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\title{Progetto Sorveglianza Infezioni}
\author{}
\date{\vspace{-2.5em}}

\begin{document}
\maketitle

{
\setcounter{tocdepth}{2}
\tableofcontents
}
\hypertarget{petalo-infectionlight}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{Petalo Infectionlight}}{Petalo Infectionlight}}\label{petalo-infectionlight}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{Petalo Infectionlight}}

Anno 2023

Periodo analizzato 2023-01-01 - 2023-12-31

Popolazione complessiva: 25 TI

TI Piemonte

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}\label{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}}

\begin{figure}[h!]
  \includegraphics{/home/local/MNEGRI/dmagatti/farewellDirac/svn/Results/INFECTIONLIGHT/2023/Piemonte/latex/flowchart.png}
\end{figure}

Per N = 35 pazienti non è presente l'informazione completa relativa allo stato di infezione.\vspace{1.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/piePazienti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Pazienti NON infetti & 3457 & 54.6\\
Pazienti infetti solo in degenza & 456 & 7.2\\
Pazienti infetti solo all'ammissione & 2118 & 33.5\\
Pazienti infetti all'ammissione e in degenza & 296 & 4.7\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale viene calcolata sul totale dei pazienti ammessi con informazione completa rispetto lo stato di infezione (N = 6327).

\newpage

\hypertarget{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/degTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}c>{}c>{}c}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza in TI ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{3457} & \cellcolor{white}{54.3} & \cellcolor{white}{1} & \cellcolor{white}{( 1 - 3 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2118} & \cellcolor{white}{33.3} & \cellcolor{white}{4} & \cellcolor{white}{( 2 - 9 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{296} & \cellcolor{white}{4.7} & \cellcolor{white}{20} & \cellcolor{white}{( 10 - 32 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{456} & \cellcolor{white}{7.2} & \cellcolor{white}{17} & \cellcolor{white}{( 11 - 27 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2414} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{37.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 2 - 11 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{752} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11.8} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{18} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 11 - 30 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/degOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccl}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza ospedaliera ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{3457} & \cellcolor{white}{54.3} & \cellcolor{white}{10} & \cellcolor{white}{( 5 - 19 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2118} & \cellcolor{white}{33.3} & \cellcolor{white}{16} & \cellcolor{white}{( 8 - 29 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{296} & \cellcolor{white}{4.7} & \cellcolor{white}{35} & \cellcolor{white}{( 22 - 54 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{456} & \cellcolor{white}{7.2} & \cellcolor{white}{32} & \cellcolor{white}{( 17 - 50 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2414} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{37.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{17} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 9 - 32 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{752} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11.8} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{33} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 18 - 52 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 185)

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalità in TI} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalità & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{3457} & \cellcolor{white}{439} & \cellcolor{white}{12.7} & \cellcolor{white}{( 11.6 - 13.9 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2118} & \cellcolor{white}{524} & \cellcolor{white}{24.8} & \cellcolor{white}{( 22.9 - 26.7 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{296} & \cellcolor{white}{94} & \cellcolor{white}{31.9} & \cellcolor{white}{( 26.6 - 37.5 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{456} & \cellcolor{white}{97} & \cellcolor{white}{21.3} & \cellcolor{white}{( 17.6 - 25.3 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2414} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{618} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{25.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 23.9 - 27.4 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{752} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{191} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{25.4} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 22.4 - 28.7 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalità ospedaliera} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalità & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{3457} & \cellcolor{white}{632} & \cellcolor{white}{18.7} & \cellcolor{white}{( 17.4 - 20.1 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2118} & \cellcolor{white}{708} & \cellcolor{white}{35.3} & \cellcolor{white}{( 33.2 - 37.4 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{296} & \cellcolor{white}{115} & \cellcolor{white}{41.5} & \cellcolor{white}{( 35.7 - 47.6 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{456} & \cellcolor{white}{128} & \cellcolor{white}{29.0} & \cellcolor{white}{( 24.8 - 33.4 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2414} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{823} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{36.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 34.1 - 38.1 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{752} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{243} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{33.8} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 30.3 - 37.4 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 185)

\newpage

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione}\label{gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3.5cm}ccccccc}
\toprule
Pazienti & N & No sepsi & Sepsi & Shock settico & \% no sepsi & \% sepsi & \% shock settico\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2118} & \cellcolor{white}{483} & \cellcolor{white}{860} & \cellcolor{white}{774} & \cellcolor{white}{22.8} & \cellcolor{white}{40.6} & \cellcolor{white}{36.6}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{296} & \cellcolor{white}{45} & \cellcolor{white}{113} & \cellcolor{white}{138} & \cellcolor{white}{15.2} & \cellcolor{white}{38.2} & \cellcolor{white}{46.6}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{456} & \cellcolor{white}{238} & \cellcolor{white}{155} & \cellcolor{white}{62} & \cellcolor{white}{52.3} & \cellcolor{white}{34.1} & \cellcolor{white}{13.6}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2414} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{528} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{973} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{912} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{21.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{40.3} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{37.8}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{752} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{283} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{268} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{200} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{37.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{35.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{26.6}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaGravita-1} \end{center}

\newpage

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti senza sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{483} & \cellcolor{white}{48} & \cellcolor{white}{9.9} & \cellcolor{white}{465} & \cellcolor{white}{99} & \cellcolor{white}{21.3}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{45} & \cellcolor{white}{7} & \cellcolor{white}{15.6} & \cellcolor{white}{42} & \cellcolor{white}{11} & \cellcolor{white}{26.2}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{238} & \cellcolor{white}{30} & \cellcolor{white}{12.6} & \cellcolor{white}{233} & \cellcolor{white}{47} & \cellcolor{white}{20.2}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{528} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{55} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{10.4} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{507} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{110} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{21.7}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{283} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{37} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{13.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{275} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{58} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{21.1}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti con sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{860} & \cellcolor{white}{140} & \cellcolor{white}{16.3} & \cellcolor{white}{810} & \cellcolor{white}{224} & \cellcolor{white}{27.7}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{113} & \cellcolor{white}{22} & \cellcolor{white}{19.6} & \cellcolor{white}{106} & \cellcolor{white}{32} & \cellcolor{white}{30.2}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{155} & \cellcolor{white}{33} & \cellcolor{white}{21.3} & \cellcolor{white}{148} & \cellcolor{white}{42} & \cellcolor{white}{28.4}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{973} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{162} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{16.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{916} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{256} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{27.9}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{268} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{55} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{20.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{254} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{74} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{29.1}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti con shock settico} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{774} & \cellcolor{white}{335} & \cellcolor{white}{43.4} & \cellcolor{white}{730} & \cellcolor{white}{384} & \cellcolor{white}{52.6}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{138} & \cellcolor{white}{65} & \cellcolor{white}{47.1} & \cellcolor{white}{129} & \cellcolor{white}{72} & \cellcolor{white}{55.8}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{62} & \cellcolor{white}{34} & \cellcolor{white}{54.8} & \cellcolor{white}{60} & \cellcolor{white}{39} & \cellcolor{white}{65.0}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{912} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{400} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{44.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{859} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{456} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{53.1}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{200} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{99} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{49.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{189} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{111} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{58.7}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}{%
\subsubsection{Mortalità - Pazienti infetti all'ammissione con shock settico - COVID VS NON COVID}\label{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/mortalitaShockSetticoCovid-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcccccc}
\toprule
\multicolumn{1}{c}{ } & \multicolumn{6}{c}{Mortalità} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){2-7}
Pazienti & N pazienti & N morti TI & TI & N pazienti (escluso riamm.) & N morti H & H\\
\midrule
Covid & 16 & 12 & 75.0 & 16 & 13 & 81.2\\
Non covid & 896 & 388 & 43.4 & 850 & 443 & 52.6\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{tutti-i-pazienti-n-6362}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Tutti i pazienti} ( N = 6362 )}{Tutti i pazienti ( N = 6362 )}}\label{tutti-i-pazienti-n-6362}}

\hypertarget{sesso}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/sesso-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 3750 & 59.0\\
Femmina & 2611 & 41.0\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/eta1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 44 & 0.7\\
17-45 & 695 & 10.9\\
46-65 & 1849 & 29.1\\
66-75 & 1787 & 28.1\\
>75 & 1987 & 31.2\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTI-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 4.7\\
DS & 12.4\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-4\\
Missing & 21\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Provenienza-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 720 & 11.4\\
Reparto chirurgico & 2264 & 35.8\\
Pronto soccorso & 2560 & 40.5\\
Altra TI & 535 & 8.5\\
Terapia subintensiva & 249 & 3.9\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 34 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Trauma-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 5649 & 89.0\\
Sì & 697 & 11.0\\
Missing & 16 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgico-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 3287 & 51.8\\
Chirurgico d'elezione & 1469 & 23.1\\
Chirurgico d'urgenza & 1590 & 25.1\\
Missing & 16 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissione-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 2287 & 36.1\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 4007 & 63.2\\
Sedazione Palliativa & 30 & 0.5\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 19 & 0.3\\
\addlinespace
Missing & 19 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuro-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 4316 & 86.5\\
Coma cerebrale & 361 & 7.2\\
Coma metabolico & 117 & 2.3\\
Coma postanossico & 160 & 3.2\\
Coma tossico & 34 & 0.7\\
\addlinespace
Missing & 1374 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Gcs-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 13.0\\
DS & 3.7\\
Mediana & 15\\
Q1-Q3 & 13-15\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsorta-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 6253 & 98.8\\
Coma cerebrale & 50 & 0.8\\
Coma metabolico & 14 & 0.2\\
Coma postanossico & 13 & 0.2\\
Missing & 33 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTI-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 5176 & 81.7\\
Deceduti & 1158 & 18.3\\
Missing & 28 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedaliera-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalità ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 4523 & 74.0\\
Deceduti & 1587 & 26.0\\
Missing & 65 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 6175 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 187 ).

