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\title{Progetto Sorveglianza Infezioni}
\author{}
\date{\vspace{-2.5em}}

\begin{document}
\maketitle

{
\setcounter{tocdepth}{2}
\tableofcontents
}
\hypertarget{petalo-infectionlight}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{Petalo Infectionlight}}{Petalo Infectionlight}}\label{petalo-infectionlight}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{Petalo Infectionlight}}

Anno 2023

Periodo analizzato 2023-01-01 - 2023-12-31

Popolazione complessiva: 118 TI

TI Nazionale

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}\label{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}}

\begin{figure}[h!]
  \includegraphics{/home/local/MNEGRI/dmagatti/farewellDirac/svn/Results/INFECTIONLIGHT/2023/Nazionale/latex/flowchart.png}
\end{figure}

Per N = 213 pazienti non è presente l'informazione completa relativa allo stato di infezione.\vspace{1.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/piePazienti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Pazienti NON infetti & 21549 & 61.2\\
Pazienti infetti solo in degenza & 1947 & 5.5\\
Pazienti infetti solo all'ammissione & 10297 & 29.3\\
Pazienti infetti all'ammissione e in degenza & 1404 & 4.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale viene calcolata sul totale dei pazienti ammessi con informazione completa rispetto lo stato di infezione (N = 35197).

\newpage

\hypertarget{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/degTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}c>{}c>{}c}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza in TI ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{21549} & \cellcolor{white}{60.9} & \cellcolor{white}{1} & \cellcolor{white}{( 1 - 3 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{10297} & \cellcolor{white}{29.1} & \cellcolor{white}{5} & \cellcolor{white}{( 2 - 9 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{1404} & \cellcolor{white}{4.0} & \cellcolor{white}{20} & \cellcolor{white}{( 11 - 33 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1947} & \cellcolor{white}{5.5} & \cellcolor{white}{17} & \cellcolor{white}{( 10 - 27 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11701} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{33.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 2 - 11 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{3351} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{9.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{18} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 11 - 30 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/degOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccl}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza ospedaliera ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{21549} & \cellcolor{white}{60.9} & \cellcolor{white}{11} & \cellcolor{white}{( 6 - 19 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{10297} & \cellcolor{white}{29.1} & \cellcolor{white}{16} & \cellcolor{white}{( 8 - 29 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{1404} & \cellcolor{white}{4.0} & \cellcolor{white}{34} & \cellcolor{white}{( 20 - 52 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1947} & \cellcolor{white}{5.5} & \cellcolor{white}{30} & \cellcolor{white}{( 17 - 48 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11701} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{33.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{18} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 9 - 32 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{3351} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{9.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{31} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 18 - 50 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 1031)

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalità in TI} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalità & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{21549} & \cellcolor{white}{2616} & \cellcolor{white}{12.1} & \cellcolor{white}{( 11.7 - 12.6 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{10297} & \cellcolor{white}{2434} & \cellcolor{white}{23.7} & \cellcolor{white}{( 22.8 - 24.5 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{1404} & \cellcolor{white}{462} & \cellcolor{white}{33.0} & \cellcolor{white}{( 30.6 - 35.6 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1947} & \cellcolor{white}{402} & \cellcolor{white}{20.7} & \cellcolor{white}{( 18.9 - 22.6 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11701} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2896} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{24.8} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 24 - 25.6 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{3351} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{864} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{25.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 24.4 - 27.4 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalità ospedaliera} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalità & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{21549} & \cellcolor{white}{3561} & \cellcolor{white}{16.9} & \cellcolor{white}{( 16.4 - 17.5 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{10297} & \cellcolor{white}{3126} & \cellcolor{white}{32.0} & \cellcolor{white}{( 31.1 - 32.9 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{1404} & \cellcolor{white}{530} & \cellcolor{white}{40.6} & \cellcolor{white}{( 38 - 43.4 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1947} & \cellcolor{white}{502} & \cellcolor{white}{26.9} & \cellcolor{white}{( 24.9 - 29 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11701} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{3656} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{33.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 32.1 - 33.9 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{3351} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1032} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{32.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 30.9 - 34.2 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 1031)

\newpage

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione}\label{gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3.5cm}ccccccc}
\toprule
Pazienti & N & No sepsi & Sepsi & Shock settico & \% no sepsi & \% sepsi & \% shock settico\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{10297} & \cellcolor{white}{2601} & \cellcolor{white}{4003} & \cellcolor{white}{3687} & \cellcolor{white}{25.3} & \cellcolor{white}{38.9} & \cellcolor{white}{35.8}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{1404} & \cellcolor{white}{220} & \cellcolor{white}{531} & \cellcolor{white}{653} & \cellcolor{white}{15.7} & \cellcolor{white}{37.8} & \cellcolor{white}{46.5}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1947} & \cellcolor{white}{944} & \cellcolor{white}{725} & \cellcolor{white}{274} & \cellcolor{white}{48.6} & \cellcolor{white}{37.3} & \cellcolor{white}{14.1}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11701} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2821} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{4534} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{4340} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{24.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{38.8} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{37.1}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{3351} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1164} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1256} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{927} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{34.8} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{37.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{27.7}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaGravita-1} \end{center}

\newpage

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti senza sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2601} & \cellcolor{white}{286} & \cellcolor{white}{11.0} & \cellcolor{white}{2470} & \cellcolor{white}{447} & \cellcolor{white}{18.1}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{220} & \cellcolor{white}{28} & \cellcolor{white}{12.8} & \cellcolor{white}{204} & \cellcolor{white}{49} & \cellcolor{white}{24.0}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{944} & \cellcolor{white}{126} & \cellcolor{white}{13.4} & \cellcolor{white}{912} & \cellcolor{white}{178} & \cellcolor{white}{19.5}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2821} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{314} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2674} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{496} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{18.5}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1164} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{154} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{13.3} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1116} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{227} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{20.3}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti con sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{4003} & \cellcolor{white}{579} & \cellcolor{white}{14.5} & \cellcolor{white}{3783} & \cellcolor{white}{908} & \cellcolor{white}{24.0}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{531} & \cellcolor{white}{136} & \cellcolor{white}{25.7} & \cellcolor{white}{489} & \cellcolor{white}{159} & \cellcolor{white}{32.5}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{725} & \cellcolor{white}{139} & \cellcolor{white}{19.2} & \cellcolor{white}{690} & \cellcolor{white}{173} & \cellcolor{white}{25.1}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{4534} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{715} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{15.8} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{4272} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1067} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{25.0}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1256} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{275} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{21.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1179} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{332} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{28.2}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti con shock settico} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{3687} & \cellcolor{white}{1566} & \cellcolor{white}{42.6} & \cellcolor{white}{3511} & \cellcolor{white}{1768} & \cellcolor{white}{50.4}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{653} & \cellcolor{white}{298} & \cellcolor{white}{45.8} & \cellcolor{white}{611} & \cellcolor{white}{322} & \cellcolor{white}{52.7}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{274} & \cellcolor{white}{137} & \cellcolor{white}{50.4} & \cellcolor{white}{262} & \cellcolor{white}{151} & \cellcolor{white}{57.6}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{4340} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1864} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{43.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{4122} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2090} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{50.7}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{927} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{435} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{47.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{873} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{473} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{54.2}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}{%
\subsubsection{Mortalità - Pazienti infetti all'ammissione con shock settico - COVID VS NON COVID}\label{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/mortalitaShockSetticoCovid-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcccccc}
\toprule
\multicolumn{1}{c}{ } & \multicolumn{6}{c}{Mortalità} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){2-7}
Pazienti & N pazienti & N morti TI & TI & N pazienti (escluso riamm.) & N morti H & H\\
\midrule
Covid & 114 & 72 & 63.7 & 112 & 75 & 68.2\\
Non covid & 4226 & 1792 & 42.5 & 4045 & 2015 & 50.2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{tutti-i-pazienti-n-35410}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Tutti i pazienti} ( N = 35410 )}{Tutti i pazienti ( N = 35410 )}}\label{tutti-i-pazienti-n-35410}}

\hypertarget{sesso}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/sesso-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 21414 & 60.7\\
Femmina & 13859 & 39.3\\
Missing & 137 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/eta1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 339 & 1.0\\
17-45 & 3849 & 10.9\\
46-65 & 10073 & 28.4\\
66-75 & 9414 & 26.6\\
>75 & 11735 & 33.1\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTI-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 4.2\\
DS & 11.5\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-3\\
Missing & 134\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Provenienza-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 4784 & 13.6\\
Reparto chirurgico & 13823 & 39.3\\
Pronto soccorso & 13582 & 38.6\\
Altra TI & 2082 & 5.9\\
Terapia subintensiva & 882 & 2.5\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 257 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Trauma-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 31050 & 88.1\\
Sì & 4213 & 11.9\\
Missing & 147 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgico-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 18159 & 51.5\\
Chirurgico d'elezione & 8206 & 23.3\\
Chirurgico d'urgenza & 8897 & 25.2\\
Missing & 148 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissione-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 14299 & 40.7\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 20612 & 58.6\\
Sedazione Palliativa & 141 & 0.4\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 116 & 0.3\\
\addlinespace
Missing & 242 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuro-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 24776 & 86.3\\
Coma cerebrale & 2037 & 7.1\\
Coma metabolico & 701 & 2.4\\
Coma postanossico & 1008 & 3.5\\
Coma tossico & 201 & 0.7\\
\addlinespace
Missing & 6687 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Gcs-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 13.0\\
DS & 3.6\\
Mediana & 15\\
Q1-Q3 & 13-15\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsorta-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 34803 & 98.9\\
Coma cerebrale & 247 & 0.7\\
Coma metabolico & 78 & 0.2\\
Coma postanossico & 82 & 0.2\\
Missing & 208 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTI-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 29267 & 83.2\\
Deceduti & 5925 & 16.8\\
Missing & 218 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedaliera-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalità ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 26250 & 77.2\\
Deceduti & 7731 & 22.8\\
Missing & 379 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 34360 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 1050 ).

\newpage

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorni-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 6.2 (9.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 3 (1-7)\\
Missing & 209\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 19.6 (21.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 13 (7-25)\\
Missing & 377\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 34360 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 1050 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-n-13648}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti} ( N = 13648 )}{Pazienti infetti ( N = 13648 )}}\label{pazienti-infetti-n-13648}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Gravita-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 3765 & 27.6\\
Sepsi & 5259 & 38.6\\
Shock settico & 4614 & 33.8\\
Missing & 10 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaInfez-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione non complessa & 11.7 & 18.8\\
Sepsi & 16.3 & 25.0\\
Shock settico & 43.5 & 51.1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-non-infetti-n-21549}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti non infetti} ( N = 21549 )}{Pazienti non infetti ( N = 21549 )}}\label{pazienti-non-infetti-n-21549}}

\hypertarget{sesso-1}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/SessoNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 12910 & 60.1\\
Femmina & 8558 & 39.9\\
Missing & 81 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0-1}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/etaNonNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 237 & 1.1\\
17-45 & 2590 & 12.0\\
46-65 & 5998 & 27.8\\
66-75 & 5502 & 25.5\\
>75 & 7222 & 33.5\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTINonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 3.3\\
DS & 9.9\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-2\\
Missing & 16\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto-1}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaNonInfetti1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}


\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 1987 & 9.3\\
Reparto chirurgico & 10400 & 48.5\\
Pronto soccorso & 7798 & 36.3\\
Altra TI & 900 & 4.2\\
Terapia subintensiva & 380 & 1.8\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 84 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-1}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 18264 & 84.8\\
Sì & 3284 & 15.2\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-1}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 9298 & 43.2\\
Chirurgico d'elezione & 7418 & 34.4\\
Chirurgico d'urgenza & 4832 & 22.4\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-1}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-1}}

\begin{minipage}{0.45\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.55\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 11990 & 55.8\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 9294 & 43.3\\
Sedazione Palliativa & 103 & 0.5\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 97 & 0.5\\
\addlinespace
Missing & 65 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 15427 & 87.2\\
Coma cerebrale & 1203 & 6.8\\
Coma metabolico & 274 & 1.5\\
Coma postanossico & 647 & 3.7\\
Coma tossico & 141 & 0.8\\
\addlinespace
Missing & 3857 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GcsNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 11.3\\
DS & 3.5\\
Mediana & 13\\
Q1-Q3 & 12-13\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 21357 & 99.1\\
Coma cerebrale & 121 & 0.6\\
Coma metabolico & 26 & 0.1\\
Coma postanossico & 52 & 0.2\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-1}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTINonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 18919 & 87.9\\
Deceduti & 2616 & 12.1\\
Missing & 14 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-1}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 17461 & 83.1\\
Deceduti & 3561 & 16.9\\
Missing & 76 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 21098 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 451 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 3.2 (4.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-3)\\
Missing & 11\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-1}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 15.7 (18.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 11 (6-19)\\
Missing & 78\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 21098 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 451 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-infezione-allammissione}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}\label{pazienti-con-infezione-allammissione}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}

Sono presenti 11701 pazienti che contraggono un'infezione all'ammissione,
i quali rappresentano il 33.04\% della popolazione
totale ammessa in TI.

