\PassOptionsToPackage{unicode=true}{hyperref} % options for packages loaded elsewhere
\PassOptionsToPackage{hyphens}{url}
%
\documentclass[]{article}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{amssymb,amsmath}
\usepackage{ifxetex,ifluatex}
\usepackage{fixltx2e} % provides \textsubscript
\ifnum 0\ifxetex 1\fi\ifluatex 1\fi=0 % if pdftex
  \usepackage[T1]{fontenc}
  \usepackage[utf8]{inputenc}
  \usepackage{textcomp} % provides euro and other symbols
\else % if luatex or xelatex
  \usepackage{unicode-math}
  \defaultfontfeatures{Ligatures=TeX,Scale=MatchLowercase}
\fi
% use upquote if available, for straight quotes in verbatim environments
\IfFileExists{upquote.sty}{\usepackage{upquote}}{}
% use microtype if available
\IfFileExists{microtype.sty}{%
\usepackage[]{microtype}
\UseMicrotypeSet[protrusion]{basicmath} % disable protrusion for tt fonts
}{}
\IfFileExists{parskip.sty}{%
\usepackage{parskip}
}{% else
\setlength{\parindent}{0pt}
\setlength{\parskip}{6pt plus 2pt minus 1pt}
}
\usepackage{hyperref}
\hypersetup{
            pdftitle={Progetto Sorveglianza Infezioni},
            pdfborder={0 0 0},
            breaklinks=true}
\urlstyle{same}  % don't use monospace font for urls
\usepackage[margin=1in]{geometry}
\usepackage{longtable,booktabs}
% Fix footnotes in tables (requires footnote package)
\IfFileExists{footnote.sty}{\usepackage{footnote}\makesavenoteenv{longtable}}{}
\usepackage{graphicx,grffile}
\makeatletter
\def\maxwidth{\ifdim\Gin@nat@width>\linewidth\linewidth\else\Gin@nat@width\fi}
\def\maxheight{\ifdim\Gin@nat@height>\textheight\textheight\else\Gin@nat@height\fi}
\makeatother
% Scale images if necessary, so that they will not overflow the page
% margins by default, and it is still possible to overwrite the defaults
% using explicit options in \includegraphics[width, height, ...]{}
\setkeys{Gin}{width=\maxwidth,height=\maxheight,keepaspectratio}
\setlength{\emergencystretch}{3em}  % prevent overfull lines
\providecommand{\tightlist}{%
  \setlength{\itemsep}{0pt}\setlength{\parskip}{0pt}}
\setcounter{secnumdepth}{5}
% Redefines (sub)paragraphs to behave more like sections
\ifx\paragraph\undefined\else
\let\oldparagraph\paragraph
\renewcommand{\paragraph}[1]{\oldparagraph{#1}\mbox{}}
\fi
\ifx\subparagraph\undefined\else
\let\oldsubparagraph\subparagraph
\renewcommand{\subparagraph}[1]{\oldsubparagraph{#1}\mbox{}}
\fi

% set default figure placement to htbp
\makeatletter
\def\fps@figure{htbp}
\makeatother

\usepackage{colortbl}
\usepackage{xcolor}
\usepackage{longtable}
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{footnote}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\pagestyle{fancy}
\lhead{}
% \rhead{\Sexpr{ifelse(length(centro) == 1, paste0( "Centro ", centro), etichetta)}}
\usepackage{hyperref}





\newenvironment{cols}[1][]{}{}

\newenvironment{col}[1]{\begin{minipage}{#1}\ignorespaces}{%
\end{minipage}
\ifhmode\unskip\fi
\aftergroup\useignorespacesandallpars}

\def\useignorespacesandallpars#1\ignorespaces\fi{%
#1\fi\ignorespacesandallpars}

\makeatletter
\def\ignorespacesandallpars{%
  \@ifnextchar\par
    {\expandafter\ignorespacesandallpars\@gobble}%
    {}%
}
\makeatother


%\newenvironment{col}{\ignorespaces}{%
%\ifhmode\unskip\fi
%\aftergroup\useignorespacesandallpars}
%
%\def\useignorespacesandallpars#1\ignorespaces\fi{%
%#1\fi\ignorespacesandallpars}
%
%\makeatletter
%\def\ignorespacesandallpars{%
%  \@ifnextchar\par
%    {\expandafter\ignorespacesandallpars\@gobble}%
%    {}%
%}
%\makeatother
%
%\newenvironment{cols}{\ignorespaces}{%
%\ifhmode\unskip\fi
%\aftergroup\useignorespacesandallpars}
%
%\def\useignorespacesandallpars#1\ignorespaces\fi{%
%#1\fi\ignorespacesandallpars}
%
%\makeatletter
%\def\ignorespacesandallpars{%
%  \@ifnextchar\par
%    {\expandafter\ignorespacesandallpars\@gobble}%
%    {}%
%}
%\makeatother
\usepackage[]{natbib}
\bibliographystyle{plainnat}

\title{Progetto Sorveglianza Infezioni}
\author{}
\date{\vspace{-2.5em}}

\begin{document}
\maketitle

{
\setcounter{tocdepth}{2}
\tableofcontents
}
\hypertarget{petalo-infectionlight}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{Petalo Infectionlight}}{Petalo Infectionlight}}\label{petalo-infectionlight}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{Petalo Infectionlight}}

Anno 2023

Periodo analizzato 2023-01-01 - 2023-12-31

Popolazione complessiva: 5 TI

TI TI NEUROCHIRURGICHE

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}\label{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}}

\begin{figure}[h!]
  \includegraphics{/home/local/MNEGRI/dmagatti/farewellDirac/svn/Results/INFECTIONLIGHT/2023/TI NEUROCHIRURGICHE/latex/flowchart.png}
\end{figure}

Per N = 17 pazienti non è presente l'informazione completa relativa allo stato di infezione.\vspace{1.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/piePazienti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Pazienti NON infetti & 1347 & 81.9\\
Pazienti infetti solo in degenza & 179 & 10.9\\
Pazienti infetti solo all'ammissione & 103 & 6.3\\
Pazienti infetti all'ammissione e in degenza & 15 & 0.9\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale viene calcolata sul totale dei pazienti ammessi con informazione completa rispetto lo stato di infezione (N = 1644).

\newpage

\hypertarget{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/degTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}c>{}c>{}c}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza in TI ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{1347} & \cellcolor{white}{81.1} & \cellcolor{white}{1} & \cellcolor{white}{( 1 - 3 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{103} & \cellcolor{white}{6.2} & \cellcolor{white}{4} & \cellcolor{white}{( 2 - 10 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{15} & \cellcolor{white}{0.9} & \cellcolor{white}{24} & \cellcolor{white}{( 10 - 36 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{179} & \cellcolor{white}{10.8} & \cellcolor{white}{21} & \cellcolor{white}{( 14 - 30 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{118} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{7.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 2 - 14 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{194} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{21} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 14 - 31 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/degOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccl}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza ospedaliera ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{1347} & \cellcolor{white}{81.1} & \cellcolor{white}{10} & \cellcolor{white}{( 6 - 19 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{103} & \cellcolor{white}{6.2} & \cellcolor{white}{24} & \cellcolor{white}{( 13 - 44 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{15} & \cellcolor{white}{0.9} & \cellcolor{white}{47} & \cellcolor{white}{( 40 - 87 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{179} & \cellcolor{white}{10.8} & \cellcolor{white}{28} & \cellcolor{white}{( 20 - 48 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{118} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{7.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{28} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 14 - 46 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{194} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{30} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 20 - 50 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 72)

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalità in TI} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalità & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{1347} & \cellcolor{white}{148} & \cellcolor{white}{11.0} & \cellcolor{white}{( 9.4 - 12.8 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{103} & \cellcolor{white}{15} & \cellcolor{white}{14.7} & \cellcolor{white}{( 8.5 - 23.1 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{15} & \cellcolor{white}{1} & \cellcolor{white}{6.7} & \cellcolor{white}{( 0.2 - 31.9 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{179} & \cellcolor{white}{25} & \cellcolor{white}{14.0} & \cellcolor{white}{( 9.3 - 20 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{118} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{16} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{13.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 8 - 21.3 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{194} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{26} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{13.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 9 - 19.1 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalità ospedaliera} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalità & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{1347} & \cellcolor{white}{174} & \cellcolor{white}{13.3} & \cellcolor{white}{( 11.5 - 15.3 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{103} & \cellcolor{white}{22} & \cellcolor{white}{27.8} & \cellcolor{white}{( 18.3 - 39.1 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{15} & \cellcolor{white}{3} & \cellcolor{white}{27.3} & \cellcolor{white}{( 6 - 61 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{179} & \cellcolor{white}{34} & \cellcolor{white}{19.7} & \cellcolor{white}{( 14 - 26.4 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{118} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{25} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{27.8} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 18.9 - 38.2 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{194} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{37} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{20.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 14.6 - 26.6 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 72)

