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\title{Progetto Sorveglianza Infezioni}
\author{}
\date{\vspace{-2.5em}}

\begin{document}
\maketitle

{
\setcounter{tocdepth}{2}
\tableofcontents
}
\hypertarget{petalo-infectionlight}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{Petalo Infectionlight}}{Petalo Infectionlight}}\label{petalo-infectionlight}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{Petalo Infectionlight}}

Anno 2023

Periodo analizzato 2023-01-01 - 2023-12-31

Popolazione complessiva: 74 TI

TI Nord

Le regioni appartenenti all'area Nord sono:
Emilia Romagna, Friuli Venezia Giulia, Liguria, Lombardia, Piemonte, Trentino Alto Adige, Valle d'Aosta, Veneto.

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}\label{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}}

\begin{figure}[h!]
  \includegraphics{/home/local/MNEGRI/dmagatti/farewellDirac/svn/Results/INFECTIONLIGHT/2023/Nord/latex/flowchart.png}
\end{figure}

Per N = 128 pazienti non è presente l'informazione completa relativa allo stato di infezione.\vspace{1.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/piePazienti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Pazienti NON infetti & 15214 & 61.8\\
Pazienti infetti solo in degenza & 1372 & 5.6\\
Pazienti infetti solo all'ammissione & 7056 & 28.7\\
Pazienti infetti all'ammissione e in degenza & 973 & 4.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale viene calcolata sul totale dei pazienti ammessi con informazione completa rispetto lo stato di infezione (N = 24615).

\newpage

\hypertarget{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/degTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}c>{}c>{}c}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza in TI ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{15214} & \cellcolor{white}{61.5} & \cellcolor{white}{1} & \cellcolor{white}{( 1 - 3 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{7056} & \cellcolor{white}{28.5} & \cellcolor{white}{4} & \cellcolor{white}{( 2 - 9 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{973} & \cellcolor{white}{3.9} & \cellcolor{white}{20} & \cellcolor{white}{( 11 - 33 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1372} & \cellcolor{white}{5.5} & \cellcolor{white}{16} & \cellcolor{white}{( 10 - 26 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{8029} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{32.4} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 2 - 11 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2345} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{9.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{17} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 10 - 28 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/degOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccl}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza ospedaliera ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{15214} & \cellcolor{white}{61.5} & \cellcolor{white}{11} & \cellcolor{white}{( 6 - 21 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{7056} & \cellcolor{white}{28.5} & \cellcolor{white}{17} & \cellcolor{white}{( 8 - 31 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{973} & \cellcolor{white}{3.9} & \cellcolor{white}{35} & \cellcolor{white}{( 20 - 54 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1372} & \cellcolor{white}{5.5} & \cellcolor{white}{30} & \cellcolor{white}{( 17 - 49 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{8029} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{32.4} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{19} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 9 - 34 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2345} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{9.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{33} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 18 - 51 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 775)

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalità in TI} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalità & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{15214} & \cellcolor{white}{1715} & \cellcolor{white}{11.3} & \cellcolor{white}{( 10.8 - 11.8 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{7056} & \cellcolor{white}{1572} & \cellcolor{white}{22.3} & \cellcolor{white}{( 21.3 - 23.3 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{973} & \cellcolor{white}{311} & \cellcolor{white}{32.1} & \cellcolor{white}{( 29.1 - 35.1 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1372} & \cellcolor{white}{278} & \cellcolor{white}{20.3} & \cellcolor{white}{( 18.2 - 22.5 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{8029} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1883} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{23.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 22.6 - 24.4 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2345} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{589} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{25.2} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 23.4 - 27 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalità ospedaliera} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalità & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{15214} & \cellcolor{white}{2381} & \cellcolor{white}{16.1} & \cellcolor{white}{( 15.5 - 16.7 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{7056} & \cellcolor{white}{2094} & \cellcolor{white}{31.4} & \cellcolor{white}{( 30.3 - 32.6 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{973} & \cellcolor{white}{362} & \cellcolor{white}{40.4} & \cellcolor{white}{( 37.2 - 43.7 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1372} & \cellcolor{white}{362} & \cellcolor{white}{27.5} & \cellcolor{white}{( 25.1 - 30 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{8029} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2456} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{32.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 31.5 - 33.6 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2345} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{724} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{32.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 30.8 - 34.7 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 775)

\newpage

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione}\label{gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3.5cm}ccccccc}
\toprule
Pazienti & N & No sepsi & Sepsi & Shock settico & \% no sepsi & \% sepsi & \% shock settico\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{7056} & \cellcolor{white}{1746} & \cellcolor{white}{2737} & \cellcolor{white}{2570} & \cellcolor{white}{24.8} & \cellcolor{white}{38.8} & \cellcolor{white}{36.4}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{973} & \cellcolor{white}{149} & \cellcolor{white}{361} & \cellcolor{white}{463} & \cellcolor{white}{15.3} & \cellcolor{white}{37.1} & \cellcolor{white}{47.6}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{1372} & \cellcolor{white}{659} & \cellcolor{white}{528} & \cellcolor{white}{183} & \cellcolor{white}{48.1} & \cellcolor{white}{38.5} & \cellcolor{white}{13.4}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{8029} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1895} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{3098} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{3033} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{23.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{38.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{37.8}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2345} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{808} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{889} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{646} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{34.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{37.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{27.6}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaGravita-1} \end{center}

\newpage

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti senza sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{1746} & \cellcolor{white}{185} & \cellcolor{white}{10.6} & \cellcolor{white}{1641} & \cellcolor{white}{309} & \cellcolor{white}{18.8}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{149} & \cellcolor{white}{21} & \cellcolor{white}{14.2} & \cellcolor{white}{136} & \cellcolor{white}{37} & \cellcolor{white}{27.2}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{659} & \cellcolor{white}{86} & \cellcolor{white}{13.1} & \cellcolor{white}{636} & \cellcolor{white}{127} & \cellcolor{white}{20.0}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1895} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{206} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{10.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1777} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{346} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{19.5}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{808} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{107} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{13.3} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{772} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{164} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{21.2}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti con sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2737} & \cellcolor{white}{363} & \cellcolor{white}{13.3} & \cellcolor{white}{2572} & \cellcolor{white}{599} & \cellcolor{white}{23.3}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{361} & \cellcolor{white}{82} & \cellcolor{white}{22.8} & \cellcolor{white}{330} & \cellcolor{white}{99} & \cellcolor{white}{30.0}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{528} & \cellcolor{white}{102} & \cellcolor{white}{19.3} & \cellcolor{white}{504} & \cellcolor{white}{131} & \cellcolor{white}{26.0}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{3098} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{445} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{14.4} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2902} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{698} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{24.1}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{889} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{184} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{20.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{834} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{230} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{27.6}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti con shock settico} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2570} & \cellcolor{white}{1022} & \cellcolor{white}{39.9} & \cellcolor{white}{2443} & \cellcolor{white}{1184} & \cellcolor{white}{48.5}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{463} & \cellcolor{white}{208} & \cellcolor{white}{45.0} & \cellcolor{white}{429} & \cellcolor{white}{226} & \cellcolor{white}{52.7}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{183} & \cellcolor{white}{90} & \cellcolor{white}{49.5} & \cellcolor{white}{175} & \cellcolor{white}{104} & \cellcolor{white}{59.4}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{3033} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1230} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{40.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2872} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1410} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{49.1}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{646} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{298} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{46.3} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{604} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{330} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{54.6}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}{%
\subsubsection{Mortalità - Pazienti infetti all'ammissione con shock settico - COVID VS NON COVID}\label{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/mortalitaShockSetticoCovid-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcccccc}
\toprule
\multicolumn{1}{c}{ } & \multicolumn{6}{c}{Mortalità} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){2-7}
Pazienti & N pazienti & N morti TI & TI & N pazienti (escluso riamm.) & N morti H & H\\
\midrule
Covid & 86 & 52 & 61.2 & 84 & 54 & 65.9\\
Non covid & 2947 & 1178 & 40.1 & 2816 & 1356 & 48.6\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{tutti-i-pazienti-n-24743}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Tutti i pazienti} ( N = 24743 )}{Tutti i pazienti ( N = 24743 )}}\label{tutti-i-pazienti-n-24743}}

\hypertarget{sesso}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/sesso-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 15054 & 61.1\\
Femmina & 9574 & 38.9\\
Missing & 115 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/eta1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 280 & 1.1\\
17-45 & 2855 & 11.5\\
46-65 & 7295 & 29.5\\
66-75 & 6601 & 26.7\\
>75 & 7712 & 31.2\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTI-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 4.5\\
DS & 12.4\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-3\\
Missing & 64\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Provenienza-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 3257 & 13.2\\
Reparto chirurgico & 9802 & 39.8\\
Pronto soccorso & 9376 & 38.1\\
Altra TI & 1502 & 6.1\\
Terapia subintensiva & 690 & 2.8\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 116 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Trauma-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 21740 & 88.2\\
Sì & 2920 & 11.8\\
Missing & 83 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgico-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 12357 & 50.1\\
Chirurgico d'elezione & 5934 & 24.1\\
Chirurgico d'urgenza & 6369 & 25.8\\
Missing & 83 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissione-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 10063 & 40.9\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 14386 & 58.4\\
Sedazione Palliativa & 90 & 0.4\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 86 & 0.3\\
\addlinespace
Missing & 118 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuro-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 17384 & 87.1\\
Coma cerebrale & 1267 & 6.3\\
Coma metabolico & 450 & 2.3\\
Coma postanossico & 703 & 3.5\\
Coma tossico & 149 & 0.7\\
\addlinespace
Missing & 4790 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Gcs-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 13.0\\
DS & 3.6\\
Mediana & 15\\
Q1-Q3 & 13-15\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsorta-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 24368 & 99.0\\
Coma cerebrale & 130 & 0.5\\
Coma metabolico & 58 & 0.2\\
Coma postanossico & 67 & 0.3\\
Missing & 124 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTI-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 20734 & 84.2\\
Deceduti & 3886 & 15.8\\
Missing & 123 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedaliera-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalità ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 18489 & 78.0\\
Deceduti & 5209 & 22.0\\
Missing & 253 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 23951 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 792 ).