\newpage

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorni-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 6.7 (10.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 3 (1-8)\\
Missing & 27\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 20.6 (23.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 13 (7-26)\\
Missing & 63\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 6175 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 187 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-n-2870}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti} ( N = 2870 )}{Pazienti infetti ( N = 2870 )}}\label{pazienti-infetti-n-2870}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Gravita-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 766 & 26.7\\
Sepsi & 1128 & 39.3\\
Shock settico & 974 & 34.0\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaInfez-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione non complessa & 11.1 & 21.2\\
Sepsi & 17.3 & 28.0\\
Shock settico & 44.7 & 53.9\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-non-infetti-n-3457}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti non infetti} ( N = 3457 )}{Pazienti non infetti ( N = 3457 )}}\label{pazienti-non-infetti-n-3457}}

\hypertarget{sesso-1}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/SessoNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 1988 & 57.5\\
Femmina & 1469 & 42.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0-1}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/etaNonNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 38 & 1.1\\
17-45 & 438 & 12.7\\
46-65 & 969 & 28.0\\
66-75 & 932 & 27.0\\
>75 & 1080 & 31.2\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTINonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 3.3\\
DS & 9.8\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-2\\
Missing & 3\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto-1}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaNonInfetti1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}


\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 267 & 7.8\\
Reparto chirurgico & 1665 & 48.4\\
Pronto soccorso & 1249 & 36.3\\
Altra TI & 178 & 5.2\\
Terapia subintensiva & 81 & 2.4\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 17 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-1}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 2992 & 86.5\\
Sì & 465 & 13.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-1}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 1432 & 41.4\\
Chirurgico d'elezione & 1284 & 37.1\\
Chirurgico d'urgenza & 741 & 21.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-1}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-1}}

\begin{minipage}{0.45\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.55\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 1907 & 55.2\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 1512 & 43.8\\
Sedazione Palliativa & 21 & 0.6\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 16 & 0.5\\
\addlinespace
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 2511 & 89.0\\
Coma cerebrale & 179 & 6.3\\
Coma metabolico & 31 & 1.1\\
Coma postanossico & 80 & 2.8\\
Coma tossico & 20 & 0.7\\
\addlinespace
Missing & 636 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GcsNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 11.5\\
DS & 3.4\\
Mediana & 13\\
Q1-Q3 & 12-13\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 3413 & 98.7\\
Coma cerebrale & 31 & 0.9\\
Coma metabolico & 6 & 0.2\\
Coma postanossico & 7 & 0.2\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-1}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTINonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 3015 & 87.3\\
Deceduti & 439 & 12.7\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-1}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 2746 & 81.3\\
Deceduti & 632 & 18.7\\
Missing & 13 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 3391 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 66 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 2.9 (4.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-3)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-1}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 15.3 (17.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 10 (5-19)\\
Missing & 13\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 3391 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 66 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-infezione-allammissione}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}\label{pazienti-con-infezione-allammissione}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}

Sono presenti 2414 pazienti che contraggono un'infezione all'ammissione,
i quali rappresentano il 37.94\% della popolazione
totale ammessa in TI.

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione & 2414 & 37.94\\
Non infetti all'ammissione & 3948 & 62.06\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 6362).

I pazienti infetti all'ammissione possono presentare peritonite o polmonite:

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfAmmPerPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione 
 (no peritonite, no polmonite) & 1548 & 64.13\\
Peritonite all'ammissione & 474 & 19.64\\
Polmonite all'ammissione & 876 & 36.29\\
\bottomrule
\end{longtable}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti infetti all'ammissione (N = 2414).

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-allammissione-n-2414}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti all'ammissione} (N = 2414)}{Pazienti infetti all'ammissione (N = 2414)}}\label{pazienti-infetti-allammissione-n-2414}}

\hypertarget{provenienza-reparto-2}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaInfAmm1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 404 & 16.8\\
Reparto chirurgico & 545 & 22.6\\
Pronto soccorso & 1041 & 43.2\\
Altra TI & 264 & 11.0\\
Terapia subintensiva & 155 & 6.4\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 5 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-2}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 2338 & 96.9\\
Sì & 76 & 3.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-2}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 1562 & 64.7\\
Chirurgico d'elezione & 147 & 6.1\\
Chirurgico d'urgenza & 705 & 29.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-2}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-2}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 335 & 13.9\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 2067 & 85.6\\
Sedazione Palliativa & 9 & 0.4\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 3 & 0.1\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezioni-allammissione-top-10}{%
\subsection{Infezioni all'ammissione ( top 10 )}\label{infezioni-allammissione-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfAdmTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 876 & 36.3\\
Peritonite secondaria NON chir. & 206 & 8.5\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 183 & 7.6\\
IVU NON catetere correlata & 167 & 6.9\\
Peritonite post-chirurgica & 160 & 6.6\\
\addlinespace
Batteriemia primaria sconosciuta & 124 & 5.1\\
Positivit al COVID & 108 & 4.5\\
Colecistite/colangite & 102 & 4.2\\
Peritonite primaria & 95 & 3.9\\
IVU catetere correlata & 93 & 3.9\\
\addlinespace
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 2121 & 87.9\\
Sì & 293 & 12.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità massima raggiunta in degenza dell'infezione all'ammissione}\label{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaInfAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione all'ammissione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 528 & 21.9\\
Sepsi & 973 & 40.3\\
Shock settico & 912 & 37.8\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 877 & 35.0\\
Sì & 1627 & 65.0\\
Missing & 10 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{2514} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{2191} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 237 & 14.6 & 180 & 49 & 27.2\\
Staphylococcus capitis & 8 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 22 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 14 & 0.9 & 11 & 9 & 81.8\\
Staphylococcus hominis & 19 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 41 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 26 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 28 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 112 & 6.9 & 85 & 6 & 7.1\\
Streptococcus altra specie & 46 & 2.8 & 32 & 3 & 9.4\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 85 & 5.2 & 68 & 8 & 11.8\\
Enterococco faecium & 74 & 4.5 & 63 & 30 & 47.6\\
Enterococco altra specie & 16 & 1.0 & 12 & 1 & 8.3\\
Clostridium difficile & 16 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 7 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{751} & \textbf{46.2} & \textbf{451} & \textbf{106} & \textbf{23.5}\\
Klebsiella pneumoniae & 172 & 10.6 & 137 & 38 & 27.7\\
Klebsiella altra specie & 55 & 3.4 & 36 & 2 & 5.6\\
Enterobacter spp & 52 & 3.2 & 38 & 2 & 5.3\\
Altro enterobacterales & 22 & 1.4 & 14 & 1 & 7.1\\
\addlinespace
Serratia & 38 & 2.3 & 26 & 1 & 3.8\\
Pseudomonas aeruginosa & 133 & 8.2 & 92 & 24 & 26.1\\
Pseudomonas altra specie & 3 & 0.2 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 361 & 22.2 & 292 & 6 & 2.1\\
Proteus & 62 & 3.8 & 46 & 1 & 2.2\\
\addlinespace
Acinetobacter & 25 & 1.5 & 16 & 12 & 75\\
Emofilo & 68 & 4.2 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 24 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 21 & 1.3 & 19 & 0 & 0\\
Morganella & 9 & 0.6 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Providencia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 39 & 2.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1085} & \textbf{66.7} & \textbf{722} & \textbf{87} & \textbf{12}\\
Candida albicans & 82 & 5.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 47 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida krusei & 11 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 17 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 9 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 19 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 5 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 17 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{211} & \textbf{13.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 21 & 1.3 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza AH3N2 & 3 & 0.2 &  &  & \\
Influenza altro A & 1 & 0.1 &  &  & \\
Influenza B & 5 & 0.3 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 3 & 0.2 &  &  & \\
Citomegalovirus & 7 & 0.4 &  &  & \\
\addlinespace
Herpes simplex & 12 & 0.7 &  &  & \\
Altro Virus & 29 & 1.8 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{81} & \textbf{5.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 6 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 7 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{13} & \textbf{0.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 137 & Ertapenem & 24 & 17.52\\
Klebsiella pneumoniae & 136 & Meropenem & 33 & 24.26\\
Klebsiella altra specie & 36 & Ertapenem & 2 & 5.56\\
Klebsiella altra specie & 36 & Meropenem & 2 & 5.56\\
Enterobacter spp & 38 & Ertapenem & 2 & 5.26\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 14 & Ertapenem & 1 & 7.14\\
Escherichia coli & 290 & Ertapenem & 6 & 2.07\\
Escherichia coli & 292 & Meropenem & 4 & 1.37\\
Proteus & 45 & Meropenem & 1 & 2.22\\
Serratia & 26 & Ertapenem & 1 & 3.85\\
\addlinespace
Acinetobacter & 16 & Imipenem & 7 & 43.75\\
Acinetobacter & 16 & Meropenem & 12 & 75.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 91 & Imipenem & 24 & 26.37\\
Pseudomonas aeruginosa & 92 & Meropenem & 15 & 16.30\\
Staphylococcus haemolyticus & 11 & Meticillina & 9 & 81.82\\
\addlinespace
Staphylococcus aureus & 180 & Meticillina & 49 & 27.22\\
Streptococcus pneumoniae & 85 & Penicillina & 6 & 7.06\\
Streptococcus altra specie & 32 & Penicillina & 3 & 9.38\\
Enterococco faecalis & 68 & Vancomicina & 8 & 11.76\\
Enterococco faecium & 63 & Vancomicina & 30 & 47.62\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 12 & Vancomicina & 1 & 8.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 25 & 5.98\\
No & 85 & 20.33\\
Non testato & 308 & 73.68\\
Missing & 375 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 2 & 6.1 & 106 & 306\\
kpc & 13 & 39.4 & 98 & 305\\
ndm & 12 & 36.4 & 98 & 305\\
oxa & 4 & 12.1 & 105 & 305\\
vim & 2 & 6.1 & 106 & 307\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmm-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-474}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con peritonite all'ammissione} (N = 474)}{Pazienti con peritonite all'ammissione (N = 474)}}\label{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-474}}

\hypertarget{tipologia-di-peritonite}{%
\subsection{Tipologia di peritonite}\label{tipologia-di-peritonite}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipologiaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Peritonite primaria & 95 & 20.0\\
Peritonite secondaria NON chir. & 206 & 43.5\\
Peritonite terziaria & 13 & 2.7\\
Peritonite post-chirurgica & 160 & 33.8\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipo-di-infezione}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipoInfPeritoniteAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 301 & 63.6\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 170 & 35.9\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 2 & 0.4\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-batteriemica}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPeritoniteAmm2-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 401 & 85.0\\
Sì & 71 & 15.0\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-multisito}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Multisito & N & \%\\
\midrule
No & 412 & 86.9\\
Sì & 62 & 13.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 35 & 8.5\\
Sepsi & 141 & 34.2\\
Shock settico & 236 & 57.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 412 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 62 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-2}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 315 & 66.7\\
Deceduti & 157 & 33.3\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-2}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 223 & 51.5\\
Deceduti & 210 & 48.5\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 437 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 37 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 7.5 (9.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 4 (2-9)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-2}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 26.8 (26.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 19 (10-35)\\
Missing & 4\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 437 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 37 ).