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione & 11701 & 33.04\\
Non infetti all'ammissione & 23709 & 66.96\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 35410).

I pazienti infetti all'ammissione possono presentare peritonite o polmonite:

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfAmmPerPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione 
 (no peritonite, no polmonite) & 7639 & 65.29\\
Peritonite all'ammissione & 2240 & 19.14\\
Polmonite all'ammissione & 3851 & 32.91\\
\bottomrule
\end{longtable}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti infetti all'ammissione (N = 11701).

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-allammissione-n-11701}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti all'ammissione} (N = 11701)}{Pazienti infetti all'ammissione (N = 11701)}}\label{pazienti-infetti-allammissione-n-11701}}

\hypertarget{provenienza-reparto-2}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaInfAmm1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 2536 & 21.8\\
Reparto chirurgico & 3065 & 26.4\\
Pronto soccorso & 4681 & 40.2\\
Altra TI & 906 & 7.8\\
Terapia subintensiva & 443 & 3.8\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 70 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-2}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 11337 & 96.9\\
Sì & 363 & 3.1\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-2}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 7614 & 65.1\\
Chirurgico d'elezione & 623 & 5.3\\
Chirurgico d'urgenza & 3464 & 29.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-2}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-2}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 2070 & 17.7\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 9564 & 81.8\\
Sedazione Palliativa & 37 & 0.3\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 15 & 0.1\\
\addlinespace
Missing & 15 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezioni-allammissione-top-10}{%
\subsection{Infezioni all'ammissione ( top 10 )}\label{infezioni-allammissione-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfAdmTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 3851 & 32.9\\
Peritonite secondaria NON chir. & 1136 & 9.7\\
IVU NON catetere correlata & 857 & 7.3\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 723 & 6.2\\
Peritonite post-chirurgica & 652 & 5.6\\
\addlinespace
Batteriemia primaria sconosciuta & 621 & 5.3\\
Positivit al COVID & 607 & 5.2\\
Colecistite/colangite & 572 & 4.9\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 541 & 4.6\\
Sepsi clinica & 446 & 3.8\\
\addlinespace
Missing & 0 & NA\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 10230 & 87.4\\
Sì & 1471 & 12.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità massima raggiunta in degenza dell'infezione all'ammissione}\label{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaInfAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione all'ammissione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 2821 & 24.1\\
Sepsi & 4534 & 38.8\\
Shock settico & 4340 & 37.1\\
Missing & 6 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 4159 & 34.9\\
Sì & 7742 & 65.1\\
Missing & 51 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{11952} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{10107} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 906 & 11.7 & 679 & 166 & 24.4\\
Staphylococcus capitis & 42 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 66 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 63 & 0.8 & 47 & 33 & 70.2\\
Staphylococcus hominis & 102 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 15 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 205 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 136 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 65 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 522 & 6.7 & 344 & 18 & 5.2\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 245 & 3.2 & 176 & 13 & 7.4\\
Enterococco faecalis & 423 & 5.5 & 310 & 19 & 6.1\\
Enterococco faecium & 365 & 4.7 & 278 & 93 & 33.5\\
Enterococco altra specie & 68 & 0.9 & 37 & 7 & 18.9\\
Clostridium difficile & 69 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 37 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{3329} & \textbf{43.0} & \textbf{1871} & \textbf{349} & \textbf{18.7}\\
Klebsiella pneumoniae & 876 & 11.3 & 621 & 143 & 23\\
Klebsiella altra specie & 229 & 3.0 & 163 & 9 & 5.5\\
Enterobacter spp & 272 & 3.5 & 185 & 10 & 5.4\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 120 & 1.5 & 65 & 4 & 6.2\\
Serratia & 143 & 1.8 & 99 & 3 & 3\\
Pseudomonas aeruginosa & 627 & 8.1 & 426 & 108 & 25.4\\
Pseudomonas altra specie & 16 & 0.2 & 10 & 3 & 30\\
Escherichia coli & 1732 & 22.4 & 1258 & 21 & 1.7\\
\addlinespace
Proteus & 263 & 3.4 & 186 & 9 & 4.8\\
Acinetobacter & 126 & 1.6 & 82 & 56 & 68.3\\
Emofilo & 289 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 151 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 80 & 1.0 & 62 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 66 & 0.9 & 52 & 1 & 1.9\\
Providencia & 15 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 15 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 142 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{5162} & \textbf{66.7} & \textbf{3209} & \textbf{367} & \textbf{11.4}\\
\addlinespace
Candida albicans & 352 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 130 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 29 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 44 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 43 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 10 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 22 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 81 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 35 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 115 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{862} & \textbf{11.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 119 & 1.5 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 5 & 0.1 &  &  & \\
Influenza altro A & 6 & 0.1 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza B & 14 & 0.2 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 10 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 42 & 0.5 &  &  & \\
Herpes simplex & 38 & 0.5 &  &  & \\
Altro Virus & 162 & 2.1 &  &  & \\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{396} & \textbf{5.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 22 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 32 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 10 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{64} & \textbf{0.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 611 & Ertapenem & 99 & 16.20\\
Klebsiella pneumoniae & 620 & Meropenem & 124 & 20.00\\
Klebsiella altra specie & 160 & Ertapenem & 8 & 5.00\\
Klebsiella altra specie & 163 & Meropenem & 5 & 3.07\\
Enterobacter spp & 177 & Ertapenem & 10 & 5.65\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 185 & Meropenem & 1 & 0.54\\
Altro enterobacterales & 64 & Ertapenem & 4 & 6.25\\
Escherichia coli & 1236 & Ertapenem & 18 & 1.46\\
Escherichia coli & 1256 & Meropenem & 11 & 0.88\\
Morganella & 51 & Ertapenem & 1 & 1.96\\
\addlinespace
Morganella & 52 & Meropenem & 1 & 1.92\\
Proteus & 184 & Ertapenem & 7 & 3.80\\
Proteus & 185 & Meropenem & 5 & 2.70\\
Serratia & 97 & Ertapenem & 3 & 3.09\\
Acinetobacter & 81 & Imipenem & 47 & 58.02\\
\addlinespace
Acinetobacter & 82 & Meropenem & 56 & 68.29\\
Pseudomonas aeruginosa & 413 & Imipenem & 95 & 23.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 424 & Meropenem & 65 & 15.33\\
Pseudomonas altra specie & 10 & Imipenem & 3 & 30.00\\
Pseudomonas altra specie & 10 & Meropenem & 3 & 30.00\\
\addlinespace
Staphylococcus haemolyticus & 47 & Meticillina & 33 & 70.21\\
Staphylococcus aureus & 679 & Meticillina & 166 & 24.45\\
Streptococcus pneumoniae & 344 & Penicillina & 18 & 5.23\\
Streptococcus altra specie & 176 & Penicillina & 13 & 7.39\\
Enterococco faecalis & 310 & Vancomicina & 19 & 6.13\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 278 & Vancomicina & 93 & 33.45\\
Enterococco altra specie & 37 & Vancomicina & 7 & 18.92\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 104 & 5.41\\
No & 509 & 26.5\\
Non testato & 1308 & 68.09\\
Missing & 1875 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 5 & 3.9 & 586 & 1312\\
kpc & 63 & 49.6 & 549 & 1301\\
ndm & 32 & 25.2 & 565 & 1311\\
oxa & 14 & 11.0 & 579 & 1311\\
vim & 13 & 10.2 & 580 & 1312\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmm-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-2240}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con peritonite all'ammissione} (N = 2240)}{Pazienti con peritonite all'ammissione (N = 2240)}}\label{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-2240}}

\hypertarget{tipologia-di-peritonite}{%
\subsection{Tipologia di peritonite}\label{tipologia-di-peritonite}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipologiaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Peritonite primaria & 388 & 17.3\\
Peritonite secondaria NON chir. & 1136 & 50.7\\
Peritonite terziaria & 64 & 2.9\\
Peritonite post-chirurgica & 652 & 29.1\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipo-di-infezione}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipoInfPeritoniteAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 1491 & 66.7\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 729 & 32.6\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 16 & 0.7\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-batteriemica}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPeritoniteAmm2-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 1884 & 84.3\\
Sì & 351 & 15.7\\
Missing & 5 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-multisito}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Multisito & N & \%\\
\midrule
No & 1980 & 88.4\\
Sì & 260 & 11.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 219 & 11.1\\
Sepsi & 658 & 33.2\\
Shock settico & 1103 & 55.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 1980 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 260 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-2}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1620 & 72.4\\
Deceduti & 617 & 27.6\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-2}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1246 & 60.8\\
Deceduti & 803 & 39.2\\
Missing & 14 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 2063 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 177 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 7.7 (10.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 4 (2-9)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-2}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 25.3 (23.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 18 (10-34)\\
Missing & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 2063 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 177 ).

\newpage

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 1303 & 58.3\\
Sì & 931 & 41.7\\
Missing & 6 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{2240} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{1561} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 20 & 2.1 & 12 & 3 & 25\\
Staphylococcus capitis & 3 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 9 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 13 & 1.4 & 8 & 6 & 75\\
Staphylococcus hominis & 17 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 15 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 3 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 0.1 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 57 & 6.1 & 43 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 116 & 12.5 & 90 & 7 & 7.8\\
Enterococco faecium & 179 & 19.2 & 142 & 46 & 32.4\\
Enterococco altra specie & 24 & 2.6 & 17 & 5 & 29.4\\
Clostridium difficile & 6 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 11 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{477} & \textbf{51.2} & \textbf{313} & \textbf{67} & \textbf{21.4}\\
Klebsiella pneumoniae & 151 & 16.2 & 106 & 12 & 11.3\\
Klebsiella altra specie & 47 & 5.0 & 33 & 3 & 9.1\\
Enterobacter spp & 61 & 6.6 & 37 & 3 & 8.1\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 29 & 3.1 & 17 & 3 & 17.6\\
Serratia & 8 & 0.9 & 5 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 75 & 8.1 & 53 & 15 & 28.3\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.2 & 2 & 1 & 50\\
Escherichia coli & 405 & 43.5 & 286 & 3 & 1\\
\addlinespace
Proteus & 32 & 3.4 & 25 & 1 & 4\\
Acinetobacter & 10 & 1.1 & 9 & 7 & 77.8\\
Emofilo & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 12 & 1.3 & 10 & 0 & 0\\
Morganella & 22 & 2.4 & 18 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 33 & 3.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{889} & \textbf{95.5} & \textbf{601} & \textbf{48} & \textbf{8}\\
Candida albicans & 92 & 9.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 52 & 5.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 11 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 6 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 9 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 14 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{188} & \textbf{20.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Altro Virus & 2 & 0.2 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{2} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 106 & Ertapenem & 7 & 6.60\\
Klebsiella pneumoniae & 106 & Meropenem & 11 & 10.38\\
Klebsiella altra specie & 32 & Ertapenem & 3 & 9.38\\
Klebsiella altra specie & 33 & Meropenem & 1 & 3.03\\
Enterobacter spp & 36 & Ertapenem & 3 & 8.33\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 37 & Meropenem & 1 & 2.70\\
Altro enterobacterales & 17 & Ertapenem & 3 & 17.65\\
Escherichia coli & 281 & Ertapenem & 3 & 1.07\\
Escherichia coli & 285 & Meropenem & 2 & 0.70\\
Proteus & 25 & Meropenem & 1 & 4.00\\
\addlinespace
Acinetobacter & 9 & Imipenem & 7 & 77.78\\
Acinetobacter & 9 & Meropenem & 7 & 77.78\\
Pseudomonas aeruginosa & 52 & Imipenem & 15 & 28.85\\
Pseudomonas aeruginosa & 52 & Meropenem & 5 & 9.62\\
Pseudomonas altra specie & 2 & Imipenem & 1 & 50.00\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 2 & Meropenem & 1 & 50.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 8 & Meticillina & 6 & 75.00\\
Staphylococcus aureus & 12 & Meticillina & 3 & 25.00\\
Enterococco faecalis & 90 & Vancomicina & 7 & 7.78\\
Enterococco faecium & 142 & Vancomicina & 46 & 32.39\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 17 & Vancomicina & 5 & 29.41\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 6 & 2.02\\
No & 64 & 21.55\\
Non testato & 227 & 76.43\\
Missing & 342 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 67 & 227\\
kpc & 2 & 33.3 & 68 & 226\\
ndm & 3 & 50.0 & 65 & 226\\
oxa & 1 & 16.7 & 66 & 227\\
vim & 0 & 0.0 & 68 & 227\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPeritAMM-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-3851}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite all'ammissione} (N = 3851)}{Pazienti con polmonite all'ammissione (N = 3851)}}\label{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-3851}}