\newpage

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorni-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 5.9 (9.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 2 (1-7)\\
Missing & 119\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 20.7 (23.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 14 (7-26)\\
Missing & 249\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 23951 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 792 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-n-9401}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti} ( N = 9401 )}{Pazienti infetti ( N = 9401 )}}\label{pazienti-infetti-n-9401}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Gravita-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 2554 & 27.2\\
Sepsi & 3626 & 38.6\\
Shock settico & 3216 & 34.2\\
Missing & 5 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaInfez-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione non complessa & 11.4 & 19.6\\
Sepsi & 15.1 & 24.3\\
Shock settico & 41.1 & 49.7\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-non-infetti-n-15214}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti non infetti} ( N = 15214 )}{Pazienti non infetti ( N = 15214 )}}\label{pazienti-non-infetti-n-15214}}

\hypertarget{sesso-1}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/SessoNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 9208 & 60.8\\
Femmina & 5934 & 39.2\\
Missing & 72 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0-1}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/etaNonNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 195 & 1.3\\
17-45 & 1917 & 12.6\\
46-65 & 4406 & 29.0\\
66-75 & 3908 & 25.7\\
>75 & 4788 & 31.5\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTINonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 3.4\\
DS & 10.7\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-2\\
Missing & 10\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto-1}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaNonInfetti1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}


\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 1345 & 8.9\\
Reparto chirurgico & 7435 & 49.0\\
Pronto soccorso & 5435 & 35.8\\
Altra TI & 669 & 4.4\\
Terapia subintensiva & 286 & 1.9\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 44 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-1}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 12949 & 85.1\\
Sì & 2265 & 14.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-1}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 6366 & 41.8\\
Chirurgico d'elezione & 5358 & 35.2\\
Chirurgico d'urgenza & 3490 & 22.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-1}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-1}}

\begin{minipage}{0.45\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.55\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 8484 & 55.8\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 6570 & 43.2\\
Sedazione Palliativa & 66 & 0.4\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 71 & 0.5\\
\addlinespace
Missing & 23 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 10843 & 88.1\\
Coma cerebrale & 736 & 6.0\\
Coma metabolico & 176 & 1.4\\
Coma postanossico & 457 & 3.7\\
Coma tossico & 102 & 0.8\\
\addlinespace
Missing & 2900 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GcsNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 11.3\\
DS & 3.5\\
Mediana & 13\\
Q1-Q3 & 12-13\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 15088 & 99.2\\
Coma cerebrale & 65 & 0.4\\
Coma metabolico & 20 & 0.1\\
Coma postanossico & 44 & 0.3\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-1}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTINonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 13490 & 88.7\\
Deceduti & 1715 & 11.3\\
Missing & 9 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-1}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 12432 & 83.9\\
Deceduti & 2381 & 16.1\\
Missing & 54 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 14867 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 347 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 3.1 (4.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-3)\\
Missing & 7\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-1}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 16.6 (19.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 11 (6-21)\\
Missing & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 14867 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 347 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-infezione-allammissione}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}\label{pazienti-con-infezione-allammissione}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}

Sono presenti 8029 pazienti che contraggono un'infezione all'ammissione,
i quali rappresentano il 32.45\% della popolazione
totale ammessa in TI.

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione & 8029 & 32.45\\
Non infetti all'ammissione & 16714 & 67.55\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 24743).

I pazienti infetti all'ammissione possono presentare peritonite o polmonite:

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfAmmPerPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione 
 (no peritonite, no polmonite) & 5331 & 66.40\\
Peritonite all'ammissione & 1495 & 18.62\\
Polmonite all'ammissione & 2628 & 32.73\\
\bottomrule
\end{longtable}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti infetti all'ammissione (N = 8029).

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-allammissione-n-8029}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti all'ammissione} (N = 8029)}{Pazienti infetti all'ammissione (N = 8029)}}\label{pazienti-infetti-allammissione-n-8029}}

\hypertarget{provenienza-reparto-2}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaInfAmm1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 1732 & 21.7\\
Reparto chirurgico & 2116 & 26.5\\
Pronto soccorso & 3168 & 39.6\\
Altra TI & 626 & 7.8\\
Terapia subintensiva & 357 & 4.5\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 30 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-2}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 7779 & 96.9\\
Sì & 249 & 3.1\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-2}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 5140 & 64.0\\
Chirurgico d'elezione & 461 & 5.7\\
Chirurgico d'urgenza & 2428 & 30.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-2}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-2}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 1419 & 17.7\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 6573 & 81.9\\
Sedazione Palliativa & 23 & 0.3\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 11 & 0.1\\
\addlinespace
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezioni-allammissione-top-10}{%
\subsection{Infezioni all'ammissione ( top 10 )}\label{infezioni-allammissione-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfAdmTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 2628 & 32.7\\
Peritonite secondaria NON chir. & 735 & 9.2\\
IVU NON catetere correlata & 579 & 7.2\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 463 & 5.8\\
Peritonite post-chirurgica & 448 & 5.6\\
\addlinespace
Batteriemia primaria sconosciuta & 433 & 5.4\\
Positivit al COVID & 421 & 5.2\\
Colecistite/colangite & 392 & 4.9\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 374 & 4.7\\
Sepsi clinica & 342 & 4.3\\
\addlinespace
Missing & 0 & NA\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 7046 & 87.8\\
Sì & 983 & 12.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità massima raggiunta in degenza dell'infezione all'ammissione}\label{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaInfAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione all'ammissione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 1895 & 23.6\\
Sepsi & 3098 & 38.6\\
Shock settico & 3033 & 37.8\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 2826 & 34.8\\
Sì & 5293 & 65.2\\
Missing & 33 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{8152} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{7035} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 631 & 11.9 & 470 & 121 & 25.7\\
Staphylococcus capitis & 26 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 42 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 49 & 0.9 & 34 & 25 & 73.5\\
Staphylococcus hominis & 58 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 11 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 132 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 104 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 51 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 383 & 7.2 & 246 & 14 & 5.7\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 199 & 3.8 & 145 & 10 & 6.9\\
Enterococco faecalis & 293 & 5.5 & 222 & 13 & 5.9\\
Enterococco faecium & 271 & 5.1 & 210 & 71 & 33.8\\
Enterococco altra specie & 48 & 0.9 & 31 & 5 & 16.1\\
Clostridium difficile & 50 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 31 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{2379} & \textbf{44.9} & \textbf{1358} & \textbf{259} & \textbf{19.1}\\
Klebsiella pneumoniae & 527 & 10.0 & 370 & 82 & 22.2\\
Klebsiella altra specie & 171 & 3.2 & 121 & 5 & 4.1\\
Enterobacter spp & 191 & 3.6 & 127 & 6 & 4.7\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 82 & 1.5 & 46 & 1 & 2.2\\
Serratia & 106 & 2.0 & 73 & 2 & 2.7\\
Pseudomonas aeruginosa & 415 & 7.8 & 282 & 71 & 25.2\\
Pseudomonas altra specie & 12 & 0.2 & 7 & 1 & 14.3\\
Escherichia coli & 1225 & 23.1 & 900 & 15 & 1.7\\
\addlinespace
Proteus & 184 & 3.5 & 128 & 4 & 3.1\\
Acinetobacter & 71 & 1.3 & 46 & 29 & 63\\
Emofilo & 194 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 97 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 58 & 1.1 & 45 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 53 & 1.0 & 41 & 1 & 2.4\\
Providencia & 11 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 13 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 113 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{3523} & \textbf{66.6} & \textbf{2186} & \textbf{217} & \textbf{9.9}\\
\addlinespace
Candida albicans & 233 & 4.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 96 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 27 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 30 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 29 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 10 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 17 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 61 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 18 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 89 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{611} & \textbf{11.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 74 & 1.4 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 5 & 0.1 &  &  & \\
Influenza altro A & 6 & 0.1 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza B & 11 & 0.2 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 7 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 25 & 0.5 &  &  & \\
Herpes simplex & 31 & 0.6 &  &  & \\
Altro Virus & 117 & 2.2 &  &  & \\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{276} & \textbf{5.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 17 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 25 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 8 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{50} & \textbf{0.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 365 & Ertapenem & 57 & 15.62\\
Klebsiella pneumoniae & 369 & Meropenem & 71 & 19.24\\
Klebsiella altra specie & 119 & Ertapenem & 5 & 4.20\\
Klebsiella altra specie & 121 & Meropenem & 3 & 2.48\\
Enterobacter spp & 122 & Ertapenem & 6 & 4.92\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 127 & Meropenem & 1 & 0.79\\
Altro enterobacterales & 45 & Ertapenem & 1 & 2.22\\
Escherichia coli & 886 & Ertapenem & 14 & 1.58\\
Escherichia coli & 898 & Meropenem & 8 & 0.89\\
Morganella & 40 & Ertapenem & 1 & 2.50\\
\addlinespace
Morganella & 41 & Meropenem & 1 & 2.44\\
Proteus & 127 & Ertapenem & 2 & 1.57\\
Proteus & 127 & Meropenem & 2 & 1.57\\
Serratia & 71 & Ertapenem & 2 & 2.82\\
Acinetobacter & 46 & Imipenem & 24 & 52.17\\
\addlinespace
Acinetobacter & 46 & Meropenem & 29 & 63.04\\
Pseudomonas aeruginosa & 273 & Imipenem & 67 & 24.54\\
Pseudomonas aeruginosa & 281 & Meropenem & 45 & 16.01\\
Pseudomonas altra specie & 7 & Imipenem & 1 & 14.29\\
Pseudomonas altra specie & 7 & Meropenem & 1 & 14.29\\
\addlinespace
Staphylococcus haemolyticus & 34 & Meticillina & 25 & 73.53\\
Staphylococcus aureus & 470 & Meticillina & 121 & 25.74\\
Streptococcus pneumoniae & 246 & Penicillina & 14 & 5.69\\
Streptococcus altra specie & 145 & Penicillina & 10 & 6.90\\
Enterococco faecalis & 222 & Vancomicina & 13 & 5.86\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 210 & Vancomicina & 71 & 33.81\\
Enterococco altra specie & 31 & Vancomicina & 5 & 16.13\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 55 & 4.37\\
No & 331 & 26.29\\
Non testato & 873 & 69.34\\
Missing & 1349 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 4 & 5.6 & 372 & 875\\
kpc & 35 & 49.3 & 355 & 867\\
ndm & 17 & 23.9 & 362 & 873\\
oxa & 10 & 14.1 & 367 & 874\\
vim & 5 & 7.0 & 371 & 875\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmm-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-1495}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con peritonite all'ammissione} (N = 1495)}{Pazienti con peritonite all'ammissione (N = 1495)}}\label{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-1495}}

\hypertarget{tipologia-di-peritonite}{%
\subsection{Tipologia di peritonite}\label{tipologia-di-peritonite}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipologiaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Peritonite primaria & 275 & 18.4\\
Peritonite secondaria NON chir. & 735 & 49.2\\
Peritonite terziaria & 37 & 2.5\\
Peritonite post-chirurgica & 448 & 30.0\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipo-di-infezione}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipoInfPeritoniteAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 973 & 65.2\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 509 & 34.1\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 10 & 0.7\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-batteriemica}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPeritoniteAmm2-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 1242 & 83.3\\
Sì & 249 & 16.7\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-multisito}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Multisito & N & \%\\
\midrule
No & 1325 & 88.6\\
Sì & 170 & 11.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 149 & 11.2\\
Sepsi & 435 & 32.8\\
Shock settico & 741 & 55.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 1325 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 170 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-2}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1098 & 73.6\\
Deceduti & 394 & 26.4\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-2}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 824 & 60.7\\
Deceduti & 533 & 39.3\\
Missing & 13 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 1370 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 125 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 7.6 (9.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 4 (2-9)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-2}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 27.7 (25.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 20 (10-38)\\
Missing & 13\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 1370 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 125 ).