\newpage

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 273 & 58.0\\
Sì & 198 & 42.0\\
Missing & 3 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{474} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{336} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 6 & 3.0 & 3 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.5 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus hominis & 2 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 3 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 7 & 3.5 & 5 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 31 & 15.7 & 26 & 4 & 15.4\\
Enterococco faecium & 40 & 20.2 & 33 & 14 & 42.4\\
Enterococco altra specie & 4 & 2.0 & 3 & 1 & 33.3\\
Clostridium difficile & 2 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{99} & \textbf{50.0} & \textbf{71} & \textbf{20} & \textbf{28.2}\\
Klebsiella pneumoniae & 25 & 12.6 & 23 & 4 & 17.4\\
Klebsiella altra specie & 9 & 4.5 & 7 & 1 & 14.3\\
Enterobacter spp & 9 & 4.5 & 5 & 1 & 20\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 7 & 3.5 & 4 & 1 & 25\\
Serratia & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 21 & 10.6 & 16 & 5 & 31.2\\
Escherichia coli & 81 & 40.9 & 65 & 2 & 3.1\\
Proteus & 5 & 2.5 & 5 & 0 & 0\\
\addlinespace
Acinetobacter & 1 & 0.5 & 1 & 1 & 100\\
Citrobacter & 4 & 2.0 & 4 & 0 & 0\\
Morganella & 4 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 6 & 3.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{173} & \textbf{87.4} & \textbf{131} & \textbf{15} & \textbf{11.5}\\
\addlinespace
Candida albicans & 27 & 13.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 21 & 10.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 4 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 3 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 2 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 3 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{61} & \textbf{30.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 23 & Ertapenem & 2 & 8.70\\
Klebsiella pneumoniae & 23 & Meropenem & 4 & 17.39\\
Klebsiella altra specie & 7 & Ertapenem & 1 & 14.29\\
Klebsiella altra specie & 7 & Meropenem & 1 & 14.29\\
Enterobacter spp & 5 & Ertapenem & 1 & 20.00\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 4 & Ertapenem & 1 & 25.00\\
Escherichia coli & 63 & Ertapenem & 2 & 3.17\\
Escherichia coli & 65 & Meropenem & 2 & 3.08\\
Acinetobacter & 1 & Imipenem & 1 & 100.00\\
Acinetobacter & 1 & Meropenem & 1 & 100.00\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 16 & Imipenem & 5 & 31.25\\
Pseudomonas aeruginosa & 16 & Meropenem & 2 & 12.50\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100.00\\
Enterococco faecalis & 26 & Vancomicina & 4 & 15.38\\
Enterococco faecium & 33 & Vancomicina & 14 & 42.42\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 3 & Vancomicina & 1 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 2 & 3.03\\
No & 8 & 12.12\\
Non testato & 56 & 84.85\\
Missing & 61 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 10 & 55\\
kpc & 0 & 0 & 10 & 55\\
ndm & 2 & 100 & 8 & 55\\
oxa & 0 & 0 & 10 & 55\\
vim & 0 & 0 & 10 & 56\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPeritAMM-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-876}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite all'ammissione} (N = 876)}{Pazienti con polmonite all'ammissione (N = 876)}}\label{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-876}}

\hypertarget{trauma-3}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 847 & 96.7\\
Sì & 29 & 3.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-3}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 758 & 86.5\\
Chirurgico d'elezione & 28 & 3.2\\
Chirurgico d'urgenza & 90 & 10.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipo-di-infezione-1}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipoInfPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 620 & 71.1\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 204 & 23.4\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 48 & 5.5\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezione-batteriemica-1}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmAmm1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 726 & 83.3\\
Sì & 146 & 16.7\\
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezioni-multisito-1}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 664 & 75.8\\
Sì & 212 & 24.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 179 & 27.0\\
Sepsi & 312 & 47.0\\
Shock settico & 173 & 26.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su
664 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 212 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-3}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 616 & 70.4\\
Deceduti & 259 & 29.6\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-3}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 507 & 61.6\\
Deceduti & 316 & 38.4\\
Missing & 10 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 833 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 43 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-3}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 12.4 (14.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 7.5 (3-16)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-3}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 25.9 (25.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 18 (9-33)\\
Missing & 10\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 833 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 43 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmoniti}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 305 & 35.0\\
Sì & 566 & 65.0\\
Missing & 5 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{876} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{787} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 110 & 19.4 & 82 & 23 & 28\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 8 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & 0.4 & 2 & 2 & 100\\
Staphylococcus hominis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 6 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pyogens & 7 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 14 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 90 & 15.9 & 67 & 5 & 7.5\\
Streptococcus altra specie & 3 & 0.5 & 2 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 8 & 1.4 & 6 & 2 & 33.3\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 9 & 1.6 & 7 & 2 & 28.6\\
Enterococco altra specie & 1 & 0.2 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{259} & \textbf{45.8} & \textbf{167} & \textbf{34} & \textbf{20.4}\\
Klebsiella pneumoniae & 59 & 10.4 & 47 & 10 & 21.3\\
Klebsiella altra specie & 29 & 5.1 & 18 & 1 & 5.6\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 17 & 3.0 & 14 & 1 & 7.1\\
Altro enterobacterales & 5 & 0.9 & 3 & 0 & 0\\
Serratia & 20 & 3.5 & 15 & 1 & 6.7\\
Pseudomonas aeruginosa & 54 & 9.5 & 33 & 9 & 27.3\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.4 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Escherichia coli & 65 & 11.5 & 50 & 1 & 2\\
Proteus & 9 & 1.6 & 6 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 12 & 2.1 & 8 & 5 & 62.5\\
Emofilo & 52 & 9.2 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 23 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 4 & 0.7 & 3 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 0.4 & 1 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 9 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{363} & \textbf{64.1} & \textbf{199} & \textbf{28} & \textbf{14.1}\\
\addlinespace
Candida albicans & 17 & 3.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 12 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 3 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 15 & 2.7 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 5 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 3 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{59} & \textbf{10.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 20 & 3.5 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza AH3N2 & 3 & 0.5 &  &  & \\
Influenza altro A & 1 & 0.2 &  &  & \\
Influenza B & 5 & 0.9 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 3 & 0.5 &  &  & \\
Citomegalovirus & 4 & 0.7 &  &  & \\
\addlinespace
Herpes simplex & 4 & 0.7 &  &  & \\
Altro Virus & 15 & 2.7 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{55} & \textbf{9.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 6 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 7 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{13} & \textbf{2.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 47 & Ertapenem & 5 & 10.64\\
Klebsiella pneumoniae & 47 & Meropenem & 7 & 14.89\\
Klebsiella altra specie & 18 & Ertapenem & 1 & 5.56\\
Klebsiella altra specie & 18 & Meropenem & 1 & 5.56\\
Enterobacter spp & 14 & Ertapenem & 1 & 7.14\\
\addlinespace
Escherichia coli & 50 & Ertapenem & 1 & 2.00\\
Serratia & 15 & Ertapenem & 1 & 6.67\\
Acinetobacter & 8 & Imipenem & 2 & 25.00\\
Acinetobacter & 8 & Meropenem & 5 & 62.50\\
Pseudomonas aeruginosa & 33 & Imipenem & 9 & 27.27\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 33 & Meropenem & 5 & 15.15\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & Meticillina & 2 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 82 & Meticillina & 23 & 28.05\\
Streptococcus pneumoniae & 67 & Penicillina & 5 & 7.46\\
Enterococco faecalis & 6 & Vancomicina & 2 & 33.33\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 7 & Vancomicina & 2 & 28.57\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 9 & 7.89\\
No & 28 & 24.56\\
Non testato & 77 & 67.54\\
Missing & 97 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 7.7 & 36 & 76\\
kpc & 5 & 38.5 & 34 & 75\\
ndm & 4 & 30.8 & 34 & 75\\
oxa & 2 & 15.4 & 36 & 75\\
vim & 1 & 7.7 & 36 & 76\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmAmm-1} \end{center}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 244 & 36.5\\
Sì & 424 & 63.5\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{668} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{579} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 81 & 19.1 & 63 & 17 & 27\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 6 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.2 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus hominis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 4 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pyogens & 7 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 14 & 3.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 83 & 19.6 & 62 & 4 & 6.5\\
Streptococcus altra specie & 3 & 0.7 & 2 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 3 & 0.7 & 2 & 2 & 100\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 4 & 0.9 & 3 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{207} & \textbf{48.8} & \textbf{133} & \textbf{24} & \textbf{18}\\
Klebsiella pneumoniae & 32 & 7.5 & 27 & 3 & 11.1\\
Klebsiella altra specie & 17 & 4.0 & 11 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 12 & 2.8 & 9 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 5 & 1.2 & 3 & 0 & 0\\
Serratia & 11 & 2.6 & 9 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 32 & 7.5 & 19 & 3 & 15.8\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 47 & 11.1 & 37 & 1 & 2.7\\
\addlinespace
Proteus & 7 & 1.7 & 5 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 4 & 0.9 & 3 & 2 & 66.7\\
Emofilo & 49 & 11.6 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 23 & 5.4 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 3 & 0.7 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 2 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 8 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{253} & \textbf{59.7} & \textbf{126} & \textbf{9} & \textbf{7.1}\\
Candida albicans & 6 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 5 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida krusei & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 6 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 5 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 2 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{27} & \textbf{6.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 19 & 4.5 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 3 & 0.7 &  &  & \\
Influenza altro A & 1 & 0.2 &  &  & \\
Influenza B & 4 & 0.9 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza tipo non specificato & 3 & 0.7 &  &  & \\
Citomegalovirus & 3 & 0.7 &  &  & \\
Herpes simplex & 3 & 0.7 &  &  & \\
Altro Virus & 15 & 3.5 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{51} & \textbf{12.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Mycoplasma & 4 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 7 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{11} & \textbf{2.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 27 & Meropenem & 3 & 11.11\\
Escherichia coli & 37 & Ertapenem & 1 & 2.70\\
Acinetobacter & 3 & Imipenem & 1 & 33.33\\
Acinetobacter & 3 & Meropenem & 2 & 66.67\\
Pseudomonas aeruginosa & 19 & Imipenem & 3 & 15.79\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 19 & Meropenem & 1 & 5.26\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 63 & Meticillina & 17 & 26.98\\
Streptococcus pneumoniae & 62 & Penicillina & 4 & 6.45\\
Enterococco faecalis & 2 & Vancomicina & 2 & 100.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 14 & 51.85\\
Non testato & 13 & 48.15\\
Missing & 24 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 15 & 12\\
kpc & 0 & 0 & 15 & 12\\
ndm & 0 & 0 & 15 & 12\\
oxa & 0 & 0 & 15 & 12\\
vim & 0 & 0 & 14 & 13\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmOsp-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}\label{pazienti-infetti-in-degenza}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}

I pazienti infetti in degenza comprendono tutti i pazienti che contraggono un'infezione durante la loro degenza a prescindere dal fatto che siano infetti all'ammissione o meno.