\hypertarget{trauma-3}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 3735 & 97.0\\
Sì & 116 & 3.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-3}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 3478 & 90.3\\
Chirurgico d'elezione & 97 & 2.5\\
Chirurgico d'urgenza & 276 & 7.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipo-di-infezione-1}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipoInfPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 2869 & 74.8\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 788 & 20.5\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 181 & 4.7\\
Missing & 13 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezione-batteriemica-1}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmAmm1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 3254 & 84.8\\
Sì & 582 & 15.2\\
Missing & 15 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezioni-multisito-1}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 2934 & 76.2\\
Sì & 917 & 23.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 788 & 26.9\\
Sepsi & 1399 & 47.7\\
Shock settico & 747 & 25.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su
2934 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 917 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-3}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 2728 & 70.9\\
Deceduti & 1117 & 29.1\\
Missing & 6 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-3}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 2310 & 63.2\\
Deceduti & 1344 & 36.8\\
Missing & 39 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 3693 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 158 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-3}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 11.9 (13.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 8 (3-15)\\
Missing & 6\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-3}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 24.5 (23.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 18 (9-32)\\
Missing & 39\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 3693 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 158 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmoniti}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 1399 & 36.5\\
Sì & 2437 & 63.5\\
Missing & 15 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{3851} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{3201} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 350 & 14.4 & 261 & 74 & 28.4\\
Staphylococcus capitis & 3 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 11 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 8 & 0.3 & 8 & 8 & 100\\
Staphylococcus hominis & 11 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 4 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 24 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 30 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 23 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 381 & 15.6 & 245 & 11 & 4.5\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 18 & 0.7 & 12 & 1 & 8.3\\
Enterococco faecalis & 33 & 1.4 & 19 & 3 & 15.8\\
Enterococco faecium & 27 & 1.1 & 17 & 8 & 47.1\\
Enterococco altra specie & 9 & 0.4 & 4 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{934} & \textbf{38.3} & \textbf{566} & \textbf{105} & \textbf{18.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 226 & 9.3 & 160 & 34 & 21.2\\
Klebsiella altra specie & 78 & 3.2 & 55 & 4 & 7.3\\
Enterobacter spp & 80 & 3.3 & 54 & 3 & 5.6\\
Altro enterobacterales & 26 & 1.1 & 18 & 1 & 5.6\\
\addlinespace
Serratia & 57 & 2.3 & 38 & 2 & 5.3\\
Pseudomonas aeruginosa & 270 & 11.1 & 173 & 43 & 24.9\\
Pseudomonas altra specie & 7 & 0.3 & 6 & 2 & 33.3\\
Escherichia coli & 226 & 9.3 & 172 & 2 & 1.2\\
Proteus & 32 & 1.3 & 24 & 1 & 4.2\\
\addlinespace
Acinetobacter & 55 & 2.3 & 33 & 22 & 66.7\\
Emofilo & 203 & 8.3 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 148 & 6.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 16 & 0.7 & 11 & 0 & 0\\
Morganella & 12 & 0.5 & 8 & 0 & 0\\
\addlinespace
Providencia & 3 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 15 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 27 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1481} & \textbf{60.8} & \textbf{752} & \textbf{114} & \textbf{15.2}\\
Candida albicans & 77 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 32 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 7 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 7 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 12 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 7 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 64 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 32 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 20 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{258} & \textbf{10.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 102 & 4.2 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza AH3N2 & 4 & 0.2 &  &  & \\
Influenza altro A & 5 & 0.2 &  &  & \\
Influenza B & 12 & 0.5 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 7 & 0.3 &  &  & \\
Citomegalovirus & 19 & 0.8 &  &  & \\
\addlinespace
Herpes simplex & 6 & 0.2 &  &  & \\
Altro Virus & 87 & 3.6 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{242} & \textbf{9.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 19 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 22 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Mycobacterium altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{43} & \textbf{1.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 157 & Ertapenem & 24 & 15.29\\
Klebsiella pneumoniae & 160 & Meropenem & 29 & 18.12\\
Klebsiella altra specie & 55 & Ertapenem & 3 & 5.45\\
Klebsiella altra specie & 55 & Meropenem & 3 & 5.45\\
Enterobacter spp & 51 & Ertapenem & 3 & 5.88\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 18 & Ertapenem & 1 & 5.56\\
Escherichia coli & 170 & Ertapenem & 1 & 0.59\\
Escherichia coli & 172 & Meropenem & 1 & 0.58\\
Proteus & 23 & Ertapenem & 1 & 4.35\\
Proteus & 24 & Meropenem & 1 & 4.17\\
\addlinespace
Serratia & 38 & Ertapenem & 2 & 5.26\\
Acinetobacter & 32 & Imipenem & 16 & 50.00\\
Acinetobacter & 33 & Meropenem & 22 & 66.67\\
Pseudomonas aeruginosa & 167 & Imipenem & 36 & 21.56\\
Pseudomonas aeruginosa & 173 & Meropenem & 28 & 16.18\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 6 & Imipenem & 2 & 33.33\\
Pseudomonas altra specie & 6 & Meropenem & 2 & 33.33\\
Staphylococcus haemolyticus & 8 & Meticillina & 8 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 261 & Meticillina & 74 & 28.35\\
Streptococcus pneumoniae & 245 & Penicillina & 11 & 4.49\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 12 & Penicillina & 1 & 8.33\\
Enterococco faecalis & 19 & Vancomicina & 3 & 15.79\\
Enterococco faecium & 17 & Vancomicina & 8 & 47.06\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 34 & 8.35\\
No & 106 & 26.04\\
Non testato & 267 & 65.6\\
Missing & 349 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 2 & 4.7 & 133 & 268\\
kpc & 20 & 46.5 & 121 & 265\\
ndm & 11 & 25.6 & 126 & 267\\
oxa & 6 & 14.0 & 130 & 267\\
vim & 4 & 9.3 & 130 & 268\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmAmm-1} \end{center}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 1108 & 36.3\\
Sì & 1942 & 63.7\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{3050} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{2508} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 270 & 13.9 & 207 & 58 & 28\\
Staphylococcus capitis & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 9 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 5 & 0.3 & 5 & 5 & 100\\
Staphylococcus hominis & 6 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 4 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 16 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 30 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 22 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 359 & 18.5 & 231 & 10 & 4.3\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 17 & 0.9 & 11 & 1 & 9.1\\
Enterococco faecalis & 21 & 1.1 & 12 & 3 & 25\\
Enterococco faecium & 14 & 0.7 & 10 & 3 & 30\\
Enterococco altra specie & 5 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{781} & \textbf{40.2} & \textbf{477} & \textbf{80} & \textbf{16.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 131 & 6.7 & 95 & 14 & 14.7\\
Klebsiella altra specie & 50 & 2.6 & 37 & 2 & 5.4\\
Enterobacter spp & 56 & 2.9 & 37 & 1 & 2.7\\
Altro enterobacterales & 22 & 1.1 & 15 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 40 & 2.1 & 27 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 176 & 9.1 & 113 & 28 & 24.8\\
Pseudomonas altra specie & 5 & 0.3 & 4 & 2 & 50\\
Escherichia coli & 163 & 8.4 & 123 & 2 & 1.6\\
Proteus & 22 & 1.1 & 16 & 1 & 6.2\\
\addlinespace
Acinetobacter & 25 & 1.3 & 11 & 7 & 63.6\\
Emofilo & 188 & 9.7 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 145 & 7.5 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 12 & 0.6 & 8 & 0 & 0\\
Morganella & 11 & 0.6 & 7 & 0 & 0\\
\addlinespace
Providencia & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 14 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 19 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1081} & \textbf{55.7} & \textbf{493} & \textbf{57} & \textbf{11.6}\\
Candida albicans & 45 & 2.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 14 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 7 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 5 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 45 & 2.3 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 29 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 15 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{165} & \textbf{8.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 98 & 5.0 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza AH3N2 & 4 & 0.2 &  &  & \\
Influenza altro A & 5 & 0.3 &  &  & \\
Influenza B & 9 & 0.5 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 6 & 0.3 &  &  & \\
Citomegalovirus & 17 & 0.9 &  &  & \\
\addlinespace
Herpes simplex & 5 & 0.3 &  &  & \\
Altro Virus & 83 & 4.3 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{227} & \textbf{11.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 17 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 20 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Mycobacterium altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{39} & \textbf{2.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 93 & Ertapenem & 10 & 10.75\\
Klebsiella pneumoniae & 95 & Meropenem & 12 & 12.63\\
Klebsiella altra specie & 37 & Ertapenem & 1 & 2.70\\
Klebsiella altra specie & 37 & Meropenem & 2 & 5.41\\
Enterobacter spp & 35 & Ertapenem & 1 & 2.86\\
\addlinespace
Escherichia coli & 123 & Ertapenem & 1 & 0.81\\
Escherichia coli & 123 & Meropenem & 1 & 0.81\\
Proteus & 15 & Ertapenem & 1 & 6.67\\
Proteus & 16 & Meropenem & 1 & 6.25\\
Acinetobacter & 11 & Imipenem & 6 & 54.55\\
\addlinespace
Acinetobacter & 11 & Meropenem & 7 & 63.64\\
Pseudomonas aeruginosa & 110 & Imipenem & 23 & 20.91\\
Pseudomonas aeruginosa & 113 & Meropenem & 16 & 14.16\\
Pseudomonas altra specie & 4 & Imipenem & 2 & 50.00\\
Pseudomonas altra specie & 4 & Meropenem & 2 & 50.00\\
\addlinespace
Staphylococcus haemolyticus & 5 & Meticillina & 5 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 207 & Meticillina & 58 & 28.02\\
Streptococcus pneumoniae & 231 & Penicillina & 10 & 4.33\\
Streptococcus altra specie & 11 & Penicillina & 1 & 9.09\\
Enterococco faecalis & 12 & Vancomicina & 3 & 25.00\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 10 & Vancomicina & 3 & 30.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 4 & 6.06\\
No & 24 & 36.36\\
Non testato & 38 & 57.58\\
Missing & 99 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 12.5 & 27 & 38\\
kpc & 3 & 37.5 & 26 & 37\\
ndm & 1 & 12.5 & 28 & 37\\
oxa & 1 & 12.5 & 28 & 37\\
vim & 2 & 25.0 & 27 & 37\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmOsp-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}\label{pazienti-infetti-in-degenza}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}

I pazienti infetti in degenza comprendono tutti i pazienti che contraggono un'infezione durante la loro degenza a prescindere dal fatto che siano infetti all'ammissione o meno.