\newpage

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 828 & 55.6\\
Sì & 662 & 44.4\\
Missing & 5 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{1495} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{1150} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 15 & 2.3 & 10 & 2 & 20\\
Staphylococcus capitis & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 5 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 11 & 1.7 & 6 & 5 & 83.3\\
Staphylococcus hominis & 12 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 14 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 0.2 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 45 & 6.8 & 33 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 86 & 13.0 & 66 & 6 & 9.1\\
Enterococco faecium & 130 & 19.6 & 106 & 37 & 34.9\\
Enterococco altra specie & 20 & 3.0 & 14 & 4 & 28.6\\
Clostridium difficile & 5 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 9 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{357} & \textbf{53.9} & \textbf{236} & \textbf{54} & \textbf{22.9}\\
Klebsiella pneumoniae & 96 & 14.5 & 68 & 9 & 13.2\\
Klebsiella altra specie & 36 & 5.4 & 26 & 2 & 7.7\\
Enterobacter spp & 46 & 6.9 & 26 & 2 & 7.7\\
Altro enterobacterales & 22 & 3.3 & 14 & 1 & 7.1\\
\addlinespace
Serratia & 4 & 0.6 & 3 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 56 & 8.5 & 42 & 12 & 28.6\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.3 & 2 & 1 & 50\\
Escherichia coli & 297 & 44.9 & 216 & 3 & 1.4\\
Proteus & 24 & 3.6 & 18 & 1 & 5.6\\
\addlinespace
Acinetobacter & 5 & 0.8 & 5 & 4 & 80\\
Emofilo & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 9 & 1.4 & 7 & 0 & 0\\
Morganella & 19 & 2.9 & 15 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 26 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{644} & \textbf{97.3} & \textbf{442} & \textbf{35} & \textbf{7.9}\\
Candida albicans & 67 & 10.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 41 & 6.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 10 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 5 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 8 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 9 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{144} & \textbf{21.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Altro Virus & 1 & 0.2 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 68 & Ertapenem & 5 & 7.35\\
Klebsiella pneumoniae & 68 & Meropenem & 9 & 13.24\\
Klebsiella altra specie & 26 & Ertapenem & 2 & 7.69\\
Klebsiella altra specie & 26 & Meropenem & 1 & 3.85\\
Enterobacter spp & 25 & Ertapenem & 2 & 8.00\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 26 & Meropenem & 1 & 3.85\\
Altro enterobacterales & 14 & Ertapenem & 1 & 7.14\\
Escherichia coli & 213 & Ertapenem & 3 & 1.41\\
Escherichia coli & 215 & Meropenem & 2 & 0.93\\
Proteus & 18 & Meropenem & 1 & 5.56\\
\addlinespace
Acinetobacter & 5 & Imipenem & 4 & 80.00\\
Acinetobacter & 5 & Meropenem & 4 & 80.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 41 & Imipenem & 12 & 29.27\\
Pseudomonas aeruginosa & 42 & Meropenem & 3 & 7.14\\
Pseudomonas altra specie & 2 & Imipenem & 1 & 50.00\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 2 & Meropenem & 1 & 50.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 6 & Meticillina & 5 & 83.33\\
Staphylococcus aureus & 10 & Meticillina & 2 & 20.00\\
Enterococco faecalis & 66 & Vancomicina & 6 & 9.09\\
Enterococco faecium & 106 & Vancomicina & 37 & 34.91\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 14 & Vancomicina & 4 & 28.57\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 4 & 1.9\\
No & 42 & 19.91\\
Non testato & 165 & 78.2\\
Missing & 246 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 44 & 165\\
kpc & 1 & 25 & 45 & 164\\
ndm & 3 & 75 & 42 & 164\\
oxa & 0 & 0 & 44 & 165\\
vim & 0 & 0 & 45 & 165\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPeritAMM-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-2628}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite all'ammissione} (N = 2628)}{Pazienti con polmonite all'ammissione (N = 2628)}}\label{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-2628}}

\hypertarget{trauma-3}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 2548 & 97.0\\
Sì & 80 & 3.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-3}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 2349 & 89.4\\
Chirurgico d'elezione & 71 & 2.7\\
Chirurgico d'urgenza & 208 & 7.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipo-di-infezione-1}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipoInfPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 1935 & 73.9\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 564 & 21.5\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 121 & 4.6\\
Missing & 8 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezione-batteriemica-1}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmAmm1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 2210 & 84.4\\
Sì & 409 & 15.6\\
Missing & 9 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezioni-multisito-1}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 1993 & 75.8\\
Sì & 635 & 24.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 517 & 25.9\\
Sepsi & 945 & 47.4\\
Shock settico & 531 & 26.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su
1993 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 635 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-3}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1894 & 72.2\\
Deceduti & 731 & 27.8\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-3}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1572 & 63.6\\
Deceduti & 901 & 36.4\\
Missing & 32 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 2505 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 123 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-3}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 11.6 (13.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 8 (3-15)\\
Missing & 4\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-3}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 25.7 (24.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 19 (9-34)\\
Missing & 32\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 2505 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 123 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmoniti}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 984 & 37.6\\
Sì & 1634 & 62.4\\
Missing & 10 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{2628} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{2161} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 246 & 15.1 & 180 & 53 & 29.4\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 8 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 6 & 0.4 & 6 & 6 & 100\\
Staphylococcus hominis & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 14 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 18 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 19 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 284 & 17.4 & 176 & 10 & 5.7\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 10 & 0.6 & 7 & 1 & 14.3\\
Enterococco faecalis & 19 & 1.2 & 9 & 2 & 22.2\\
Enterococco faecium & 18 & 1.1 & 11 & 3 & 27.3\\
Enterococco altra specie & 3 & 0.2 & 2 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{656} & \textbf{40.1} & \textbf{391} & \textbf{75} & \textbf{19.2}\\
Klebsiella pneumoniae & 136 & 8.3 & 98 & 23 & 23.5\\
Klebsiella altra specie & 52 & 3.2 & 35 & 1 & 2.9\\
Enterobacter spp & 55 & 3.4 & 36 & 2 & 5.6\\
Altro enterobacterales & 17 & 1.0 & 11 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 39 & 2.4 & 26 & 1 & 3.8\\
Pseudomonas aeruginosa & 175 & 10.7 & 106 & 25 & 23.6\\
Pseudomonas altra specie & 4 & 0.2 & 3 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 153 & 9.4 & 110 & 2 & 1.8\\
Proteus & 17 & 1.0 & 13 & 0 & 0\\
\addlinespace
Acinetobacter & 31 & 1.9 & 20 & 11 & 55\\
Emofilo & 139 & 8.5 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 96 & 5.9 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 10 & 0.6 & 8 & 0 & 0\\
Morganella & 9 & 0.6 & 6 & 0 & 0\\
\addlinespace
Providencia & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 13 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 21 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{970} & \textbf{59.4} & \textbf{472} & \textbf{65} & \textbf{13.8}\\
Candida albicans & 50 & 3.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 21 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 5 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 4 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 49 & 3.0 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 17 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 17 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{175} & \textbf{10.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 64 & 3.9 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza AH3N2 & 4 & 0.2 &  &  & \\
Influenza altro A & 5 & 0.3 &  &  & \\
Influenza B & 9 & 0.6 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 6 & 0.4 &  &  & \\
Citomegalovirus & 12 & 0.7 &  &  & \\
\addlinespace
Herpes simplex & 6 & 0.4 &  &  & \\
Altro Virus & 59 & 3.6 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{165} & \textbf{10.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 15 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 18 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Mycobacterium altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{35} & \textbf{2.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 96 & Ertapenem & 16 & 16.67\\
Klebsiella pneumoniae & 98 & Meropenem & 19 & 19.39\\
Klebsiella altra specie & 35 & Ertapenem & 1 & 2.86\\
Klebsiella altra specie & 35 & Meropenem & 1 & 2.86\\
Enterobacter spp & 34 & Ertapenem & 2 & 5.88\\
\addlinespace
Escherichia coli & 109 & Ertapenem & 1 & 0.92\\
Escherichia coli & 110 & Meropenem & 1 & 0.91\\
Serratia & 26 & Ertapenem & 1 & 3.85\\
Acinetobacter & 20 & Imipenem & 8 & 40.00\\
Acinetobacter & 20 & Meropenem & 11 & 55.00\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 104 & Imipenem & 25 & 24.04\\
Pseudomonas aeruginosa & 106 & Meropenem & 16 & 15.09\\
Staphylococcus haemolyticus & 6 & Meticillina & 6 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 180 & Meticillina & 53 & 29.44\\
Streptococcus pneumoniae & 176 & Penicillina & 10 & 5.68\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 7 & Penicillina & 1 & 14.29\\
Enterococco faecalis & 9 & Vancomicina & 2 & 22.22\\
Enterococco faecium & 11 & Vancomicina & 3 & 27.27\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 18 & 7.23\\
No & 65 & 26.1\\
Non testato & 166 & 66.67\\
Missing & 242 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 4.5 & 80 & 166\\
kpc & 12 & 54.5 & 73 & 164\\
ndm & 4 & 18.2 & 78 & 165\\
oxa & 4 & 18.2 & 78 & 165\\
vim & 1 & 4.5 & 79 & 166\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmAmm-1} \end{center}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 754 & 36.7\\
Sì & 1302 & 63.3\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{2056} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{1694} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 191 & 14.7 & 146 & 42 & 28.8\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 6 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 4 & 0.3 & 4 & 4 & 100\\
Staphylococcus hominis & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 9 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 18 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 19 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 266 & 20.4 & 164 & 9 & 5.5\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 10 & 0.8 & 7 & 1 & 14.3\\
Enterococco faecalis & 10 & 0.8 & 4 & 2 & 50\\
Enterococco faecium & 9 & 0.7 & 6 & 0 & 0\\
Enterococco altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{551} & \textbf{42.3} & \textbf{331} & \textbf{58} & \textbf{17.5}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 76 & 5.8 & 58 & 7 & 12.1\\
Klebsiella altra specie & 34 & 2.6 & 24 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 38 & 2.9 & 24 & 1 & 4.2\\
Altro enterobacterales & 15 & 1.2 & 10 & 0 & 0\\
Serratia & 27 & 2.1 & 19 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 113 & 8.7 & 68 & 13 & 19.1\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.2 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 112 & 8.6 & 80 & 2 & 2.5\\
Proteus & 12 & 0.9 & 9 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 11 & 0.8 & 6 & 3 & 50\\
\addlinespace
Emofilo & 127 & 9.8 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 94 & 7.2 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 8 & 0.6 & 6 & 0 & 0\\
Morganella & 8 & 0.6 & 5 & 0 & 0\\
Providencia & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clamidia & 12 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 17 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{708} & \textbf{54.4} & \textbf{310} & \textbf{26} & \textbf{8.4}\\
Candida albicans & 25 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 8 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida krusei & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 4 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 33 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pneumocistie Jirovecii & 16 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 13 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{104} & \textbf{8.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 60 & 4.6 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 4 & 0.3 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza altro A & 5 & 0.4 &  &  & \\
Influenza B & 7 & 0.5 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 5 & 0.4 &  &  & \\
Citomegalovirus & 10 & 0.8 &  &  & \\
Herpes simplex & 5 & 0.4 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 56 & 4.3 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{152} & \textbf{11.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 13 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 18 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{33} & \textbf{2.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 56 & Ertapenem & 4 & 7.14\\
Klebsiella pneumoniae & 58 & Meropenem & 6 & 10.34\\
Enterobacter spp & 22 & Ertapenem & 1 & 4.55\\
Escherichia coli & 80 & Ertapenem & 1 & 1.25\\
Escherichia coli & 80 & Meropenem & 1 & 1.25\\
\addlinespace
Acinetobacter & 6 & Imipenem & 2 & 33.33\\
Acinetobacter & 6 & Meropenem & 3 & 50.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 67 & Imipenem & 13 & 19.40\\
Pseudomonas aeruginosa & 68 & Meropenem & 6 & 8.82\\
Staphylococcus haemolyticus & 4 & Meticillina & 4 & 100.00\\
\addlinespace
Staphylococcus aureus & 146 & Meticillina & 42 & 28.77\\
Streptococcus pneumoniae & 164 & Penicillina & 9 & 5.49\\
Streptococcus altra specie & 7 & Penicillina & 1 & 14.29\\
Enterococco faecalis & 4 & Vancomicina & 2 & 50.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 2 & 3.92\\
No & 14 & 27.45\\
Non testato & 35 & 68.63\\
Missing & 60 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 17 & 34\\
kpc & 2 & 100 & 16 & 33\\
ndm & 0 & 0 & 18 & 33\\
oxa & 0 & 0 & 18 & 33\\
vim & 0 & 0 & 17 & 34\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmOsp-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}\label{pazienti-infetti-in-degenza}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}

I pazienti infetti in degenza comprendono tutti i pazienti che contraggono un'infezione durante la loro degenza a prescindere dal fatto che siano infetti all'ammissione o meno.

