 & 44\\
Altro gram negativo & 123 & 80 & 65 & 43 & 35\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 298 & 120 & 40.3 & 178 & 59.7\\
Funghi altra specie & 111 & 75 & 67.6 & 36 & 32.4\\
Streptococcus altra specie & 172 & 139 & 80.8 & 33 & 19.2\\
Candida parapsilosis & 121 & 36 & 29.8 & 85 & 70.2\\
Klebsiella pneumoniae & 938 & 484 & 51.6 & 454 & 48.4\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 354 & 301 & 85 & 53 & 15\\
Proteus & 222 & 128 & 57.7 & 94 & 42.3\\
Serratia & 269 & 97 & 36.1 & 172 & 63.9\\
Staphylococcus aureus & 1212 & 675 & 55.7 & 537 & 44.3\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-975}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite in degenza} (N = 975)}{Pazienti con polmonite in degenza (N = 975)}}\label{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-975}}

\hypertarget{trauma-5}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-5}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/TraumaPolmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 741 & 76.0\\
Sì & 234 & 24.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{stato-chirurgico-5}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-5}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 662 & 67.9\\
Chirurgico d'elezione & 36 & 3.7\\
Chirurgico d'urgenza & 277 & 28.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-batteriemica-2}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 799 & 82.6\\
Sì & 168 & 17.4\\
Missing & 8 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezioni-multisito-2}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MultisitoPolmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 826 & 84.7\\
Sì & 149 & 15.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/NuoviEpisodiPolmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 789 & 81.8\\
Sì & 175 & 18.2\\
Missing & 11 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}{%
\subsection{Polmonite associata a ventilazione ( VAP ) *}\label{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/PolmoniteDaVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Polmonite associata a VAP & N & \%\\
\midrule
No & 117 & 12.1\\
Sì & 852 & 87.9\\
Missing & 6 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* VAP: polmonite associata a ventilazione invasiva ( polmonite con esordio successivo al secondo giorno di ventilazione o sviluppata entro i due giorni dal termine della ventilazione ).

\hypertarget{pazienti-con-vap-in-degenza-n-852}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con VAP in degenza} (N = 852)}{Pazienti con VAP in degenza (N = 852)}}\label{pazienti-con-vap-in-degenza-n-852}}

\hypertarget{vap-precoce}{%
\subsection{VAP precoce}\label{vap-precoce}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/VAPprecoce-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
VAP precoce & N & \%\\
\midrule
No & 435 & 51.1\\
Sì & 417 & 48.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{diagnosi}{%
\subsection{Diagnosi}\label{diagnosi}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DiagnosiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Diagnosi & N & \%\\
\midrule
Possibile & 221 & 26.1\\
Probabile - certa & 625 & 73.9\\
Missing & 6 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{criteri-diagnostici-microbiologici}{%
\subsection{Criteri diagnostici microbiologici}\label{criteri-diagnostici-microbiologici}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/CriteriDiagnosticiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Criteri diagnostici microbiologici & N & \%\\
\midrule
Sierologia/tecniche di biologia molecolare/antigeni urinari (legionella, ecc) & 9 & 1.1\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) quantitativo & 26 & 3.1\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) qualitativo & 19 & 2.2\\
Campione distale protetto qualitativo (bal, psb) & 71 & 8.4\\
Campione distale protetto quantitativo (bal, psb) & 209 & 24.7\\
\addlinespace
Aspirato tracheale quantitativo >= 10 alla 5a cfu/ml & 348 & 41.1\\
Aspirato tracheale qualitativo + emocoltura e/o liquido pleurico concordati & 33 & 3.9\\
Aspirato tracheale qualitativo & 89 & 10.5\\
Agente eziologico NON ricercato o NON isolato & 42 & 5.0\\
Missing & 6 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{fattori-di-rischio-per-vap-n-20764}{%
\subsection{Fattori di rischio per VAP ( N = 20764 )}\label{fattori-di-rischio-per-vap-n-20764}}

\hypertarget{ventilazione-invasiva}{%
\subsubsection{Ventilazione invasiva}\label{ventilazione-invasiva}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/VentilazioneInvasiva-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Ventilazione invasiva & N & \%\\
\midrule
No & 6821 & 33.0\\
Sì & 13868 & 67.0\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{13111} & \textbf{63.1}\\
Missing & 75 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{durata-ventilazione-invasiva-giorni}{%
\subsubsection{Durata ventilazione invasiva ( giorni )}\label{durata-ventilazione-invasiva-giorni}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DurataVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 5.6 (9.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-6)\\
Missing & 27\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{duratadegenza-in-ti}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DurataSuDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 75.0 (29.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 93 (50-100)\\
Missing & 35\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{giorni-di-vm-pre-vap}{%
\subsection{Giorni di VM pre-VAP}\label{giorni-di-vm-pre-vap}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/GiorniVMpreVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 852\\
Media (DS) & 9.6 (8.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 7 (4-12)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{incidenza-di-vap}{%
\subsection{Incidenza di VAP}\label{incidenza-di-vap}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/1000 gg. di VM pre-VAP) * & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/paz. ventilati per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 14.0 & 9.8 \%\\
CI ( 95\% ) & 13.1 - 14.9 & 9.1 - 10.5\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di VAP.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP} è pari alla
somma delle giornate di ventilazione meccanica pre-VAP di tutti i pazienti ammessi in reparto.
È pari alla durata totale della ventilazione meccanica per i pazienti che
non sviluppano VAP e alla differenza tra la data di insorgenza della VAP e la data
di inizio della ventilazione meccanica per i pazienti infetti.
Sono esclusi dal denominatore i giorni di ventilazione meccanica dei pazienti dimessi
o deceduti entro 2 giorni dall'inizio della ventilazione.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ ( Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura più semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti ventilati per 7 giorni in TI, quanti sviluppano VAP?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\textbf{Rischio di contrarre VAP in TI}

\begin{col}{0.2\textwidth}

\color{white}{........}

\end{col}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/CurveSopravv-1} \end{center}