Sono presenti 3351 pazienti infetti in degenza, che rappresentano il 9.5\% della popolazione totale ammessa in TI.

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza & 3351 & 9.5\\
Non infetti in degenza & 32059 & 90.5\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 35410).

I pazienti infetti in degenza possono presentare VAP o batteriemia:

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfDegVAPCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza (no vap, no batteriemia) & 1504 & 44.9\\
VAP & 1019 & 30.4\\
Batteriemia primaria di origine sconosciuta & 420 & 12.5\\
Batteriemia da catetere & 330 & 9.8\\
Batteriemia secondaria & 538 & 16.1\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale à calcolata sul totale di pazienti infetti in degenza (N = 3351)

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza-n-3351}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti in degenza} (N = 3351)}{Pazienti infetti in degenza (N = 3351)}}\label{pazienti-infetti-in-degenza-n-3351}}

\hypertarget{sesso-2}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/sessoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 2186 & 65.8\\
Femmina & 1138 & 34.2\\
Missing & 27 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0-2}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/etaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 15 & 0.4\\
17-45 & 394 & 11.8\\
46-65 & 1077 & 32.1\\
66-75 & 979 & 29.2\\
>75 & 886 & 26.4\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTIInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 5.5\\
DS & 12.9\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-5\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto-3}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaInfDeg1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 548 & 16.4\\
Reparto chirurgico & 615 & 18.4\\
Pronto soccorso & 1613 & 48.3\\
Altra TI & 425 & 12.7\\
Terapia subintensiva & 136 & 4.1\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 14 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-4}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 2725 & 81.3\\
Sì & 626 & 18.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-4}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 2178 & 65.0\\
Chirurgico d'elezione & 218 & 6.5\\
Chirurgico d'urgenza & 955 & 28.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-3}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-3}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 311 & 9.3\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 3026 & 90.5\\
Sedazione Palliativa & 2 & 0.1\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 4 & 0.1\\
\addlinespace
Missing & 8 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 1800 & 72.7\\
Coma cerebrale & 416 & 16.8\\
Coma metabolico & 106 & 4.3\\
Coma postanossico & 132 & 5.3\\
Coma tossico & 22 & 0.9\\
\addlinespace
Missing & 875 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GcsInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 8.9\\
DS & 4.4\\
Mediana & 11\\
Q1-Q3 & 5-13\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 3264 & 97.4\\
Coma cerebrale & 56 & 1.7\\
Coma metabolico & 16 & 0.5\\
Coma postanossico & 15 & 0.4\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-4}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 2476 & 74.1\\
Deceduti & 864 & 25.9\\
Missing & 11 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-4}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 2139 & 67.5\\
Deceduti & 1032 & 32.5\\
Missing & 56 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 3227 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 124 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-4}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-4}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 22.8 (17.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 18 (11-30)\\
Missing & 11\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-4}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-4}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1InfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 37.9 (28.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 31 (18-50)\\
Missing & 56\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 3227 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 124 ).

\hypertarget{infezioni-in-degenza-top-10}{%
\subsection{Infezioni in degenza ( top 10 )}\label{infezioni-in-degenza-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfDegTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 1225 & 36.6\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 744 & 22.2\\
IVU catetere correlata & 458 & 13.7\\
Batteriemia primaria sconosciuta & 420 & 12.5\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 330 & 9.8\\
\addlinespace
Peritonite post-chirurgica & 140 & 4.2\\
IVU NON catetere correlata & 132 & 3.9\\
Sepsi clinica & 102 & 3.0\\
Infezione delle alte vie respiratorie & 87 & 2.6\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 82 & 2.4\\
\addlinespace
Missing & 0 & NA\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito-1}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 2597 & 77.5\\
Sì & 754 & 22.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-in-degenza}{%
\subsection{Infezioni in degenza}\label{infezioni-in-degenza}}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
  & N\\
\midrule
Numero totale di episodi infettivi  * & 4128\\
Numero totale di microrganismi isolati & 4803\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Non sono considerati gli episodi multipli nella stessa infezione.

\hypertarget{giorni-per-contrarre-linfezione}{%
\subsection{Giorni per contrarre l'infezione}\label{giorni-per-contrarre-linfezione}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniContrazioneInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 8.1\\
DS & 7.8\\
Mediana & 6\\
Q1-Q3 & 3-11\\
Missing & 22\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}{%
\subsection{Incidenza di infezione in degenza: Incidenza 1 e Incidenza 2}\label{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\raggedright\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) **\\
\midrule
Stima & 19.1 & 13.4 \%\\
CI ( 95\% ) & 18.4 - 19.8 & 12.9 - 13.8\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per le infezioni in degenza,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ Giornate di degenza pre-infezione}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-infezione} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
dell'infezione o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa infezione
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza dell'infezione
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{** Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ ( Giornate di degenza pre-infezione )}/7} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano infezione in degenza?'}.

\hypertarget{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}{%
\subsection{Incidenza di infezioni in degenza e percentuale di infezioni multiresistenti}\label{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}}

\vspace{0.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GraficoDispersione-1} \end{center}

Il grafico sovrastante incrocia le variabili \emph{Incidenza di infezioni in degenza} e
\emph{Percentuale di infezioni multiresistenti}
( ad esclusione del germe S. Coagulasi negativo meticillina resistente ).
La nuvola di punti rappresenta i dati delle TI nazionali. .
Le due linee rosse intersecano il grafico in corrispondenza dei valori mediani
nazionali e delineano 4 aree.
L'area \textbf{A1} identifica i centri che sembrano praticare un'efficace prevenzione
delle infezioni e una buona gestione dell'antibiotico terapia.
Per contro a cadere nell'area \textbf{A3} sono i centri che, osservando un'elevata
incidenza di infezioni in degenza ed un'alta percentuale di multiresistenze,
paiono non riuscire a controllare efficacemente i fenomeni.
È bene sottolineare che ad influire notevolmente su tali statistiche sono
i case-mix delle TI. È pertanto importante valutare con estrema cautela
tale grafico e tenere in considerazione che quella appena fornita è
solo una delle tante possibili chiavi di lettura.

\textbf{Rischio di contrarre infezioni in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurvaSopravINFEZDeg-1} \end{center}

\end{col}\vspace{1cm}

\color{white}{....} \color{black}

\textbf{Rischio di contrarre sepsi severa o shock settico in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurvaSopravSEPSIDeg-1} \end{center}

\end{col}

I due grafici sovrastanti mostrano le curve di rischio di contrarre infezione e
sepsi/shock settico in TI all'aumentare dei giorni trascorsi in reparto.
Come è logico, il rischio aumenta all'aumentare della degenza del paziente.

Per esempio, la probabilità di aver contratto un'infezione in TI è
pari al 77\% alla decima giornata di degenza.
Tale probabilità sfiora il 94\% se il
paziente rimane ricoverato per almeno 20 giorni ( Dati nazionali ).
Entrambi i grafici sono `troncati' alla ventesima giornata di degenza poichè
le stime successive, basate sui pochi pazienti con degenza superiore a 20 giorni,
sarebbero risultate instabili.
Le aree ombreggiate delineano l'intervallo di confidenza al 95\% delle stime.