Sono presenti 2345 pazienti infetti in degenza, che rappresentano il 9.5\% della popolazione totale ammessa in TI.

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza & 2345 & 9.5\\
Non infetti in degenza & 22398 & 90.5\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 24743).

I pazienti infetti in degenza possono presentare VAP o batteriemia:

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfDegVAPCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza (no vap, no batteriemia) & 1087 & 46.4\\
VAP & 712 & 30.4\\
Batteriemia primaria di origine sconosciuta & 294 & 12.5\\
Batteriemia da catetere & 197 & 8.4\\
Batteriemia secondaria & 380 & 16.2\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale à calcolata sul totale di pazienti infetti in degenza (N = 2345)

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza-n-2345}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti in degenza} (N = 2345)}{Pazienti infetti in degenza (N = 2345)}}\label{pazienti-infetti-in-degenza-n-2345}}

\hypertarget{sesso-2}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/sessoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 1525 & 65.6\\
Femmina & 798 & 34.4\\
Missing & 22 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0-2}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/etaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 11 & 0.5\\
17-45 & 306 & 13.0\\
46-65 & 768 & 32.8\\
66-75 & 685 & 29.2\\
>75 & 575 & 24.5\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTIInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 5.7\\
DS & 13.8\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-5\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto-3}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaInfDeg1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 371 & 15.9\\
Reparto chirurgico & 431 & 18.4\\
Pronto soccorso & 1117 & 47.8\\
Altra TI & 314 & 13.4\\
Terapia subintensiva & 105 & 4.5\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 7 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-4}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 1899 & 81.0\\
Sì & 446 & 19.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-4}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 1481 & 63.2\\
Chirurgico d'elezione & 151 & 6.4\\
Chirurgico d'urgenza & 713 & 30.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-3}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-3}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 210 & 9.0\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 2126 & 90.8\\
Sedazione Palliativa & 1 & 0.0\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 4 & 0.2\\
\addlinespace
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 1301 & 74.9\\
Coma cerebrale & 270 & 15.5\\
Coma metabolico & 57 & 3.3\\
Coma postanossico & 91 & 5.2\\
Coma tossico & 19 & 1.1\\
\addlinespace
Missing & 607 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GcsInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 9.0\\
DS & 4.4\\
Mediana & 11\\
Q1-Q3 & 5-13\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 2295 & 97.9\\
Coma cerebrale & 26 & 1.1\\
Coma metabolico & 13 & 0.6\\
Coma postanossico & 11 & 0.5\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-4}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1752 & 74.8\\
Deceduti & 589 & 25.2\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-4}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1488 & 67.3\\
Deceduti & 724 & 32.7\\
Missing & 40 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 2252 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 93 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-4}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-4}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 21.8 (17.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 17 (10-28)\\
Missing & 4\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-4}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-4}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1InfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 39.1 (29.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 33 (18-51)\\
Missing & 40\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 2252 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 93 ).

\hypertarget{infezioni-in-degenza-top-10}{%
\subsection{Infezioni in degenza ( top 10 )}\label{infezioni-in-degenza-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfDegTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 848 & 36.2\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 522 & 22.3\\
IVU catetere correlata & 303 & 12.9\\
Batteriemia primaria sconosciuta & 294 & 12.5\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 197 & 8.4\\
\addlinespace
Peritonite post-chirurgica & 94 & 4.0\\
IVU NON catetere correlata & 92 & 3.9\\
Sepsi clinica & 83 & 3.5\\
Infezione delle alte vie respiratorie & 68 & 2.9\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 56 & 2.4\\
\addlinespace
Missing & 0 & NA\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito-1}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 1859 & 79.3\\
Sì & 486 & 20.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-in-degenza}{%
\subsection{Infezioni in degenza}\label{infezioni-in-degenza}}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
  & N\\
\midrule
Numero totale di episodi infettivi  * & 2839\\
Numero totale di microrganismi isolati & 3399\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Non sono considerati gli episodi multipli nella stessa infezione.

\hypertarget{giorni-per-contrarre-linfezione}{%
\subsection{Giorni per contrarre l'infezione}\label{giorni-per-contrarre-linfezione}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniContrazioneInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 7.6\\
DS & 7.6\\
Mediana & 5\\
Q1-Q3 & 3-10\\
Missing & 11\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}{%
\subsection{Incidenza di infezione in degenza: Incidenza 1 e Incidenza 2}\label{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\raggedright\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) **\\
\midrule
Stima & 20.1 & 14.0 \%\\
CI ( 95\% ) & 19.2 - 20.9 & 13.5 - 14.6\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per le infezioni in degenza,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ Giornate di degenza pre-infezione}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-infezione} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
dell'infezione o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa infezione
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza dell'infezione
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{** Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ ( Giornate di degenza pre-infezione )}/7} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano infezione in degenza?'}.

\hypertarget{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}{%
\subsection{Incidenza di infezioni in degenza e percentuale di infezioni multiresistenti}\label{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}}

\vspace{0.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GraficoDispersione-1} \end{center}

Il grafico sovrastante incrocia le variabili \emph{Incidenza di infezioni in degenza} e
\emph{Percentuale di infezioni multiresistenti}
( ad esclusione del germe S. Coagulasi negativo meticillina resistente ).
La nuvola di punti rappresenta i dati delle TI nazionali. .
Le due linee rosse intersecano il grafico in corrispondenza dei valori mediani
nazionali e delineano 4 aree.
L'area \textbf{A1} identifica i centri che sembrano praticare un'efficace prevenzione
delle infezioni e una buona gestione dell'antibiotico terapia.
Per contro a cadere nell'area \textbf{A3} sono i centri che, osservando un'elevata
incidenza di infezioni in degenza ed un'alta percentuale di multiresistenze,
paiono non riuscire a controllare efficacemente i fenomeni.
È bene sottolineare che ad influire notevolmente su tali statistiche sono
i case-mix delle TI. È pertanto importante valutare con estrema cautela
tale grafico e tenere in considerazione che quella appena fornita è
solo una delle tante possibili chiavi di lettura.

\textbf{Rischio di contrarre infezioni in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurvaSopravINFEZDeg-1} \end{center}

\end{col}\vspace{1cm}

\color{white}{....} \color{black}

\textbf{Rischio di contrarre sepsi severa o shock settico in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurvaSopravSEPSIDeg-1} \end{center}

\end{col}

I due grafici sovrastanti mostrano le curve di rischio di contrarre infezione e
sepsi/shock settico in TI all'aumentare dei giorni trascorsi in reparto.
Come è logico, il rischio aumenta all'aumentare della degenza del paziente.

Per esempio, la probabilità di aver contratto un'infezione in TI è
pari al 77\% alla decima giornata di degenza.
Tale probabilità sfiora il 94\% se il
paziente rimane ricoverato per almeno 20 giorni ( Dati nazionali ).
Entrambi i grafici sono `troncati' alla ventesima giornata di degenza poichè
le stime successive, basate sui pochi pazienti con degenza superiore a 20 giorni,
sarebbero risultate instabili.
Le aree ombreggiate delineano l'intervallo di confidenza al 95\% delle stime.