\end{col}

\vspace{-4.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-5}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-5}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaTIVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 602 & 70.7\\
Deceduti & 250 & 29.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-5}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-5}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaOspVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 532 & 65.0\\
Deceduti & 287 & 35.0\\
Missing & 13 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 832 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 20 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-5}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-5}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaTIVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 28.7 (21.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 24 (14-37)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-5}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-5}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaOspVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 40.8 (29.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 33 (19-54)\\
Missing & 13\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 832 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 20 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 42 & 5.0\\
Sì & 806 & 95.0\\
Missing & 4 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{852} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{1155} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 185 & 22.9 & 153 & 35 & 22.9\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus hominis & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 4 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus agalactiae & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 18 & 2.2 & 16 & 1 & 6.2\\
Streptococcus altra specie & 8 & 1.0 & 7 & 1 & 14.3\\
Enterococco faecalis & 17 & 2.1 & 13 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 5 & 0.6 & 5 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 6 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{250} & \textbf{30.9} & \textbf{194} & \textbf{37} & \textbf{19.1}\\
Klebsiella pneumoniae & 141 & 17.5 & 115 & 19 & 16.5\\
Klebsiella altra specie & 60 & 7.4 & 50 & 3 & 6\\
Enterobacter spp & 68 & 8.4 & 52 & 4 & 7.7\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 12 & 1.5 & 8 & 0 & 0\\
Serratia & 53 & 6.6 & 44 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 176 & 21.8 & 149 & 39 & 26.2\\
Pseudomonas altra specie & 3 & 0.4 & 3 & 2 & 66.7\\
Escherichia coli & 90 & 11.1 & 71 & 2 & 2.8\\
\addlinespace
Proteus & 24 & 3.0 & 21 & 1 & 4.8\\
Acinetobacter & 57 & 7.1 & 46 & 36 & 78.3\\
Emofilo & 47 & 5.8 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 24 & 3.0 & 20 & 1 & 5\\
Morganella & 12 & 1.5 & 8 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 11 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{778} & \textbf{96.3} & \textbf{587} & \textbf{107} & \textbf{18.2}\\
Candida albicans & 26 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 4 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 4 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 39 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 5 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{83} & \textbf{10.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 6 & 0.7 &  &  & \\
Herpes simplex & 1 & 0.1 &  &  & \\
Altro Virus & 2 & 0.2 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{9} & \textbf{1.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-1} \end{center}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Clostridium difficile, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Staphylococcus CoNS altra specie, Pyogens, Clamidia, Legionella, Providencia, Candida auris, Pneumocistie Jirovecii, Candida specie non determinata, Influenza A, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Mycoplasma, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 1 & 0 & 0 & 0 & NaN & 1\\
Enterococco & 28 & 18 & 18 & 0 & 0.00 & 10\\
Escpm & 89 & 73 & 72 & 1 & 1.37 & 16\\
Klebsiella & 201 & 165 & 143 & 22 & 13.33 & 36\\
Pseudomonas & 179 & 152 & 111 & 41 & 26.97 & 27\\
\addlinespace
Streptococco & 8 & 7 & 6 & 1 & 14.29 & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 114 & Ertapenem & 18 & 15.79\\
Klebsiella pneumoniae & 115 & Meropenem & 17 & 14.78\\
Klebsiella altra specie & 50 & Ertapenem & 3 & 6.00\\
Klebsiella altra specie & 50 & Meropenem & 1 & 2.00\\
Citrobacter & 20 & Ertapenem & 1 & 5.00\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 50 & Ertapenem & 3 & 6.00\\
Enterobacter spp & 52 & Meropenem & 2 & 3.85\\
Escherichia coli & 71 & Ertapenem & 2 & 2.82\\
Escherichia coli & 71 & Meropenem & 1 & 1.41\\
Proteus & 21 & Ertapenem & 1 & 4.76\\
\addlinespace
Proteus & 21 & Meropenem & 1 & 4.76\\
Acinetobacter & 46 & Imipenem & 26 & 56.52\\
Acinetobacter & 46 & Meropenem & 36 & 78.26\\
Pseudomonas aeruginosa & 148 & Imipenem & 38 & 25.68\\
Pseudomonas aeruginosa & 148 & Meropenem & 30 & 20.27\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 3 & Imipenem & 2 & 66.67\\
Staphylococcus aureus & 153 & Meticillina & 35 & 22.88\\
Streptococcus pneumoniae & 16 & Penicillina & 1 & 6.25\\
Streptococcus altra specie & 7 & Penicillina & 1 & 14.29\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 625 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{625} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{890} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 150 & 24.0 & 124 & 24 & 19.4\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus hominis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 15 & 2.4 & 14 & 1 & 7.1\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 7 & 1.1 & 6 & 1 & 16.7\\
Enterococco faecalis & 10 & 1.6 & 8 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 3 & 0.5 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco altra specie & 3 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{192} & \textbf{30.7} & \textbf{155} & \textbf{26} & \textbf{16.8}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 105 & 16.8 & 90 & 15 & 16.7\\
Klebsiella altra specie & 50 & 8.0 & 42 & 3 & 7.1\\
Enterobacter spp & 52 & 8.3 & 41 & 4 & 9.8\\
Altro enterobacterales & 6 & 1.0 & 5 & 0 & 0\\
Serratia & 47 & 7.5 & 39 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 147 & 23.5 & 124 & 29 & 23.4\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.2 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 69 & 11.0 & 56 & 2 & 3.6\\
Proteus & 20 & 3.2 & 18 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 32 & 5.1 & 24 & 16 & 66.7\\
\addlinespace
Emofilo & 41 & 6.6 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 19 & 3.0 & 15 & 0 & 0\\
Morganella & 8 & 1.3 & 5 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 8 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{605} & \textbf{96.8} & \textbf{460} & \textbf{69} & \textbf{15}\\
\addlinespace
Candida albicans & 16 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 4 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 30 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 4 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{59} & \textbf{9.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 5 & 0.8 &  &  & \\
Herpes simplex & 1 & 0.2 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 1 & 0.2 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{7} & \textbf{1.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 150 & 24.0 & 124 & 24 & 19.4\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus hominis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 15 & 2.4 & 14 & 1 & 7.1\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 7 & 1.1 & 6 & 1 & 16.7\\
Enterococco faecalis & 10 & 1.6 & 8 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 3 & 0.5 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco altra specie & 3 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{192} & \textbf{30.7} & \textbf{155} & \textbf{26} & \textbf{16.8}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 105 & 16.8 & 90 & 15 & 16.7\\
Klebsiella altra specie & 50 & 8.0 & 42 & 3 & 7.1\\
Enterobacter spp & 52 & 8.3 & 41 & 4 & 9.8\\
Altro enterobacterales & 6 & 1.0 & 5 & 0 & 0\\
Serratia & 47 & 7.5 & 39 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 147 & 23.5 & 124 & 29 & 23.4\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.2 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 69 & 11.0 & 56 & 2 & 3.6\\
Proteus & 20 & 3.2 & 18 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 32 & 5.1 & 24 & 16 & 66.7\\
\addlinespace
Emofilo & 41 & 6.6 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 19 & 3.0 & 15 & 0 & 0\\
Morganella & 8 & 1.3 & 5 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 8 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{605} & \textbf{96.8} & \textbf{460} & \textbf{69} & \textbf{15}\\
\addlinespace
Candida albicans & 16 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 4 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 30 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 4 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{59} & \textbf{9.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 5 & 0.8 &  &  & \\
Herpes simplex & 1 & 0.2 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 1 & 0.2 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{7} & \textbf{1.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Staphylococcus CoNS altra specie, Pyogens, Clamidia, Legionella, Providencia, Candida auris, Candida altra specie, Pneumocistie Jirovecii, Candida specie non determinata, Influenza A, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Mycoplasma, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 1 & 0 & 0 & 0 & NaN & 1\\
Enterococco & 16 & 11 & 11 & 0 & 0.00 & 5\\
Escpm & 75 & 62 & 62 & 0 & 0.00 & 13\\
Klebsiella & 155 & 132 & 114 & 18 & 13.64 & 23\\
Pseudomonas & 148 & 125 & 96 & 29 & 23.20 & 23\\
\addlinespace
Streptococco & 7 & 6 & 5 & 1 & 16.67 & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 90 & Ertapenem & 14 & 15.56\\
Klebsiella pneumoniae & 90 & Meropenem & 13 & 14.44\\
Klebsiella altra specie & 42 & Ertapenem & 3 & 7.14\\
Klebsiella altra specie & 42 & Meropenem & 1 & 2.38\\
Enterobacter spp & 39 & Ertapenem & 3 & 7.69\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 41 & Meropenem & 2 & 4.88\\
Escherichia coli & 56 & Ertapenem & 2 & 3.57\\
Escherichia coli & 56 & Meropenem & 1 & 1.79\\
Acinetobacter & 24 & Imipenem & 15 & 62.50\\
Acinetobacter & 24 & Meropenem & 16 & 66.67\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 123 & Imipenem & 28 & 22.76\\
Pseudomonas aeruginosa & 124 & Meropenem & 26 & 20.97\\
Staphylococcus aureus & 124 & Meticillina & 24 & 19.35\\
Streptococcus pneumoniae & 14 & Penicillina & 1 & 7.14\\
Streptococcus altra specie & 6 & Penicillina & 1 & 16.67\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 2 & 1.3\\
Sì & 151 & 98.7\\
Missing & 0 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{153} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{224} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 36 & 23.5 & 29 & 5 & 17.2\\
Staphylococcus epidermidis & 2 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 4 & 2.6 & 4 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 2 & 1.3 & 2 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 4 & 2.6 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 2 & 1.3 & 2 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{50} & \textbf{32.7} & \textbf{41} & \textbf{5} & \textbf{12.2}\\
Klebsiella pneumoniae & 22 & 14.4 & 19 & 0 & 0\\
Klebsiella altra specie & 10 & 6.5 & 9 & 1 & 11.1\\
Enterobacter spp & 14 & 9.2 & 11 & 1 & 9.1\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 3 & 2.0 & 3 & 0 & 0\\
Serratia & 15 & 9.8 & 13 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 29 & 19.0 & 23 & 11 & 47.8\\
Escherichia coli & 19 & 12.4 & 16 & 1 & 6.2\\
Proteus & 8 & 5.2 & 6 & 0 & 0\\
\addlinespace
Acinetobacter & 14 & 9.2 & 11 & 10 & 90.9\\
Emofilo & 6 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 7 & 4.6 & 5 & 1 & 20\\
Morganella & 2 & 1.3 & 2 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 2 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{151} & \textbf{98.7} & \textbf{118} & \textbf{25} & \textbf{21.2}\\
Candida albicans & 6 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 6 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{17} & \textbf{11.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 0.7 &  &  & \\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-1} \end{center}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Staphylococcus CoNS altra specie, Enterococco altra specie, Pyogens, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Providencia, Candida auris, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida specie non determinata, Herpes simplex, Influenza A, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP2NuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 6 & 6 & 6 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 25 & 21 & 21 & 0 & 0.00 & 4\\
Klebsiella & 32 & 28 & 27 & 1 & 3.57 & 4\\
Pseudomonas & 29 & 23 & 12 & 11 & 47.83 & 6\\
Streptococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella altra specie & 9 & Ertapenem & 1 & 11.11\\
Klebsiella altra specie & 9 & Meropenem & 1 & 11.11\\
Citrobacter & 5 & Ertapenem & 1 & 20.00\\
Enterobacter spp & 10 & Ertapenem & 1 & 10.00\\
Enterobacter spp & 11 & Meropenem & 1 & 9.09\\
\addlinespace
Escherichia coli & 16 & Ertapenem & 1 & 6.25\\
Escherichia coli & 16 & Meropenem & 1 & 6.25\\
Acinetobacter & 11 & Imipenem & 7 & 63.64\\
Acinetobacter & 11 & Meropenem & 10 & 90.91\\
Pseudomonas aeruginosa & 23 & Imipenem & 11 & 47.83\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 23 & Meropenem & 8 & 34.78\\
Staphylococcus aureus & 29 & Meticillina & 5 & 17.24\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-797}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia in degenza} (N = 797)}{Pazienti con batteriemia in degenza (N = 797)}}\label{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-797}}