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 385 & 9.4\\
Sì & 3715 & 90.6\\
Missing & 28 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{4128} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{4803} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 497 & 13.3 & 357 & 75 & 21\\
Staphylococcus capitis & 30 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 18 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 43 & 1.2 & 33 & 22 & 66.7\\
Staphylococcus hominis & 50 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 183 & 4.9 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 8 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 12 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 40 & 1.1 & 24 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 32 & 0.9 & 22 & 2 & 9.1\\
Enterococco faecalis & 195 & 5.2 & 138 & 6 & 4.3\\
Enterococco faecium & 133 & 3.6 & 105 & 34 & 32.4\\
Enterococco altra specie & 18 & 0.5 & 8 & 2 & 25\\
Clostridium difficile & 42 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 12 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{1315} & \textbf{35.2} & \textbf{687} & \textbf{141} & \textbf{20.5}\\
Klebsiella pneumoniae & 504 & 13.5 & 345 & 93 & 27\\
Klebsiella altra specie & 203 & 5.4 & 143 & 5 & 3.5\\
Enterobacter spp & 226 & 6.1 & 166 & 10 & 6\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 48 & 1.3 & 28 & 0 & 0\\
Serratia & 160 & 4.3 & 114 & 3 & 2.6\\
Pseudomonas aeruginosa & 584 & 15.6 & 401 & 103 & 25.7\\
Pseudomonas altra specie & 17 & 0.5 & 9 & 2 & 22.2\\
Escherichia coli & 486 & 13.0 & 323 & 6 & 1.9\\
\addlinespace
Proteus & 142 & 3.8 & 104 & 6 & 5.8\\
Acinetobacter & 155 & 4.2 & 112 & 78 & 69.6\\
Emofilo & 102 & 2.7 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 3 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 79 & 2.1 & 51 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 40 & 1.1 & 22 & 0 & 0\\
Providencia & 6 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 50 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{2807} & \textbf{75.2} & \textbf{1818} & \textbf{306} & \textbf{16.8}\\
\addlinespace
Candida albicans & 221 & 5.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 3 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 75 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 17 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 73 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 28 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 4 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 10 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 71 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 34 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{538} & \textbf{14.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 2 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 13 & 0.3 &  &  & \\
Herpes simplex & 7 & 0.2 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 12 & 0.3 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{34} & \textbf{0.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 3 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{5} & \textbf{0.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 333 & Ertapenem & 65 & 19.52\\
Klebsiella pneumoniae & 345 & Meropenem & 82 & 23.77\\
Klebsiella altra specie & 142 & Ertapenem & 5 & 3.52\\
Klebsiella altra specie & 142 & Meropenem & 3 & 2.11\\
Enterobacter spp & 165 & Ertapenem & 10 & 6.06\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 166 & Meropenem & 1 & 0.60\\
Escherichia coli & 317 & Ertapenem & 4 & 1.26\\
Escherichia coli & 323 & Meropenem & 4 & 1.24\\
Proteus & 103 & Ertapenem & 6 & 5.83\\
Proteus & 104 & Meropenem & 4 & 3.85\\
\addlinespace
Serratia & 112 & Ertapenem & 3 & 2.68\\
Serratia & 114 & Meropenem & 1 & 0.88\\
Acinetobacter & 110 & Imipenem & 66 & 60.00\\
Acinetobacter & 111 & Meropenem & 77 & 69.37\\
Pseudomonas aeruginosa & 385 & Imipenem & 89 & 23.12\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 401 & Meropenem & 68 & 16.96\\
Pseudomonas altra specie & 9 & Imipenem & 2 & 22.22\\
Pseudomonas altra specie & 9 & Meropenem & 2 & 22.22\\
Staphylococcus haemolyticus & 33 & Meticillina & 22 & 66.67\\
Staphylococcus aureus & 357 & Meticillina & 75 & 21.01\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 22 & Penicillina & 2 & 9.09\\
Enterococco faecalis & 138 & Vancomicina & 6 & 4.35\\
Enterococco faecium & 105 & Vancomicina & 34 & 32.38\\
Enterococco altra specie & 8 & Vancomicina & 2 & 25.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 80 & 7.81\\
No & 248 & 24.22\\
Non testato & 696 & 67.97\\
Missing & 992 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 3 & 3 & 321 & 712\\
kpc & 48 & 48 & 288 & 709\\
ndm & 26 & 26 & 300 & 711\\
oxa & 13 & 13 & 312 & 712\\
vim & 10 & 10 & 315 & 712\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-1404}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza} (N = 1404)}{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza (N = 1404)}}\label{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-1404}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 542 & 16.0\\
Sì & 2853 & 84.0\\
Missing & 19 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{3414} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{3789} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 134 & 8.6 & 100 & 32 & 32\\
Staphylococcus capitis & 12 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 9 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 20 & 1.3 & 13 & 11 & 84.6\\
Staphylococcus hominis & 23 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 95 & 6.1 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 7 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 16 & 1.0 & 10 & 1 & 10\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 10 & 0.6 & 4 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 100 & 6.4 & 76 & 3 & 3.9\\
Enterococco faecium & 86 & 5.5 & 76 & 31 & 40.8\\
Enterococco altra specie & 7 & 0.4 & 2 & 1 & 50\\
Clostridium difficile & 30 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{560} & \textbf{35.9} & \textbf{281} & \textbf{79} & \textbf{28.1}\\
Klebsiella pneumoniae & 225 & 14.4 & 156 & 53 & 34\\
Klebsiella altra specie & 80 & 5.1 & 55 & 4 & 7.3\\
Enterobacter spp & 80 & 5.1 & 62 & 9 & 14.5\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 14 & 0.9 & 9 & 0 & 0\\
Serratia & 55 & 3.5 & 40 & 1 & 2.5\\
Pseudomonas aeruginosa & 311 & 19.9 & 213 & 64 & 30\\
Pseudomonas altra specie & 6 & 0.4 & 3 & 2 & 66.7\\
Escherichia coli & 188 & 12.1 & 125 & 6 & 4.8\\
\addlinespace
Proteus & 54 & 3.5 & 43 & 2 & 4.7\\
Acinetobacter & 97 & 6.2 & 73 & 57 & 78.1\\
Emofilo & 16 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 24 & 1.5 & 13 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 5 & 0.3 & 4 & 0 & 0\\
Providencia & 5 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 23 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1185} & \textbf{76.0} & \textbf{796} & \textbf{198} & \textbf{24.9}\\
\addlinespace
Candida albicans & 151 & 9.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 55 & 3.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 11 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 58 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 20 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 8 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 61 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 19 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{392} & \textbf{25.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 8 & 0.5 &  &  & \\
Herpes simplex & 4 & 0.3 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 8 & 0.5 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{21} & \textbf{1.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycobacterium tuberculosis & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{4} & \textbf{0.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 234 & Ertapenem & 48 & 20.51\\
Klebsiella pneumoniae & 239 & Meropenem & 66 & 27.62\\
Klebsiella altra specie & 91 & Ertapenem & 8 & 8.79\\
Klebsiella altra specie & 91 & Meropenem & 7 & 7.69\\
Enterobacter spp & 88 & Ertapenem & 11 & 12.50\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 88 & Meropenem & 1 & 1.14\\
Altro enterobacterales & 17 & Ertapenem & 1 & 5.88\\
Escherichia coli & 274 & Ertapenem & 7 & 2.55\\
Escherichia coli & 280 & Meropenem & 6 & 2.14\\
Proteus & 68 & Ertapenem & 2 & 2.94\\
\addlinespace
Proteus & 69 & Meropenem & 2 & 2.90\\
Serratia & 53 & Ertapenem & 2 & 3.77\\
Acinetobacter & 87 & Imipenem & 55 & 63.22\\
Acinetobacter & 87 & Meropenem & 67 & 77.01\\
Pseudomonas aeruginosa & 283 & Imipenem & 75 & 26.50\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 291 & Meropenem & 49 & 16.84\\
Pseudomonas altra specie & 4 & Imipenem & 2 & 50.00\\
Pseudomonas altra specie & 4 & Meropenem & 2 & 50.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 22 & Meticillina & 18 & 81.82\\
Staphylococcus aureus & 203 & Meticillina & 48 & 23.65\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 60 & Penicillina & 3 & 5.00\\
Streptococcus altra specie & 26 & Penicillina & 1 & 3.85\\
Enterococco faecalis & 123 & Vancomicina & 9 & 7.32\\
Enterococco faecium & 127 & Vancomicina & 45 & 35.43\\
Enterococco altra specie & 6 & Vancomicina & 2 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 91 & 7.23\\
No & 304 & 24.15\\
Non testato & 864 & 68.63\\
Missing & 1207 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 4 & 3.4 & 396 & 905\\
kpc & 61 & 51.3 & 354 & 901\\
ndm & 29 & 24.4 & 373 & 905\\
oxa & 14 & 11.8 & 387 & 905\\
vim & 11 & 9.2 & 389 & 905\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmmDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-1947}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti solo in degenza} (N = 1947)}{Pazienti infetti solo in degenza (N = 1947)}}\label{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-1947}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaSoloDegenza-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 944 & 48.6\\
Sepsi & 725 & 37.3\\
Shock settico & 274 & 14.1\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaInfezSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione non complessa & 13.4 & 19.5\\
Sepsi & 19.2 & 25.1\\
Shock settico & 50.4 & 57.6\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti solo in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 225 & 8.7\\
Sì & 2352 & 91.3\\
Missing & 15 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{2592} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{3084} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 390 & 17.9 & 276 & 50 & 18.1\\
Staphylococcus capitis & 21 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 10 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 26 & 1.2 & 21 & 12 & 57.1\\
Staphylococcus hominis & 32 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 104 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 9 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 27 & 1.2 & 17 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 24 & 1.1 & 18 & 2 & 11.1\\
Enterococco faecalis & 121 & 5.6 & 77 & 3 & 3.9\\
Enterococco faecium & 63 & 2.9 & 43 & 9 & 20.9\\
Enterococco altra specie & 11 & 0.5 & 6 & 1 & 16.7\\
Clostridium difficile & 12 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 6 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{859} & \textbf{39.5} & \textbf{458} & \textbf{77} & \textbf{16.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 346 & 15.9 & 236 & 61 & 25.8\\
Klebsiella altra specie & 143 & 6.6 & 101 & 2 & 2\\
Enterobacter spp & 171 & 7.9 & 123 & 3 & 2.4\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 38 & 1.7 & 22 & 1 & 4.5\\
Serratia & 121 & 5.6 & 85 & 2 & 2.4\\
Pseudomonas aeruginosa & 375 & 17.3 & 250 & 62 & 24.8\\
Pseudomonas altra specie & 11 & 0.5 & 6 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 333 & 15.3 & 216 & 1 & 0.5\\
\addlinespace
Proteus & 100 & 4.6 & 71 & 4 & 5.6\\
Acinetobacter & 90 & 4.1 & 61 & 38 & 62.3\\
Emofilo & 88 & 4.0 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 63 & 2.9 & 43 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 39 & 1.8 & 22 & 0 & 0\\
Providencia & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 33 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1956} & \textbf{90.0} & \textbf{1236} & \textbf{174} & \textbf{14.1}\\
\addlinespace
Candida albicans & 91 & 4.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 29 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 6 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 25 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 11 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida specie non determinata & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 3 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 15 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 17 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{199} & \textbf{9.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Influenza A & 1 & 0.0 &  &  & \\
Citomegalovirus & 5 & 0.2 &  &  & \\
Herpes simplex & 3 & 0.1 &  &  & \\
Altro Virus & 7 & 0.3 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{16} & \textbf{0.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Mycoplasma & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{2} & \textbf{0.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDegRaggrup-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 227 & Ertapenem & 44 & 19.38\\
Klebsiella pneumoniae & 236 & Meropenem & 54 & 22.88\\
Klebsiella altra specie & 100 & Ertapenem & 2 & 2.00\\
Enterobacter spp & 122 & Ertapenem & 3 & 2.46\\
Enterobacter spp & 123 & Meropenem & 1 & 0.81\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 22 & Meropenem & 1 & 4.55\\
Escherichia coli & 213 & Ertapenem & 1 & 0.47\\
Proteus & 69 & Ertapenem & 4 & 5.80\\
Proteus & 71 & Meropenem & 2 & 2.82\\
Serratia & 85 & Ertapenem & 2 & 2.35\\
\addlinespace
Serratia & 85 & Meropenem & 1 & 1.18\\
Acinetobacter & 60 & Imipenem & 34 & 56.67\\
Acinetobacter & 61 & Meropenem & 38 & 62.30\\
Pseudomonas aeruginosa & 237 & Imipenem & 50 & 21.10\\
Pseudomonas aeruginosa & 250 & Meropenem & 44 & 17.60\\
\addlinespace
Staphylococcus haemolyticus & 21 & Meticillina & 12 & 57.14\\
Staphylococcus aureus & 276 & Meticillina & 50 & 18.12\\
Streptococcus altra specie & 18 & Penicillina & 2 & 11.11\\
Enterococco faecalis & 77 & Vancomicina & 3 & 3.90\\
Enterococco faecium & 43 & Vancomicina & 9 & 20.93\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 6 & Vancomicina & 1 & 16.67\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 39 & 5.97\\
No & 170 & 26.03\\
Non testato & 444 & 67.99\\
Missing & 664 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 2.1 & 206 & 452\\
kpc & 23 & 48.9 & 190 & 449\\
ndm & 11 & 23.4 & 198 & 451\\
oxa & 8 & 17.0 & 200 & 451\\
vim & 4 & 8.5 & 204 & 452\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipica_soloDeg-1} \end{center}

\hypertarget{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}{%
\subsection{\texorpdfstring{\textbf{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}\label{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TabInfezioniAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo isolato & N & Ammissione & \% amm. & Degenza & \% deg.\\
\midrule
Acinetobacter & 374 & 145 & 38.8 & 229 & 61.2\\
Pseudomonas aeruginosa & 1491 & 690 & 46.3 & 801 & 53.7\\
Candida albicans & 674 & 391 & 58 & 283 & 42\\
Aspergillo & 178 & 94 & 52.8 & 84 & 47.2\\
Citrobacter & 187 & 87 & 46.5 & 100 & 53.5\\
\addlinespace
Coronavirus & 195 & 191 & 97.9 & 4 & 2.1\\
Enterobacter spp & 594 & 296 & 49.8 & 298 & 50.2\\
Staphylococcus epidermidis & 452 & 226 & 50 & 226 & 50\\
Escherichia coli & 2490 & 1881 & 75.5 & 609 & 24.5\\
Enterococco faecalis & 709 & 457 & 64.5 & 252 & 35.5\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 583 & 402 & 69 & 181 & 31\\
Candida glabrata & 243 & 144 & 59.3 & 99 & 40.7\\
Emofilo & 438 & 324 & 74 & 114 & 26\\
Staphylococcus hominis & 178 & 110 & 61.8 & 68 & 38.2\\
Altro gram negativo & 214 & 153 & 71.5 & 61 & 28.5\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 182 & 126 & 69.2 & 56 & 30.8\\
Klebsiella altra specie & 513 & 255 & 49.7 & 258 & 50.3\\
Streptococcus altra specie & 308 & 267 & 86.7 & 41 & 13.3\\
Altro Virus & 202 & 185 & 91.6 & 17 & 8.4\\
Klebsiella pneumoniae & 1653 & 970 & 58.7 & 683 & 41.3\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 636 & 591 & 92.9 & 45 & 7.1\\
Proteus & 460 & 288 & 62.6 & 172 & 37.4\\
Serratia & 358 & 158 & 44.1 & 200 & 55.9\\
Staphylococcus aureus & 1622 & 1008 & 62.1 & 614 & 37.9\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-1225}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite in degenza} (N = 1225)}{Pazienti con polmonite in degenza (N = 1225)}}\label{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-1225}}

