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\title{Progetto Sorveglianza Infezioni}
\author{}
\date{\vspace{-2.5em}}

\begin{document}
\maketitle

{
\setcounter{tocdepth}{2}
\tableofcontents
}
\hypertarget{petalo-infectionlight}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{Petalo Infectionlight}}{Petalo Infectionlight}}\label{petalo-infectionlight}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{Petalo Infectionlight}}

Anno 2023

Periodo analizzato 2023-01-01 - 2023-12-31

Popolazione complessiva: 23 TI

TI Toscana

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}\label{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}}

\begin{figure}[h!]
  \includegraphics{/home/local/MNEGRI/dmagatti/farewellDirac/svn/Results/INFECTIONLIGHT/2023/Toscana/latex/flowchart.png}
\end{figure}

Per N = 32 pazienti non è presente l'informazione completa relativa allo stato di infezione.\vspace{1.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/piePazienti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Pazienti NON infetti & 4278 & 59.1\\
Pazienti infetti solo in degenza & 379 & 5.2\\
Pazienti infetti solo all'ammissione & 2300 & 31.8\\
Pazienti infetti all'ammissione e in degenza & 282 & 3.9\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale viene calcolata sul totale dei pazienti ammessi con informazione completa rispetto lo stato di infezione (N = 7239).

\newpage

\hypertarget{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/degTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}c>{}c>{}c}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza in TI ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{4278} & \cellcolor{white}{58.8} & \cellcolor{white}{2} & \cellcolor{white}{( 1 - 4 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2300} & \cellcolor{white}{31.6} & \cellcolor{white}{5} & \cellcolor{white}{( 2 - 9 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{282} & \cellcolor{white}{3.9} & \cellcolor{white}{22} & \cellcolor{white}{( 12 - 33 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{379} & \cellcolor{white}{5.2} & \cellcolor{white}{18} & \cellcolor{white}{( 11 - 28 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2582} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{35.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 2 - 11 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{661} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{9.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{19} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 11 - 30 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/degOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccl}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza ospedaliera ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{4278} & \cellcolor{white}{58.8} & \cellcolor{white}{9} & \cellcolor{white}{( 5 - 16 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2300} & \cellcolor{white}{31.6} & \cellcolor{white}{14} & \cellcolor{white}{( 8 - 24 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{282} & \cellcolor{white}{3.9} & \cellcolor{white}{29} & \cellcolor{white}{( 19 - 46 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{379} & \cellcolor{white}{5.2} & \cellcolor{white}{27} & \cellcolor{white}{( 17 - 40 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2582} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{35.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{15} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 8 - 26 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{661} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{9.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{28} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 17 - 43 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 179)

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalità in TI} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalità & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{4278} & \cellcolor{white}{512} & \cellcolor{white}{12.0} & \cellcolor{white}{( 11 - 13 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2300} & \cellcolor{white}{548} & \cellcolor{white}{23.9} & \cellcolor{white}{( 22.1 - 25.7 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{282} & \cellcolor{white}{83} & \cellcolor{white}{29.6} & \cellcolor{white}{( 24.4 - 35.4 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{379} & \cellcolor{white}{69} & \cellcolor{white}{18.3} & \cellcolor{white}{( 14.5 - 22.5 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2582} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{631} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{24.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 22.8 - 26.2 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{661} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{152} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{23.1} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 19.9 - 26.5 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalità ospedaliera} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalità & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{4278} & \cellcolor{white}{708} & \cellcolor{white}{16.9} & \cellcolor{white}{( 15.7 - 18 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2300} & \cellcolor{white}{667} & \cellcolor{white}{30.2} & \cellcolor{white}{( 28.3 - 32.1 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{282} & \cellcolor{white}{92} & \cellcolor{white}{34.7} & \cellcolor{white}{( 29 - 40.8 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{379} & \cellcolor{white}{81} & \cellcolor{white}{22.2} & \cellcolor{white}{( 18 - 26.8 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2582} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{759} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{30.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 28.9 - 32.5 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{661} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{173} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{27.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 24 - 31.1 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 179)