Sono presenti 752 pazienti infetti in degenza, che rappresentano il 11.8\% della popolazione totale ammessa in TI.

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza & 752 & 11.8\\
Non infetti in degenza & 5610 & 88.2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 6362).

I pazienti infetti in degenza possono presentare VAP o batteriemia:

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfDegVAPCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza (no vap, no batteriemia) & 317 & 42.2\\
VAP & 249 & 33.1\\
Batteriemia primaria di origine sconosciuta & 104 & 13.8\\
Batteriemia da catetere & 92 & 12.2\\
Batteriemia secondaria & 130 & 17.3\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale à calcolata sul totale di pazienti infetti in degenza (N = 752)

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza-n-752}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti in degenza} (N = 752)}{Pazienti infetti in degenza (N = 752)}}\label{pazienti-infetti-in-degenza-n-752}}

\hypertarget{sesso-2}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/sessoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 497 & 66.1\\
Femmina & 255 & 33.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0-2}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/etaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 5 & 0.7\\
17-45 & 91 & 12.1\\
46-65 & 243 & 32.3\\
66-75 & 213 & 28.3\\
>75 & 200 & 26.6\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTIInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 6.1\\
DS & 15.3\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-5\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto-3}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaInfDeg1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 83 & 11.1\\
Reparto chirurgico & 103 & 13.7\\
Pronto soccorso & 388 & 51.7\\
Altra TI & 136 & 18.1\\
Terapia subintensiva & 41 & 5.5\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-4}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 577 & 76.7\\
Sì & 175 & 23.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-4}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 472 & 62.8\\
Chirurgico d'elezione & 52 & 6.9\\
Chirurgico d'urgenza & 228 & 30.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-3}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-3}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 60 & 8.0\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 691 & 92.0\\
Sedazione Palliativa & 0 & 0.0\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 0 & 0.0\\
\addlinespace
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 355 & 72.7\\
Coma cerebrale & 90 & 18.4\\
Coma metabolico & 16 & 3.3\\
Coma postanossico & 21 & 4.3\\
Coma tossico & 6 & 1.2\\
\addlinespace
Missing & 264 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GcsInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 8.7\\
DS & 4.4\\
Mediana & 10\\
Q1-Q3 & 4.2-13\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 739 & 98.3\\
Coma cerebrale & 7 & 0.9\\
Coma metabolico & 3 & 0.4\\
Coma postanossico & 3 & 0.4\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-4}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 560 & 74.6\\
Deceduti & 191 & 25.4\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-4}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 476 & 66.2\\
Deceduti & 243 & 33.8\\
Missing & 10 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 729 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 23 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-4}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-4}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 23.0 (17.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 18 (11-30)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-4}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-4}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1InfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 40.3 (31.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 33 (18-52)\\
Missing & 10\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 729 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 23 ).

\hypertarget{infezioni-in-degenza-top-10}{%
\subsection{Infezioni in degenza ( top 10 )}\label{infezioni-in-degenza-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfDegTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 292 & 38.8\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 175 & 23.3\\
Batteriemia primaria sconosciuta & 104 & 13.8\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 92 & 12.2\\
IVU catetere correlata & 82 & 10.9\\
\addlinespace
Peritonite post-chirurgica & 26 & 3.5\\
Infezione delle alte vie respiratorie & 25 & 3.3\\
IVU NON catetere correlata & 24 & 3.2\\
Sepsi clinica & 19 & 2.5\\
Gastroenterite & 15 & 2.0\\
\addlinespace
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito-1}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 585 & 77.8\\
Sì & 167 & 22.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-in-degenza}{%
\subsection{Infezioni in degenza}\label{infezioni-in-degenza}}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
  & N\\
\midrule
Numero totale di episodi infettivi  * & 933\\
Numero totale di microrganismi isolati & 1137\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Non sono considerati gli episodi multipli nella stessa infezione.

\hypertarget{giorni-per-contrarre-linfezione}{%
\subsection{Giorni per contrarre l'infezione}\label{giorni-per-contrarre-linfezione}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniContrazioneInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 7.9\\
DS & 7.6\\
Mediana & 6\\
Q1-Q3 & 3-10\\
Missing & 5\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}{%
\subsection{Incidenza di infezione in degenza: Incidenza 1 e Incidenza 2}\label{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\raggedright\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) **\\
\midrule
Stima & 23.2 & 16.3 \%\\
CI ( 95\% ) & 21.6 - 25.0 & 15.1 - 17.5\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per le infezioni in degenza,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ Giornate di degenza pre-infezione}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-infezione} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
dell'infezione o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa infezione
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza dell'infezione
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{** Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ ( Giornate di degenza pre-infezione )}/7} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano infezione in degenza?'}.

\hypertarget{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}{%
\subsection{Incidenza di infezioni in degenza e percentuale di infezioni multiresistenti}\label{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}}

\vspace{0.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GraficoDispersione-1} \end{center}

Il grafico sovrastante incrocia le variabili \emph{Incidenza di infezioni in degenza} e
\emph{Percentuale di infezioni multiresistenti}
( ad esclusione del germe S. Coagulasi negativo meticillina resistente ).
La nuvola di punti rappresenta i dati delle TI nazionali. .
Le due linee rosse intersecano il grafico in corrispondenza dei valori mediani
nazionali e delineano 4 aree.
L'area \textbf{A1} identifica i centri che sembrano praticare un'efficace prevenzione
delle infezioni e una buona gestione dell'antibiotico terapia.
Per contro a cadere nell'area \textbf{A3} sono i centri che, osservando un'elevata
incidenza di infezioni in degenza ed un'alta percentuale di multiresistenze,
paiono non riuscire a controllare efficacemente i fenomeni.
È bene sottolineare che ad influire notevolmente su tali statistiche sono
i case-mix delle TI. È pertanto importante valutare con estrema cautela
tale grafico e tenere in considerazione che quella appena fornita è
solo una delle tante possibili chiavi di lettura.

\textbf{Rischio di contrarre infezioni in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurvaSopravINFEZDeg-1} \end{center}

\end{col}\vspace{1cm}

\color{white}{....} \color{black}

\textbf{Rischio di contrarre sepsi severa o shock settico in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurvaSopravSEPSIDeg-1} \end{center}

\end{col}

I due grafici sovrastanti mostrano le curve di rischio di contrarre infezione e
sepsi/shock settico in TI all'aumentare dei giorni trascorsi in reparto.
Come è logico, il rischio aumenta all'aumentare della degenza del paziente.

Per esempio, la probabilità di aver contratto un'infezione in TI è
pari al 77\% alla decima giornata di degenza.
Tale probabilità sfiora il 94\% se il
paziente rimane ricoverato per almeno 20 giorni ( Dati nazionali ).
Entrambi i grafici sono `troncati' alla ventesima giornata di degenza poichè
le stime successive, basate sui pochi pazienti con degenza superiore a 20 giorni,
sarebbero risultate instabili.
Le aree ombreggiate delineano l'intervallo di confidenza al 95\% delle stime.