\hypertarget{trauma-6}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-6}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/TraumaBattDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 673 & 84.4\\
Sì & 124 & 15.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{stato-chirurgico-6}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-6}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/StatoChirurgicoBattDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 548 & 68.8\\
Chirurgico d'elezione & 38 & 4.8\\
Chirurgico d'urgenza & 211 & 26.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{tipologia}{%
\subsection{Tipologia}\label{tipologia}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/Tipologia-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Batteriemia primaria sconosciuta & 282 & 35.4\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 226 & 28.4\\
Batteriemia secondaria & 391 & 49.1\\
Missing & 0 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/NuoviEpisodiBattDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 426 & 85.2\\
Sì & 74 & 14.8\\
Missing & 8 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 47 & 9.3 & 36 & 8 & 22.2\\
Staphylococcus capitis & 16 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 6 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 25 & 4.9 & 23 & 18 & 78.3\\
Staphylococcus hominis & 34 & 6.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 111 & 21.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 3 & 0.6 & 3 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 10 & 2.0 & 7 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 34 & 6.7 & 30 & 1 & 3.3\\
Enterococco faecium & 27 & 5.3 & 22 & 11 & 50\\
Enterococco altra specie & 2 & 0.4 & 2 & 1 & 50\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{319} & \textbf{62.9} & \textbf{123} & \textbf{39} & \textbf{31.7}\\
Klebsiella pneumoniae & 49 & 9.7 & 38 & 8 & 21.1\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 21 & 4.1 & 14 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 28 & 5.5 & 23 & 2 & 8.7\\
Altro enterobacterales & 10 & 2.0 & 7 & 0 & 0\\
Serratia & 21 & 4.1 & 14 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 22 & 4.3 & 18 & 4 & 22.2\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.2 & 1 & 1 & 100\\
Escherichia coli & 28 & 5.5 & 22 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 0.4 & 2 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 23 & 4.5 & 18 & 16 & 88.9\\
Emofilo & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 5 & 1.0 & 5 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{215} & \textbf{42.4} & \textbf{162} & \textbf{31} & \textbf{19.1}\\
\addlinespace
Candida albicans & 21 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 11 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 20 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 5 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{64} & \textbf{12.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 47 & 9.3 & 36 & 8 & 22.2\\
Staphylococcus capitis & 16 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 6 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 25 & 4.9 & 23 & 18 & 78.3\\
Staphylococcus hominis & 34 & 6.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 111 & 21.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 3 & 0.6 & 3 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 10 & 2.0 & 7 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 34 & 6.7 & 30 & 1 & 3.3\\
Enterococco faecium & 27 & 5.3 & 22 & 11 & 50\\
Enterococco altra specie & 2 & 0.4 & 2 & 1 & 50\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{319} & \textbf{62.9} & \textbf{123} & \textbf{39} & \textbf{31.7}\\
Klebsiella pneumoniae & 49 & 9.7 & 38 & 8 & 21.1\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 21 & 4.1 & 14 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 28 & 5.5 & 23 & 2 & 8.7\\
Altro enterobacterales & 10 & 2.0 & 7 & 0 & 0\\
Serratia & 21 & 4.1 & 14 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 22 & 4.3 & 18 & 4 & 22.2\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.2 & 1 & 1 & 100\\
Escherichia coli & 28 & 5.5 & 22 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 0.4 & 2 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 23 & 4.5 & 18 & 16 & 88.9\\
Emofilo & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 5 & 1.0 & 5 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{215} & \textbf{42.4} & \textbf{162} & \textbf{31} & \textbf{19.1}\\
\addlinespace
Candida albicans & 21 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 11 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 20 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 5 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{64} & \textbf{12.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Clostridium difficile, Clostridium altra specie, Pyogens, Clamidia, Legionella, Candida auris, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza A, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte2-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 25 & 23 & 5 & 18 & 78.26 & 2\\
Enterococco & 63 & 54 & 41 & 13 & 24.07 & 9\\
Escpm & 24 & 16 & 16 & 0 & 0.00 & 8\\
Klebsiella & 70 & 52 & 44 & 8 & 15.38 & 18\\
Pseudomonas & 23 & 19 & 14 & 5 & 26.32 & 4\\
\addlinespace
Streptococco & 10 & 7 & 7 & 0 & 0.00 & 3\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 37 & Ertapenem & 7 & 18.92\\
Klebsiella pneumoniae & 38 & Meropenem & 8 & 21.05\\
Enterobacter spp & 23 & Ertapenem & 2 & 8.70\\
Enterobacter spp & 23 & Meropenem & 1 & 4.35\\
Acinetobacter & 18 & Imipenem & 13 & 72.22\\
\addlinespace
Acinetobacter & 18 & Meropenem & 16 & 88.89\\
Pseudomonas aeruginosa & 18 & Imipenem & 4 & 22.22\\
Pseudomonas aeruginosa & 18 & Meropenem & 3 & 16.67\\
Pseudomonas altra specie & 1 & Meropenem & 1 & 100.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 23 & Meticillina & 18 & 78.26\\
\addlinespace
Staphylococcus aureus & 36 & Meticillina & 8 & 22.22\\
Enterococco faecalis & 30 & Vancomicina & 1 & 3.33\\
Enterococco faecium & 22 & Vancomicina & 11 & 50.00\\
Enterococco altra specie & 2 & Vancomicina & 1 & 50.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 8 & 7.27\\
No & 23 & 20.91\\
Non testato & 79 & 71.82\\
Missing & 75 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 27 & 82\\
kpc & 7 & 87.5 & 23 & 81\\
ndm & 0 & 0.0 & 27 & 82\\
oxa & 1 & 12.5 & 27 & 81\\
vim & 0 & 0.0 & 27 & 82\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattDeg-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-origine-sconosciuta-in-degenza-n-282}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia (origine sconosciuta) in degenza (N = 282)}}{Pazienti con batteriemia (origine sconosciuta) in degenza (N = 282)}}\label{pazienti-con-batteriemia-origine-sconosciuta-in-degenza-n-282}}