\newpage

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione}\label{gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3.5cm}ccccccc}
\toprule
Pazienti & N & No sepsi & Sepsi & Shock settico & \% no sepsi & \% sepsi & \% shock settico\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{103} & \cellcolor{white}{55} & \cellcolor{white}{31} & \cellcolor{white}{17} & \cellcolor{white}{53.4} & \cellcolor{white}{30.1} & \cellcolor{white}{16.5}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{15} & \cellcolor{white}{4} & \cellcolor{white}{8} & \cellcolor{white}{3} & \cellcolor{white}{26.7} & \cellcolor{white}{53.3} & \cellcolor{white}{20.0}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{179} & \cellcolor{white}{96} & \cellcolor{white}{67} & \cellcolor{white}{16} & \cellcolor{white}{53.6} & \cellcolor{white}{37.4} & \cellcolor{white}{8.9}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{118} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{59} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{39} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{20} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{50.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{33.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{16.9}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{194} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{100} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{75} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{19} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{51.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{38.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{9.8}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaGravita-1} \end{center}

\newpage

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti senza sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{55} & \cellcolor{white}{5} & \cellcolor{white}{9.1} & \cellcolor{white}{42} & \cellcolor{white}{8} & \cellcolor{white}{19.0}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{4} & \cellcolor{white}{0} & \cellcolor{white}{0.0} & \cellcolor{white}{2} & \cellcolor{white}{0} & \cellcolor{white}{0.0}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{96} & \cellcolor{white}{5} & \cellcolor{white}{5.3} & \cellcolor{white}{92} & \cellcolor{white}{9} & \cellcolor{white}{9.8}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{59} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{8.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{44} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{8} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{18.2}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{100} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{5.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{94} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{9.6}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti con sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{31} & \cellcolor{white}{5} & \cellcolor{white}{16.1} & \cellcolor{white}{25} & \cellcolor{white}{6} & \cellcolor{white}{24.0}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{8} & \cellcolor{white}{0} & \cellcolor{white}{0.0} & \cellcolor{white}{6} & \cellcolor{white}{2} & \cellcolor{white}{33.3}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{67} & \cellcolor{white}{11} & \cellcolor{white}{16.4} & \cellcolor{white}{65} & \cellcolor{white}{13} & \cellcolor{white}{20.0}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{39} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{12.8} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{31} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{8} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{25.8}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{75} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{14.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{71} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{15} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{21.1}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti con shock settico} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{17} & \cellcolor{white}{5} & \cellcolor{white}{31.2} & \cellcolor{white}{12} & \cellcolor{white}{8} & \cellcolor{white}{66.7}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{3} & \cellcolor{white}{1} & \cellcolor{white}{33.3} & \cellcolor{white}{3} & \cellcolor{white}{1} & \cellcolor{white}{33.3}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{16} & \cellcolor{white}{9} & \cellcolor{white}{56.2} & \cellcolor{white}{15} & \cellcolor{white}{11} & \cellcolor{white}{73.3}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{20} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{31.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{15} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{60.0}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{19} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{10} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{52.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{18} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{12} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{66.7}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}{%
\subsubsection{Mortalità - Pazienti infetti all'ammissione con shock settico - COVID VS NON COVID}\label{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/mortalitaShockSetticoCovid-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcccccc}
\toprule
\multicolumn{1}{c}{ } & \multicolumn{6}{c}{Mortalità} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){2-7}
Pazienti & N pazienti & N morti TI & TI & N pazienti (escluso riamm.) & N morti H & H\\
\midrule
Covid & 0 & 0 & 0.0 & 0 & 0 & 0\\
Non covid & 20 & 6 & 31.6 & 16 & 9 & 60\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{tutti-i-pazienti-n-1661}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Tutti i pazienti} ( N = 1661 )}{Tutti i pazienti ( N = 1661 )}}\label{tutti-i-pazienti-n-1661}}

\hypertarget{sesso}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/sesso-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 923 & 55.6\\
Femmina & 738 & 44.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/eta1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 87 & 5.2\\
17-45 & 333 & 20.0\\
46-65 & 612 & 36.8\\
66-75 & 375 & 22.6\\
>75 & 254 & 15.3\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTI-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 4.4\\
DS & 13.2\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-3\\
Missing & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Provenienza-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 136 & 8.3\\
Reparto chirurgico & 849 & 52.0\\
Pronto soccorso & 549 & 33.6\\
Altra TI & 66 & 4.0\\
Terapia subintensiva & 32 & 2.0\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 29 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Trauma-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 1386 & 84.2\\
Sì & 260 & 15.8\\
Missing & 15 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgico-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 497 & 30.2\\
Chirurgico d'elezione & 770 & 46.8\\
Chirurgico d'urgenza & 379 & 23.0\\
Missing & 15 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissione-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 991 & 60.3\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 620 & 37.7\\
Sedazione Palliativa & 1 & 0.1\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 32 & 1.9\\
\addlinespace
Missing & 17 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuro-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 906 & 80.5\\
Coma cerebrale & 205 & 18.2\\
Coma metabolico & 5 & 0.4\\
Coma postanossico & 8 & 0.7\\
Coma tossico & 1 & 0.1\\
\addlinespace
Missing & 536 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Gcs-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 12.4\\
DS & 4.0\\
Mediana & 15\\
Q1-Q3 & 11-15\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsorta-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 1638 & 99.6\\
Coma cerebrale & 6 & 0.4\\
Coma metabolico & 0 & 0.0\\
Coma postanossico & 0 & 0.0\\
Missing & 17 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTI-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1452 & 88.5\\
Deceduti & 189 & 11.5\\
Missing & 20 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedaliera-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalità ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1334 & 85.1\\
Deceduti & 233 & 14.9\\
Missing & 22 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 1589 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 72 ).

\newpage

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorni-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 5.9 (9.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-6)\\
Missing & 19\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 18.7 (20.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 12 (6-24)\\
Missing & 23\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 1589 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 72 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-n-297}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti} ( N = 297 )}{Pazienti infetti ( N = 297 )}}\label{pazienti-infetti-n-297}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Gravita-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 155 & 52.2\\
Sepsi & 106 & 35.7\\
Shock settico & 36 & 12.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaInfez-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione non complessa & 6.5 & 13.1\\
Sepsi & 15.1 & 21.9\\
Shock settico & 42.9 & 66.7\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-non-infetti-n-1347}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti non infetti} ( N = 1347 )}{Pazienti non infetti ( N = 1347 )}}\label{pazienti-non-infetti-n-1347}}

\hypertarget{sesso-1}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/SessoNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 725 & 53.8\\
Femmina & 622 & 46.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0-1}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/etaNonNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 80 & 5.9\\
17-45 & 255 & 18.9\\
46-65 & 511 & 37.9\\
66-75 & 291 & 21.6\\
>75 & 210 & 15.6\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTINonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 3.6\\
DS & 12.0\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-3\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto-1}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaNonInfetti1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}


\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 105 & 7.9\\
Reparto chirurgico & 781 & 58.4\\
Pronto soccorso & 393 & 29.4\\
Altra TI & 42 & 3.1\\
Terapia subintensiva & 16 & 1.2\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 10 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-1}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 1162 & 86.3\\
Sì & 185 & 13.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-1}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 354 & 26.3\\
Chirurgico d'elezione & 743 & 55.2\\
Chirurgico d'urgenza & 250 & 18.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-1}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-1}}

\begin{minipage}{0.45\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.55\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 938 & 69.7\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 377 & 28.0\\
Sedazione Palliativa & 1 & 0.1\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 30 & 2.2\\
\addlinespace
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 798 & 86.4\\
Coma cerebrale & 119 & 12.9\\
Coma metabolico & 1 & 0.1\\
Coma postanossico & 5 & 0.5\\
Coma tossico & 1 & 0.1\\
\addlinespace
Missing & 423 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GcsNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 11.0\\
DS & 3.7\\
Mediana & 13\\
Q1-Q3 & 11-13\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 1344 & 99.8\\
Coma cerebrale & 3 & 0.2\\
Coma metabolico & 0 & 0.0\\
Coma postanossico & 0 & 0.0\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-1}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTINonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1198 & 89.0\\
Deceduti & 148 & 11.0\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-1}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1130 & 86.7\\
Deceduti & 174 & 13.3\\
Missing & 5 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 1309 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 38 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 3.0 (5.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-3)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-1}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 15.2 (16.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 10 (6-19)\\
Missing & 5\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 1309 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 38 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-infezione-allammissione}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}\label{pazienti-con-infezione-allammissione}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}

Sono presenti 118 pazienti che contraggono un'infezione all'ammissione,
i quali rappresentano il 7.1\% della popolazione
totale ammessa in TI.