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 67 & 7.2\\
Sì & 859 & 92.8\\
Missing & 7 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{933} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{1137} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 144 & 16.7 & 114 & 27 & 23.7\\
Staphylococcus capitis & 10 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 5 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 10 & 1.2 & 8 & 6 & 75\\
Staphylococcus hominis & 9 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 49 & 5.7 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 3 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 9 & 1.0 & 7 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 9 & 1.0 & 7 & 1 & 14.3\\
Enterococco faecalis & 39 & 4.5 & 32 & 2 & 6.2\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 26 & 3.0 & 20 & 9 & 45\\
Enterococco altra specie & 7 & 0.8 & 3 & 1 & 33.3\\
Clostridium difficile & 13 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 3 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{336} & \textbf{39.0} & \textbf{191} & \textbf{46} & \textbf{24.1}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 117 & 13.6 & 82 & 21 & 25.6\\
Klebsiella altra specie & 52 & 6.0 & 40 & 1 & 2.5\\
Enterobacter spp & 64 & 7.4 & 51 & 2 & 3.9\\
Altro enterobacterales & 11 & 1.3 & 7 & 0 & 0\\
Serratia & 44 & 5.1 & 31 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 130 & 15.1 & 97 & 25 & 25.8\\
Pseudomonas altra specie & 3 & 0.3 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 101 & 11.7 & 79 & 3 & 3.8\\
Proteus & 35 & 4.1 & 28 & 2 & 7.1\\
Acinetobacter & 22 & 2.6 & 18 & 11 & 61.1\\
\addlinespace
Emofilo & 27 & 3.1 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 17 & 2.0 & 10 & 0 & 0\\
Morganella & 9 & 1.0 & 8 & 0 & 0\\
Providencia & 3 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 18 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{654} & \textbf{76.0} & \textbf{453} & \textbf{65} & \textbf{14.3}\\
Candida albicans & 44 & 5.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 14 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida krusei & 2 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 14 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 6 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 21 & 2.4 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 8 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{112} & \textbf{13.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 1 & 0.1 &  &  & \\
\addlinespace
Herpes simplex & 3 & 0.3 &  &  & \\
Altro Virus & 4 & 0.5 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{9} & \textbf{1.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 82 & Ertapenem & 19 & 23.17\\
Klebsiella pneumoniae & 82 & Meropenem & 21 & 25.61\\
Klebsiella altra specie & 40 & Ertapenem & 1 & 2.50\\
Enterobacter spp & 51 & Ertapenem & 2 & 3.92\\
Escherichia coli & 79 & Ertapenem & 2 & 2.53\\
\addlinespace
Escherichia coli & 79 & Meropenem & 3 & 3.80\\
Proteus & 28 & Ertapenem & 2 & 7.14\\
Proteus & 28 & Meropenem & 2 & 7.14\\
Acinetobacter & 18 & Imipenem & 8 & 44.44\\
Acinetobacter & 17 & Meropenem & 10 & 58.82\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 97 & Imipenem & 25 & 25.77\\
Pseudomonas aeruginosa & 97 & Meropenem & 20 & 20.62\\
Staphylococcus haemolyticus & 8 & Meticillina & 6 & 75.00\\
Staphylococcus aureus & 114 & Meticillina & 27 & 23.68\\
Streptococcus altra specie & 7 & Penicillina & 1 & 14.29\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 32 & Vancomicina & 2 & 6.25\\
Enterococco faecium & 20 & Vancomicina & 9 & 45.00\\
Enterococco altra specie & 3 & Vancomicina & 1 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 17 & 6.54\\
No & 55 & 21.15\\
Non testato & 188 & 72.31\\
Missing & 229 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 70 & 191\\
kpc & 11 & 57.9 & 61 & 191\\
ndm & 8 & 42.1 & 63 & 190\\
oxa & 0 & 0.0 & 70 & 191\\
vim & 0 & 0.0 & 70 & 191\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-296}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza} (N = 296)}{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza (N = 296)}}\label{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-296}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 120 & 16.6\\
Sì & 605 & 83.4\\
Missing & 4 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{729} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{826} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 37 & 10.9 & 29 & 12 & 41.4\\
Staphylococcus capitis & 5 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 3 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 8 & 2.4 & 6 & 5 & 83.3\\
Staphylococcus hominis & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 32 & 9.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 3 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 5 & 1.5 & 5 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 3 & 0.9 & 2 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 23 & 6.8 & 18 & 2 & 11.1\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 17 & 5.0 & 14 & 7 & 50\\
Enterococco altra specie & 3 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 10 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{153} & \textbf{45.1} & \textbf{74} & \textbf{26} & \textbf{35.1}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 46 & 13.6 & 28 & 7 & 25\\
Klebsiella altra specie & 22 & 6.5 & 14 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 14 & 4.1 & 12 & 1 & 8.3\\
Altro enterobacterales & 2 & 0.6 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 14 & 4.1 & 6 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 65 & 19.2 & 42 & 12 & 28.6\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 33 & 9.7 & 23 & 3 & 13\\
Proteus & 9 & 2.7 & 9 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 18 & 5.3 & 15 & 11 & 73.3\\
\addlinespace
Emofilo & 5 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 3 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 0.6 & 2 & 0 & 0\\
Providencia & 3 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 8 & 2.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{246} & \textbf{72.6} & \textbf{152} & \textbf{34} & \textbf{22.4}\\
Candida albicans & 27 & 8.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 8 & 2.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida krusei & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 14 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 5 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 17 & 5.0 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 4 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{79} & \textbf{23.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 0.3 &  &  & \\
Herpes simplex & 1 & 0.3 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 3 & 0.9 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{5} & \textbf{1.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 42 & Ertapenem & 9 & 21.43\\
Klebsiella pneumoniae & 42 & Meropenem & 10 & 23.81\\
Klebsiella altra specie & 24 & Ertapenem & 1 & 4.17\\
Klebsiella altra specie & 24 & Meropenem & 1 & 4.17\\
Enterobacter spp & 16 & Ertapenem & 1 & 6.25\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 2 & Ertapenem & 1 & 50.00\\
Escherichia coli & 50 & Ertapenem & 3 & 6.00\\
Escherichia coli & 51 & Meropenem & 4 & 7.84\\
Acinetobacter & 19 & Imipenem & 8 & 42.11\\
Acinetobacter & 18 & Meropenem & 13 & 72.22\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 61 & Imipenem & 14 & 22.95\\
Pseudomonas aeruginosa & 61 & Meropenem & 11 & 18.03\\
Staphylococcus haemolyticus & 7 & Meticillina & 6 & 85.71\\
Staphylococcus aureus & 48 & Meticillina & 16 & 33.33\\
Enterococco faecalis & 31 & Vancomicina & 4 & 12.90\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 29 & Vancomicina & 14 & 48.28\\
Enterococco altra specie & 1 & Vancomicina & 1 & 100.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 18 & 5.98\\
No & 61 & 20.27\\
Non testato & 222 & 73.75\\
Missing & 274 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 80 & 230\\
kpc & 14 & 63.6 & 68 & 230\\
ndm & 8 & 36.4 & 73 & 229\\
oxa & 0 & 0.0 & 80 & 230\\
vim & 0 & 0.0 & 80 & 230\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmmDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-456}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti solo in degenza} (N = 456)}{Pazienti infetti solo in degenza (N = 456)}}\label{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-456}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaSoloDegenza-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 238 & 52.3\\
Sepsi & 155 & 34.1\\
Shock settico & 62 & 13.6\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaInfezSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione non complessa & 12.6 & 20.2\\
Sepsi & 21.3 & 28.4\\
Shock settico & 54.8 & 65.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti solo in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 37 & 6.2\\
Sì & 560 & 93.8\\
Missing & 4 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{601} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{745} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 113 & 21.6 & 91 & 19 & 20.9\\
Staphylococcus capitis & 6 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 3 & 0.6 & 2 & 1 & 50\\
Staphylococcus hominis & 7 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 23 & 4.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 5 & 1.0 & 3 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 6 & 1.1 & 5 & 1 & 20\\
Enterococco faecalis & 22 & 4.2 & 18 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 11 & 2.1 & 8 & 4 & 50\\
Enterococco altra specie & 4 & 0.8 & 3 & 1 & 33.3\\
Clostridium difficile & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{207} & \textbf{39.7} & \textbf{130} & \textbf{26} & \textbf{20}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 83 & 15.9 & 64 & 17 & 26.6\\
Klebsiella altra specie & 39 & 7.5 & 31 & 1 & 3.2\\
Enterobacter spp & 56 & 10.7 & 44 & 1 & 2.3\\
Altro enterobacterales & 10 & 1.9 & 7 & 0 & 0\\
Serratia & 34 & 6.5 & 28 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 84 & 16.1 & 66 & 16 & 24.2\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.4 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 76 & 14.6 & 63 & 1 & 1.6\\
Proteus & 29 & 5.6 & 22 & 2 & 9.1\\
Acinetobacter & 8 & 1.5 & 6 & 3 & 50\\
\addlinespace
Emofilo & 22 & 4.2 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 18 & 3.4 & 12 & 0 & 0\\
Morganella & 8 & 1.5 & 7 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 12 & 2.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{481} & \textbf{92.1} & \textbf{352} & \textbf{41} & \textbf{11.6}\\
\addlinespace
Candida albicans & 19 & 3.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 6 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 5 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 4 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{39} & \textbf{7.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.2 &  &  & \\
Herpes simplex & 2 & 0.4 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 2 & 0.4 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{5} & \textbf{1.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDegRaggrup-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 64 & Ertapenem & 15 & 23.44\\
Klebsiella pneumoniae & 64 & Meropenem & 17 & 26.56\\
Klebsiella altra specie & 31 & Ertapenem & 1 & 3.23\\
Enterobacter spp & 44 & Ertapenem & 1 & 2.27\\
Escherichia coli & 63 & Ertapenem & 1 & 1.59\\
\addlinespace
Proteus & 22 & Ertapenem & 2 & 9.09\\
Proteus & 22 & Meropenem & 2 & 9.09\\
Acinetobacter & 6 & Imipenem & 2 & 33.33\\
Acinetobacter & 6 & Meropenem & 3 & 50.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 66 & Imipenem & 16 & 24.24\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 66 & Meropenem & 12 & 18.18\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & Meticillina & 1 & 50.00\\
Staphylococcus aureus & 91 & Meticillina & 19 & 20.88\\
Streptococcus altra specie & 5 & Penicillina & 1 & 20.00\\
Enterococco faecium & 8 & Vancomicina & 4 & 50.00\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 3 & Vancomicina & 1 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 11 & 5.88\\
No & 37 & 19.79\\
Non testato & 139 & 74.33\\
Missing & 160 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 47 & 140\\
kpc & 7 & 58.3 & 41 & 140\\
ndm & 5 & 41.7 & 43 & 139\\
oxa & 0 & 0.0 & 47 & 140\\
vim & 0 & 0.0 & 47 & 140\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipica_soloDeg-1} \end{center}

\hypertarget{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}{%
\subsection{\texorpdfstring{\textbf{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}\label{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TabInfezioniAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo isolato & N & Ammissione & \% amm. & Degenza & \% deg.\\
\midrule
Acinetobacter & 66 & 28 & 42.4 & 38 & 57.6\\
Pseudomonas aeruginosa & 332 & 146 & 44 & 186 & 56\\
Streptococcus agalactiae & 35 & 31 & 88.6 & 4 & 11.4\\
Candida albicans & 144 & 93 & 64.6 & 51 & 35.4\\
Aspergillo & 51 & 27 & 52.9 & 24 & 47.1\\
\addlinespace
Citrobacter & 50 & 25 & 50 & 25 & 50\\
Enterobacter spp & 147 & 60 & 40.8 & 87 & 59.2\\
Staphylococcus epidermidis & 111 & 46 & 41.4 & 65 & 58.6\\
Escherichia coli & 540 & 403 & 74.6 & 137 & 25.4\\
Enterococco faecalis & 150 & 94 & 62.7 & 56 & 37.3\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 123 & 85 & 69.1 & 38 & 30.9\\
Candida glabrata & 68 & 50 & 73.5 & 18 & 26.5\\
Emofilo & 107 & 77 & 72 & 30 & 28\\
Altro gram negativo & 65 & 45 & 69.2 & 20 & 30.8\\
Altro enterobacterales & 35 & 23 & 65.7 & 12 & 34.3\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 135 & 63 & 46.7 & 72 & 53.3\\
Streptococcus altra specie & 58 & 48 & 82.8 & 10 & 17.2\\
Altro Virus & 37 & 32 & 86.5 & 5 & 13.5\\
Candida parapsilosis & 48 & 20 & 41.7 & 28 & 58.3\\
Klebsiella pneumoniae & 355 & 202 & 56.9 & 153 & 43.1\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 137 & 127 & 92.7 & 10 & 7.3\\
Proteus & 117 & 66 & 56.4 & 51 & 43.6\\
Serratia & 95 & 41 & 43.2 & 54 & 56.8\\
Staphylococcus aureus & 441 & 256 & 58 & 185 & 42\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-292}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite in degenza} (N = 292)}{Pazienti con polmonite in degenza (N = 292)}}\label{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-292}}