\hypertarget{infezioni-multisito-3}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-3}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InfezMultisitoBO-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 126 & 44.7\\
Sì & 156 & 55.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}{%
\subsection{Incidenza di batteriemia ( origine sconosciuta )}\label{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza BO 

 (Paz. con BO in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza BO 

 (Paz. con BO/paz.degenti per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 2.3 & 1.6 \%\\
CI ( 95\% ) & 2.0 - 2.5 & 1.4 - 1.8\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza di batteriemia di origine sconosciuta,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO}}
{\text{ Giornate di degenza pre-batteriemia}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-batteriemia} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
della batteriemia o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa batteriemia
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza della batteriemia
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO }}
{\text{ ( Numero pazienti ricoverati )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano batteriemia di origine sconosciuta?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

Il tasso sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-6}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-6}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaTIBO-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 202 & 71.9\\
Deceduti & 79 & 28.1\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-6}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-6}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaOSPBO-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 177 & 65.3\\
Deceduti & 94 & 34.7\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 272 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 10 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-6}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-6}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaTIBO-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 26.8 (20.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 21 (12-37)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-6}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-6}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaOspBO-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 43.5 (31.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 37 (21-60)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 272 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 10 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 35 & 12.4 & 27 & 6 & 22.2\\
Staphylococcus capitis & 9 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 4 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 14 & 5.0 & 13 & 9 & 69.2\\
Staphylococcus hominis & 27 & 9.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 54 & 19.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 3 & 1.1 & 3 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 8 & 2.8 & 5 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 22 & 7.8 & 19 & 1 & 5.3\\
Enterococco faecium & 17 & 6.0 & 16 & 7 & 43.8\\
Enterococco altra specie & 2 & 0.7 & 2 & 1 & 50\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{197} & \textbf{69.9} & \textbf{85} & \textbf{24} & \textbf{28.2}\\
Klebsiella pneumoniae & 24 & 8.5 & 16 & 3 & 18.8\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 6 & 2.1 & 4 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 15 & 5.3 & 12 & 2 & 16.7\\
Altro enterobacterales & 6 & 2.1 & 4 & 0 & 0\\
Serratia & 10 & 3.5 & 8 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 10 & 3.5 & 9 & 2 & 22.2\\
\addlinespace
Escherichia coli & 17 & 6.0 & 13 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 0.7 & 2 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 9 & 3.2 & 6 & 6 & 100\\
Emofilo & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{102} & \textbf{36.2} & \textbf{74} & \textbf{13} & \textbf{17.6}\\
Candida albicans & 13 & 4.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 6 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 9 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{36} & \textbf{12.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 35 & 12.4 & 27 & 6 & 22.2\\
Staphylococcus capitis & 9 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 4 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 14 & 5.0 & 13 & 9 & 69.2\\
Staphylococcus hominis & 27 & 9.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 54 & 19.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 3 & 1.1 & 3 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 8 & 2.8 & 5 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 22 & 7.8 & 19 & 1 & 5.3\\
Enterococco faecium & 17 & 6.0 & 16 & 7 & 43.8\\
Enterococco altra specie & 2 & 0.7 & 2 & 1 & 50\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{197} & \textbf{69.9} & \textbf{85} & \textbf{24} & \textbf{28.2}\\
Klebsiella pneumoniae & 24 & 8.5 & 16 & 3 & 18.8\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 6 & 2.1 & 4 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 15 & 5.3 & 12 & 2 & 16.7\\
Altro enterobacterales & 6 & 2.1 & 4 & 0 & 0\\
Serratia & 10 & 3.5 & 8 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 10 & 3.5 & 9 & 2 & 22.2\\
\addlinespace
Escherichia coli & 17 & 6.0 & 13 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 0.7 & 2 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 9 & 3.2 & 6 & 6 & 100\\
Emofilo & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{102} & \textbf{36.2} & \textbf{74} & \textbf{13} & \textbf{17.6}\\
Candida albicans & 13 & 4.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 6 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 9 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{36} & \textbf{12.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Clostridium difficile, Clostridium altra specie, Pyogens, Clamidia, Citrobacter, Legionella, Morganella, Pseudomonas altra specie, Providencia, Candida auris, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza A, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 15 & Ertapenem & 2 & 13.33\\
Klebsiella pneumoniae & 16 & Meropenem & 3 & 18.75\\
Enterobacter spp & 12 & Ertapenem & 2 & 16.67\\
Enterobacter spp & 12 & Meropenem & 1 & 8.33\\
Acinetobacter & 6 & Imipenem & 6 & 100.00\\
\addlinespace
Acinetobacter & 6 & Meropenem & 6 & 100.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 9 & Imipenem & 2 & 22.22\\
Pseudomonas aeruginosa & 9 & Meropenem & 2 & 22.22\\
Staphylococcus haemolyticus & 13 & Meticillina & 9 & 69.23\\
Staphylococcus aureus & 27 & Meticillina & 6 & 22.22\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 19 & Vancomicina & 1 & 5.26\\
Enterococco faecium & 16 & Vancomicina & 7 & 43.75\\
Enterococco altra specie & 2 & Vancomicina & 1 & 50.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 3 & 6.52\\
No & 13 & 28.26\\
Non testato & 30 & 65.22\\
Missing & 43 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 14 & 32\\
kpc & 2 & 66.7 & 13 & 32\\
ndm & 0 & 0.0 & 14 & 32\\
oxa & 1 & 33.3 & 14 & 31\\
vim & 0 & 0.0 & 14 & 32\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattOrigScon-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-226}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza} (N = 226)}{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza (N = 226)}}\label{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-226}}