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione & 118 & 7.1\\
Non infetti all'ammissione & 1543 & 92.9\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 1661).

I pazienti infetti all'ammissione possono presentare peritonite o polmonite:

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfAmmPerPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione 
 (no peritonite, no polmonite) & 270 & 228.81\\
Peritonite all'ammissione & 2 & 1.69\\
Polmonite all'ammissione & 25 & 21.19\\
\bottomrule
\end{longtable}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti infetti all'ammissione (N = 118).

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-allammissione-n-118}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti all'ammissione} (N = 118)}{Pazienti infetti all'ammissione (N = 118)}}\label{pazienti-infetti-allammissione-n-118}}

\hypertarget{provenienza-reparto-2}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaInfAmm1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 21 & 18.6\\
Reparto chirurgico & 38 & 33.6\\
Pronto soccorso & 29 & 25.7\\
Altra TI & 14 & 12.4\\
Terapia subintensiva & 11 & 9.7\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 5 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-2}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 113 & 95.8\\
Sì & 5 & 4.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-2}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 76 & 64.4\\
Chirurgico d'elezione & 16 & 13.6\\
Chirurgico d'urgenza & 26 & 22.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-2}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-2}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 40 & 33.9\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 76 & 64.4\\
Sedazione Palliativa & 0 & 0.0\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 2 & 1.7\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezioni-allammissione-top-10}{%
\subsection{Infezioni all'ammissione ( top 10 )}\label{infezioni-allammissione-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfAdmTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 25 & 21.2\\
Infezione del S.N.C. NON post-chirurgica & 20 & 16.9\\
Infezione del S.N.C. post-chirurgica & 13 & 11.0\\
Batteriemia primaria sconosciuta & 7 & 5.9\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 7 & 5.9\\
\addlinespace
Positivit al COVID & 6 & 5.1\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 6 & 5.1\\
Infezione cute/tessuti molli post-chir. & 6 & 5.1\\
Infezione ossa/articolazioni NON post-chir. & 5 & 4.2\\
Sepsi clinica & 5 & 4.2\\
\addlinespace
Missing & 0 & NA\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 108 & 91.5\\
Sì & 10 & 8.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità massima raggiunta in degenza dell'infezione all'ammissione}\label{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaInfAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione all'ammissione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 59 & 50.0\\
Sepsi & 39 & 33.1\\
Shock settico & 20 & 16.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 23 & 19.7\\
Sì & 94 & 80.3\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{117} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{104} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 19 & 20.2 & 13 & 1 & 7.7\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 4 & 4.3 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 1 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 4 & 4.3 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 6 & 6.4 & 4 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 2 & 2.1 & 2 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{37} & \textbf{39.4} & \textbf{23} & \textbf{1} & \textbf{4.3}\\
Klebsiella pneumoniae & 20 & 21.3 & 11 & 1 & 9.1\\
Klebsiella altra specie & 2 & 2.1 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 1 & 1.1 & 1 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 1 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Serratia & 3 & 3.2 & 2 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 9 & 9.6 & 5 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 10 & 10.6 & 9 & 0 & 0\\
\addlinespace
Acinetobacter & 5 & 5.3 & 2 & 2 & 100\\
Emofilo & 1 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 2 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 1.1 & 1 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 1 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{56} & \textbf{59.6} & \textbf{32} & \textbf{3} & \textbf{9.4}\\
Candida parapsilosis & 2 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 3 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 2 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{8} & \textbf{8.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 1.1 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{1.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycobacterium altra specie & 2 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{2} & \textbf{2.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 11 & Ertapenem & 1 & 9.09\\
Klebsiella pneumoniae & 11 & Meropenem & 1 & 9.09\\
Acinetobacter & 2 & Imipenem & 1 & 50.00\\
Acinetobacter & 2 & Meropenem & 2 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 13 & Meticillina & 1 & 7.69\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 2 & 11.11\\
No & 8 & 44.44\\
Non testato & 8 & 44.44\\
Missing & 22 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 8 & 8\\
kpc & 1 & 50 & 8 & 8\\
ndm & 1 & 50 & 8 & 8\\
oxa & 0 & 0 & 8 & 8\\
vim & 0 & 0 & 8 & 8\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmm-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-2}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con peritonite all'ammissione} (N = 2)}{Pazienti con peritonite all'ammissione (N = 2)}}\label{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-2}}

\hypertarget{tipologia-di-peritonite}{%
\subsection{Tipologia di peritonite}\label{tipologia-di-peritonite}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipologiaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Peritonite primaria & 0 & 0.0\\
Peritonite secondaria NON chir. & 1 & 50.0\\
Peritonite terziaria & 0 & 0.0\\
Peritonite post-chirurgica & 1 & 50.0\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipo-di-infezione}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipoInfPeritoniteAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 1 & 50.0\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 1 & 50.0\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 0 & 0.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-batteriemica}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPeritoniteAmm2-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 1 & 50.0\\
Sì & 1 & 50.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-multisito}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Multisito & N & \%\\
\midrule
No & 2 & 100.0\\
Sì & 0 & 0.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 0 & 0.0\\
Sepsi & 0 & 0.0\\
Shock settico & 2 & 100.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 2 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 0 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-2}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 2 & 100.0\\
Deceduti & 0 & 0.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-2}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 2 & 100.0\\
Deceduti & 0 & 0.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 2 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 0 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 1.0 (0.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-1)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-2}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 31.5 (16.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 31.5 (25.8-37.2)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 2 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 0 ).

\newpage

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 1 & 50.0\\
Sì & 1 & 50.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{2} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{1} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Non sono stati isolati microrganismi per questo gruppo di pazienti.

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Escherichia coli & 1 & 100 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1} & \textbf{100} & \textbf{1} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-1} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Non sono stati individuati microrganismi resistenti ad alcun antibiotico.
Per maggiori informazioni sulle resistenze testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 0 & 0\\
Non testato & 1 & 100\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 0 & 1\\
kpc & 0 & 0 & 0 & 1\\
ndm & 0 & 0 & 0 & 1\\
oxa & 0 & 0 & 0 & 1\\
vim & 0 & 0 & 0 & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPeritAMM-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-25}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite all'ammissione} (N = 25)}{Pazienti con polmonite all'ammissione (N = 25)}}\label{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-25}}