\hypertarget{trauma-5}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 918 & 74.9\\
Sì & 307 & 25.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-5}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 812 & 66.3\\
Chirurgico d'elezione & 61 & 5.0\\
Chirurgico d'urgenza & 352 & 28.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezione-batteriemica-2}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 985 & 80.9\\
Sì & 233 & 19.1\\
Missing & 7 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-multisito-2}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 1115 & 91.0\\
Sì & 110 & 9.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/NuoviEpisodiPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 989 & 81.4\\
Sì & 226 & 18.6\\
Missing & 10 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}{%
\subsection{Polmonite associata a ventilazione ( VAP ) *}\label{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/PolmoniteDaVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Polmonite associata a VAP & N & \%\\
\midrule
No & 201 & 16.5\\
Sì & 1019 & 83.5\\
Missing & 5 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* VAP: polmonite associata a ventilazione invasiva ( polmonite con esordio successivo al secondo giorno di ventilazione o sviluppata entro i due giorni dal termine della ventilazione ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con polmonite in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 244 & 21.4 & 169 & 34 & 20.1\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus hominis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 5 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus agalactiae & 4 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 15 & 1.3 & 10 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 8 & 0.7 & 5 & 2 & 40\\
Enterococco faecalis & 17 & 1.5 & 15 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 9 & 0.8 & 7 & 2 & 28.6\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 5 & 0.4 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{311} & \textbf{27.3} & \textbf{207} & \textbf{38} & \textbf{18.4}\\
Klebsiella pneumoniae & 174 & 15.3 & 115 & 31 & 27\\
Klebsiella altra specie & 77 & 6.8 & 54 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 87 & 7.6 & 56 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 21 & 1.8 & 13 & 0 & 0\\
Serratia & 73 & 6.4 & 47 & 1 & 2.1\\
Pseudomonas aeruginosa & 259 & 22.7 & 171 & 53 & 31\\
Pseudomonas altra specie & 4 & 0.4 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 118 & 10.4 & 72 & 1 & 1.4\\
\addlinespace
Proteus & 32 & 2.8 & 23 & 1 & 4.3\\
Acinetobacter & 71 & 6.2 & 50 & 32 & 64\\
Emofilo & 61 & 5.4 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 3 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 33 & 2.9 & 22 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 9 & 0.8 & 3 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 14 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1039} & \textbf{91.2} & \textbf{628} & \textbf{119} & \textbf{18.9}\\
\addlinespace
Candida albicans & 23 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 14 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 3 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 6 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 4 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida specie non determinata & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 41 & 3.6 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 8 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{102} & \textbf{9.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Influenza A & 2 & 0.2 &  &  & \\
Citomegalovirus & 2 & 0.2 &  &  & \\
Herpes simplex & 1 & 0.1 &  &  & \\
Altro Virus & 5 & 0.4 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{10} & \textbf{0.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Mycoplasma & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{2} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolm-2} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-vap-in-degenza-n-1019}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con VAP in degenza} (N = 1019)}{Pazienti con VAP in degenza (N = 1019)}}\label{pazienti-con-vap-in-degenza-n-1019}}

\hypertarget{vap-precoce}{%
\subsection{VAP precoce}\label{vap-precoce}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/VAPprecoce-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
VAP precoce & N & \%\\
\midrule
No & 512 & 50.2\\
Sì & 507 & 49.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{diagnosi}{%
\subsection{Diagnosi}\label{diagnosi}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DiagnosiVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Diagnosi & N & \%\\
\midrule
Possibile & 326 & 32.2\\
Probabile - certa & 686 & 67.8\\
Missing & 462 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{criteri-diagnostici-microbiologici}{%
\subsection{Criteri diagnostici microbiologici}\label{criteri-diagnostici-microbiologici}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CriteriDiagnosticiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Criteri diagnostici microbiologici & N & \%\\
\midrule
Sierologia/tecniche di biologia molecolare/antigeni urinari (legionella, ecc) & 15 & 1.5\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) quantitativo & 27 & 2.7\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) qualitativo & 16 & 1.6\\
Campione distale protetto qualitativo (bal, psb) & 74 & 7.3\\
Campione distale protetto quantitativo (bal, psb) & 278 & 27.5\\
\addlinespace
Aspirato tracheale quantitativo >= 10 alla 5a cfu/ml & 325 & 32.1\\
Aspirato tracheale qualitativo + emocoltura e/o liquido pleurico concordati & 41 & 4.1\\
Aspirato tracheale qualitativo & 185 & 18.3\\
Agente eziologico NON ricercato o NON isolato & 51 & 5.0\\
Missing & 462 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{fattori-di-rischio-per-vap-n-35410}{%
\subsection{Fattori di rischio per VAP ( N = 35410 )}\label{fattori-di-rischio-per-vap-n-35410}}

\hypertarget{ventilazione-invasiva}{%
\subsubsection{Ventilazione invasiva}\label{ventilazione-invasiva}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/VentilazioneInvasiva-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Ventilazione invasiva & N & \%\\
\midrule
No & 12883 & 36.6\\
Sì & 22364 & 63.4\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{21182} & \textbf{59.8}\\
Missing & 163 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{durata-ventilazione-invasiva-giorni}{%
\subsubsection{Durata ventilazione invasiva ( giorni )}\label{durata-ventilazione-invasiva-giorni}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 5.4 (10.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-6)\\
Missing & 46\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{duratadegenza-in-ti}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataSuDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 73.8 (30.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 90 (50-100)\\
Missing & 50\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{giorni-di-vm-pre-vap}{%
\subsection{Giorni di VM pre-VAP}\label{giorni-di-vm-pre-vap}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniVMpreVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 1019\\
Media (DS) & 9.4 (8.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 7 (4-12)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-vap}{%
\subsection{Incidenza di VAP}\label{incidenza-di-vap}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/1000 gg. di VM pre-VAP) * & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/paz. ventilati per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 10.1 & 7.1 \%\\
CI ( 95\% ) & 9.5 - 10.7 & 6.6 - 7.5\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di VAP.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP} è pari alla
somma delle giornate di ventilazione meccanica pre-VAP di tutti i pazienti ammessi in reparto.
E grave; pari alla durata totale della ventilazione meccanica per i pazienti che
non sviluppano VAP e alla differenza tra la data di insorgenza della VAP e la data
di inizio della ventilazione meccanica per i pazienti infetti.
Sono esclusi dal denominatore i giorni di ventilazione meccanica dei pazienti dimessi
o deceduti entro 2 giorni dall'inizio della ventilazione.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ ( Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura piu grave; semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti ventilati per 7 giorni in TI, quanti sviluppano VAP?'}.
Il cutoff di una settimana e grave; stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\vspace{1.0cm}

\textbf{Rischio di contrarre VAP in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurveSopravv-1} \end{center}

\vspace{1.0cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-5}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalita grave; in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 759 & 74.5\\
Deceduti & 260 & 25.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-5}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalita grave; ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 676 & 68.8\\
Deceduti & 306 & 31.2\\
Missing & 16 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 998 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 21 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-5}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-5}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaTIVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 28.7 (19.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 24 (15-37)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-5}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-5}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 41.8 (27.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 36 (22-54)\\
Missing & 16\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 998 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 21 ).

\newpage

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 92 & 6.3\\
Sì & 1378 & 93.7\\
Missing & 4 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{1474} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{1812} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 243 & 17.5 & 170 & 32 & 18.8\\
Staphylococcus capitis & 11 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 12 & 0.9 & 10 & 7 & 70\\
Staphylococcus hominis & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 52 & 3.8 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 16 & 1.2 & 8 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 10 & 0.7 & 7 & 2 & 28.6\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 53 & 3.8 & 42 & 3 & 7.1\\
Enterococco faecium & 27 & 1.9 & 23 & 8 & 34.8\\
Enterococco altra specie & 6 & 0.4 & 2 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 7 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{454} & \textbf{32.8} & \textbf{262} & \textbf{52} & \textbf{19.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 199 & 14.4 & 132 & 35 & 26.5\\
Klebsiella altra specie & 78 & 5.6 & 57 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 98 & 7.1 & 66 & 2 & 3\\
Altro enterobacterales & 23 & 1.7 & 15 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 78 & 5.6 & 51 & 1 & 2\\
Pseudomonas aeruginosa & 270 & 19.5 & 183 & 58 & 31.7\\
Pseudomonas altra specie & 4 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 160 & 11.5 & 94 & 1 & 1.1\\
Proteus & 45 & 3.2 & 30 & 2 & 6.7\\
\addlinespace
Acinetobacter & 64 & 4.6 & 51 & 35 & 68.6\\
Emofilo & 51 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 33 & 2.4 & 23 & 0 & 0\\
Morganella & 13 & 0.9 & 3 & 0 & 0\\
\addlinespace
Providencia & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 23 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1144} & \textbf{82.5} & \textbf{706} & \textbf{134} & \textbf{19}\\
Candida albicans & 44 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida auris & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 12 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 24 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 10 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida specie non determinata & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 36 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 8 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{142} & \textbf{10.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 2 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 2 & 0.1 &  &  & \\
Herpes simplex & 4 & 0.3 &  &  & \\
Altro Virus & 6 & 0.4 &  &  & \\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{14} & \textbf{1.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{3} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 129 & Ertapenem & 22 & 17.05\\
Klebsiella pneumoniae & 132 & Meropenem & 32 & 24.24\\
Enterobacter spp & 65 & Ertapenem & 2 & 3.08\\
Escherichia coli & 94 & Meropenem & 1 & 1.06\\
Proteus & 30 & Ertapenem & 2 & 6.67\\
\addlinespace
Proteus & 30 & Meropenem & 2 & 6.67\\
Serratia & 49 & Ertapenem & 1 & 2.04\\
Acinetobacter & 49 & Imipenem & 28 & 57.14\\
Acinetobacter & 51 & Meropenem & 35 & 68.63\\
Pseudomonas aeruginosa & 176 & Imipenem & 52 & 29.55\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 183 & Meropenem & 35 & 19.13\\
Staphylococcus haemolyticus & 10 & Meticillina & 7 & 70.00\\
Staphylococcus aureus & 170 & Meticillina & 32 & 18.82\\
Streptococcus altra specie & 7 & Penicillina & 2 & 28.57\\
Enterococco faecalis & 42 & Vancomicina & 3 & 7.14\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 23 & Vancomicina & 8 & 34.78\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 686 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{686} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{945} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 172 & 25.1 & 133 & 29 & 21.8\\
Staphylococcus epidermidis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 10 & 1.5 & 6 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 6 & 0.9 & 4 & 1 & 25\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 10 & 1.5 & 10 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 5 & 0.7 & 5 & 1 & 20\\
Enterococco altra specie & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{208} & \textbf{30.3} & \textbf{158} & \textbf{31} & \textbf{19.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 103 & 15.0 & 72 & 18 & 25\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 42 & 6.1 & 32 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 56 & 8.2 & 42 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 16 & 2.3 & 11 & 0 & 0\\
Serratia & 54 & 7.9 & 35 & 1 & 2.9\\
Pseudomonas aeruginosa & 158 & 23.0 & 107 & 31 & 29\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 73 & 10.6 & 45 & 0 & 0\\
Proteus & 21 & 3.1 & 17 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 35 & 5.1 & 28 & 17 & 60.7\\
Emofilo & 43 & 6.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Legionella & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 17 & 2.5 & 13 & 0 & 0\\
Morganella & 4 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 10 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{637} & \textbf{92.9} & \textbf{403} & \textbf{67} & \textbf{16.6}\\
Candida albicans & 17 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 5 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 4 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 22 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{57} & \textbf{8.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 1 & 0.1 &  &  & \\
Altro Virus & 3 & 0.4 &  &  & \\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{5} & \textbf{0.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{2} & \textbf{0.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 71 & Ertapenem & 10 & 14.08\\
Klebsiella pneumoniae & 72 & Meropenem & 16 & 22.22\\
Serratia & 35 & Ertapenem & 1 & 2.86\\
Acinetobacter & 28 & Imipenem & 15 & 53.57\\
Acinetobacter & 28 & Meropenem & 17 & 60.71\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 104 & Imipenem & 29 & 27.88\\
Pseudomonas aeruginosa & 107 & Meropenem & 21 & 19.63\\
Staphylococcus aureus & 133 & Meticillina & 29 & 21.80\\
Streptococcus altra specie & 4 & Penicillina & 1 & 25.00\\
Enterococco faecium & 5 & Vancomicina & 1 & 20.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 8 & 3.3\\
Sì & 238 & 96.7\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{246} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{310} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 40 & 16.3 & 29 & 4 & 13.8\\
Staphylococcus capitis & 2 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus hominis & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 9 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 5 & 2.0 & 5 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 2 & 0.8 & 1 & 1 & 100\\
Enterococco faecalis & 7 & 2.8 & 5 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 7 & 2.8 & 6 & 3 & 50\\
Enterococco altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{77} & \textbf{31.3} & \textbf{46} & \textbf{8} & \textbf{17.4}\\
Klebsiella pneumoniae & 37 & 15.0 & 26 & 10 & 38.5\\
Klebsiella altra specie & 14 & 5.7 & 10 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 17 & 6.9 & 10 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 2 & 0.8 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 16 & 6.5 & 9 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 39 & 15.9 & 29 & 10 & 34.5\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Escherichia coli & 25 & 10.2 & 19 & 0 & 0\\
Proteus & 6 & 2.4 & 1 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 16 & 6.5 & 13 & 9 & 69.2\\
Emofilo & 9 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 9 & 3.7 & 6 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 0.8 & 1 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 2 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{196} & \textbf{79.7} & \textbf{125} & \textbf{29} & \textbf{23.2}\\
Candida albicans & 8 & 3.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 3 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 2 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 3 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 3 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{22} & \textbf{8.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Altro Virus & 2 & 0.8 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{2} & \textbf{0.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP2NuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 26 & Ertapenem & 6 & 23.08\\
Klebsiella pneumoniae & 26 & Meropenem & 10 & 38.46\\
Acinetobacter & 13 & Imipenem & 6 & 46.15\\
Acinetobacter & 13 & Meropenem & 9 & 69.23\\
Pseudomonas aeruginosa & 27 & Imipenem & 7 & 25.93\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 29 & Meropenem & 8 & 27.59\\
Staphylococcus aureus & 29 & Meticillina & 4 & 13.79\\
Streptococcus altra specie & 1 & Penicillina & 1 & 100.00\\
Enterococco faecium & 6 & Vancomicina & 3 & 50.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-1169}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia in degenza} (N = 1169)}{Pazienti con batteriemia in degenza (N = 1169)}}\label{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-1169}}