\hypertarget{infezione-multisito-2}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-2}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfBC-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 81 & 35.8\\
Sì & 145 & 64.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{fattori-di-rischio}{%
\subsection{Fattori di rischio}\label{fattori-di-rischio}}

\hypertarget{cvc-catetere-venoso-centrale-n-20764}{%
\subsubsection{CVC ( Catetere Venoso Centrale ) ( N = 20764 )}\label{cvc-catetere-venoso-centrale-n-20764}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/CVCInfBC-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Cvc & N & \%\\
\midrule
No & 6247 & 30.2\\
Sì & 14442 & 69.8\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{13851} & \textbf{66.7}\\
Missing & 75 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{durata-giorni}{%
\subsubsection{Durata (giorni)}\label{durata-giorni}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DurataInfBC-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 7.6 (10.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 4 (1-9)\\
Missing & 34\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{duratadegenza-in-ti-1}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti-1}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DurataSuDegInfBC-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 94.3 (14.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 100 (100-100)\\
Missing & 37\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-locale-da-catetere-n-20764}{%
\subsubsection{Infezione locale da catetere ( N = 20764 )}\label{infezione-locale-da-catetere-n-20764}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InfezLocaleBC-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione locale da catetere & N & \%\\
\midrule
No & 20681 & 100.0\\
Sì & 9 & 0.0\\
Missing & 74 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}{%
\subsection{Giorni di CVC pre-batteriemia}\label{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/GiorniCVCBC-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 215\\
Media (DS) & 14.0 (12.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 10 (6-19.5)\\
Missing & 11\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}{%
\subsection{Incidenza di CR-BSI (Catheter-related bloodstream infection)}\label{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/1000 gg. di CVC pre-CR-BSI) * & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/paz. con catetere per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 2.1 & 1.5 \%\\
CI ( 95\% ) & 1.8 - 2.4 & 1.3 - 1.7\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di CR-BSI:

Il primo:

\[ \text{* Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ Giornate con catetere pre-CR-BSI }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate con catetere pre-CR-BSI} è pari alla
somma delle giornate di tutti i pazienti con catetere.
È quindi pari alle giornate con catetere per i pazienti non infetti
e alla differenza tra il giorno di insorgenza della CR-BSI e il primo
giorno di catetere per i pazienti infetti.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ ( Giornate con catetere pre-CR-BSI )/7}} \times 100 \]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura più semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti sottoposti a catetere per 7 giorni in TI, quanti sviluppano CR-BSI?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{rischio-di-contrarre-cr-bsi}{%
\subsection{Rischio di contrarre CR-BSI}\label{rischio-di-contrarre-cr-bsi}}

\begin{col}{0.2\textwidth}

\color{white}{........}

\end{col}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/RischioCRBSI-1} \end{center}

\end{col}

\vspace{-3cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-7}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-7}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaTIBC-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 175 & 77.4\\
Deceduti & 51 & 22.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-7}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-7}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBC-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 147 & 67.4\\
Deceduti & 71 & 32.6\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 220 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 6 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-7}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-7}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBC-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 33.8 (23.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 28.5 (16-44.8)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-7}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-7}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BC-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 48.4 (30.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 42 (27-67)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 220 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 6 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 225 & 100.0\\
Missing & 1 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{226} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{265} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 12 & 5.3 & 9 & 2 & 22.2\\
Staphylococcus capitis & 7 & 3.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 11 & 4.9 & 10 & 9 & 90\\
Staphylococcus hominis & 7 & 3.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 2 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 57 & 25.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 2 & 0.9 & 2 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 12 & 5.3 & 11 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 10 & 4.4 & 6 & 4 & 66.7\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{122} & \textbf{54.2} & \textbf{38} & \textbf{15} & \textbf{39.5}\\
Klebsiella pneumoniae & 25 & 11.1 & 22 & 5 & 22.7\\
Klebsiella altra specie & 15 & 6.7 & 10 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 13 & 5.8 & 11 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 4 & 1.8 & 3 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 11 & 4.9 & 6 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 12 & 5.3 & 9 & 2 & 22.2\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.4 & 1 & 1 & 100\\
Escherichia coli & 11 & 4.9 & 9 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 14 & 6.2 & 12 & 10 & 83.3\\
\addlinespace
Citrobacter & 5 & 2.2 & 5 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{113} & \textbf{50.2} & \textbf{88} & \textbf{18} & \textbf{20.5}\\
Candida albicans & 8 & 3.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 5 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 11 & 4.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 3 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{28} & \textbf{12.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 12 & 5.3 & 9 & 2 & 22.2\\
Staphylococcus capitis & 7 & 3.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 11 & 4.9 & 10 & 9 & 90\\
Staphylococcus hominis & 7 & 3.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 2 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 57 & 25.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 2 & 0.9 & 2 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 12 & 5.3 & 11 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 10 & 4.4 & 6 & 4 & 66.7\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{122} & \textbf{54.2} & \textbf{38} & \textbf{15} & \textbf{39.5}\\
Klebsiella pneumoniae & 25 & 11.1 & 22 & 5 & 22.7\\
Klebsiella altra specie & 15 & 6.7 & 10 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 13 & 5.8 & 11 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 4 & 1.8 & 3 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 11 & 4.9 & 6 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 12 & 5.3 & 9 & 2 & 22.2\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.4 & 1 & 1 & 100\\
Escherichia coli & 11 & 4.9 & 9 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 14 & 6.2 & 12 & 10 & 83.3\\
\addlinespace
Citrobacter & 5 & 2.2 & 5 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{113} & \textbf{50.2} & \textbf{88} & \textbf{18} & \textbf{20.5}\\
Candida albicans & 8 & 3.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 5 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 11 & 4.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 3 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{28} & \textbf{12.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Clostridium difficile, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Streptococcus pneumoniae, Pyogens, Clamidia, Emofilo, Legionella, Altro gram negativo, Proteus, Aspergillo, Candida auris, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza A, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 11 & 10 & 1 & 9 & 90.00 & 1\\
Enterococco & 22 & 17 & 13 & 4 & 23.53 & 5\\
Escpm & 12 & 6 & 6 & 0 & 0.00 & 6\\
Klebsiella & 40 & 32 & 27 & 5 & 15.62 & 8\\
Pseudomonas & 13 & 10 & 7 & 3 & 30.00 & 3\\
\addlinespace
Streptococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 22 & Ertapenem & 5 & 22.73\\
Klebsiella pneumoniae & 22 & Meropenem & 5 & 22.73\\
Acinetobacter & 12 & Imipenem & 7 & 58.33\\
Acinetobacter & 12 & Meropenem & 10 & 83.33\\
Pseudomonas aeruginosa & 9 & Imipenem & 2 & 22.22\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 9 & Meropenem & 1 & 11.11\\
Pseudomonas altra specie & 1 & Meropenem & 1 & 100.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 10 & Meticillina & 9 & 90.00\\
Staphylococcus aureus & 9 & Meticillina & 2 & 22.22\\
Enterococco faecium & 6 & Vancomicina & 4 & 66.67\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 5 & 7.81\\
No & 10 & 15.62\\
Non testato & 49 & 76.56\\
Missing & 32 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 13 & 50\\
kpc & 5 & 100 & 10 & 49\\
ndm & 0 & 0 & 13 & 50\\
oxa & 0 & 0 & 13 & 50\\
vim & 0 & 0 & 13 & 50\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattCat-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-391}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza} (N = 391)}{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza (N = 391)}}\label{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-391}}