\hypertarget{trauma-3}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 22 & 88.0\\
Sì & 3 & 12.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-3}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 22 & 88.0\\
Chirurgico d'elezione & 1 & 4.0\\
Chirurgico d'urgenza & 2 & 8.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipo-di-infezione-1}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipoInfPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 9 & 36.0\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 13 & 52.0\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 3 & 12.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezione-batteriemica-1}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmAmm1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 18 & 72.0\\
Sì & 7 & 28.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezioni-multisito-1}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 22 & 88.0\\
Sì & 3 & 12.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 9 & 40.9\\
Sepsi & 8 & 36.4\\
Shock settico & 5 & 22.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su
22 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 3 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-3}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 18 & 72.0\\
Deceduti & 7 & 28.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-3}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 11 & 57.9\\
Deceduti & 8 & 42.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 19 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 6 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-3}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 12.6 (13.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 6 (3-19)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-3}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 34.4 (31.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 35 (12-45)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 19 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 6 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmoniti}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 6 & 24.0\\
Sì & 19 & 76.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{25} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{23} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 3 & 15.8 & 2 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 5.3 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 5.3 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{5} & \textbf{26.3} & \textbf{4} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Klebsiella pneumoniae & 4 & 21.1 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 1 & 5.3 & 0 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 1 & 5.3 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 1 & 5.3 & 1 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 3 & 15.8 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 2 & 10.5 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Acinetobacter & 2 & 10.5 & 1 & 1 & 100\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{14} & \textbf{73.7} & \textbf{9} & \textbf{1} & \textbf{11.1}\\
Aspergillo & 2 & 10.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{2} & \textbf{10.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 1 & 5.3 &  &  & \\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{5.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycobacterium altra specie & 1 & 5.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{5.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Acinetobacter & 1 & Imipenem & 1 & 100\\
Acinetobacter & 1 & Meropenem & 1 & 100\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 2 & 50\\
Non testato & 2 & 50\\
Missing & 5 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 2 & 2\\
kpc & 0 & 0 & 2 & 2\\
ndm & 0 & 0 & 2 & 2\\
oxa & 0 & 0 & 2 & 2\\
vim & 0 & 0 & 2 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmAmm-1} \end{center}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 3 & 25.0\\
Sì & 9 & 75.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{12} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{10} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 2 & 22.2 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 11.1 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 11.1 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{4} & \textbf{44.4} & \textbf{3} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Klebsiella pneumoniae & 1 & 11.1 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 1 & 11.1 & 0 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 1 & 11.1 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 2 & 22.2 & 2 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{5} & \textbf{55.6} & \textbf{4} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Influenza A & 1 & 11.1 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{11.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Non sono stati individuati microrganismi resistenti ad alcun antibiotico.
Per maggiori informazioni sulle resistenze testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 0 & 0\\
Non testato & 0 & 0\\
Missing & 3 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}\label{pazienti-infetti-in-degenza}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}

I pazienti infetti in degenza comprendono tutti i pazienti che contraggono un'infezione durante la loro degenza a prescindere dal fatto che siano infetti all'ammissione o meno.

Sono presenti 194 pazienti infetti in degenza, che rappresentano il 11.7\% della popolazione totale ammessa in TI.

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza & 194 & 11.7\\
Non infetti in degenza & 1467 & 88.3\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 1661).

I pazienti infetti in degenza possono presentare VAP o batteriemia:

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfDegVAPCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza (no vap, no batteriemia) & 61 & 31.4\\
VAP & 71 & 36.6\\
Batteriemia primaria di origine sconosciuta & 22 & 11.3\\
Batteriemia da catetere & 31 & 16.0\\
Batteriemia secondaria & 46 & 23.7\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale à calcolata sul totale di pazienti infetti in degenza (N = 194)

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza-n-194}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti in degenza} (N = 194)}{Pazienti infetti in degenza (N = 194)}}\label{pazienti-infetti-in-degenza-n-194}}

\hypertarget{sesso-2}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/sessoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 121 & 62.4\\
Femmina & 73 & 37.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0-2}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/etaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 2 & 1.0\\
17-45 & 57 & 29.4\\
46-65 & 62 & 32.0\\
66-75 & 48 & 24.7\\
>75 & 25 & 12.9\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTIInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 3.3\\
DS & 11.0\\
Mediana & 0\\
Q1-Q3 & 0-1\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto-3}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaInfDeg1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 11 & 5.7\\
Reparto chirurgico & 31 & 16.1\\
Pronto soccorso & 134 & 69.4\\
Altra TI & 11 & 5.7\\
Terapia subintensiva & 6 & 3.1\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-4}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 122 & 62.9\\
Sì & 72 & 37.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-4}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 80 & 41.2\\
Chirurgico d'elezione & 10 & 5.2\\
Chirurgico d'urgenza & 104 & 53.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-3}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-3}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 14 & 7.2\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 180 & 92.8\\
Sedazione Palliativa & 0 & 0.0\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 0 & 0.0\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 51 & 42.1\\
Coma cerebrale & 67 & 55.4\\
Coma metabolico & 2 & 1.7\\
Coma postanossico & 1 & 0.8\\
Coma tossico & 0 & 0.0\\
\addlinespace
Missing & 73 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GcsInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 6.0\\
DS & 4.1\\
Mediana & 5\\
Q1-Q3 & 3-9.5\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 192 & 99.0\\
Coma cerebrale & 2 & 1.0\\
Coma metabolico & 0 & 0.0\\
Coma postanossico & 0 & 0.0\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-4}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 167 & 86.5\\
Deceduti & 26 & 13.5\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-4}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 147 & 79.9\\
Deceduti & 37 & 20.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 184 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 10 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-4}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-4}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 24.4 (14.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 21 (14-30.8)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-4}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-4}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1InfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 38.2 (25.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 30 (20.5-49.5)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 184 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 10 ).

\hypertarget{infezioni-in-degenza-top-10}{%
\subsection{Infezioni in degenza ( top 10 )}\label{infezioni-in-degenza-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfDegTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 83 & 42.8\\
IVU catetere correlata & 43 & 22.2\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 42 & 21.6\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 31 & 16.0\\
Batteriemia primaria sconosciuta & 22 & 11.3\\
\addlinespace
Infezione cute/tessuti molli post-chir. & 12 & 6.2\\
Infezione del S.N.C. da device & 8 & 4.1\\
Pleurite/empiema pleurico & 7 & 3.6\\
IVU NON catetere correlata & 6 & 3.1\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 3 & 1.5\\
\addlinespace
Missing & 0 & NA\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito-1}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 127 & 65.5\\
Sì & 67 & 34.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-in-degenza}{%
\subsection{Infezioni in degenza}\label{infezioni-in-degenza}}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
  & N\\
\midrule
Numero totale di episodi infettivi  * & 271\\
Numero totale di microrganismi isolati & 336\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Non sono considerati gli episodi multipli nella stessa infezione.

\hypertarget{giorni-per-contrarre-linfezione}{%
\subsection{Giorni per contrarre l'infezione}\label{giorni-per-contrarre-linfezione}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniContrazioneInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 8.1\\
DS & 5.5\\
Mediana & 7\\
Q1-Q3 & 4-10\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}{%
\subsection{Incidenza di infezione in degenza: Incidenza 1 e Incidenza 2}\label{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\raggedright\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) **\\
\midrule
Stima & 29.4 & 20.6 \%\\
CI ( 95\% ) & 25.4 - 33.9 & 17.8 - 23.7\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per le infezioni in degenza,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ Giornate di degenza pre-infezione}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-infezione} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
dell'infezione o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa infezione
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza dell'infezione
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{** Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ ( Giornate di degenza pre-infezione )}/7} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano infezione in degenza?'}.

\hypertarget{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}{%
\subsection{Incidenza di infezioni in degenza e percentuale di infezioni multiresistenti}\label{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}}

\vspace{0.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GraficoDispersione-1} \end{center}

Il grafico sovrastante incrocia le variabili \emph{Incidenza di infezioni in degenza} e
\emph{Percentuale di infezioni multiresistenti}
( ad esclusione del germe S. Coagulasi negativo meticillina resistente ).
La nuvola di punti rappresenta i dati delle TI nazionali. .
Le due linee rosse intersecano il grafico in corrispondenza dei valori mediani
nazionali e delineano 4 aree.
L'area \textbf{A1} identifica i centri che sembrano praticare un'efficace prevenzione
delle infezioni e una buona gestione dell'antibiotico terapia.
Per contro a cadere nell'area \textbf{A3} sono i centri che, osservando un'elevata
incidenza di infezioni in degenza ed un'alta percentuale di multiresistenze,
paiono non riuscire a controllare efficacemente i fenomeni.
È bene sottolineare che ad influire notevolmente su tali statistiche sono
i case-mix delle TI. È pertanto importante valutare con estrema cautela
tale grafico e tenere in considerazione che quella appena fornita è
solo una delle tante possibili chiavi di lettura.

\textbf{Rischio di contrarre infezioni in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurvaSopravINFEZDeg-1} \end{center}

\end{col}\vspace{1cm}

\color{white}{....} \color{black}

\textbf{Rischio di contrarre sepsi severa o shock settico in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurvaSopravSEPSIDeg-1} \end{center}

\end{col}

I due grafici sovrastanti mostrano le curve di rischio di contrarre infezione e
sepsi/shock settico in TI all'aumentare dei giorni trascorsi in reparto.
Come è logico, il rischio aumenta all'aumentare della degenza del paziente.