\hypertarget{trauma-5}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 201 & 68.8\\
Sì & 91 & 31.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-5}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 173 & 59.2\\
Chirurgico d'elezione & 17 & 5.8\\
Chirurgico d'urgenza & 102 & 34.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezione-batteriemica-2}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 222 & 76.3\\
Sì & 69 & 23.7\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-multisito-2}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 264 & 90.4\\
Sì & 28 & 9.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/NuoviEpisodiPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 237 & 81.4\\
Sì & 54 & 18.6\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}{%
\subsection{Polmonite associata a ventilazione ( VAP ) *}\label{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/PolmoniteDaVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Polmonite associata a VAP & N & \%\\
\midrule
No & 43 & 14.7\\
Sì & 249 & 85.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* VAP: polmonite associata a ventilazione invasiva ( polmonite con esordio successivo al secondo giorno di ventilazione o sviluppata entro i due giorni dal termine della ventilazione ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con polmonite in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 76 & 27.0 & 62 & 13 & 21\\
Staphylococcus hominis & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 3 & 1.1 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 4 & 1.4 & 2 & 1 & 50\\
Enterococco faecalis & 5 & 1.8 & 5 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 3 & 1.1 & 2 & 1 & 50\\
Enterococco altra specie & 2 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{97} & \textbf{34.5} & \textbf{74} & \textbf{15} & \textbf{20.3}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 45 & 16.0 & 33 & 10 & 30.3\\
Klebsiella altra specie & 25 & 8.9 & 21 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 26 & 9.3 & 20 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 9 & 3.2 & 6 & 0 & 0\\
Serratia & 22 & 7.8 & 14 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 57 & 20.3 & 43 & 14 & 32.6\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.4 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 31 & 11.0 & 23 & 0 & 0\\
Proteus & 8 & 2.8 & 6 & 1 & 16.7\\
Acinetobacter & 17 & 6.0 & 15 & 8 & 53.3\\
\addlinespace
Emofilo & 18 & 6.4 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 8 & 2.8 & 5 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 4 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{274} & \textbf{97.5} & \textbf{188} & \textbf{33} & \textbf{17.6}\\
Candida albicans & 7 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 4 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida specie non determinata & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 8 & 2.8 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{23} & \textbf{8.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.4 &  &  & \\
\addlinespace
Herpes simplex & 1 & 0.4 &  &  & \\
Altro Virus & 2 & 0.7 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{4} & \textbf{1.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolm-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-vap-in-degenza-n-249}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con VAP in degenza} (N = 249)}{Pazienti con VAP in degenza (N = 249)}}\label{pazienti-con-vap-in-degenza-n-249}}

\hypertarget{vap-precoce}{%
\subsection{VAP precoce}\label{vap-precoce}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/VAPprecoce-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
VAP precoce & N & \%\\
\midrule
No & 118 & 47.4\\
Sì & 131 & 52.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{diagnosi}{%
\subsection{Diagnosi}\label{diagnosi}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DiagnosiVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Diagnosi & N & \%\\
\midrule
Possibile & 56 & 22.7\\
Probabile - certa & 191 & 77.3\\
Missing & 119 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{criteri-diagnostici-microbiologici}{%
\subsection{Criteri diagnostici microbiologici}\label{criteri-diagnostici-microbiologici}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CriteriDiagnosticiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Criteri diagnostici microbiologici & N & \%\\
\midrule
Sierologia/tecniche di biologia molecolare/antigeni urinari (legionella, ecc) & 1 & 0.4\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) quantitativo & 4 & 1.6\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) qualitativo & 3 & 1.2\\
Campione distale protetto qualitativo (bal, psb) & 25 & 10.1\\
Campione distale protetto quantitativo (bal, psb) & 56 & 22.7\\
\addlinespace
Aspirato tracheale quantitativo >= 10 alla 5a cfu/ml & 121 & 49.0\\
Aspirato tracheale qualitativo + emocoltura e/o liquido pleurico concordati & 9 & 3.6\\
Aspirato tracheale qualitativo & 22 & 8.9\\
Agente eziologico NON ricercato o NON isolato & 6 & 2.4\\
Missing & 119 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{fattori-di-rischio-per-vap-n-6362}{%
\subsection{Fattori di rischio per VAP ( N = 6362 )}\label{fattori-di-rischio-per-vap-n-6362}}

\hypertarget{ventilazione-invasiva}{%
\subsubsection{Ventilazione invasiva}\label{ventilazione-invasiva}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/VentilazioneInvasiva-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Ventilazione invasiva & N & \%\\
\midrule
No & 2414 & 38.1\\
Sì & 3930 & 61.9\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{3734} & \textbf{58.7}\\
Missing & 18 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{durata-ventilazione-invasiva-giorni}{%
\subsubsection{Durata ventilazione invasiva ( giorni )}\label{durata-ventilazione-invasiva-giorni}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 6.1 (9.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 2 (1-7)\\
Missing & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{duratadegenza-in-ti}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataSuDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 74.1 (29.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 90 (50-100)\\
Missing & 16\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{giorni-di-vm-pre-vap}{%
\subsection{Giorni di VM pre-VAP}\label{giorni-di-vm-pre-vap}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniVMpreVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 249\\
Media (DS) & 9.9 (9.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 6 (4-12)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-vap}{%
\subsection{Incidenza di VAP}\label{incidenza-di-vap}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/1000 gg. di VM pre-VAP) * & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/paz. ventilati per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 12.7 & 8.9 \%\\
CI ( 95\% ) & 11.2 - 14.4 & 7.8 - 10.1\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di VAP.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP} è pari alla
somma delle giornate di ventilazione meccanica pre-VAP di tutti i pazienti ammessi in reparto.
E grave; pari alla durata totale della ventilazione meccanica per i pazienti che
non sviluppano VAP e alla differenza tra la data di insorgenza della VAP e la data
di inizio della ventilazione meccanica per i pazienti infetti.
Sono esclusi dal denominatore i giorni di ventilazione meccanica dei pazienti dimessi
o deceduti entro 2 giorni dall'inizio della ventilazione.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ ( Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura piu grave; semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti ventilati per 7 giorni in TI, quanti sviluppano VAP?'}.
Il cutoff di una settimana e grave; stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\vspace{1.0cm}

\textbf{Rischio di contrarre VAP in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurveSopravv-1} \end{center}

\vspace{1.0cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-5}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalita grave; in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 186 & 74.7\\
Deceduti & 63 & 25.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-5}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalita grave; ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 164 & 68.9\\
Deceduti & 74 & 31.1\\
Missing & 7 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 245 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 4 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-5}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-5}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaTIVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 30.8 (20.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 25 (16-41)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-5}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-5}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 45.0 (28.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 38 (22-60)\\
Missing & 7\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 245 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 4 ).

\newpage

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 12 & 3.3\\
Sì & 352 & 96.7\\
Missing & 2 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{366} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{494} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 74 & 21.0 & 61 & 13 & 21.3\\
Staphylococcus capitis & 5 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 3 & 0.9 & 2 & 2 & 100\\
Staphylococcus hominis & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 16 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 3 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 2 & 0.6 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 4 & 1.1 & 2 & 1 & 50\\
Enterococco faecalis & 15 & 4.3 & 13 & 1 & 7.7\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 6 & 1.7 & 5 & 2 & 40\\
Enterococco altra specie & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{134} & \textbf{38.1} & \textbf{84} & \textbf{19} & \textbf{22.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 53 & 15.1 & 41 & 11 & 26.8\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 24 & 6.8 & 21 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 32 & 9.1 & 26 & 1 & 3.8\\
Altro enterobacterales & 9 & 2.6 & 6 & 0 & 0\\
Serratia & 28 & 8.0 & 18 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 62 & 17.6 & 49 & 14 & 28.6\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.6 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 35 & 9.9 & 26 & 0 & 0\\
Proteus & 9 & 2.6 & 8 & 2 & 25\\
Acinetobacter & 15 & 4.3 & 14 & 8 & 57.1\\
Emofilo & 16 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Legionella & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 9 & 2.6 & 6 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 0.6 & 1 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 7 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{304} & \textbf{86.4} & \textbf{217} & \textbf{36} & \textbf{16.6}\\
\addlinespace
Candida albicans & 16 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 4 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 4 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida specie non determinata & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 9 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{38} & \textbf{10.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 0.3 &  &  & \\
\addlinespace
Herpes simplex & 2 & 0.6 &  &  & \\
Altro Virus & 3 & 0.9 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{6} & \textbf{1.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 41 & Ertapenem & 9 & 21.95\\
Klebsiella pneumoniae & 41 & Meropenem & 11 & 26.83\\
Enterobacter spp & 26 & Ertapenem & 1 & 3.85\\
Proteus & 8 & Ertapenem & 2 & 25.00\\
Proteus & 8 & Meropenem & 2 & 25.00\\
\addlinespace
Acinetobacter & 14 & Imipenem & 6 & 42.86\\
Acinetobacter & 14 & Meropenem & 8 & 57.14\\
Pseudomonas aeruginosa & 49 & Imipenem & 14 & 28.57\\
Pseudomonas aeruginosa & 49 & Meropenem & 9 & 18.37\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & Meticillina & 2 & 100.00\\
\addlinespace
Staphylococcus aureus & 61 & Meticillina & 13 & 21.31\\
Streptococcus altra specie & 2 & Penicillina & 1 & 50.00\\
Enterococco faecalis & 13 & Vancomicina & 1 & 7.69\\
Enterococco faecium & 5 & Vancomicina & 2 & 40.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 191 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{191} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{292} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 60 & 31.4 & 52 & 11 & 21.2\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 4 & 2.1 & 2 & 1 & 50\\
Enterococco faecalis & 2 & 1.0 & 2 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 2 & 1.0 & 2 & 1 & 50\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{70} & \textbf{36.6} & \textbf{59} & \textbf{13} & \textbf{22}\\
Klebsiella pneumoniae & 29 & 15.2 & 22 & 4 & 18.2\\
Klebsiella altra specie & 17 & 8.9 & 16 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 19 & 9.9 & 17 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 8 & 4.2 & 5 & 0 & 0\\
Serratia & 19 & 9.9 & 13 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 41 & 21.5 & 31 & 8 & 25.8\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 24 & 12.6 & 18 & 0 & 0\\
\addlinespace
Proteus & 4 & 2.1 & 4 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 9 & 4.7 & 8 & 2 & 25\\
Emofilo & 15 & 7.9 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 6 & 3.1 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 2 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{196} & \textbf{102.6} & \textbf{139} & \textbf{14} & \textbf{10.1}\\
Candida albicans & 7 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 3 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida specie non determinata & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 4 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{17} & \textbf{8.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Altro Virus & 1 & 0.5 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 22 & Ertapenem & 3 & 13.64\\
Klebsiella pneumoniae & 22 & Meropenem & 4 & 18.18\\
Acinetobacter & 8 & Imipenem & 2 & 25.00\\
Acinetobacter & 8 & Meropenem & 2 & 25.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 31 & Imipenem & 8 & 25.81\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 31 & Meropenem & 6 & 19.35\\
Staphylococcus aureus & 52 & Meticillina & 11 & 21.15\\
Streptococcus altra specie & 2 & Penicillina & 1 & 50.00\\
Enterococco faecium & 2 & Vancomicina & 1 & 50.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 58 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{58} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{83} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 10 & 17.2 & 9 & 2 & 22.2\\
Staphylococcus capitis & 1 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 2 & 3.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 1 & 1.7 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 1.7 & 1 & 1 & 100\\
Enterococco faecalis & 3 & 5.2 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 3 & 5.2 & 2 & 1 & 50\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{23} & \textbf{39.7} & \textbf{16} & \textbf{4} & \textbf{25}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 4 & 6.9 & 4 & 1 & 25\\
Klebsiella altra specie & 6 & 10.3 & 4 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 3 & 5.2 & 2 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 1 & 1.7 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 7 & 12.1 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 9 & 15.5 & 7 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 7 & 12.1 & 5 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 3.4 & 1 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 5 & 8.6 & 5 & 3 & 60\\
Emofilo & 3 & 5.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 3 & 5.2 & 1 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 1.7 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{51} & \textbf{87.9} & \textbf{35} & \textbf{4} & \textbf{11.4}\\
Candida albicans & 3 & 5.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 1 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 1 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 1 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{7} & \textbf{12.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Altro Virus & 1 & 1.7 &  &  & \\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{1.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP2NuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 4 & Ertapenem & 1 & 25.00\\
Klebsiella pneumoniae & 4 & Meropenem & 1 & 25.00\\
Acinetobacter & 5 & Imipenem & 2 & 40.00\\
Acinetobacter & 5 & Meropenem & 3 & 60.00\\
Staphylococcus aureus & 9 & Meticillina & 2 & 22.22\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 1 & Penicillina & 1 & 100.00\\
Enterococco faecium & 2 & Vancomicina & 1 & 50.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-289}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia in degenza} (N = 289)}{Pazienti con batteriemia in degenza (N = 289)}}\label{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-289}}