\hypertarget{infezioni-associate-top-10}{%
\subsection{Infezioni associate ( top 10 )}\label{infezioni-associate-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/InfezAssociateBS1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 168 & 43\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 66 & 16.9\\
IVU catetere correlata & 49 & 12.5\\
Peritonite post-chirurgica & 19 & 4.9\\
Peritonite secondaria NON chir. & 15 & 3.8\\
\addlinespace
IVU NON catetere correlata & 15 & 3.8\\
Altra infezione fungina & 15 & 3.8\\
Infezione delle alte vie respiratorie & 10 & 2.6\\
Infezione cute/tessuti molli post-chir. & 10 & 2.6\\
Endocardite NON post-chirurgica & 8 & 2\\
\addlinespace
Missing & 16 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-8}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-8}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaTIBS-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 257 & 65.7\\
Deceduti & 134 & 34.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-8}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-8}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBS-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 222 & 59.7\\
Deceduti & 150 & 40.3\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 376 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 15 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-8}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-8}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBS-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 27.9 (21.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 22 (12-40)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-8}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-8}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BS-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 42.9 (33.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 34 (19-57)\\
Missing & 4\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 376 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 15 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 13 & 3.1\\
Sì & 412 & 96.9\\
Missing & 0 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{425} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{570} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 70 & 17.0 & 56 & 12 & 21.4\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 3 & 0.7 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus hominis & 5 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 13 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 13 & 3.2 & 10 & 2 & 20\\
Streptococcus altra specie & 4 & 1.0 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 21 & 5.1 & 14 & 1 & 7.1\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 13 & 3.2 & 8 & 5 & 62.5\\
Enterococco altra specie & 3 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{151} & \textbf{36.7} & \textbf{93} & \textbf{21} & \textbf{22.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 67 & 16.3 & 49 & 6 & 12.2\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 19 & 4.6 & 13 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 27 & 6.6 & 23 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 10 & 2.4 & 8 & 0 & 0\\
Serratia & 17 & 4.1 & 15 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 63 & 15.3 & 52 & 12 & 23.1\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.2 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 66 & 16.0 & 49 & 2 & 4.1\\
Proteus & 7 & 1.7 & 6 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 34 & 8.3 & 29 & 24 & 82.8\\
Emofilo & 5 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 3 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
Morganella & 6 & 1.5 & 5 & 0 & 0\\
Providencia & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 4 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{331} & \textbf{80.3} & \textbf{251} & \textbf{44} & \textbf{17.5}\\
\addlinespace
Candida albicans & 28 & 6.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 5 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 14 & 3.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 5 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 3 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{61} & \textbf{14.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 11 & 2.7 &  &  & \\
\addlinespace
Herpes simplex & 2 & 0.5 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{13} & \textbf{3.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 70 & 17.0 & 56 & 12 & 21.4\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 3 & 0.7 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus hominis & 5 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 13 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 13 & 3.2 & 10 & 2 & 20\\
Streptococcus altra specie & 4 & 1.0 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 21 & 5.1 & 14 & 1 & 7.1\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 13 & 3.2 & 8 & 5 & 62.5\\
Enterococco altra specie & 3 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{151} & \textbf{36.7} & \textbf{93} & \textbf{21} & \textbf{22.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 67 & 16.3 & 49 & 6 & 12.2\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 19 & 4.6 & 13 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 27 & 6.6 & 23 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 10 & 2.4 & 8 & 0 & 0\\
Serratia & 17 & 4.1 & 15 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 63 & 15.3 & 52 & 12 & 23.1\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.2 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 66 & 16.0 & 49 & 2 & 4.1\\
Proteus & 7 & 1.7 & 6 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 34 & 8.3 & 29 & 24 & 82.8\\
Emofilo & 5 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 3 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
Morganella & 6 & 1.5 & 5 & 0 & 0\\
Providencia & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 4 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{331} & \textbf{80.3} & \textbf{251} & \textbf{44} & \textbf{17.5}\\
\addlinespace
Candida albicans & 28 & 6.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 5 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 14 & 3.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 5 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 3 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{61} & \textbf{14.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 11 & 2.7 &  &  & \\
\addlinespace
Herpes simplex & 2 & 0.5 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{13} & \textbf{3.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Clostridium altra specie, Staphylococcus CoNS altra specie, Pyogens, Clamidia, Legionella, Candida auris, Pneumocistie Jirovecii, Candida specie non determinata, Influenza A, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 3 & 1 & 0 & 1 & 100.00 & 2\\
Enterococco & 37 & 23 & 17 & 6 & 26.09 & 14\\
Escpm & 30 & 26 & 26 & 0 & 0.00 & 4\\
Klebsiella & 86 & 62 & 56 & 6 & 9.68 & 24\\
Pseudomonas & 64 & 53 & 41 & 12 & 22.64 & 11\\
\addlinespace
Streptococco & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 49 & Ertapenem & 5 & 10.20\\
Klebsiella pneumoniae & 49 & Meropenem & 5 & 10.20\\
Escherichia coli & 49 & Ertapenem & 2 & 4.08\\
Escherichia coli & 49 & Meropenem & 2 & 4.08\\
Acinetobacter & 28 & Imipenem & 14 & 50.00\\
\addlinespace
Acinetobacter & 29 & Meropenem & 24 & 82.76\\
Pseudomonas aeruginosa & 52 & Imipenem & 12 & 23.08\\
Pseudomonas aeruginosa & 50 & Meropenem & 8 & 16.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 56 & Meticillina & 12 & 21.43\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 10 & Penicillina & 2 & 20.00\\
Enterococco faecalis & 14 & Vancomicina & 1 & 7.14\\
Enterococco faecium & 8 & Vancomicina & 5 & 62.50\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 7 & 5.83\\
No & 17 & 14.17\\
Non testato & 96 & 80\\
Missing & 104 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 9.1 & 21 & 97\\
kpc & 6 & 54.5 & 18 & 96\\
ndm & 2 & 18.2 & 20 & 97\\
oxa & 1 & 9.1 & 21 & 97\\
vim & 1 & 9.1 & 21 & 97\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattSec-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-69}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza (N = 69)}}{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza (N = 69)}}\label{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-69}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 3 & 4.3 & 2 & 1 & 50\\
Staphylococcus capitis & 2 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 6 & 8.7 & 5 & 3 & 60\\
Staphylococcus hominis & 9 & 13.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 21 & 30.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 2 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 4 & 5.8 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 2 & 2.9 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 1 & 1.4 & 1 & 1 & 100\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{52} & \textbf{75.4} & \textbf{12} & \textbf{5} & \textbf{41.7}\\
Klebsiella pneumoniae & 5 & 7.2 & 5 & 0 & 0\\
Klebsiella altra specie & 3 & 4.3 & 2 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 3 & 4.3 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 1 & 1.4 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 3 & 4.3 & 3 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 2 & 2.9 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 2 & 2.9 & 2 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 5 & 7.2 & 3 & 3 & 100\\
\addlinespace
Citrobacter & 1 & 1.4 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{25} & \textbf{36.2} & \textbf{21} & \textbf{3} & \textbf{14.3}\\
Candida albicans & 2 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 2 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 5 & 7.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{11} & \textbf{15.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 3 & 4.3 & 2 & 1 & 50\\
Staphylococcus capitis & 2 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 6 & 8.7 & 5 & 3 & 60\\
Staphylococcus hominis & 9 & 13.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 21 & 30.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 2 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 4 & 5.8 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 2 & 2.9 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 1 & 1.4 & 1 & 1 & 100\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{52} & \textbf{75.4} & \textbf{12} & \textbf{5} & \textbf{41.7}\\
Klebsiella pneumoniae & 5 & 7.2 & 5 & 0 & 0\\
Klebsiella altra specie & 3 & 4.3 & 2 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 3 & 4.3 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 1 & 1.4 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 3 & 4.3 & 3 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 2 & 2.9 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 2 & 2.9 & 2 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 5 & 7.2 & 3 & 3 & 100\\
\addlinespace
Citrobacter & 1 & 1.4 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{25} & \textbf{36.2} & \textbf{21} & \textbf{3} & \textbf{14.3}\\
Candida albicans & 2 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 2 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 5 & 7.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{11} & \textbf{15.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Clostridium difficile, Clostridium altra specie, Streptococcus pneumoniae, Pyogens, Clamidia, Emofilo, Legionella, Morganella, Altro gram negativo, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Aspergillo, Candida auris, Candida krusei, Candida altra specie, Pneumocistie Jirovecii, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza A, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 6 & 5 & 2 & 3 & 60 & 1\\
Enterococco & 7 & 5 & 4 & 1 & 20 & 2\\
Escpm & 3 & 3 & 3 & 0 & 0 & 0\\
Klebsiella & 8 & 7 & 7 & 0 & 0 & 1\\
Pseudomonas & 2 & 2 & 2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococco & 2 & 0 & 0 & 0 & NaN & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Acinetobacter & 3 & Imipenem & 1 & 33.33\\
Acinetobacter & 3 & Meropenem & 3 & 100.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 5 & Meticillina & 3 & 60.00\\
Staphylococcus aureus & 2 & Meticillina & 1 & 50.00\\
Enterococco altra specie & 1 & Vancomicina & 1 & 100.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 0 & 0\\
Non testato & 0 & 0\\
Missing & 19 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{pazienti-con-infezioni-delle-vie-urinarie-ivu-catetere-correlate-n-312}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con infezioni delle vie urinarie (IVU) catetere correlate} (N = 312)}{Pazienti con infezioni delle vie urinarie (IVU) catetere correlate (N = 312)}}\label{pazienti-con-infezioni-delle-vie-urinarie-ivu-catetere-correlate-n-312}}