Per esempio, la probabilità di aver contratto un'infezione in TI è
pari al 71\% alla decima giornata di degenza.
Tale probabilità sfiora il 89\% se il
paziente rimane ricoverato per almeno 20 giorni ( Dati nazionali ).
Entrambi i grafici sono `troncati' alla ventesima giornata di degenza poichè
le stime successive, basate sui pochi pazienti con degenza superiore a 20 giorni,
sarebbero risultate instabili.
Le aree ombreggiate delineano l'intervallo di confidenza al 95\% delle stime.

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 17 & 6.3\\
Sì & 253 & 93.7\\
Missing & 1 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{271} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{336} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 45 & 17.8 & 35 & 7 & 20\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & 0.8 & 2 & 1 & 50\\
Staphylococcus epidermidis & 9 & 3.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 5 & 2.0 & 4 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 7 & 2.8 & 7 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 18 & 7.1 & 12 & 0 & 0\\
Enterococco altra specie & 1 & 0.4 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{90} & \textbf{35.6} & \textbf{61} & \textbf{8} & \textbf{13.1}\\
Klebsiella pneumoniae & 46 & 18.2 & 28 & 2 & 7.1\\
Klebsiella altra specie & 19 & 7.5 & 7 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 17 & 6.7 & 16 & 1 & 6.2\\
Altro enterobacterales & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 14 & 5.5 & 6 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 29 & 11.5 & 19 & 1 & 5.3\\
Escherichia coli & 43 & 17.0 & 27 & 1 & 3.7\\
Proteus & 14 & 5.5 & 10 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 12 & 4.7 & 5 & 3 & 60\\
\addlinespace
Emofilo & 21 & 8.3 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 11 & 4.3 & 6 & 0 & 0\\
Morganella & 5 & 2.0 & 1 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 2 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{234} & \textbf{92.5} & \textbf{125} & \textbf{8} & \textbf{6.4}\\
\addlinespace
Candida albicans & 4 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 3 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{8} & \textbf{3.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Herpes simplex & 1 & 0.4 &  &  & \\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycobacterium altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 28 & Ertapenem & 2 & 7.14\\
Klebsiella pneumoniae & 28 & Meropenem & 2 & 7.14\\
Enterobacter spp & 16 & Meropenem & 1 & 6.25\\
Escherichia coli & 26 & Ertapenem & 1 & 3.85\\
Escherichia coli & 27 & Meropenem & 1 & 3.70\\
\addlinespace
Acinetobacter & 5 & Imipenem & 2 & 40.00\\
Acinetobacter & 5 & Meropenem & 3 & 60.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 19 & Imipenem & 1 & 5.26\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & Meticillina & 1 & 50.00\\
Staphylococcus aureus & 35 & Meticillina & 7 & 20.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 3 & 3.53\\
No & 17 & 20\\
Non testato & 65 & 76.47\\
Missing & 88 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 19 & 65\\
kpc & 1 & 33.3 & 18 & 65\\
ndm & 1 & 33.3 & 19 & 65\\
oxa & 0 & 0.0 & 19 & 65\\
vim & 1 & 33.3 & 19 & 65\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-15}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza} (N = 15)}{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza (N = 15)}}\label{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-15}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 2 & 5.4\\
Sì & 35 & 94.6\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{37} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{43} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 1 & 5.9 & 1 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 5.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 2 & 11.8 & 2 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 1 & 5.9 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{5} & \textbf{29.4} & \textbf{4} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 6 & 35.3 & 5 & 1 & 20\\
Serratia & 1 & 5.9 & 1 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 2 & 11.8 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 1 & 5.9 & 1 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 11.8 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Acinetobacter & 4 & 23.5 & 3 & 2 & 66.7\\
Emofilo & 1 & 5.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{17} & \textbf{100.0} & \textbf{14} & \textbf{3} & \textbf{21.4}\\
Candida albicans & 1 & 5.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 1 & 5.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{2} & \textbf{11.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Herpes simplex & 1 & 5.9 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{5.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 8 & Ertapenem & 2 & 25\\
Klebsiella pneumoniae & 8 & Meropenem & 2 & 25\\
Acinetobacter & 5 & Imipenem & 2 & 40\\
Acinetobacter & 5 & Meropenem & 4 & 80\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 4 & 4.49\\
No & 19 & 21.35\\
Non testato & 66 & 74.16\\
Missing & 93 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 21 & 66\\
kpc & 1 & 25 & 20 & 66\\
ndm & 2 & 50 & 21 & 66\\
oxa & 0 & 0 & 21 & 66\\
vim & 1 & 25 & 21 & 66\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmmDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-179}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti solo in degenza} (N = 179)}{Pazienti infetti solo in degenza (N = 179)}}\label{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-179}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaSoloDegenza-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 96 & 53.6\\
Sepsi & 67 & 37.4\\
Shock settico & 16 & 8.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaInfezSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione non complessa & 5.3 & 10.8\\
Sepsi & 16.4 & 20.0\\
Shock settico & 56.2 & 73.3\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti solo in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 16 & 6.0\\
Sì & 252 & 94.0\\
Missing & 1 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{269} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{333} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 47 & 19.9 & 37 & 7 & 18.9\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & 0.8 & 2 & 1 & 50\\
Staphylococcus epidermidis & 11 & 4.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 5 & 2.1 & 4 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 5 & 2.1 & 5 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 20 & 8.5 & 12 & 0 & 0\\
Enterococco altra specie & 1 & 0.4 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{94} & \textbf{39.8} & \textbf{61} & \textbf{8} & \textbf{13.1}\\
Klebsiella pneumoniae & 43 & 18.2 & 25 & 1 & 4\\
Klebsiella altra specie & 19 & 8.1 & 7 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 18 & 7.6 & 17 & 1 & 5.9\\
Altro enterobacterales & 2 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 14 & 5.9 & 5 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 31 & 13.1 & 19 & 1 & 5.3\\
Escherichia coli & 44 & 18.6 & 26 & 1 & 3.8\\
Proteus & 12 & 5.1 & 8 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 8 & 3.4 & 2 & 1 & 50\\
\addlinespace
Emofilo & 20 & 8.5 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 11 & 4.7 & 6 & 0 & 0\\
Morganella & 6 & 2.5 & 1 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 2 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{230} & \textbf{97.5} & \textbf{116} & \textbf{5} & \textbf{4.3}\\
\addlinespace
Candida albicans & 3 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 2 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{6} & \textbf{2.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Mycobacterium altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{0.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDegRaggrup-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 25 & Ertapenem & 1 & 4.00\\
Klebsiella pneumoniae & 25 & Meropenem & 1 & 4.00\\
Enterobacter spp & 17 & Meropenem & 1 & 5.88\\
Escherichia coli & 25 & Ertapenem & 1 & 4.00\\
Escherichia coli & 26 & Meropenem & 1 & 3.85\\
\addlinespace
Acinetobacter & 2 & Imipenem & 1 & 50.00\\
Acinetobacter & 2 & Meropenem & 1 & 50.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 19 & Imipenem & 1 & 5.26\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & Meticillina & 1 & 50.00\\
Staphylococcus aureus & 37 & Meticillina & 7 & 18.92\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 2 & 2.6\\
No & 15 & 19.48\\
Non testato & 60 & 77.92\\
Missing & 87 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 16 & 60\\
kpc & 1 & 50 & 15 & 60\\
ndm & 0 & 0 & 16 & 60\\
oxa & 0 & 0 & 16 & 60\\
vim & 1 & 50 & 16 & 60\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipica_soloDeg-1} \end{center}