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 264 & 9.4\\
Sì & 2558 & 90.6\\
Missing & 17 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{2839} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{3399} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 358 & 14.0 & 267 & 58 & 21.7\\
Staphylococcus capitis & 22 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 15 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 32 & 1.2 & 24 & 16 & 66.7\\
Staphylococcus hominis & 33 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 124 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 7 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 9 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 26 & 1.0 & 14 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 25 & 1.0 & 17 & 2 & 11.8\\
Enterococco faecalis & 136 & 5.3 & 99 & 5 & 5.1\\
Enterococco faecium & 100 & 3.9 & 81 & 27 & 33.3\\
Enterococco altra specie & 12 & 0.5 & 7 & 1 & 14.3\\
Clostridium difficile & 33 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 7 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{941} & \textbf{36.7} & \textbf{509} & \textbf{109} & \textbf{21.4}\\
Klebsiella pneumoniae & 329 & 12.8 & 226 & 49 & 21.7\\
Klebsiella altra specie & 158 & 6.2 & 111 & 3 & 2.7\\
Enterobacter spp & 175 & 6.8 & 124 & 5 & 4\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 35 & 1.4 & 21 & 0 & 0\\
Serratia & 121 & 4.7 & 86 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 385 & 15.0 & 273 & 72 & 26.4\\
Pseudomonas altra specie & 7 & 0.3 & 4 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 343 & 13.4 & 234 & 5 & 2.1\\
\addlinespace
Proteus & 94 & 3.7 & 71 & 3 & 4.2\\
Acinetobacter & 79 & 3.1 & 60 & 39 & 65\\
Emofilo & 82 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 59 & 2.3 & 39 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 28 & 1.1 & 17 & 0 & 0\\
Providencia & 4 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 43 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1946} & \textbf{75.8} & \textbf{1266} & \textbf{176} & \textbf{13.9}\\
\addlinespace
Candida albicans & 161 & 6.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 3 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 63 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 13 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 46 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 20 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 4 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 7 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 56 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 31 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{406} & \textbf{15.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 2 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 9 & 0.4 &  &  & \\
Herpes simplex & 4 & 0.2 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 9 & 0.4 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{24} & \textbf{0.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 3 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 1 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{5} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 217 & Ertapenem & 39 & 17.97\\
Klebsiella pneumoniae & 226 & Meropenem & 44 & 19.47\\
Klebsiella altra specie & 110 & Ertapenem & 3 & 2.73\\
Klebsiella altra specie & 110 & Meropenem & 1 & 0.91\\
Enterobacter spp & 123 & Ertapenem & 5 & 4.07\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 124 & Meropenem & 1 & 0.81\\
Escherichia coli & 228 & Ertapenem & 3 & 1.32\\
Escherichia coli & 234 & Meropenem & 4 & 1.71\\
Proteus & 71 & Ertapenem & 3 & 4.23\\
Proteus & 71 & Meropenem & 3 & 4.23\\
\addlinespace
Acinetobacter & 60 & Imipenem & 36 & 60.00\\
Acinetobacter & 59 & Meropenem & 38 & 64.41\\
Pseudomonas aeruginosa & 264 & Imipenem & 65 & 24.62\\
Pseudomonas aeruginosa & 273 & Meropenem & 49 & 17.95\\
Staphylococcus haemolyticus & 24 & Meticillina & 16 & 66.67\\
\addlinespace
Staphylococcus aureus & 267 & Meticillina & 58 & 21.72\\
Streptococcus altra specie & 17 & Penicillina & 2 & 11.76\\
Enterococco faecalis & 99 & Vancomicina & 5 & 5.05\\
Enterococco faecium & 81 & Vancomicina & 27 & 33.33\\
Enterococco altra specie & 7 & Vancomicina & 1 & 14.29\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 45 & 6.37\\
No & 161 & 22.8\\
Non testato & 500 & 70.82\\
Missing & 720 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 1.8 & 199 & 509\\
kpc & 29 & 52.7 & 183 & 506\\
ndm & 12 & 21.8 & 189 & 508\\
oxa & 7 & 12.7 & 195 & 508\\
vim & 6 & 10.9 & 195 & 509\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-973}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza} (N = 973)}{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza (N = 973)}}\label{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-973}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 382 & 16.4\\
Sì & 1947 & 83.6\\
Missing & 11 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{2340} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{2644} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 103 & 9.7 & 77 & 28 & 36.4\\
Staphylococcus capitis & 10 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 8 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 17 & 1.6 & 12 & 10 & 83.3\\
Staphylococcus hominis & 15 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 70 & 6.6 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 6 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 4 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 11 & 1.0 & 7 & 1 & 14.3\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 9 & 0.9 & 4 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 71 & 6.7 & 56 & 3 & 5.4\\
Enterococco faecium & 71 & 6.7 & 64 & 26 & 40.6\\
Enterococco altra specie & 5 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 22 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 4 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{427} & \textbf{40.4} & \textbf{221} & \textbf{68} & \textbf{30.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 144 & 13.6 & 101 & 29 & 28.7\\
Klebsiella altra specie & 57 & 5.4 & 38 & 1 & 2.6\\
Enterobacter spp & 55 & 5.2 & 39 & 4 & 10.3\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 10 & 0.9 & 6 & 0 & 0\\
Serratia & 41 & 3.9 & 27 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 199 & 18.8 & 138 & 45 & 32.6\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 136 & 12.9 & 90 & 5 & 5.6\\
\addlinespace
Proteus & 31 & 2.9 & 27 & 1 & 3.7\\
Acinetobacter & 48 & 4.5 & 37 & 27 & 73\\
Emofilo & 10 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 18 & 1.7 & 10 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 5 & 0.5 & 4 & 0 & 0\\
Providencia & 4 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 19 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{781} & \textbf{73.8} & \textbf{517} & \textbf{112} & \textbf{21.7}\\
\addlinespace
Candida albicans & 106 & 10.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 4 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 45 & 4.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 7 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 36 & 3.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 13 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 3 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 5 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 46 & 4.3 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 17 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{284} & \textbf{26.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 5 & 0.5 &  &  & \\
Herpes simplex & 1 & 0.1 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 6 & 0.6 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{13} & \textbf{1.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycobacterium tuberculosis & 3 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{4} & \textbf{0.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 149 & Ertapenem & 32 & 21.48\\
Klebsiella pneumoniae & 152 & Meropenem & 39 & 25.66\\
Klebsiella altra specie & 63 & Ertapenem & 3 & 4.76\\
Klebsiella altra specie & 63 & Meropenem & 3 & 4.76\\
Enterobacter spp & 58 & Ertapenem & 4 & 6.90\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 58 & Meropenem & 1 & 1.72\\
Altro enterobacterales & 12 & Ertapenem & 1 & 8.33\\
Escherichia coli & 190 & Ertapenem & 4 & 2.11\\
Escherichia coli & 196 & Meropenem & 6 & 3.06\\
Proteus & 45 & Ertapenem & 1 & 2.22\\
\addlinespace
Proteus & 45 & Meropenem & 1 & 2.22\\
Acinetobacter & 48 & Imipenem & 28 & 58.33\\
Acinetobacter & 47 & Meropenem & 33 & 70.21\\
Pseudomonas aeruginosa & 178 & Imipenem & 48 & 26.97\\
Pseudomonas aeruginosa & 186 & Meropenem & 38 & 20.43\\
\addlinespace
Staphylococcus haemolyticus & 19 & Meticillina & 16 & 84.21\\
Staphylococcus aureus & 148 & Meticillina & 40 & 27.03\\
Streptococcus pneumoniae & 45 & Penicillina & 3 & 6.67\\
Streptococcus altra specie & 22 & Penicillina & 1 & 4.55\\
Enterococco faecalis & 90 & Vancomicina & 6 & 6.67\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 103 & Vancomicina & 37 & 35.92\\
Enterococco altra specie & 5 & Vancomicina & 1 & 20.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 50 & 5.81\\
No & 190 & 22.09\\
Non testato & 620 & 72.09\\
Missing & 875 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 1.6 & 238 & 645\\
kpc & 37 & 58.7 & 215 & 641\\
ndm & 12 & 19.0 & 228 & 644\\
oxa & 7 & 11.1 & 234 & 644\\
vim & 6 & 9.5 & 233 & 645\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmmDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-1372}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti solo in degenza} (N = 1372)}{Pazienti infetti solo in degenza (N = 1372)}}\label{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-1372}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaSoloDegenza-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 659 & 48.1\\
Sepsi & 528 & 38.5\\
Shock settico & 183 & 13.4\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaInfezSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione non complessa & 13.1 & 20.0\\
Sepsi & 19.3 & 26.0\\
Shock settico & 49.5 & 59.4\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti solo in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 148 & 8.5\\
Sì & 1603 & 91.5\\
Missing & 9 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{1760} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{2151} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 272 & 18.0 & 204 & 37 & 18.1\\
Staphylococcus capitis & 13 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 7 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 16 & 1.1 & 12 & 6 & 50\\
Staphylococcus hominis & 19 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 65 & 4.3 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 18 & 1.2 & 10 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 16 & 1.1 & 13 & 2 & 15.4\\
Enterococco faecalis & 81 & 5.4 & 54 & 2 & 3.7\\
Enterococco faecium & 40 & 2.7 & 28 & 6 & 21.4\\
Enterococco altra specie & 7 & 0.5 & 6 & 1 & 16.7\\
Clostridium difficile & 11 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{577} & \textbf{38.3} & \textbf{327} & \textbf{54} & \textbf{16.5}\\
Klebsiella pneumoniae & 220 & 14.6 & 152 & 31 & 20.4\\
Klebsiella altra specie & 116 & 7.7 & 83 & 2 & 2.4\\
Enterobacter spp & 136 & 9.0 & 98 & 2 & 2\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 28 & 1.9 & 17 & 1 & 5.9\\
Serratia & 90 & 6.0 & 67 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 250 & 16.6 & 176 & 41 & 23.3\\
Pseudomonas altra specie & 5 & 0.3 & 4 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 231 & 15.3 & 162 & 1 & 0.6\\
\addlinespace
Proteus & 72 & 4.8 & 51 & 2 & 3.9\\
Acinetobacter & 49 & 3.2 & 35 & 22 & 62.9\\
Emofilo & 73 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 47 & 3.1 & 33 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 24 & 1.6 & 14 & 0 & 0\\
Clamidia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 28 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1371} & \textbf{90.9} & \textbf{892} & \textbf{102} & \textbf{11.4}\\
Candida albicans & 67 & 4.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 23 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 14 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 8 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 14 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 14 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{150} & \textbf{9.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.1 &  &  & \\
\addlinespace
Citomegalovirus & 4 & 0.3 &  &  & \\
Herpes simplex & 3 & 0.2 &  &  & \\
Altro Virus & 5 & 0.3 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{13} & \textbf{0.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Mycobacterium altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{2} & \textbf{0.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDegRaggrup-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 146 & Ertapenem & 26 & 17.81\\
Klebsiella pneumoniae & 152 & Meropenem & 27 & 17.76\\
Klebsiella altra specie & 82 & Ertapenem & 2 & 2.44\\
Enterobacter spp & 97 & Ertapenem & 2 & 2.06\\
Enterobacter spp & 98 & Meropenem & 1 & 1.02\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 17 & Meropenem & 1 & 5.88\\
Escherichia coli & 159 & Ertapenem & 1 & 0.63\\
Proteus & 51 & Ertapenem & 2 & 3.92\\
Proteus & 51 & Meropenem & 2 & 3.92\\
Acinetobacter & 35 & Imipenem & 21 & 60.00\\
\addlinespace
Acinetobacter & 35 & Meropenem & 22 & 62.86\\
Pseudomonas aeruginosa & 170 & Imipenem & 39 & 22.94\\
Pseudomonas aeruginosa & 176 & Meropenem & 27 & 15.34\\
Staphylococcus haemolyticus & 12 & Meticillina & 6 & 50.00\\
Staphylococcus aureus & 204 & Meticillina & 37 & 18.14\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 13 & Penicillina & 2 & 15.38\\
Enterococco faecalis & 54 & Vancomicina & 2 & 3.70\\
Enterococco faecium & 28 & Vancomicina & 6 & 21.43\\
Enterococco altra specie & 6 & Vancomicina & 1 & 16.67\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 22 & 4.72\\
No & 115 & 24.68\\
Non testato & 329 & 70.6\\
Missing & 477 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 136 & 334\\
kpc & 12 & 46.2 & 130 & 331\\
ndm & 6 & 23.1 & 131 & 333\\
oxa & 5 & 19.2 & 132 & 333\\
vim & 3 & 11.5 & 134 & 334\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipica_soloDeg-1} \end{center}

\hypertarget{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}{%
\subsection{\texorpdfstring{\textbf{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}\label{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TabInfezioniAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo isolato & N & Ammissione & \% amm. & Degenza & \% deg.\\
\midrule
Acinetobacter & 201 & 78 & 38.8 & 123 & 61.2\\
Pseudomonas aeruginosa & 975 & 453 & 46.5 & 522 & 53.5\\
Candida albicans & 448 & 251 & 56 & 197 & 44\\
Aspergillo & 140 & 73 & 52.1 & 67 & 47.9\\
Citrobacter & 137 & 62 & 45.3 & 75 & 54.7\\
\addlinespace
Coronavirus & 127 & 124 & 97.6 & 3 & 2.4\\
Enterobacter spp & 433 & 207 & 47.8 & 226 & 52.2\\
Staphylococcus epidermidis & 302 & 145 & 48 & 157 & 52\\
Escherichia coli & 1755 & 1325 & 75.5 & 430 & 24.5\\
Enterococco faecalis & 487 & 313 & 64.3 & 174 & 35.7\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 431 & 297 & 68.9 & 134 & 31.1\\
Candida glabrata & 182 & 103 & 56.6 & 79 & 43.4\\
Emofilo & 308 & 217 & 70.5 & 91 & 29.5\\
Altro gram negativo & 175 & 123 & 70.3 & 52 & 29.7\\
Klebsiella altra specie & 391 & 193 & 49.4 & 198 & 50.6\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 133 & 98 & 73.7 & 35 & 26.3\\
Streptococcus altra specie & 244 & 216 & 88.5 & 28 & 11.5\\
Altro Virus & 144 & 133 & 92.4 & 11 & 7.6\\
Klebsiella pneumoniae & 1026 & 588 & 57.3 & 438 & 42.7\\
Streptococcus pneumoniae & 465 & 435 & 93.5 & 30 & 6.5\\
\addlinespace
Proteus & 317 & 200 & 63.1 & 117 & 36.9\\
Pyogens & 128 & 120 & 93.8 & 8 & 6.2\\
Serratia & 262 & 115 & 43.9 & 147 & 56.1\\
Staphylococcus aureus & 1136 & 698 & 61.4 & 438 & 38.6\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-848}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite in degenza} (N = 848)}{Pazienti con polmonite in degenza (N = 848)}}\label{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-848}}