\hypertarget{catetere-urinario-n-20764}{%
\subsection{Catetere urinario ( N = 20764 )}\label{catetere-urinario-n-20764}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/catUrin-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Catetere urinario & N & \%\\
\midrule
No & 710 & 3.4\\
Sì & 19979 & 96.6\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{19913} & \textbf{95.9}\\
Missing & 75 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-delle-vie-urinarie-catetere-correlata}{%
\subsection{Infezione delle vie urinarie catetere correlata}\label{infezione-delle-vie-urinarie-catetere-correlata}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/IVU-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
IVU catetere correlata & N & \%\\
\midrule
No & 20348 & 98.5\\
Sì & 312 & 1.5\\
Missing & 104 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{durata-catetere-urinario-giorni}{%
\subsubsection{Durata catetere urinario ( giorni )}\label{durata-catetere-urinario-giorni}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DurataCatvesc-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 6.5 (10.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 3 (1-7)\\
Missing & 46\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{durata-catetere-urinariodegenza-in-ti}{%
\subsubsection{Durata catetere urinario/degenza in TI ( \% )}\label{durata-catetere-urinariodegenza-in-ti}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DurataSuDegCatVesc-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 96.8 (10.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 100 (100-100)\\
Missing & 48\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{giorni-di-catetere-urinario-pre-ivu}{%
\subsection{Giorni di catetere urinario pre-IVU}\label{giorni-di-catetere-urinario-pre-ivu}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/GiorniCatUrinpreIVU-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 312\\
Media (DS) & 14.5 (15.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 10 (4-20)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{incidenza-ivu-catetere-correlata}{%
\subsection{Incidenza IVU catetere correlata}\label{incidenza-ivu-catetere-correlata}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza IVU 

 (Paz. con IVU catetere correlata/1000 gg. di CV pre-IVU) * & Incidenza IVU 

 (Paz. con IVU catetere correlata/paz. con CV per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 2.5 & 1.8 \%\\
CI ( 95\% ) & 2.3 - 2.8 & 1.6 - 2.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di
infezione alle vie urinarie catetere correlate.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza IVU catetere correlata} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con IVU in degenza}}
{\text{ Giornate con catetere urinario pre-IVU }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate con catetere urinario pre-IVU} è pari alla
somma delle giornate di tutti i pazienti ammessi in reparto che hanno avuto
catetere urinario.
È quindi pari alle giornate con catetere urinario per i pazienti non infetti
e alla differenza tra il giorno di insorgenza della IVU e il primo
giorno di catetere urinario per i pazienti infetti.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza IVU catetere correlata} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con IVU in degenza}}
{\text{ ( Giornate con catetere urinario pre-IVU )/7}} \times 100 \]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura più semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti sottoposti a catetere urinario per 7 giorni in TI, quanti sviluppano IVU?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\textbf{Rischio di contrarre IVU catetere correlata in TI}

\begin{col}{0.2\textwidth}

\color{white}{........}

\end{col}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/CurveSopravvIVU-1} \end{center}