\hypertarget{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}{%
\subsection{\texorpdfstring{\textbf{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}\label{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TabInfezioniAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo isolato & N & Ammissione & \% amm. & Degenza & \% deg.\\
\midrule
Acinetobacter & 18 & 5 & 27.8 & 13 & 72.2\\
Pseudomonas aeruginosa & 60 & 9 & 15 & 51 & 85\\
Candida albicans & 4 & 0 & 0 & 4 & 100\\
Citrobacter & 14 & 2 & 14.3 & 12 & 85.7\\
Enterobacter spp & 27 & 3 & 11.1 & 24 & 88.9\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 22 & 6 & 27.3 & 16 & 72.7\\
Escherichia coli & 65 & 10 & 15.4 & 55 & 84.6\\
Enterococco faecalis & 24 & 2 & 8.3 & 22 & 91.7\\
Staphylococcus haemolyticus & 4 & 0 & 0 & 4 & 100\\
Emofilo & 30 & 1 & 3.3 & 29 & 96.7\\
\addlinespace
Herpes simplex & 4 & 0 & 0 & 4 & 100\\
Morganella & 7 & 1 & 14.3 & 6 & 85.7\\
Altro gram negativo & 4 & 1 & 25 & 3 & 75\\
Klebsiella altra specie & 23 & 2 & 8.7 & 21 & 91.3\\
Funghi altra specie & 4 & 3 & 75 & 1 & 25\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 13 & 6 & 46.2 & 7 & 53.8\\
Candida parapsilosis & 5 & 2 & 40 & 3 & 60\\
Klebsiella pneumoniae & 81 & 22 & 27.2 & 59 & 72.8\\
Streptococcus pneumoniae & 11 & 4 & 36.4 & 7 & 63.6\\
Proteus & 16 & 0 & 0 & 16 & 100\\
\addlinespace
Serratia & 22 & 3 & 13.6 & 19 & 86.4\\
Staphylococcus aureus & 81 & 25 & 30.9 & 56 & 69.1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-83}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite in degenza} (N = 83)}{Pazienti con polmonite in degenza (N = 83)}}\label{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-83}}

\hypertarget{trauma-5}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 43 & 51.8\\
Sì & 40 & 48.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-5}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 35 & 42.2\\
Chirurgico d'elezione & 4 & 4.8\\
Chirurgico d'urgenza & 44 & 53.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezione-batteriemica-2}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 61 & 73.5\\
Sì & 22 & 26.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-multisito-2}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 83 & 100.0\\
Sì & 0 & 0.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/NuoviEpisodiPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 74 & 89.2\\
Sì & 9 & 10.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}{%
\subsection{Polmonite associata a ventilazione ( VAP ) *}\label{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/PolmoniteDaVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Polmonite associata a VAP & N & \%\\
\midrule
No & 12 & 14.5\\
Sì & 71 & 85.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* VAP: polmonite associata a ventilazione invasiva ( polmonite con esordio successivo al secondo giorno di ventilazione o sviluppata entro i due giorni dal termine della ventilazione ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con polmonite in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 24 & 31.6 & 19 & 1 & 5.3\\
Streptococcus pneumoniae & 4 & 5.3 & 4 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 2 & 2.6 & 2 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 1 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco altra specie & 1 & 1.3 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{32} & \textbf{42.1} & \textbf{26} & \textbf{1} & \textbf{3.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 16 & 21.1 & 10 & 0 & 0\\
Klebsiella altra specie & 8 & 10.5 & 2 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 6 & 7.9 & 5 & 0 & 0\\
Serratia & 5 & 6.6 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 8 & 10.5 & 6 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 7 & 9.2 & 4 & 0 & 0\\
Proteus & 3 & 3.9 & 2 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 1 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Emofilo & 12 & 15.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 5 & 6.6 & 3 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{73} & \textbf{96.1} & \textbf{34} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Candida albicans & 2 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{2} & \textbf{2.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycobacterium altra specie & 1 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{1} & \textbf{1.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolm-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-vap-in-degenza-n-71}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con VAP in degenza} (N = 71)}{Pazienti con VAP in degenza (N = 71)}}\label{pazienti-con-vap-in-degenza-n-71}}

\hypertarget{vap-precoce}{%
\subsection{VAP precoce}\label{vap-precoce}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/VAPprecoce-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
VAP precoce & N & \%\\
\midrule
No & 39 & 54.9\\
Sì & 32 & 45.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{diagnosi}{%
\subsection{Diagnosi}\label{diagnosi}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DiagnosiVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Diagnosi & N & \%\\
\midrule
Possibile & 26 & 36.6\\
Probabile - certa & 45 & 63.4\\
Missing & 29 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{criteri-diagnostici-microbiologici}{%
\subsection{Criteri diagnostici microbiologici}\label{criteri-diagnostici-microbiologici}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CriteriDiagnosticiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Criteri diagnostici microbiologici & N & \%\\
\midrule
Sierologia/tecniche di biologia molecolare/antigeni urinari (legionella, ecc) & 0 & 0.0\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) quantitativo & 0 & 0.0\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) qualitativo & 1 & 1.4\\
Campione distale protetto qualitativo (bal, psb) & 6 & 8.5\\
Campione distale protetto quantitativo (bal, psb) & 9 & 12.7\\
\addlinespace
Aspirato tracheale quantitativo >= 10 alla 5a cfu/ml & 34 & 47.9\\
Aspirato tracheale qualitativo + emocoltura e/o liquido pleurico concordati & 2 & 2.8\\
Aspirato tracheale qualitativo & 13 & 18.3\\
Agente eziologico NON ricercato o NON isolato & 6 & 8.5\\
Missing & 29 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{fattori-di-rischio-per-vap-n-1661}{%
\subsection{Fattori di rischio per VAP ( N = 1661 )}\label{fattori-di-rischio-per-vap-n-1661}}

\hypertarget{ventilazione-invasiva}{%
\subsubsection{Ventilazione invasiva}\label{ventilazione-invasiva}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/VentilazioneInvasiva-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Ventilazione invasiva & N & \%\\
\midrule
No & 325 & 19.8\\
Sì & 1320 & 80.2\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{1303} & \textbf{78.4}\\
Missing & 16 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{durata-ventilazione-invasiva-giorni}{%
\subsubsection{Durata ventilazione invasiva ( giorni )}\label{durata-ventilazione-invasiva-giorni}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 4.2 (7.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-3)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{duratadegenza-in-ti}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataSuDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 76.3 (31.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 100 (50-100)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{giorni-di-vm-pre-vap}{%
\subsection{Giorni di VM pre-VAP}\label{giorni-di-vm-pre-vap}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniVMpreVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 71\\
Media (DS) & 8.3 (5.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 7 (5-9)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-vap}{%
\subsection{Incidenza di VAP}\label{incidenza-di-vap}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/1000 gg. di VM pre-VAP) * & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/paz. ventilati per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 17.6 & 12.3 \%\\
CI ( 95\% ) & 13.8 - 22.2 & 9.6 - 15.6\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di VAP.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP} è pari alla
somma delle giornate di ventilazione meccanica pre-VAP di tutti i pazienti ammessi in reparto.
E grave; pari alla durata totale della ventilazione meccanica per i pazienti che
non sviluppano VAP e alla differenza tra la data di insorgenza della VAP e la data
di inizio della ventilazione meccanica per i pazienti infetti.
Sono esclusi dal denominatore i giorni di ventilazione meccanica dei pazienti dimessi
o deceduti entro 2 giorni dall'inizio della ventilazione.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ ( Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura piu grave; semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti ventilati per 7 giorni in TI, quanti sviluppano VAP?'}.
Il cutoff di una settimana e grave; stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\vspace{1.0cm}

\textbf{Rischio di contrarre VAP in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurveSopravv-1} \end{center}

\vspace{1.0cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-5}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalita grave; in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 57 & 80.3\\
Deceduti & 14 & 19.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-5}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalita grave; ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 52 & 73.2\\
Deceduti & 19 & 26.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 71 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 0 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-5}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-5}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaTIVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 25.5 (14.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 22 (15-31)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-5}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-5}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 37.3 (23.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 32 (20-48)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 71 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 0 ).