\hypertarget{trauma-5}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 628 & 74.1\\
Sì & 220 & 25.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-5}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 547 & 64.5\\
Chirurgico d'elezione & 43 & 5.1\\
Chirurgico d'urgenza & 258 & 30.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezione-batteriemica-2}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 671 & 79.5\\
Sì & 173 & 20.5\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-multisito-2}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 775 & 91.4\\
Sì & 73 & 8.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/NuoviEpisodiPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 700 & 83.1\\
Sì & 142 & 16.9\\
Missing & 6 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}{%
\subsection{Polmonite associata a ventilazione ( VAP ) *}\label{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/PolmoniteDaVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Polmonite associata a VAP & N & \%\\
\midrule
No & 134 & 15.8\\
Sì & 712 & 84.2\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* VAP: polmonite associata a ventilazione invasiva ( polmonite con esordio successivo al secondo giorno di ventilazione o sviluppata entro i due giorni dal termine della ventilazione ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con polmonite in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 177 & 22.4 & 130 & 28 & 21.5\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus hominis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus agalactiae & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 8 & 1.0 & 4 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 7 & 0.9 & 4 & 2 & 50\\
Enterococco faecalis & 10 & 1.3 & 10 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 8 & 1.0 & 7 & 2 & 28.6\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 2 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{222} & \textbf{28.1} & \textbf{156} & \textbf{32} & \textbf{20.5}\\
Klebsiella pneumoniae & 111 & 14.0 & 75 & 18 & 24\\
Klebsiella altra specie & 61 & 7.7 & 46 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 71 & 9.0 & 45 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 16 & 2.0 & 10 & 0 & 0\\
Serratia & 56 & 7.1 & 36 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 174 & 22.0 & 117 & 37 & 31.6\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 87 & 11.0 & 54 & 1 & 1.9\\
\addlinespace
Proteus & 18 & 2.3 & 12 & 1 & 8.3\\
Acinetobacter & 38 & 4.8 & 30 & 18 & 60\\
Emofilo & 47 & 5.9 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 24 & 3.0 & 16 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 6 & 0.8 & 1 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 10 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{726} & \textbf{91.8} & \textbf{443} & \textbf{75} & \textbf{16.9}\\
\addlinespace
Candida albicans & 18 & 2.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 14 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 4 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 4 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida specie non determinata & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 30 & 3.8 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 7 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{83} & \textbf{10.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Influenza A & 2 & 0.3 &  &  & \\
Citomegalovirus & 1 & 0.1 &  &  & \\
Herpes simplex & 1 & 0.1 &  &  & \\
Altro Virus & 4 & 0.5 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{8} & \textbf{1.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Mycoplasma & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{2} & \textbf{0.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolm-2} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-vap-in-degenza-n-712}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con VAP in degenza} (N = 712)}{Pazienti con VAP in degenza (N = 712)}}\label{pazienti-con-vap-in-degenza-n-712}}

\hypertarget{vap-precoce}{%
\subsection{VAP precoce}\label{vap-precoce}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/VAPprecoce-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
VAP precoce & N & \%\\
\midrule
No & 341 & 47.9\\
Sì & 371 & 52.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{diagnosi}{%
\subsection{Diagnosi}\label{diagnosi}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DiagnosiVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Diagnosi & N & \%\\
\midrule
Possibile & 186 & 26.3\\
Probabile - certa & 521 & 73.7\\
Missing & 305 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{criteri-diagnostici-microbiologici}{%
\subsection{Criteri diagnostici microbiologici}\label{criteri-diagnostici-microbiologici}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CriteriDiagnosticiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Criteri diagnostici microbiologici & N & \%\\
\midrule
Sierologia/tecniche di biologia molecolare/antigeni urinari (legionella, ecc) & 11 & 1.6\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) quantitativo & 18 & 2.5\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) qualitativo & 9 & 1.3\\
Campione distale protetto qualitativo (bal, psb) & 60 & 8.5\\
Campione distale protetto quantitativo (bal, psb) & 212 & 30.0\\
\addlinespace
Aspirato tracheale quantitativo >= 10 alla 5a cfu/ml & 250 & 35.4\\
Aspirato tracheale qualitativo + emocoltura e/o liquido pleurico concordati & 30 & 4.2\\
Aspirato tracheale qualitativo & 83 & 11.7\\
Agente eziologico NON ricercato o NON isolato & 34 & 4.8\\
Missing & 305 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{fattori-di-rischio-per-vap-n-24743}{%
\subsection{Fattori di rischio per VAP ( N = 24743 )}\label{fattori-di-rischio-per-vap-n-24743}}

\hypertarget{ventilazione-invasiva}{%
\subsubsection{Ventilazione invasiva}\label{ventilazione-invasiva}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/VentilazioneInvasiva-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Ventilazione invasiva & N & \%\\
\midrule
No & 8594 & 34.9\\
Sì & 16060 & 65.1\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{15250} & \textbf{61.6}\\
Missing & 89 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{durata-ventilazione-invasiva-giorni}{%
\subsubsection{Durata ventilazione invasiva ( giorni )}\label{durata-ventilazione-invasiva-giorni}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 5.0 (9.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-5)\\
Missing & 32\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{duratadegenza-in-ti}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataSuDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 73.9 (30.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 90.9 (50-100)\\
Missing & 34\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{giorni-di-vm-pre-vap}{%
\subsection{Giorni di VM pre-VAP}\label{giorni-di-vm-pre-vap}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniVMpreVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 712\\
Media (DS) & 9.3 (8.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 6 (4-11)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-vap}{%
\subsection{Incidenza di VAP}\label{incidenza-di-vap}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/1000 gg. di VM pre-VAP) * & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/paz. ventilati per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 10.9 & 7.6 \%\\
CI ( 95\% ) & 10.1 - 11.7 & 7.1 - 8.2\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di VAP.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP} è pari alla
somma delle giornate di ventilazione meccanica pre-VAP di tutti i pazienti ammessi in reparto.
E grave; pari alla durata totale della ventilazione meccanica per i pazienti che
non sviluppano VAP e alla differenza tra la data di insorgenza della VAP e la data
di inizio della ventilazione meccanica per i pazienti infetti.
Sono esclusi dal denominatore i giorni di ventilazione meccanica dei pazienti dimessi
o deceduti entro 2 giorni dall'inizio della ventilazione.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ ( Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura piu grave; semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti ventilati per 7 giorni in TI, quanti sviluppano VAP?'}.
Il cutoff di una settimana e grave; stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\vspace{1.0cm}

\textbf{Rischio di contrarre VAP in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurveSopravv-1} \end{center}

\vspace{1.0cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-5}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalita grave; in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 533 & 74.9\\
Deceduti & 179 & 25.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-5}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalita grave; ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 467 & 68.3\\
Deceduti & 217 & 31.7\\
Missing & 12 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 696 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 16 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-5}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-5}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaTIVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 28.3 (19.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 23 (15-36)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-5}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-5}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 43.5 (28.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 38 (22-57)\\
Missing & 12\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 696 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 16 ).

\newpage

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 59 & 5.8\\
Sì & 950 & 94.2\\
Missing & 3 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{1012} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{1283} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 175 & 18.4 & 131 & 27 & 20.6\\
Staphylococcus capitis & 6 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 9 & 0.9 & 7 & 6 & 85.7\\
Staphylococcus hominis & 3 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 29 & 3.0 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 3 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 5 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 10 & 1.0 & 3 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 8 & 0.8 & 6 & 2 & 33.3\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 38 & 4.0 & 29 & 3 & 10.3\\
Enterococco faecium & 17 & 1.8 & 15 & 6 & 40\\
Enterococco altra specie & 4 & 0.4 & 2 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 5 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{314} & \textbf{32.9} & \textbf{193} & \textbf{44} & \textbf{22.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 130 & 13.6 & 90 & 21 & 23.3\\
Klebsiella altra specie & 57 & 6.0 & 45 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 77 & 8.1 & 51 & 1 & 2\\
Altro enterobacterales & 19 & 2.0 & 12 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 58 & 6.1 & 37 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 181 & 19.0 & 128 & 41 & 32\\
Pseudomonas altra specie & 3 & 0.3 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 117 & 12.3 & 72 & 1 & 1.4\\
Proteus & 29 & 3.0 & 18 & 2 & 11.1\\
\addlinespace
Acinetobacter & 37 & 3.9 & 30 & 19 & 63.3\\
Emofilo & 41 & 4.3 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 26 & 2.7 & 17 & 0 & 0\\
Morganella & 6 & 0.6 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Providencia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 17 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{801} & \textbf{84.1} & \textbf{502} & \textbf{85} & \textbf{16.9}\\
Candida albicans & 35 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida auris & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 12 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 3 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 17 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 8 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida specie non determinata & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 27 & 2.8 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 6 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{111} & \textbf{11.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Influenza A & 2 & 0.2 &  &  & \\
Citomegalovirus & 1 & 0.1 &  &  & \\
Herpes simplex & 3 & 0.3 &  &  & \\
Altro Virus & 5 & 0.5 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{11} & \textbf{1.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Mycoplasma & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{3} & \textbf{0.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 88 & Ertapenem & 15 & 17.05\\
Klebsiella pneumoniae & 90 & Meropenem & 20 & 22.22\\
Enterobacter spp & 50 & Ertapenem & 1 & 2.00\\
Escherichia coli & 72 & Meropenem & 1 & 1.39\\
Proteus & 18 & Ertapenem & 2 & 11.11\\
\addlinespace
Proteus & 18 & Meropenem & 2 & 11.11\\
Acinetobacter & 30 & Imipenem & 17 & 56.67\\
Acinetobacter & 30 & Meropenem & 19 & 63.33\\
Pseudomonas aeruginosa & 126 & Imipenem & 39 & 30.95\\
Pseudomonas aeruginosa & 128 & Meropenem & 25 & 19.53\\
\addlinespace
Staphylococcus haemolyticus & 7 & Meticillina & 6 & 85.71\\
Staphylococcus aureus & 131 & Meticillina & 27 & 20.61\\
Streptococcus altra specie & 6 & Penicillina & 2 & 33.33\\
Enterococco faecalis & 29 & Vancomicina & 3 & 10.34\\
Enterococco faecium & 15 & Vancomicina & 6 & 40.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 521 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{521} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{745} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 139 & 26.7 & 109 & 24 & 22\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 6 & 1.2 & 3 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 5 & 1.0 & 3 & 1 & 33.3\\
Enterococco faecalis & 5 & 1.0 & 5 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 5 & 1.0 & 5 & 1 & 20\\
Enterococco altra specie & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{162} & \textbf{31.1} & \textbf{125} & \textbf{26} & \textbf{20.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 77 & 14.8 & 55 & 12 & 21.8\\
Klebsiella altra specie & 34 & 6.5 & 28 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 49 & 9.4 & 35 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 14 & 2.7 & 9 & 0 & 0\\
Serratia & 43 & 8.3 & 28 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 117 & 22.5 & 79 & 23 & 29.1\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.4 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Escherichia coli & 61 & 11.7 & 37 & 0 & 0\\
Proteus & 14 & 2.7 & 10 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 22 & 4.2 & 17 & 8 & 47.1\\
Emofilo & 36 & 6.9 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 14 & 2.7 & 10 & 0 & 0\\
Morganella & 4 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 7 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{497} & \textbf{95.4} & \textbf{309} & \textbf{43} & \textbf{13.9}\\
Candida albicans & 15 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 5 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 16 & 3.1 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{48} & \textbf{9.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.2 &  &  & \\
Altro Virus & 3 & 0.6 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{4} & \textbf{0.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{2} & \textbf{0.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 54 & Ertapenem & 8 & 14.81\\
Klebsiella pneumoniae & 55 & Meropenem & 11 & 20.00\\
Acinetobacter & 17 & Imipenem & 8 & 47.06\\
Acinetobacter & 17 & Meropenem & 8 & 47.06\\
Pseudomonas aeruginosa & 78 & Imipenem & 22 & 28.21\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 79 & Meropenem & 16 & 20.25\\
Staphylococcus aureus & 109 & Meticillina & 24 & 22.02\\
Streptococcus altra specie & 3 & Penicillina & 1 & 33.33\\
Enterococco faecium & 5 & Vancomicina & 1 & 20.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 3 & 2.1\\
Sì & 143 & 97.9\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{146} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{189} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 24 & 16.4 & 19 & 2 & 10.5\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 2 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 2 & 1.4 & 2 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 0.7 & 1 & 1 & 100\\
Enterococco faecalis & 5 & 3.4 & 4 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 6 & 4.1 & 5 & 3 & 60\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{43} & \textbf{29.5} & \textbf{31} & \textbf{6} & \textbf{19.4}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 18 & 12.3 & 13 & 5 & 38.5\\
Klebsiella altra specie & 9 & 6.2 & 7 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 8 & 5.5 & 6 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 2 & 1.4 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 12 & 8.2 & 7 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 27 & 18.5 & 19 & 6 & 31.6\\
Escherichia coli & 14 & 9.6 & 11 & 0 & 0\\
Proteus & 4 & 2.7 & 1 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 9 & 6.2 & 8 & 6 & 75\\
Emofilo & 6 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 6 & 4.1 & 3 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 2 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{118} & \textbf{80.8} & \textbf{77} & \textbf{17} & \textbf{22.1}\\
Candida albicans & 6 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 3 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 2 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 3 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 2 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{17} & \textbf{11.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Altro Virus & 1 & 0.7 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP2NuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 13 & Ertapenem & 4 & 30.77\\
Klebsiella pneumoniae & 13 & Meropenem & 5 & 38.46\\
Acinetobacter & 8 & Imipenem & 5 & 62.50\\
Acinetobacter & 8 & Meropenem & 6 & 75.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 19 & Imipenem & 5 & 26.32\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 19 & Meropenem & 5 & 26.32\\
Staphylococcus aureus & 19 & Meticillina & 2 & 10.53\\
Streptococcus altra specie & 1 & Penicillina & 1 & 100.00\\
Enterococco faecium & 5 & Vancomicina & 3 & 60.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-794}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia in degenza} (N = 794)}{Pazienti con batteriemia in degenza (N = 794)}}\label{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-794}}