\hypertarget{trauma-6}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 223 & 77.2\\
Sì & 66 & 22.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-6}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 191 & 66.1\\
Chirurgico d'elezione & 16 & 5.5\\
Chirurgico d'urgenza & 82 & 28.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipologia}{%
\subsection{Tipologia}\label{tipologia}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Tipologia-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Batteriemia primaria sconosciuta & 104 & 31.9\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 92 & 28.2\\
Batteriemia secondaria & 130 & 39.9\\
Missing & 0 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/NuoviEpisodiBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 174 & 90.2\\
Sì & 19 & 9.8\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 15 & 7.8 & 11 & 2 & 18.2\\
Staphylococcus capitis & 10 & 5.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 5 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 8 & 4.1 & 7 & 5 & 71.4\\
Staphylococcus hominis & 7 & 3.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 42 & 21.8 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 3 & 1.6 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 10 & 5.2 & 6 & 2 & 33.3\\
Enterococco faecium & 7 & 3.6 & 4 & 3 & 75\\
Enterococco altra specie & 2 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{109} & \textbf{56.5} & \textbf{31} & \textbf{12} & \textbf{38.7}\\
Klebsiella pneumoniae & 24 & 12.4 & 15 & 7 & 46.7\\
Klebsiella altra specie & 8 & 4.1 & 6 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 15 & 7.8 & 11 & 2 & 18.2\\
Altro enterobacterales & 2 & 1.0 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 12 & 6.2 & 9 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 14 & 7.3 & 11 & 2 & 18.2\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 1.0 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 6 & 3.1 & 5 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 1.0 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 3 & 1.6 & 2 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 6 & 3.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{96} & \textbf{49.7} & \textbf{64} & \textbf{11} & \textbf{17.2}\\
\addlinespace
Candida albicans & 10 & 5.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 5 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 6 & 3.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{25} & \textbf{13.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 0.5 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte2-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 15 & Ertapenem & 6 & 40.00\\
Klebsiella pneumoniae & 15 & Meropenem & 7 & 46.67\\
Enterobacter spp & 11 & Ertapenem & 2 & 18.18\\
Pseudomonas aeruginosa & 11 & Imipenem & 2 & 18.18\\
Pseudomonas aeruginosa & 11 & Meropenem & 1 & 9.09\\
\addlinespace
Staphylococcus haemolyticus & 7 & Meticillina & 5 & 71.43\\
Staphylococcus aureus & 11 & Meticillina & 2 & 18.18\\
Enterococco faecalis & 6 & Vancomicina & 2 & 33.33\\
Enterococco faecium & 4 & Vancomicina & 3 & 75.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 5 & 11.9\\
No & 14 & 33.33\\
Non testato & 23 & 54.76\\
Missing & 36 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 17 & 24\\
kpc & 3 & 60 & 15 & 24\\
ndm & 2 & 40 & 16 & 23\\
oxa & 0 & 0 & 17 & 24\\
vim & 0 & 0 & 17 & 24\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-primaria-origine-sconosciuta-in-degenza-n-104}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia primaria (origine sconosciuta) in degenza} (N = 104)}{Pazienti con batteriemia primaria (origine sconosciuta) in degenza (N = 104)}}\label{pazienti-con-batteriemia-primaria-origine-sconosciuta-in-degenza-n-104}}

\hypertarget{infezioni-multisito-3}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 45 & 43.3\\
Sì & 59 & 56.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}{%
\subsection{Incidenza di batteriemia ( origine sconosciuta )}\label{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza BO 

 (Paz. con BO in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza BO 

 (Paz. con BO/paz.degenti per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 2.5 & 1.8 \%\\
CI ( 95\% ) & 2.0 - 3.0 & 1.4 - 2.1\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza di batteriemia di origine sconosciuta,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO}}
{\text{ Giornate di degenza pre-batteriemia}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-batteriemia} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
della batteriemia o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa batteriemia
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza della batteriemia
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO }}
{\text{ ( Numero pazienti ricoverati )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano batteriemia di origine sconosciuta?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-6}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 75 & 72.1\\
Deceduti & 29 & 27.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-6}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOSPBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 62 & 61.4\\
Deceduti & 39 & 38.6\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 103 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 1 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-6}{%
\subsection{Degenza in TI (giorni)}\label{degenza-in-ti-giorni-6}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaTIBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 23.3 (18.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 18 (10.8-30.2)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-6}{%
\subsection{Degenza ospedaliera (giorni) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-6}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 40.3 (35.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 33 (18-48)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 103 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 1 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 7 & 6.8 & 5 & 2 & 40\\
Staphylococcus capitis & 3 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 3 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & 1.9 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus hominis & 4 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 18 & 17.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 3 & 2.9 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 7 & 6.8 & 3 & 2 & 66.7\\
Enterococco faecium & 4 & 3.9 & 3 & 2 & 66.7\\
Enterococco altra specie & 2 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{53} & \textbf{51.5} & \textbf{15} & \textbf{7} & \textbf{46.7}\\
Klebsiella pneumoniae & 12 & 11.7 & 5 & 3 & 60\\
Klebsiella altra specie & 6 & 5.8 & 5 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 8 & 7.8 & 6 & 2 & 33.3\\
Serratia & 4 & 3.9 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 10 & 9.7 & 8 & 1 & 12.5\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 1.9 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 3 & 2.9 & 3 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 1.9 & 2 & 0 & 0\\
Citrobacter & 3 & 2.9 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Providencia & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 4 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{55} & \textbf{53.4} & \textbf{36} & \textbf{6} & \textbf{16.7}\\
Candida albicans & 8 & 7.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 3 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{16} & \textbf{15.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 1.0 &  &  & \\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{1.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 5 & Ertapenem & 3 & 60.00\\
Klebsiella pneumoniae & 5 & Meropenem & 3 & 60.00\\
Enterobacter spp & 6 & Ertapenem & 2 & 33.33\\
Pseudomonas aeruginosa & 8 & Imipenem & 1 & 12.50\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100.00\\
\addlinespace
Staphylococcus aureus & 5 & Meticillina & 2 & 40.00\\
Enterococco faecalis & 3 & Vancomicina & 2 & 66.67\\
Enterococco faecium & 3 & Vancomicina & 2 & 66.67\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 3 & 13.64\\
No & 12 & 54.55\\
Non testato & 7 & 31.82\\
Missing & 19 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 14 & 8\\
kpc & 2 & 66.7 & 12 & 8\\
ndm & 1 & 33.3 & 14 & 7\\
oxa & 0 & 0.0 & 14 & 8\\
vim & 0 & 0.0 & 14 & 8\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattOrigScon-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-92}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza} (N = 92)}{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza (N = 92)}}\label{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-92}}

\hypertarget{infezione-multisito-2}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 37 & 40.2\\
Sì & 55 & 59.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{fattori-di-rischio}{%
\subsection{Fattori di rischio}\label{fattori-di-rischio}}