\hypertarget{trauma-6}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 981 & 83.9\\
Sì & 188 & 16.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-6}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 784 & 67.1\\
Chirurgico d'elezione & 64 & 5.5\\
Chirurgico d'urgenza & 321 & 27.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipologia}{%
\subsection{Tipologia}\label{tipologia}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Tipologia-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Batteriemia primaria sconosciuta & 420 & 32.6\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 330 & 25.6\\
Batteriemia secondaria & 538 & 41.8\\
Missing & 0 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/NuoviEpisodiBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 654 & 88.4\\
Sì & 86 & 11.6\\
Missing & 10 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 54 & 7.3 & 36 & 11 & 30.6\\
Staphylococcus capitis & 27 & 3.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 10 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 28 & 3.8 & 23 & 15 & 65.2\\
Staphylococcus hominis & 38 & 5.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 147 & 19.8 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 2 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 11 & 1.5 & 9 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 41 & 5.5 & 25 & 3 & 12\\
Enterococco faecium & 25 & 3.4 & 18 & 7 & 38.9\\
Enterococco altra specie & 3 & 0.4 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{391} & \textbf{52.7} & \textbf{113} & \textbf{36} & \textbf{31.9}\\
Klebsiella pneumoniae & 95 & 12.8 & 64 & 26 & 40.6\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 26 & 3.5 & 19 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 36 & 4.9 & 26 & 3 & 11.5\\
Altro enterobacterales & 11 & 1.5 & 5 & 0 & 0\\
Serratia & 26 & 3.5 & 22 & 2 & 9.1\\
Pseudomonas aeruginosa & 50 & 6.7 & 33 & 9 & 27.3\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 7 & 0.9 & 3 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 54 & 7.3 & 29 & 0 & 0\\
Proteus & 7 & 0.9 & 4 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 32 & 4.3 & 20 & 15 & 75\\
Emofilo & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 11 & 1.5 & 6 & 0 & 0\\
Morganella & 4 & 0.5 & 2 & 0 & 0\\
Providencia & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 12 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{374} & \textbf{50.4} & \textbf{233} & \textbf{55} & \textbf{23.6}\\
\addlinespace
Candida albicans & 37 & 5.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 9 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 36 & 4.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 7 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 6 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{98} & \textbf{13.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 0.1 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte2-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 58 & Ertapenem & 16 & 27.59\\
Klebsiella pneumoniae & 64 & Meropenem & 24 & 37.50\\
Enterobacter spp & 26 & Ertapenem & 3 & 11.54\\
Serratia & 22 & Ertapenem & 2 & 9.09\\
Serratia & 22 & Meropenem & 1 & 4.55\\
\addlinespace
Acinetobacter & 20 & Imipenem & 14 & 70.00\\
Acinetobacter & 20 & Meropenem & 15 & 75.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 32 & Imipenem & 8 & 25.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 33 & Meropenem & 4 & 12.12\\
Staphylococcus haemolyticus & 23 & Meticillina & 15 & 65.22\\
\addlinespace
Staphylococcus aureus & 36 & Meticillina & 11 & 30.56\\
Enterococco faecalis & 25 & Vancomicina & 3 & 12.00\\
Enterococco faecium & 18 & Vancomicina & 7 & 38.89\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 18 & 13.33\\
No & 41 & 30.37\\
Non testato & 76 & 56.3\\
Missing & 154 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 55 & 79\\
kpc & 13 & 72.2 & 45 & 79\\
ndm & 2 & 11.1 & 54 & 78\\
oxa & 1 & 5.6 & 55 & 79\\
vim & 2 & 11.1 & 53 & 79\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-primaria-origine-sconosciuta-in-degenza-n-420}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia primaria (origine sconosciuta) in degenza} (N = 420)}{Pazienti con batteriemia primaria (origine sconosciuta) in degenza (N = 420)}}\label{pazienti-con-batteriemia-primaria-origine-sconosciuta-in-degenza-n-420}}

\hypertarget{infezioni-multisito-3}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 221 & 52.6\\
Sì & 199 & 47.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}{%
\subsection{Incidenza di batteriemia ( origine sconosciuta )}\label{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza BO 

 (Paz. con BO in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza BO 

 (Paz. con BO/paz.degenti per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 2.0 & 1.4 \%\\
CI ( 95\% ) & 1.8 - 2.2 & 1.3 - 1.5\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza di batteriemia di origine sconosciuta,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO}}
{\text{ Giornate di degenza pre-batteriemia}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-batteriemia} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
della batteriemia o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa batteriemia
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza della batteriemia
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO }}
{\text{ ( Numero pazienti ricoverati )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano batteriemia di origine sconosciuta?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-6}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 302 & 72.2\\
Deceduti & 116 & 27.8\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-6}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOSPBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 258 & 65.8\\
Deceduti & 134 & 34.2\\
Missing & 14 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 406 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 14 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-6}{%
\subsection{Degenza in TI (giorni)}\label{degenza-in-ti-giorni-6}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaTIBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 25.5 (19.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 22 (11.2-34.8)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-6}{%
\subsection{Degenza ospedaliera (giorni) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-6}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 40.6 (31.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 35 (21-51)\\
Missing & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 406 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 14 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 32 & 7.7 & 20 & 7 & 35\\
Staphylococcus capitis & 8 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 5 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 9 & 2.2 & 6 & 2 & 33.3\\
Staphylococcus hominis & 20 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 64 & 15.4 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 3 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 7 & 1.7 & 6 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 24 & 5.8 & 15 & 3 & 20\\
Enterococco faecium & 15 & 3.6 & 12 & 6 & 50\\
Enterococco altra specie & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{192} & \textbf{46.3} & \textbf{59} & \textbf{18} & \textbf{30.5}\\
Klebsiella pneumoniae & 63 & 15.2 & 42 & 19 & 45.2\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 14 & 3.4 & 11 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 24 & 5.8 & 17 & 3 & 17.6\\
Altro enterobacterales & 6 & 1.4 & 3 & 0 & 0\\
Serratia & 12 & 2.9 & 11 & 2 & 18.2\\
Pseudomonas aeruginosa & 30 & 7.2 & 18 & 4 & 22.2\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 4 & 1.0 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 41 & 9.9 & 21 & 0 & 0\\
Proteus & 7 & 1.7 & 4 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 19 & 4.6 & 12 & 9 & 75\\
Emofilo & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 5 & 1.2 & 3 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 8 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{237} & \textbf{57.1} & \textbf{145} & \textbf{37} & \textbf{25.5}\\
\addlinespace
Candida albicans & 28 & 6.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 20 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 4 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 6 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{62} & \textbf{14.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 0.2 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-2} \end{center}

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 38 & Ertapenem & 12 & 31.58\\
Klebsiella pneumoniae & 42 & Meropenem & 17 & 40.48\\
Enterobacter spp & 17 & Ertapenem & 3 & 17.65\\
Serratia & 11 & Ertapenem & 2 & 18.18\\
Serratia & 11 & Meropenem & 1 & 9.09\\
\addlinespace
Acinetobacter & 12 & Imipenem & 8 & 66.67\\
Acinetobacter & 12 & Meropenem & 9 & 75.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 17 & Imipenem & 4 & 23.53\\
Pseudomonas aeruginosa & 18 & Meropenem & 1 & 5.56\\
Staphylococcus haemolyticus & 6 & Meticillina & 2 & 33.33\\
\addlinespace
Staphylococcus aureus & 20 & Meticillina & 7 & 35.00\\
Enterococco faecalis & 15 & Vancomicina & 3 & 20.00\\
Enterococco faecium & 12 & Vancomicina & 6 & 50.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 14 & 16.47\\
No & 32 & 37.65\\
Non testato & 39 & 45.88\\
Missing & 98 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 43 & 42\\
kpc & 10 & 71.4 & 35 & 42\\
ndm & 1 & 7.1 & 43 & 41\\
oxa & 1 & 7.1 & 43 & 42\\
vim & 2 & 14.3 & 41 & 42\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattOrigScon-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-330}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza} (N = 330)}{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza (N = 330)}}\label{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-330}}

\hypertarget{infezione-multisito-2}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 137 & 41.5\\
Sì & 193 & 58.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{fattori-di-rischio}{%
\subsection{Fattori di rischio}\label{fattori-di-rischio}}

\hypertarget{cvc-catetere-venoso-centrale-n-35410}{%
\subsubsection{CVC ( Catetere Venoso Centrale ) ( N = 35410 )}\label{cvc-catetere-venoso-centrale-n-35410}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CVCInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Cvc & N & \%\\
\midrule
No & 11420 & 32.4\\
Sì & 23827 & 67.6\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{22883} & \textbf{64.6}\\
Missing & 163 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{durata-giorni}{%
\subsubsection{Durata (giorni)}\label{durata-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 7.6 (10.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 4 (2-9)\\
Missing & 48\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{duratadegenza-in-ti-1}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataSuDegInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 94.4 (14.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 100 (100-100)\\
Missing & 56\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezione-locale-da-catetere-n-35410}{%
\subsubsection{Infezione locale da catetere ( N = 35410 )}\label{infezione-locale-da-catetere-n-35410}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezLocaleBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione locale da catetere & N & \%\\
\midrule
No & 35242 & 100.0\\
Sì & 7 & 0.0\\
Missing & 161 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}{%
\subsection{Giorni di CVC pre-batteriemia}\label{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniCVCBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 320\\
Media (DS) & 13.5 (12.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 10 (5-17)\\
Missing & 10\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}{%
\subsection{Incidenza di CR-BSI (Catheter-related bloodstream infection)}\label{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/1000 gg. di CVC pre-CR-BSI) * & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/paz. con catetere per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 1.9 & 1.3 \%\\
CI ( 95\% ) & 1.7 - 2.1 & 1.2 - 1.4\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di CR-BSI:

Il primo:

\[ \text{* Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ Giornate con catetere pre-CR-BSI }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate con catetere pre-CR-BSI} è pari alla
somma delle giornate di tutti i pazienti con catetere.
È quindi pari alle giornate con catetere per i pazienti non infetti
e alla differenza tra il giorno di insorgenza della CR-BSI e il primo
giorno di catetere per i pazienti infetti.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ ( Giornate con catetere pre-CR-BSI )/7}} \times 100 \]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura più semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti sottoposti a catetere per 7 giorni in TI, quanti sviluppano CR-BSI?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{rischio-di-contrarre-cr-bsi}{%
\subsection{Rischio di contrarre CR-BSI}\label{rischio-di-contrarre-cr-bsi}}

\vspace{0.5cm}\begin{col}{1\textwidth}


\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/RischioCRBSI-1} \end{center}

\end{col}\vspace{1cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-7}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-7}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 258 & 78.4\\
Deceduti & 71 & 21.6\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-7}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-7}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 213 & 68.1\\
Deceduti & 100 & 31.9\\
Missing & 8 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 321 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 9 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-7}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-7}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 32.5 (23.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 26 (16-43)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-7}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-7}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 47.1 (32.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 41 (24-60)\\
Missing & 8\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 321 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 9 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 327 & 100.0\\
Missing & 3 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{330} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{377} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 22 & 6.7 & 16 & 4 & 25\\
Staphylococcus capitis & 19 & 5.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 5 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 19 & 5.8 & 17 & 13 & 76.5\\
Staphylococcus hominis & 18 & 5.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 83 & 25.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 4 & 1.2 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 17 & 5.2 & 10 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 10 & 3.1 & 6 & 1 & 16.7\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 1 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{199} & \textbf{60.9} & \textbf{54} & \textbf{18} & \textbf{33.3}\\
Klebsiella pneumoniae & 32 & 9.8 & 22 & 7 & 31.8\\
Klebsiella altra specie & 12 & 3.7 & 8 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 12 & 3.7 & 9 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 5 & 1.5 & 2 & 0 & 0\\
Serratia & 14 & 4.3 & 11 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 20 & 6.1 & 15 & 5 & 33.3\\
Pseudomonas altra specie & 3 & 0.9 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 13 & 4.0 & 8 & 0 & 0\\
\addlinespace
Acinetobacter & 13 & 4.0 & 8 & 6 & 75\\
Citrobacter & 6 & 1.8 & 3 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 0.6 & 1 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 4 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{137} & \textbf{41.9} & \textbf{88} & \textbf{18} & \textbf{20.5}\\
Candida albicans & 9 & 2.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 7 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 16 & 4.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{36} & \textbf{11.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 20 & Ertapenem & 4 & 20.00\\
Klebsiella pneumoniae & 22 & Meropenem & 7 & 31.82\\
Acinetobacter & 8 & Imipenem & 6 & 75.00\\
Acinetobacter & 8 & Meropenem & 6 & 75.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 15 & Imipenem & 4 & 26.67\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 15 & Meropenem & 3 & 20.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 17 & Meticillina & 13 & 76.47\\
Staphylococcus aureus & 16 & Meticillina & 4 & 25.00\\
Enterococco faecium & 6 & Vancomicina & 1 & 16.67\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 4 & 8\\
No & 9 & 18\\
Non testato & 37 & 74\\
Missing & 56 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 12 & 37\\
kpc & 3 & 75 & 10 & 37\\
ndm & 1 & 25 & 11 & 37\\
oxa & 0 & 0 & 12 & 37\\
vim & 0 & 0 & 12 & 37\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattCat-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-538}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza} (N = 538)}{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza (N = 538)}}\label{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-538}}

\hypertarget{infezioni-associate-top-10}{%
\subsection{Infezioni associate ( top 10 )}\label{infezioni-associate-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezAssociateBS1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 233 & 43.3\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 76 & 14.1\\
IVU catetere correlata & 62 & 11.5\\
Peritonite post-chirurgica & 31 & 5.8\\
IVU NON catetere correlata & 29 & 5.4\\
\addlinespace
Altra infezione fungina & 23 & 4.3\\
Peritonite secondaria NON chir. & 19 & 3.5\\
Endocardite NON post-chirurgica & 12 & 2.2\\
Infezione delle alte vie respiratorie & 11 & 2\\
Infezione cute/tessuti molli post-chir. & 11 & 2\\
\addlinespace
Missing & 31 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-8}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-8}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 366 & 68.4\\
Deceduti & 169 & 31.6\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-8}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-8}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 323 & 62.8\\
Deceduti & 191 & 37.2\\
Missing & 12 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 526 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 12 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-8}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-8}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 27.4 (21.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 22 (13-36)\\
Missing & 3\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-8}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-8}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 41.3 (30.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 35 (20-51)\\
Missing & 12\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 526 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 12 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 11 & 1.9\\
Sì & 563 & 98.1\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{574} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{748} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 75 & 13.3 & 47 & 10 & 21.3\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 5 & 0.9 & 2 & 2 & 100\\
Staphylococcus hominis & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 12 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 9 & 1.6 & 5 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 4 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 32 & 5.7 & 16 & 1 & 6.2\\
Enterococco faecium & 23 & 4.1 & 13 & 3 & 23.1\\
Enterococco altra specie & 5 & 0.9 & 2 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 4 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{179} & \textbf{31.7} & \textbf{85} & \textbf{16} & \textbf{18.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 104 & 18.4 & 64 & 15 & 23.4\\
Klebsiella altra specie & 39 & 6.9 & 21 & 2 & 9.5\\
Enterobacter spp & 35 & 6.2 & 26 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 11 & 2.0 & 7 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 32 & 5.7 & 17 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 86 & 15.2 & 47 & 18 & 38.3\\
Pseudomonas altra specie & 3 & 0.5 & 2 & 2 & 100\\
Escherichia coli & 84 & 14.9 & 46 & 0 & 0\\
Proteus & 16 & 2.8 & 8 & 0 & 0\\
\addlinespace
Acinetobacter & 33 & 5.9 & 24 & 20 & 83.3\\
Emofilo & 9 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 9 & 1.6 & 4 & 0 & 0\\
Morganella & 6 & 1.1 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 5 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{473} & \textbf{83.9} & \textbf{270} & \textbf{57} & \textbf{21.1}\\
Candida albicans & 34 & 6.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 11 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida krusei & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 11 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 5 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 5 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 4 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{72} & \textbf{12.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 3 & 0.5 &  &  & \\
Altro Virus & 4 & 0.7 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{7} & \textbf{1.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 64 & Ertapenem & 12 & 18.75\\
Klebsiella pneumoniae & 64 & Meropenem & 12 & 18.75\\
Klebsiella altra specie & 21 & Ertapenem & 2 & 9.52\\
Klebsiella altra specie & 21 & Meropenem & 1 & 4.76\\
Acinetobacter & 23 & Imipenem & 14 & 60.87\\
\addlinespace
Acinetobacter & 24 & Meropenem & 20 & 83.33\\
Pseudomonas aeruginosa & 47 & Imipenem & 18 & 38.30\\
Pseudomonas aeruginosa & 47 & Meropenem & 12 & 25.53\\
Pseudomonas altra specie & 2 & Imipenem & 2 & 100.00\\
Pseudomonas altra specie & 2 & Meropenem & 2 & 100.00\\
\addlinespace
Staphylococcus haemolyticus & 2 & Meticillina & 2 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 47 & Meticillina & 10 & 21.28\\
Enterococco faecalis & 16 & Vancomicina & 1 & 6.25\\
Enterococco faecium & 13 & Vancomicina & 3 & 23.08\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 15 & 10.87\\
No & 36 & 26.09\\
Non testato & 87 & 63.04\\
Missing & 198 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 5.3 & 49 & 87\\
kpc & 10 & 52.6 & 41 & 87\\
ndm & 4 & 21.1 & 46 & 87\\
oxa & 2 & 10.5 & 48 & 87\\
vim & 2 & 10.5 & 48 & 87\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattSec-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-80}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza} (N = 80)}{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza (N = 80)}}\label{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-80}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 1 & 1.2 & 1 & 0 & 0\\
Staphylococcus capitis & 3 & 3.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 5 & 6.2 & 3 & 2 & 66.7\\
Staphylococcus hominis & 2 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 19 & 23.8 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 2 & 2.5 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 8 & 10.0 & 5 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 3 & 3.8 & 1 & 1 & 100\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{46} & \textbf{57.5} & \textbf{11} & \textbf{3} & \textbf{27.3}\\
Klebsiella pneumoniae & 17 & 21.2 & 12 & 6 & 50\\
Klebsiella altra specie & 4 & 5.0 & 3 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 1 & 1.2 & 1 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 1 & 1.2 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 3 & 3.8 & 2 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 4 & 5.0 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 10 & 12.5 & 5 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 3 & 3.8 & 3 & 2 & 66.7\\
Citrobacter & 1 & 1.2 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Providencia & 1 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{45} & \textbf{56.2} & \textbf{29} & \textbf{8} & \textbf{27.6}\\
Candida albicans & 6 & 7.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 5 & 6.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{12} & \textbf{15.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 63 & 47 & 14 & 33 & 70.21 & 16\\
Enterococco & 856 & 625 & 506 & 119 & 19.04 & 231\\
Escpm & 472 & 337 & 324 & 13 & 3.86 & 135\\
Klebsiella & 1105 & 784 & 632 & 152 & 19.39 & 321\\
Pseudomonas & 643 & 436 & 325 & 111 & 25.46 & 207\\
\addlinespace
Streptococco & 245 & 176 & 163 & 13 & 7.39 & 69\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 12 & Ertapenem & 4 & 33.33\\
Klebsiella pneumoniae & 12 & Meropenem & 5 & 41.67\\
Acinetobacter & 3 & Imipenem & 2 & 66.67\\
Acinetobacter & 3 & Meropenem & 2 & 66.67\\
Staphylococcus haemolyticus & 3 & Meticillina & 2 & 66.67\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 1 & Vancomicina & 1 & 100.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 0 & 0\\
Non testato & 0 & 0\\
Missing & 13 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{appendice}{%
\section*{Appendice}\label{appendice}}
\addcontentsline{toc}{section}{Appendice}

\hypertarget{definizione-di-mdr}{%
\subsection*{Definizione di MDR}\label{definizione-di-mdr}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Definizione di MDR}

Per microrganismo MDR intendiamo un microrganismo che presenti almeno una delle resistenze ai relativi antibiotici elencati in tabella:

\begin{longtable}{ll}
\toprule
Microrganismo & Antibiotico\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Klebsiella altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Citrobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Enterobacter spp & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Altro enterobacterales & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Escherichia coli & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Morganella & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Proteus & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Serratia & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Acinetobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Pseudomonas altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Staphylococcus haemolyticus & Meticillina\\
Staphylococcus aureus & Meticillina\\
Streptococcus pneumoniae & Penicillina\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & Penicillina\\
Enterococco faecalis & Vancomicina\\
Enterococco faecium & Vancomicina\\
Enterococco altra specie & Vancomicina\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{raggruppamento-microrganismi}{%
\subsection*{Raggruppamento Microrganismi}\label{raggruppamento-microrganismi}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Raggruppamento Microrganismi}

Il seguente raggruppamento è stato pensato per fornire una visualizzazione delle categorie principali di microrganismi, che sono state così definite:

\begin{itemize}
\tightlist
\item
  \textbf{Cons}: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus capitis, Staphylococcus lugdunensis
\item
  \textbf{Streptococco}: Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Streptococcus altra specie
\item
  \textbf{Enterococco}: Enterococco faecalis, Enterococco faecium, Enterococco altra specie
\item
  \textbf{Klebsiella}: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella altra specie
\item
  \textbf{Escpm}: Proteus, Serratia, Providencia, Morganella
\item
  \textbf{Pseudomonas}: Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas altra specie
\item
  \textbf{Atipici}: Clamidia, Emofilo, Legionella
\item
  \textbf{Candida}: Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Candida altra specie
\end{itemize}

\end{document}