\hypertarget{trauma-6}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 661 & 83.2\\
Sì & 133 & 16.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-6}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 524 & 66.0\\
Chirurgico d'elezione & 43 & 5.4\\
Chirurgico d'urgenza & 227 & 28.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipologia}{%
\subsection{Tipologia}\label{tipologia}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Tipologia-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Batteriemia primaria sconosciuta & 294 & 33.8\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 197 & 22.6\\
Batteriemia secondaria & 380 & 43.6\\
Missing & 0 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/NuoviEpisodiBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 434 & 89.9\\
Sì & 49 & 10.1\\
Missing & 8 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 33 & 6.8 & 21 & 5 & 23.8\\
Staphylococcus capitis & 20 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 9 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 22 & 4.5 & 18 & 12 & 66.7\\
Staphylococcus hominis & 25 & 5.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 94 & 19.4 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 7 & 1.4 & 6 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 27 & 5.6 & 17 & 3 & 17.6\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 15 & 3.1 & 11 & 5 & 45.5\\
Enterococco altra specie & 3 & 0.6 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{259} & \textbf{53.4} & \textbf{74} & \textbf{25} & \textbf{33.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 62 & 12.8 & 46 & 16 & 34.8\\
Klebsiella altra specie & 22 & 4.5 & 16 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 27 & 5.6 & 19 & 2 & 10.5\\
Altro enterobacterales & 9 & 1.9 & 4 & 0 & 0\\
Serratia & 19 & 3.9 & 15 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 32 & 6.6 & 23 & 8 & 34.8\\
Pseudomonas altra specie & 3 & 0.6 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Escherichia coli & 32 & 6.6 & 21 & 0 & 0\\
Proteus & 5 & 1.0 & 4 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 13 & 2.7 & 9 & 7 & 77.8\\
Emofilo & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 7 & 1.4 & 3 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 2 & 0.4 & 1 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 11 & 2.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{246} & \textbf{50.7} & \textbf{163} & \textbf{33} & \textbf{20.2}\\
Candida albicans & 22 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 7 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 23 & 4.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 4 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 6 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{64} & \textbf{13.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 0.2 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte2-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 41 & Ertapenem & 12 & 29.27\\
Klebsiella pneumoniae & 46 & Meropenem & 14 & 30.43\\
Enterobacter spp & 19 & Ertapenem & 2 & 10.53\\
Acinetobacter & 9 & Imipenem & 7 & 77.78\\
Acinetobacter & 9 & Meropenem & 7 & 77.78\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 22 & Imipenem & 7 & 31.82\\
Pseudomonas aeruginosa & 23 & Meropenem & 3 & 13.04\\
Staphylococcus haemolyticus & 18 & Meticillina & 12 & 66.67\\
Staphylococcus aureus & 21 & Meticillina & 5 & 23.81\\
Enterococco faecalis & 17 & Vancomicina & 3 & 17.65\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 11 & Vancomicina & 5 & 45.45\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 12 & 12.9\\
No & 27 & 29.03\\
Non testato & 54 & 58.06\\
Missing & 104 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 35 & 55\\
kpc & 7 & 58.3 & 31 & 55\\
ndm & 2 & 16.7 & 34 & 54\\
oxa & 1 & 8.3 & 35 & 55\\
vim & 2 & 16.7 & 33 & 55\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-primaria-origine-sconosciuta-in-degenza-n-294}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia primaria (origine sconosciuta) in degenza} (N = 294)}{Pazienti con batteriemia primaria (origine sconosciuta) in degenza (N = 294)}}\label{pazienti-con-batteriemia-primaria-origine-sconosciuta-in-degenza-n-294}}

\hypertarget{infezioni-multisito-3}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 157 & 53.4\\
Sì & 137 & 46.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}{%
\subsection{Incidenza di batteriemia ( origine sconosciuta )}\label{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza BO 

 (Paz. con BO in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza BO 

 (Paz. con BO/paz.degenti per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 2.1 & 1.4 \%\\
CI ( 95\% ) & 1.8 - 2.3 & 1.3 - 1.6\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza di batteriemia di origine sconosciuta,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO}}
{\text{ Giornate di degenza pre-batteriemia}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-batteriemia} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
della batteriemia o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa batteriemia
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza della batteriemia
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO }}
{\text{ ( Numero pazienti ricoverati )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano batteriemia di origine sconosciuta?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-6}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 226 & 76.9\\
Deceduti & 68 & 23.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-6}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOSPBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 188 & 68.1\\
Deceduti & 88 & 31.9\\
Missing & 9 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 285 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 9 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-6}{%
\subsection{Degenza in TI (giorni)}\label{degenza-in-ti-giorni-6}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaTIBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 23.9 (19.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 19 (10-32.8)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-6}{%
\subsection{Degenza ospedaliera (giorni) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-6}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 41.5 (32.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 35.5 (19-54)\\
Missing & 9\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 285 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 9 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 21 & 7.2 & 13 & 4 & 30.8\\
Staphylococcus capitis & 7 & 2.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 5 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 7 & 2.4 & 5 & 2 & 40\\
Staphylococcus hominis & 14 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 45 & 15.5 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 3 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 6 & 2.1 & 5 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 20 & 6.9 & 12 & 3 & 25\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 9 & 3.1 & 8 & 4 & 50\\
Enterococco altra specie & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{140} & \textbf{48.3} & \textbf{43} & \textbf{13} & \textbf{30.2}\\
Klebsiella pneumoniae & 42 & 14.5 & 29 & 11 & 37.9\\
Klebsiella altra specie & 13 & 4.5 & 10 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 19 & 6.6 & 13 & 2 & 15.4\\
Altro enterobacterales & 4 & 1.4 & 2 & 0 & 0\\
Serratia & 8 & 2.8 & 7 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 20 & 6.9 & 14 & 3 & 21.4\\
Pseudomonas altra specie & 3 & 1.0 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Escherichia coli & 26 & 9.0 & 16 & 0 & 0\\
Proteus & 5 & 1.7 & 4 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 7 & 2.4 & 4 & 3 & 75\\
Emofilo & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 5 & 1.7 & 3 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 7 & 2.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{162} & \textbf{55.9} & \textbf{104} & \textbf{19} & \textbf{18.3}\\
Candida albicans & 19 & 6.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 14 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 6 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{44} & \textbf{15.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 0.3 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-2} \end{center}

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 25 & Ertapenem & 9 & 36.00\\
Klebsiella pneumoniae & 29 & Meropenem & 9 & 31.03\\
Enterobacter spp & 13 & Ertapenem & 2 & 15.38\\
Acinetobacter & 4 & Imipenem & 3 & 75.00\\
Acinetobacter & 4 & Meropenem & 3 & 75.00\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 13 & Imipenem & 3 & 23.08\\
Staphylococcus haemolyticus & 5 & Meticillina & 2 & 40.00\\
Staphylococcus aureus & 13 & Meticillina & 4 & 30.77\\
Enterococco faecalis & 12 & Vancomicina & 3 & 25.00\\
Enterococco faecium & 8 & Vancomicina & 4 & 50.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 9 & 15.52\\
No & 22 & 37.93\\
Non testato & 27 & 46.55\\
Missing & 72 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 28 & 28\\
kpc & 5 & 55.6 & 25 & 28\\
ndm & 1 & 11.1 & 28 & 27\\
oxa & 1 & 11.1 & 28 & 28\\
vim & 2 & 22.2 & 26 & 28\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattOrigScon-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-197}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza} (N = 197)}{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza (N = 197)}}\label{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-197}}

\hypertarget{infezione-multisito-2}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 79 & 40.1\\
Sì & 118 & 59.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{fattori-di-rischio}{%
\subsection{Fattori di rischio}\label{fattori-di-rischio}}

\hypertarget{cvc-catetere-venoso-centrale-n-24743}{%
\subsubsection{CVC ( Catetere Venoso Centrale ) ( N = 24743 )}\label{cvc-catetere-venoso-centrale-n-24743}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CVCInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Cvc & N & \%\\
\midrule
No & 7887 & 32.0\\
Sì & 16767 & 68.0\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{16089} & \textbf{65.0}\\
Missing & 89 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{durata-giorni}{%
\subsubsection{Durata (giorni)}\label{durata-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 7.3 (9.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 4 (2-9)\\
Missing & 37\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{duratadegenza-in-ti-1}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataSuDegInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 94.8 (13.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 100 (100-100)\\
Missing & 39\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezione-locale-da-catetere-n-24743}{%
\subsubsection{Infezione locale da catetere ( N = 24743 )}\label{infezione-locale-da-catetere-n-24743}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezLocaleBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione locale da catetere & N & \%\\
\midrule
No & 24650 & 100.0\\
Sì & 5 & 0.0\\
Missing & 88 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}{%
\subsection{Giorni di CVC pre-batteriemia}\label{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniCVCBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 193\\
Media (DS) & 13.8 (12.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 10 (6-17)\\
Missing & 4\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}{%
\subsection{Incidenza di CR-BSI (Catheter-related bloodstream infection)}\label{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/1000 gg. di CVC pre-CR-BSI) * & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/paz. con catetere per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 1.6 & 1.1 \%\\
CI ( 95\% ) & 1.4 - 1.9 & 1.0 - 1.3\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di CR-BSI:

Il primo:

\[ \text{* Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ Giornate con catetere pre-CR-BSI }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate con catetere pre-CR-BSI} è pari alla
somma delle giornate di tutti i pazienti con catetere.
È quindi pari alle giornate con catetere per i pazienti non infetti
e alla differenza tra il giorno di insorgenza della CR-BSI e il primo
giorno di catetere per i pazienti infetti.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ ( Giornate con catetere pre-CR-BSI )/7}} \times 100 \]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura più semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti sottoposti a catetere per 7 giorni in TI, quanti sviluppano CR-BSI?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{rischio-di-contrarre-cr-bsi}{%
\subsection{Rischio di contrarre CR-BSI}\label{rischio-di-contrarre-cr-bsi}}

\vspace{0.5cm}\begin{col}{1\textwidth}


\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/RischioCRBSI-1} \end{center}

\end{col}\vspace{1cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-7}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-7}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 155 & 79.1\\
Deceduti & 41 & 20.9\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-7}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-7}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 121 & 65.4\\
Deceduti & 64 & 34.6\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 189 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 8 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-7}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-7}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 32.9 (22.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 25.5 (16-44)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-7}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-7}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 51.8 (33.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 48 (27-68)\\
Missing & 4\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 189 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 8 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 195 & 100.0\\
Missing & 2 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{197} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{226} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 12 & 6.2 & 8 & 1 & 12.5\\
Staphylococcus capitis & 13 & 6.7 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 4 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 15 & 7.7 & 13 & 10 & 76.9\\
Staphylococcus hominis & 11 & 5.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 49 & 25.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 7 & 3.6 & 5 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 6 & 3.1 & 3 & 1 & 33.3\\
Enterococco altra specie & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{119} & \textbf{61.0} & \textbf{31} & \textbf{12} & \textbf{38.7}\\
Klebsiella pneumoniae & 20 & 10.3 & 17 & 5 & 29.4\\
Klebsiella altra specie & 9 & 4.6 & 6 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 8 & 4.1 & 6 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 5 & 2.6 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 11 & 5.6 & 8 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 12 & 6.2 & 9 & 5 & 55.6\\
Escherichia coli & 6 & 3.1 & 5 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 6 & 3.1 & 5 & 4 & 80\\
Citrobacter & 2 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 4 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{84} & \textbf{43.1} & \textbf{59} & \textbf{14} & \textbf{23.7}\\
Candida albicans & 3 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 6 & 3.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 9 & 4.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{20} & \textbf{10.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 16 & Ertapenem & 3 & 18.75\\
Klebsiella pneumoniae & 17 & Meropenem & 5 & 29.41\\
Acinetobacter & 5 & Imipenem & 4 & 80.00\\
Acinetobacter & 5 & Meropenem & 4 & 80.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 9 & Imipenem & 4 & 44.44\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 9 & Meropenem & 3 & 33.33\\
Staphylococcus haemolyticus & 13 & Meticillina & 10 & 76.92\\
Staphylococcus aureus & 8 & Meticillina & 1 & 12.50\\
Enterococco faecium & 3 & Vancomicina & 1 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 3 & 8.57\\
No & 5 & 14.29\\
Non testato & 27 & 77.14\\
Missing & 32 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 7 & 27\\
kpc & 2 & 66.7 & 6 & 27\\
ndm & 1 & 33.3 & 6 & 27\\
oxa & 0 & 0.0 & 7 & 27\\
vim & 0 & 0.0 & 7 & 27\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattCat-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-380}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza} (N = 380)}{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza (N = 380)}}\label{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-380}}

\hypertarget{infezioni-associate-top-10}{%
\subsection{Infezioni associate ( top 10 )}\label{infezioni-associate-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezAssociateBS1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 173 & 45.5\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 47 & 12.4\\
IVU catetere correlata & 40 & 10.5\\
Peritonite post-chirurgica & 23 & 6.1\\
IVU NON catetere correlata & 23 & 6.1\\
\addlinespace
Altra infezione fungina & 16 & 4.2\\
Endocardite NON post-chirurgica & 11 & 2.9\\
Peritonite secondaria NON chir. & 8 & 2.1\\
Infezione delle alte vie respiratorie & 7 & 1.8\\
Peritonite terziaria & 6 & 1.6\\
\addlinespace
Missing & 26 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-8}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-8}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 264 & 69.8\\
Deceduti & 114 & 30.2\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-8}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-8}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 231 & 63.8\\
Deceduti & 131 & 36.2\\
Missing & 10 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 372 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 8 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-8}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-8}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 27.0 (21.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 21 (13-35)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-8}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-8}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 44.1 (33.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 36 (22-55)\\
Missing & 10\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 372 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 8 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 6 & 1.5\\
Sì & 398 & 98.5\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{404} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{537} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 60 & 15.1 & 38 & 9 & 23.7\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 4 & 1.0 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus hominis & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 10 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 6 & 1.5 & 3 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 4 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 21 & 5.3 & 13 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 18 & 4.5 & 10 & 2 & 20\\
Enterococco altra specie & 3 & 0.8 & 2 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{136} & \textbf{34.2} & \textbf{67} & \textbf{12} & \textbf{17.9}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 74 & 18.6 & 43 & 9 & 20.9\\
Klebsiella altra specie & 25 & 6.3 & 15 & 1 & 6.7\\
Enterobacter spp & 29 & 7.3 & 20 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 8 & 2.0 & 5 & 0 & 0\\
Serratia & 24 & 6.0 & 10 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 59 & 14.8 & 33 & 14 & 42.4\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 60 & 15.1 & 35 & 0 & 0\\
Proteus & 8 & 2.0 & 4 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 21 & 5.3 & 16 & 13 & 81.2\\
\addlinespace
Emofilo & 6 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 9 & 2.3 & 4 & 0 & 0\\
Morganella & 5 & 1.3 & 3 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 5 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{334} & \textbf{83.9} & \textbf{188} & \textbf{37} & \textbf{19.7}\\
\addlinespace
Candida albicans & 22 & 5.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 9 & 2.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 6 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 3 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 3 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 3 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{48} & \textbf{12.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 3 & 0.8 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 2 & 0.5 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{5} & \textbf{1.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycobacterium tuberculosis & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 43 & Ertapenem & 8 & 18.60\\
Klebsiella pneumoniae & 43 & Meropenem & 8 & 18.60\\
Klebsiella altra specie & 15 & Ertapenem & 1 & 6.67\\
Acinetobacter & 16 & Imipenem & 10 & 62.50\\
Acinetobacter & 16 & Meropenem & 13 & 81.25\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 33 & Imipenem & 14 & 42.42\\
Pseudomonas aeruginosa & 33 & Meropenem & 10 & 30.30\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 38 & Meticillina & 9 & 23.68\\
Enterococco faecium & 10 & Vancomicina & 2 & 20.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 8 & 8.6\\
No & 22 & 23.66\\
Non testato & 63 & 67.74\\
Missing & 149 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 8.3 & 28 & 63\\
kpc & 6 & 50.0 & 24 & 63\\
ndm & 2 & 16.7 & 27 & 63\\
oxa & 2 & 16.7 & 27 & 63\\
vim & 1 & 8.3 & 28 & 63\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattSec-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-45}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza} (N = 45)}{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza (N = 45)}}\label{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-45}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 1 & 2.2 & 1 & 0 & 0\\
Staphylococcus capitis & 2 & 4.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 4 & 8.9 & 3 & 2 & 66.7\\
Staphylococcus hominis & 1 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 10 & 22.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 2.2 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 5 & 11.1 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 1 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{26} & \textbf{57.8} & \textbf{8} & \textbf{2} & \textbf{25}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 10 & 22.2 & 8 & 3 & 37.5\\
Klebsiella altra specie & 3 & 6.7 & 2 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 1 & 2.2 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 3 & 6.7 & 2 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 3 & 6.7 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Escherichia coli & 4 & 8.9 & 3 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 2 & 4.4 & 2 & 1 & 50\\
Citrobacter & 1 & 2.2 & 1 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{28} & \textbf{62.2} & \textbf{20} & \textbf{4} & \textbf{20}\\
\addlinespace
Candida albicans & 4 & 8.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 3 & 6.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{7} & \textbf{15.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-2} \end{center}

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 49 & 34 & 9 & 25 & 73.53 & 15\\
Enterococco & 612 & 463 & 374 & 89 & 19.22 & 149\\
Escpm & 343 & 242 & 235 & 7 & 2.89 & 101\\
Klebsiella & 698 & 491 & 404 & 87 & 17.72 & 207\\
Pseudomonas & 427 & 289 & 217 & 72 & 24.91 & 138\\
\addlinespace
Streptococco & 199 & 145 & 135 & 10 & 6.90 & 54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 8 & Ertapenem & 3 & 37.50\\
Klebsiella pneumoniae & 8 & Meropenem & 2 & 25.00\\
Acinetobacter & 2 & Imipenem & 1 & 50.00\\
Acinetobacter & 2 & Meropenem & 1 & 50.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 3 & Meticillina & 2 & 66.67\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 0 & 0\\
Non testato & 0 & 0\\
Missing & 4 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{appendice}{%
\section*{Appendice}\label{appendice}}
\addcontentsline{toc}{section}{Appendice}

\hypertarget{definizione-di-mdr}{%
\subsection*{Definizione di MDR}\label{definizione-di-mdr}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Definizione di MDR}

Per microrganismo MDR intendiamo un microrganismo che presenti almeno una delle resistenze ai relativi antibiotici elencati in tabella:

\begin{longtable}{ll}
\toprule
Microrganismo & Antibiotico\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Klebsiella altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Citrobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Enterobacter spp & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Altro enterobacterales & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Escherichia coli & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Morganella & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Proteus & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Serratia & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Acinetobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Pseudomonas altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Staphylococcus haemolyticus & Meticillina\\
Staphylococcus aureus & Meticillina\\
Streptococcus pneumoniae & Penicillina\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & Penicillina\\
Enterococco faecalis & Vancomicina\\
Enterococco faecium & Vancomicina\\
Enterococco altra specie & Vancomicina\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{raggruppamento-microrganismi}{%
\subsection*{Raggruppamento Microrganismi}\label{raggruppamento-microrganismi}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Raggruppamento Microrganismi}

Il seguente raggruppamento è stato pensato per fornire una visualizzazione delle categorie principali di microrganismi, che sono state così definite:

\begin{itemize}
\tightlist
\item
  \textbf{Cons}: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus capitis, Staphylococcus lugdunensis
\item
  \textbf{Streptococco}: Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Streptococcus altra specie
\item
  \textbf{Enterococco}: Enterococco faecalis, Enterococco faecium, Enterococco altra specie
\item
  \textbf{Klebsiella}: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella altra specie
\item
  \textbf{Escpm}: Proteus, Serratia, Providencia, Morganella
\item
  \textbf{Pseudomonas}: Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas altra specie
\item
  \textbf{Atipici}: Clamidia, Emofilo, Legionella
\item
  \textbf{Candida}: Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Candida altra specie
\end{itemize}

\end{document}