\newpage

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 8 & 8.0\\
Sì & 92 & 92.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{100} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{131} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 26 & 28.3 & 20 & 4 & 20\\
Staphylococcus epidermidis & 1 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 3 & 3.3 & 3 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 4 & 4.3 & 4 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 6 & 6.5 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 1 & 1.1 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{41} & \textbf{44.6} & \textbf{32} & \textbf{4} & \textbf{12.5}\\
Klebsiella pneumoniae & 17 & 18.5 & 12 & 1 & 8.3\\
Klebsiella altra specie & 8 & 8.7 & 2 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 6 & 6.5 & 5 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 4 & 4.3 & 1 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 11 & 12.0 & 9 & 1 & 11.1\\
Escherichia coli & 14 & 15.2 & 9 & 1 & 11.1\\
Proteus & 4 & 4.3 & 3 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 2 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Emofilo & 13 & 14.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 5 & 5.4 & 4 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{86} & \textbf{93.5} & \textbf{45} & \textbf{3} & \textbf{6.7}\\
Candida albicans & 3 & 3.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{3} & \textbf{3.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 12 & Ertapenem & 1 & 8.33\\
Klebsiella pneumoniae & 12 & Meropenem & 1 & 8.33\\
Escherichia coli & 8 & Ertapenem & 1 & 12.50\\
Escherichia coli & 9 & Meropenem & 1 & 11.11\\
Pseudomonas aeruginosa & 9 & Imipenem & 1 & 11.11\\
\addlinespace
Staphylococcus aureus & 20 & Meticillina & 4 & 20.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 45 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{45} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{67} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 16 & 35.6 & 16 & 1 & 6.2\\
Streptococcus pneumoniae & 3 & 6.7 & 3 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 2.2 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{20} & \textbf{44.4} & \textbf{20} & \textbf{1} & \textbf{5}\\
Klebsiella pneumoniae & 11 & 24.4 & 9 & 0 & 0\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 3 & 6.7 & 1 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 4 & 8.9 & 4 & 0 & 0\\
Serratia & 3 & 6.7 & 1 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 6 & 13.3 & 5 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 3 & 6.7 & 3 & 0 & 0\\
\addlinespace
Proteus & 1 & 2.2 & 1 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 1 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Emofilo & 11 & 24.4 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 2 & 4.4 & 2 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{45} & \textbf{100.0} & \textbf{26} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Candida albicans & 1 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{1} & \textbf{2.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 16 & Meticillina & 1 & 6.25\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 7 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{7} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{9} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 3 & 42.9 & 2 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 14.3 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{4} & \textbf{57.1} & \textbf{3} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Klebsiella pneumoniae & 1 & 14.3 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 1 & 14.3 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 1 & 14.3 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 1 & 14.3 & 0 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 14.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{5} & \textbf{71.4} & \textbf{3} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP2NuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Non sono stati individuati microrganismi resistenti ad alcun antibiotico.
Per maggiori informazioni sulle resistenze testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-86}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia in degenza} (N = 86)}{Pazienti con batteriemia in degenza (N = 86)}}\label{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-86}}

\hypertarget{trauma-6}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 57 & 66.3\\
Sì & 29 & 33.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-6}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 40 & 46.5\\
Chirurgico d'elezione & 5 & 5.8\\
Chirurgico d'urgenza & 41 & 47.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipologia}{%
\subsection{Tipologia}\label{tipologia}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Tipologia-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Batteriemia primaria sconosciuta & 22 & 22.2\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 31 & 31.3\\
Batteriemia secondaria & 46 & 46.5\\
Missing & 0 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/NuoviEpisodiBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 48 & 90.6\\
Sì & 5 & 9.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 7 & 13.2 & 6 & 2 & 33.3\\
Staphylococcus capitis & 1 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 1.9 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus epidermidis & 6 & 11.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus agalactiae & 1 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 1.9 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 3 & 5.7 & 2 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{21} & \textbf{39.6} & \textbf{10} & \textbf{3} & \textbf{30}\\
Klebsiella pneumoniae & 10 & 18.9 & 5 & 0 & 0\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 3 & 5.7 & 1 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 2 & 3.8 & 2 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 1 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Serratia & 5 & 9.4 & 2 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 5 & 9.4 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Escherichia coli & 4 & 7.5 & 3 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 3.8 & 1 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 4 & 7.5 & 2 & 1 & 50\\
Emofilo & 1 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 1 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{38} & \textbf{71.7} & \textbf{18} & \textbf{1} & \textbf{5.6}\\
Candida albicans & 1 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 1 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{2} & \textbf{3.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte2-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Acinetobacter & 2 & Imipenem & 1 & 50.00\\
Acinetobacter & 2 & Meropenem & 1 & 50.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 6 & Meticillina & 2 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 6 & 50\\
Non testato & 6 & 50\\
Missing & 16 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 7 & 6\\
kpc & 0 & 0 & 7 & 6\\
ndm & 0 & 0 & 7 & 6\\
oxa & 0 & 0 & 7 & 6\\
vim & 0 & 0 & 7 & 6\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-primaria-origine-sconosciuta-in-degenza-n-22}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia primaria (origine sconosciuta) in degenza} (N = 22)}{Pazienti con batteriemia primaria (origine sconosciuta) in degenza (N = 22)}}\label{pazienti-con-batteriemia-primaria-origine-sconosciuta-in-degenza-n-22}}

\hypertarget{infezioni-multisito-3}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 8 & 36.4\\
Sì & 14 & 63.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}{%
\subsection{Incidenza di batteriemia ( origine sconosciuta )}\label{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza BO 

 (Paz. con BO in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza BO 

 (Paz. con BO/paz.degenti per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 2.3 & 1.6 \%\\
CI ( 95\% ) & 1.5 - 3.5 & 1.0 - 2.5\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza di batteriemia di origine sconosciuta,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO}}
{\text{ Giornate di degenza pre-batteriemia}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-batteriemia} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
della batteriemia o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa batteriemia
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza della batteriemia
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO }}
{\text{ ( Numero pazienti ricoverati )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano batteriemia di origine sconosciuta?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-6}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 18 & 81.8\\
Deceduti & 4 & 18.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-6}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOSPBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 14 & 70.0\\
Deceduti & 6 & 30.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 20 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 2 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-6}{%
\subsection{Degenza in TI (giorni)}\label{degenza-in-ti-giorni-6}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaTIBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 21.7 (12.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 18 (12.2-29.8)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-6}{%
\subsection{Degenza ospedaliera (giorni) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-6}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 35.1 (23.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 28 (21.5-36.5)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 20 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 2 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 4 & 18.2 & 4 & 2 & 50\\
Staphylococcus capitis & 1 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 4.5 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus epidermidis & 4 & 18.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 4.5 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 1 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{12} & \textbf{54.5} & \textbf{6} & \textbf{3} & \textbf{50}\\
Klebsiella pneumoniae & 4 & 18.2 & 4 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 1 & 4.5 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 2 & 9.1 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 2 & 9.1 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 1 & 4.5 & 1 & 0 & 0\\
Proteus & 1 & 4.5 & 1 & 0 & 0\\
Emofilo & 1 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{12} & \textbf{54.5} & \textbf{9} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Candida albicans & 1 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{1} & \textbf{4.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100\\
Staphylococcus aureus & 4 & Meticillina & 2 & 50\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 3 & 42.86\\
Non testato & 4 & 57.14\\
Missing & 2 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 4 & 4\\
kpc & 0 & 0 & 4 & 4\\
ndm & 0 & 0 & 4 & 4\\
oxa & 0 & 0 & 4 & 4\\
vim & 0 & 0 & 4 & 4\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattOrigScon-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-31}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza} (N = 31)}{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza (N = 31)}}\label{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-31}}

\hypertarget{infezione-multisito-2}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 14 & 45.2\\
Sì & 17 & 54.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{fattori-di-rischio}{%
\subsection{Fattori di rischio}\label{fattori-di-rischio}}

\hypertarget{cvc-catetere-venoso-centrale-n-1661}{%
\subsubsection{CVC ( Catetere Venoso Centrale ) ( N = 1661 )}\label{cvc-catetere-venoso-centrale-n-1661}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CVCInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Cvc & N & \%\\
\midrule
No & 969 & 58.9\\
Sì & 676 & 41.1\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{541} & \textbf{32.6}\\
Missing & 16 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{durata-giorni}{%
\subsubsection{Durata (giorni)}\label{durata-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 9.6 (11.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 5 (2-12)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{duratadegenza-in-ti-1}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataSuDegInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 86.8 (21.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 100 (80-100)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezione-locale-da-catetere-n-1661}{%
\subsubsection{Infezione locale da catetere ( N = 1661 )}\label{infezione-locale-da-catetere-n-1661}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezLocaleBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione locale da catetere & N & \%\\
\midrule
No & 1645 & 100.0\\
Sì & 0 & 0.0\\
Missing & 16 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}{%
\subsection{Giorni di CVC pre-batteriemia}\label{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniCVCBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 30\\
Media (DS) & 13.0 (11.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 9.5 (7-15.5)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}{%
\subsection{Incidenza di CR-BSI (Catheter-related bloodstream infection)}\label{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/1000 gg. di CVC pre-CR-BSI) * & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/paz. con catetere per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 5.0 & 3.5 \%\\
CI ( 95\% ) & 3.4 - 7.0 & 2.4 - 4.9\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di CR-BSI:

Il primo:

\[ \text{* Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ Giornate con catetere pre-CR-BSI }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate con catetere pre-CR-BSI} è pari alla
somma delle giornate di tutti i pazienti con catetere.
È quindi pari alle giornate con catetere per i pazienti non infetti
e alla differenza tra il giorno di insorgenza della CR-BSI e il primo
giorno di catetere per i pazienti infetti.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ ( Giornate con catetere pre-CR-BSI )/7}} \times 100 \]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura più semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti sottoposti a catetere per 7 giorni in TI, quanti sviluppano CR-BSI?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{rischio-di-contrarre-cr-bsi}{%
\subsection{Rischio di contrarre CR-BSI}\label{rischio-di-contrarre-cr-bsi}}

\vspace{0.5cm}\begin{col}{1\textwidth}


\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/RischioCRBSI-1} \end{center}

\end{col}\vspace{1cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-7}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-7}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 27 & 87.1\\
Deceduti & 4 & 12.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-7}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-7}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 23 & 79.3\\
Deceduti & 6 & 20.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 29 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 2 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-7}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-7}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 27.9 (16.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 25 (13-38.5)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-7}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-7}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 42.7 (24.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 40 (23-59)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 29 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 2 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 31 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{31} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{36} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 3 & 9.7 & 2 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 2 & 6.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 2 & 6.5 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{9} & \textbf{29.0} & \textbf{4} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Klebsiella pneumoniae & 6 & 19.4 & 1 & 0 & 0\\
Klebsiella altra specie & 3 & 9.7 & 1 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 1 & 3.2 & 1 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 1 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 3 & 9.7 & 1 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 3 & 9.7 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 3 & 9.7 & 2 & 0 & 0\\
Proteus & 1 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 4 & 12.9 & 2 & 1 & 50\\
\addlinespace
Citrobacter & 1 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{26} & \textbf{83.9} & \textbf{9} & \textbf{1} & \textbf{11.1}\\
Candida parapsilosis & 1 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{1} & \textbf{3.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Acinetobacter & 2 & Imipenem & 1 & 50\\
Acinetobacter & 2 & Meropenem & 1 & 50\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 3 & 60\\
Non testato & 2 & 40\\
Missing & 14 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 3 & 2\\
kpc & 0 & 0 & 3 & 2\\
ndm & 0 & 0 & 3 & 2\\
oxa & 0 & 0 & 3 & 2\\
vim & 0 & 0 & 3 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattCat-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-46}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza} (N = 46)}{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza (N = 46)}}\label{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-46}}

\hypertarget{infezioni-associate-top-10}{%
\subsection{Infezioni associate ( top 10 )}\label{infezioni-associate-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezAssociateBS1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 22 & 47.8\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 10 & 21.7\\
IVU catetere correlata & 10 & 21.7\\
Altra infezione fungina & 2 & 4.3\\
Endocardite NON post-chirurgica & 1 & 2.2\\
\addlinespace
Infezione cute/tessuti molli post-chir. & 1 & 2.2\\
IVU NON catetere correlata & 1 & 2.2\\
Colecistite/colangite & 1 & 2.2\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-8}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-8}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 39 & 84.8\\
Deceduti & 7 & 15.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-8}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-8}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 35 & 79.5\\
Deceduti & 9 & 20.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 44 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 2 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-8}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-8}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 27.0 (15.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 24 (15-33)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-8}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-8}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 41.6 (25.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 32.5 (23.8-60.8)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 44 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 2 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 48 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{48} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{67} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 11 & 22.9 & 11 & 2 & 18.2\\
Staphylococcus epidermidis & 1 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 3 & 6.2 & 3 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 2.1 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 4 & 8.3 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{20} & \textbf{41.7} & \textbf{17} & \textbf{2} & \textbf{11.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 15 & 31.2 & 9 & 0 & 0\\
Klebsiella altra specie & 2 & 4.2 & 1 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 5 & 10.4 & 5 & 0 & 0\\
Serratia & 2 & 4.2 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 7 & 14.6 & 4 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 8 & 16.7 & 4 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 4.2 & 2 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 1 & 2.1 & 1 & 1 & 100\\
Emofilo & 3 & 6.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{45} & \textbf{93.8} & \textbf{27} & \textbf{1} & \textbf{3.7}\\
Candida parapsilosis & 2 & 4.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{2} & \textbf{4.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Acinetobacter & 1 & Imipenem & 1 & 100.00\\
Acinetobacter & 1 & Meropenem & 1 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 11 & Meticillina & 2 & 18.18\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 1 & 5.56\\
No & 6 & 33.33\\
Non testato & 11 & 61.11\\
Missing & 16 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 6 & 11\\
kpc & 0 & 0 & 6 & 11\\
ndm & 0 & 0 & 6 & 11\\
oxa & 0 & 0 & 6 & 11\\
vim & 1 & 100 & 6 & 11\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattSec-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-5}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza} (N = 5)}{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza (N = 5)}}\label{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-5}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 1 & 20 & 1 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 1 & 20 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{2} & \textbf{40} & \textbf{1} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Klebsiella pneumoniae & 2 & 40 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 3 & 60 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Acinetobacter & 1 & 20 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{6} & \textbf{120} & \textbf{3} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Streptococcus agalactiae, Staphylococcus capitis, Clostridium difficile, Enterococco faecium, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus lugdunensis, Clostridium altra specie, Enterococco altra specie, Clamidia, Legionella, Pseudomonas altra specie, Proteus, Providencia, Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Pneumocistie Jirovecii, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Citomegalovirus, Herpes simplex, Influenza AH3N2, Influenza altro A, Influenza B, Influenza tipo non specificato, Altro Virus, Mycobacterium tuberculosis, Mycoplasma ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Enterococco & 2 & 2 & 2 & 0 & 0.00 & 0\\
Escpm & 4 & 3 & 3 & 0 & 0.00 & 1\\
Klebsiella & 22 & 12 & 11 & 1 & 8.33 & 10\\
Pseudomonas & 9 & 5 & 5 & 0 & 0.00 & 4\\
Streptococco & 6 & 4 & 4 & 0 & 0.00 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Non sono stati individuati microrganismi resistenti ad alcun antibiotico.
Per maggiori informazioni sulle resistenze testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Non sono presenti informazioni relative al meccanismo di resistenza.

\hypertarget{appendice}{%
\section*{Appendice}\label{appendice}}
\addcontentsline{toc}{section}{Appendice}

\hypertarget{definizione-di-mdr}{%
\subsection*{Definizione di MDR}\label{definizione-di-mdr}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Definizione di MDR}

Per microrganismo MDR intendiamo un microrganismo che presenti almeno una delle resistenze ai relativi antibiotici elencati in tabella:

\begin{longtable}{ll}
\toprule
Microrganismo & Antibiotico\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Klebsiella altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Citrobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Enterobacter spp & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Altro enterobacterales & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Escherichia coli & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Morganella & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Proteus & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Serratia & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Acinetobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Pseudomonas altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Staphylococcus haemolyticus & Meticillina\\
Staphylococcus aureus & Meticillina\\
Streptococcus pneumoniae & Penicillina\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & Penicillina\\
Enterococco faecalis & Vancomicina\\
Enterococco faecium & Vancomicina\\
Enterococco altra specie & Vancomicina\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{raggruppamento-microrganismi}{%
\subsection*{Raggruppamento Microrganismi}\label{raggruppamento-microrganismi}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Raggruppamento Microrganismi}

Il seguente raggruppamento è stato pensato per fornire una visualizzazione delle categorie principali di microrganismi, che sono state così definite:

\begin{itemize}
\tightlist
\item
  \textbf{Cons}: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus capitis, Staphylococcus lugdunensis
\item
  \textbf{Streptococco}: Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Streptococcus altra specie
\item
  \textbf{Enterococco}: Enterococco faecalis, Enterococco faecium, Enterococco altra specie
\item
  \textbf{Klebsiella}: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella altra specie
\item
  \textbf{Escpm}: Proteus, Serratia, Providencia, Morganella
\item
  \textbf{Pseudomonas}: Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas altra specie
\item
  \textbf{Atipici}: Clamidia, Emofilo, Legionella
\item
  \textbf{Candida}: Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Candida altra specie
\end{itemize}

\end{document}