\hypertarget{cvc-catetere-venoso-centrale-n-6362}{%
\subsubsection{CVC ( Catetere Venoso Centrale ) ( N = 6362 )}\label{cvc-catetere-venoso-centrale-n-6362}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CVCInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Cvc & N & \%\\
\midrule
No & 1839 & 29.0\\
Sì & 4505 & 71.0\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{4357} & \textbf{68.5}\\
Missing & 18 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{durata-giorni}{%
\subsubsection{Durata (giorni)}\label{durata-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 8.2 (10.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 4 (2-10)\\
Missing & 17\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{duratadegenza-in-ti-1}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataSuDegInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 95.0 (13.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 100 (100-100)\\
Missing & 18\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezione-locale-da-catetere-n-6362}{%
\subsubsection{Infezione locale da catetere ( N = 6362 )}\label{infezione-locale-da-catetere-n-6362}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezLocaleBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione locale da catetere & N & \%\\
\midrule
No & 6346 & 100.0\\
Sì & 1 & 0.0\\
Missing & 15 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}{%
\subsection{Giorni di CVC pre-batteriemia}\label{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniCVCBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 89\\
Media (DS) & 14.8 (14.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 10 (5-17)\\
Missing & 3\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}{%
\subsection{Incidenza di CR-BSI (Catheter-related bloodstream infection)}\label{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/1000 gg. di CVC pre-CR-BSI) * & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/paz. con catetere per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 2.6 & 1.8 \%\\
CI ( 95\% ) & 2.1 - 3.2 & 1.5 - 2.2\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di CR-BSI:

Il primo:

\[ \text{* Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ Giornate con catetere pre-CR-BSI }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate con catetere pre-CR-BSI} è pari alla
somma delle giornate di tutti i pazienti con catetere.
È quindi pari alle giornate con catetere per i pazienti non infetti
e alla differenza tra il giorno di insorgenza della CR-BSI e il primo
giorno di catetere per i pazienti infetti.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ ( Giornate con catetere pre-CR-BSI )/7}} \times 100 \]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura più semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti sottoposti a catetere per 7 giorni in TI, quanti sviluppano CR-BSI?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{rischio-di-contrarre-cr-bsi}{%
\subsection{Rischio di contrarre CR-BSI}\label{rischio-di-contrarre-cr-bsi}}

\vspace{0.5cm}\begin{col}{1\textwidth}


\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/RischioCRBSI-1} \end{center}

\end{col}\vspace{1cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-7}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-7}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 70 & 76.9\\
Deceduti & 21 & 23.1\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-7}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-7}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 58 & 64.4\\
Deceduti & 32 & 35.6\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 91 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 1 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-7}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-7}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 35.0 (24.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 29 (17.5-47)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-7}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-7}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 51.2 (28.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 45 (29.2-72)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 91 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 1 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 90 & 100.0\\
Missing & 2 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{92} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{106} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 8 & 8.9 & 6 & 0 & 0\\
Staphylococcus capitis & 7 & 7.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 6 & 6.7 & 6 & 4 & 66.7\\
Staphylococcus hominis & 3 & 3.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 24 & 26.7 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 3 & 3.3 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 3 & 3.3 & 1 & 1 & 100\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{56} & \textbf{62.2} & \textbf{16} & \textbf{5} & \textbf{31.2}\\
Klebsiella pneumoniae & 12 & 13.3 & 10 & 4 & 40\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 2 & 2.2 & 1 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 7 & 7.8 & 5 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 2 & 2.2 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 8 & 8.9 & 5 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 4 & 4.4 & 3 & 1 & 33.3\\
\addlinespace
Escherichia coli & 3 & 3.3 & 2 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 1.1 & 1 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 2 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{41} & \textbf{45.6} & \textbf{28} & \textbf{5} & \textbf{17.9}\\
Candida albicans & 2 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 4 & 4.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 3 & 3.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{9} & \textbf{10.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 10 & Ertapenem & 3 & 30.00\\
Klebsiella pneumoniae & 10 & Meropenem & 4 & 40.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 3 & Imipenem & 1 & 33.33\\
Pseudomonas aeruginosa & 3 & Meropenem & 1 & 33.33\\
Staphylococcus haemolyticus & 6 & Meticillina & 4 & 66.67\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 1 & Vancomicina & 1 & 100.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 2 & 10\\
No & 2 & 10\\
Non testato & 16 & 80\\
Missing & 17 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 3 & 16\\
kpc & 1 & 50 & 3 & 16\\
ndm & 1 & 50 & 2 & 16\\
oxa & 0 & 0 & 3 & 16\\
vim & 0 & 0 & 3 & 16\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattCat-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-130}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza} (N = 130)}{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza (N = 130)}}\label{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-130}}

\hypertarget{infezioni-associate-top-10}{%
\subsection{Infezioni associate ( top 10 )}\label{infezioni-associate-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezAssociateBS1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 69 & 53.1\\
IVU catetere correlata & 17 & 13.1\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 14 & 10.8\\
IVU NON catetere correlata & 8 & 6.2\\
Peritonite post-chirurgica & 6 & 4.6\\
\addlinespace
Altra infezione fungina & 5 & 3.8\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 3 & 2.3\\
Infezione delle alte vie respiratorie & 2 & 1.5\\
Endocardite NON post-chirurgica & 2 & 1.5\\
Peritonite secondaria NON chir. & 2 & 1.5\\
\addlinespace
Missing & 2 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-8}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-8}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 94 & 72.9\\
Deceduti & 35 & 27.1\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-8}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-8}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 83 & 66.4\\
Deceduti & 42 & 33.6\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 128 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 2 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-8}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-8}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 28.9 (22.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 21 (13-35)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-8}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-8}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 46.8 (34.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 36 (22-61)\\
Missing & 3\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 128 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 2 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 2 & 1.4\\
Sì & 138 & 98.6\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{140} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{189} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 27 & 19.6 & 20 & 7 & 35\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & 1.4 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus hominis & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 2 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 2 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 1 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 8 & 5.8 & 6 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 4 & 2.9 & 2 & 0 & 0\\
Enterococco altra specie & 2 & 1.4 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium difficile & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{51} & \textbf{37.0} & \textbf{31} & \textbf{8} & \textbf{25.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 29 & 21.0 & 18 & 4 & 22.2\\
Klebsiella altra specie & 11 & 8.0 & 8 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 9 & 6.5 & 8 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 3 & 2.2 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 10 & 7.2 & 4 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 19 & 13.8 & 14 & 4 & 28.6\\
Escherichia coli & 24 & 17.4 & 15 & 0 & 0\\
Proteus & 4 & 2.9 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Acinetobacter & 6 & 4.3 & 6 & 5 & 83.3\\
Emofilo & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 2 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 1.4 & 2 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 2 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{122} & \textbf{88.4} & \textbf{78} & \textbf{13} & \textbf{16.7}\\
Candida albicans & 5 & 3.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida auris & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 3 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{11} & \textbf{8.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Altro Virus & 2 & 1.4 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{2} & \textbf{1.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 18 & Ertapenem & 4 & 22.22\\
Klebsiella pneumoniae & 18 & Meropenem & 4 & 22.22\\
Acinetobacter & 6 & Imipenem & 2 & 33.33\\
Acinetobacter & 6 & Meropenem & 5 & 83.33\\
Pseudomonas aeruginosa & 14 & Imipenem & 4 & 28.57\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 14 & Meropenem & 3 & 21.43\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 20 & Meticillina & 7 & 35.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 3 & 8.11\\
No & 9 & 24.32\\
Non testato & 25 & 67.57\\
Missing & 57 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 12 & 25\\
kpc & 2 & 66.7 & 10 & 25\\
ndm & 1 & 33.3 & 11 & 25\\
oxa & 0 & 0.0 & 12 & 25\\
vim & 0 & 0.0 & 12 & 25\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattSec-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-18}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza} (N = 18)}{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza (N = 18)}}\label{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-18}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus capitis & 1 & 5.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 5.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & 11.1 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus epidermidis & 6 & 33.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 5.6 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 2 & 11.1 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 1 & 5.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{14} & \textbf{77.8} & \textbf{3} & \textbf{1} & \textbf{33.3}\\
Klebsiella pneumoniae & 4 & 22.2 & 2 & 0 & 0\\
Serratia & 2 & 11.1 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 2 & 11.1 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 2 & 11.1 & 1 & 0 & 0\\
Citrobacter & 1 & 5.6 & 1 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 5.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{12} & \textbf{66.7} & \textbf{7} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Candida albicans & 1 & 5.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 1 & 5.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{2} & \textbf{11.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Staphylococcus lugdunensis, Clamidia, Candida auris, Mycobacterium altra specie ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 14 & 11 & 2 & 9 & 81.82 & 3\\
Enterococco & 175 & 143 & 104 & 39 & 27.27 & 32\\
Escpm & 109 & 76 & 74 & 2 & 2.63 & 33\\
Klebsiella & 227 & 173 & 133 & 40 & 23.12 & 54\\
Pseudomonas & 136 & 94 & 70 & 24 & 25.53 & 42\\
\addlinespace
Streptococco & 46 & 32 & 29 & 3 & 9.38 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 0 & 0\\
Non testato & 0 & 0\\
Missing & 1 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{appendice}{%
\section*{Appendice}\label{appendice}}
\addcontentsline{toc}{section}{Appendice}

\hypertarget{definizione-di-mdr}{%
\subsection*{Definizione di MDR}\label{definizione-di-mdr}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Definizione di MDR}

Per microrganismo MDR intendiamo un microrganismo che presenti almeno una delle resistenze ai relativi antibiotici elencati in tabella:

\begin{longtable}{ll}
\toprule
Microrganismo & Antibiotico\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Klebsiella altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Citrobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Enterobacter spp & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Altro enterobacterales & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Escherichia coli & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Morganella & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Proteus & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Serratia & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Acinetobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Pseudomonas altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Staphylococcus haemolyticus & Meticillina\\
Staphylococcus aureus & Meticillina\\
Streptococcus pneumoniae & Penicillina\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & Penicillina\\
Enterococco faecalis & Vancomicina\\
Enterococco faecium & Vancomicina\\
Enterococco altra specie & Vancomicina\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{raggruppamento-microrganismi}{%
\subsection*{Raggruppamento Microrganismi}\label{raggruppamento-microrganismi}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Raggruppamento Microrganismi}

Il seguente raggruppamento è stato pensato per fornire una visualizzazione delle categorie principali di microrganismi, che sono state così definite:

\begin{itemize}
\tightlist
\item
  \textbf{Cons}: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus capitis, Staphylococcus lugdunensis
\item
  \textbf{Streptococco}: Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Streptococcus altra specie
\item
  \textbf{Enterococco}: Enterococco faecalis, Enterococco faecium, Enterococco altra specie
\item
  \textbf{Klebsiella}: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella altra specie
\item
  \textbf{Escpm}: Proteus, Serratia, Providencia, Morganella
\item
  \textbf{Pseudomonas}: Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas altra specie
\item
  \textbf{Atipici}: Clamidia, Emofilo, Legionella
\item
  \textbf{Candida}: Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Candida altra specie
\end{itemize}

\end{document}