\end{col}

\vspace{-3cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-9}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-9}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaTIIVUcat-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 236 & 76.4\\
Deceduti & 73 & 23.6\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-9}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-9}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MortalitaOspIVUcat-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 196 & 69.0\\
Deceduti & 88 & 31.0\\
Missing & 11 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 295 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 17 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-9}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-9}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaTIIVUcat-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 32.1 (25.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 26 (14-42)\\
Missing & 3\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-9}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-9}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/DegenzaOspIVUcat-1} \end{center}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 47.8 (32.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 42 (24-65)\\
Missing & 10\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Statistiche calcolate su 295 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 17 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-con-ivu-catetere-correlata}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti con IVU catetere correlata}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-con-ivu-catetere-correlata}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 312 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{312} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{361} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 2 & 0.6 & 2 & 1 & 50\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 3 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 50 & 16.0 & 43 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 27 & 8.7 & 22 & 7 & 31.8\\
Enterococco altra specie & 1 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{86} & \textbf{27.6} & \textbf{69} & \textbf{8} & \textbf{11.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 33 & 10.6 & 31 & 7 & 22.6\\
Klebsiella altra specie & 8 & 2.6 & 8 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 9 & 2.9 & 8 & 2 & 25\\
Altro enterobacterales & 5 & 1.6 & 4 & 0 & 0\\
Serratia & 1 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 44 & 14.1 & 38 & 7 & 18.4\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.6 & 2 & 1 & 50\\
\addlinespace
Escherichia coli & 86 & 27.6 & 72 & 2 & 2.8\\
Proteus & 14 & 4.5 & 14 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 7 & 2.2 & 4 & 4 & 100\\
Citrobacter & 7 & 2.2 & 6 & 0 & 0\\
Morganella & 6 & 1.9 & 5 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{223} & \textbf{71.5} & \textbf{193} & \textbf{23} & \textbf{11.9}\\
Candida albicans & 27 & 8.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 10 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 7 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{51} & \textbf{16.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiIVUcat-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 2 & 0.6 & 2 & 1 & 50\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 3 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 50 & 16.0 & 43 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 27 & 8.7 & 22 & 7 & 31.8\\
Enterococco altra specie & 1 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{86} & \textbf{27.6} & \textbf{69} & \textbf{8} & \textbf{11.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 33 & 10.6 & 31 & 7 & 22.6\\
Klebsiella altra specie & 8 & 2.6 & 8 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 9 & 2.9 & 8 & 2 & 25\\
Altro enterobacterales & 5 & 1.6 & 4 & 0 & 0\\
Serratia & 1 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 44 & 14.1 & 38 & 7 & 18.4\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.6 & 2 & 1 & 50\\
\addlinespace
Escherichia coli & 86 & 27.6 & 72 & 2 & 2.8\\
Proteus & 14 & 4.5 & 14 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 7 & 2.2 & 4 & 4 & 100\\
Citrobacter & 7 & 2.2 & 6 & 0 & 0\\
Morganella & 6 & 1.9 & 5 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{223} & \textbf{71.5} & \textbf{193} & \textbf{23} & \textbf{11.9}\\
Candida albicans & 27 & 8.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 10 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 7 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{51} & \textbf{16.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 25 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiIVUcat-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Staphylococcus CoNS altra specie, Streptococcus altra specie, Streptococcus pneumoniae, Pyogens, Clamidia, Emofilo, Legionella, Providencia, Aspergillo, Candida auris, Funghi altra specie, Pneumocistie Jirovecii, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza A, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-ivu-catetere-correlata}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con IVU catetere correlata}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-ivu-catetere-correlata}}

\begin{center}\includegraphics{_ReportInfectionlight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppIVUcat-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 1 & 1 & 1 & 0 & 0.00 & 0\\
Enterococco & 78 & 66 & 59 & 7 & 10.61 & 12\\
Escpm & 21 & 20 & 20 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 41 & 39 & 32 & 7 & 17.95 & 2\\
Pseudomonas & 46 & 40 & 32 & 8 & 20.00 & 6\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-ivu-catetere-correlata}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con IVU catetere correlata}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-ivu-catetere-correlata}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 31 & Ertapenem & 7 & 22.58\\
Klebsiella pneumoniae & 31 & Meropenem & 5 & 16.13\\
Enterobacter spp & 7 & Ertapenem & 2 & 28.57\\
Enterobacter spp & 8 & Meropenem & 2 & 25.00\\
Escherichia coli & 71 & Ertapenem & 2 & 2.82\\
\addlinespace
Acinetobacter & 4 & Imipenem & 1 & 25.00\\
Acinetobacter & 4 & Meropenem & 4 & 100.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 38 & Imipenem & 7 & 18.42\\
Pseudomonas aeruginosa & 37 & Meropenem & 3 & 8.11\\
Pseudomonas altra specie & 2 & Imipenem & 1 & 50.00\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 2 & Meropenem & 1 & 50.00\\
Staphylococcus aureus & 2 & Meticillina & 1 & 50.00\\
Enterococco faecium & 22 & Vancomicina & 7 & 31.82\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-ivu-da-catere}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con IVU da catere}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-ivu-da-catere}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
É sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinchè venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 0 & 0\\
Non testato & 0 & 0\\
Missing & 158 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{appendice}{%
\section*{Appendice}\label{appendice}}
\addcontentsline{toc}{section}{Appendice}

\hypertarget{definizione-di-mdr}{%
\subsection*{Definizione di MDR}\label{definizione-di-mdr}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Definizione di MDR}

Per microrganismo MDR intendiamo un microrganismo che presenti almeno una delle resistenze ai relativi antibiotici elencati in tabella:

\begin{longtable}{ll}
\toprule
Microrganismo & Antibiotico\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Klebsiella altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Citrobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Enterobacter spp & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Altro enterobacterales & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Escherichia coli & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Morganella & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Proteus & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Serratia & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Acinetobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Pseudomonas altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Staphylococcus haemolyticus & Meticillina\\
Staphylococcus aureus & Meticillina\\
Streptococcus pneumoniae & Penicillina\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & Penicillina\\
Enterococco faecalis & Vancomicina\\
Enterococco faecium & Vancomicina\\
Enterococco altra specie & Vancomicina\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{raggruppamento-microrganismi}{%
\subsection*{Raggruppamento Microrganismi}\label{raggruppamento-microrganismi}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Raggruppamento Microrganismi}

Il seguente raggruppamento è stato pensato per fornire una visualizzazione delle categorie principali di microrganismi, che sono state così definite:

\begin{itemize}
\tightlist
\item
  \textbf{Cons}: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus capitis, Staphlylococcus lugdunensis
\item
  \textbf{Streptococco}: Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Streptococcus altra specie
\item
  \textbf{Enterococco}: Enterococco faecalis, Enterococco faecium, Enterococco altra specie
\item
  \textbf{Klebsiella}: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella altra specie
\item
  \textbf{Escpm}: Proteus, Serratia, Providencia, Morganella
\item
  \textbf{Pseudomonas}: Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas altra specie
\item
  \textbf{Atipici}: Clamidia, Emofilo, Legionella
\item
  \textbf{Candida}: Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Candida altra specie
\end{itemize}

\end{document}