\newpage

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione}\label{gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3.5cm}ccccccc}
\toprule
Pazienti & N & No sepsi & Sepsi & Shock settico & \% no sepsi & \% sepsi & \% shock settico\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{2300} & \cellcolor{white}{587} & \cellcolor{white}{922} & \cellcolor{white}{789} & \cellcolor{white}{25.5} & \cellcolor{white}{40.1} & \cellcolor{white}{34.3}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{282} & \cellcolor{white}{46} & \cellcolor{white}{108} & \cellcolor{white}{128} & \cellcolor{white}{16.3} & \cellcolor{white}{38.3} & \cellcolor{white}{45.4}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{379} & \cellcolor{white}{178} & \cellcolor{white}{138} & \cellcolor{white}{62} & \cellcolor{white}{47.1} & \cellcolor{white}{36.5} & \cellcolor{white}{16.4}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{2582} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{633} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1030} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{917} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{24.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{39.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{35.5}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{661} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{224} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{246} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{190} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{33.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{37.3} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{28.8}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaGravita-1} \end{center}

\newpage

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti senza sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{587} & \cellcolor{white}{48} & \cellcolor{white}{8.2} & \cellcolor{white}{569} & \cellcolor{white}{65} & \cellcolor{white}{11.4}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{46} & \cellcolor{white}{2} & \cellcolor{white}{4.4} & \cellcolor{white}{44} & \cellcolor{white}{4} & \cellcolor{white}{9.1}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{178} & \cellcolor{white}{17} & \cellcolor{white}{9.6} & \cellcolor{white}{174} & \cellcolor{white}{23} & \cellcolor{white}{13.2}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{633} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{50} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{7.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{613} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{69} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11.3}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{224} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{19} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{8.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{218} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{27} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{12.4}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti con sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{922} & \cellcolor{white}{139} & \cellcolor{white}{15.1} & \cellcolor{white}{880} & \cellcolor{white}{205} & \cellcolor{white}{23.3}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{108} & \cellcolor{white}{30} & \cellcolor{white}{27.8} & \cellcolor{white}{100} & \cellcolor{white}{33} & \cellcolor{white}{33.0}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{138} & \cellcolor{white}{24} & \cellcolor{white}{17.4} & \cellcolor{white}{131} & \cellcolor{white}{29} & \cellcolor{white}{22.1}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1030} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{169} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{16.4} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{980} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{238} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{24.3}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{246} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{54} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{22.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{231} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{62} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{26.8}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti con shock settico} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{789} & \cellcolor{white}{360} & \cellcolor{white}{45.8} & \cellcolor{white}{759} & \cellcolor{white}{396} & \cellcolor{white}{52.2}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{128} & \cellcolor{white}{51} & \cellcolor{white}{40.2} & \cellcolor{white}{121} & \cellcolor{white}{55} & \cellcolor{white}{45.5}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{62} & \cellcolor{white}{28} & \cellcolor{white}{45.9} & \cellcolor{white}{59} & \cellcolor{white}{29} & \cellcolor{white}{49.2}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{917} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{411} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{45.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{880} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{451} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{51.2}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{190} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{79} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{42.0} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{180} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{84} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{46.7}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}{%
\subsubsection{Mortalità - Pazienti infetti all'ammissione con shock settico - COVID VS NON COVID}\label{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/mortalitaShockSetticoCovid-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcccccc}
\toprule
\multicolumn{1}{c}{ } & \multicolumn{6}{c}{Mortalità} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){2-7}
Pazienti & N pazienti & N morti TI & TI & N pazienti (escluso riamm.) & N morti H & H\\
\midrule
Covid & 20 & 12 & 60.0 & 20 & 13 & 65.0\\
Non covid & 897 & 399 & 44.7 & 866 & 438 & 50.9\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{tutti-i-pazienti-n-7271}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Tutti i pazienti} ( N = 7271 )}{Tutti i pazienti ( N = 7271 )}}\label{tutti-i-pazienti-n-7271}}

\hypertarget{sesso}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/sesso-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 4303 & 59.3\\
Femmina & 2955 & 40.7\\
Missing & 13 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/eta1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 29 & 0.4\\
17-45 & 660 & 9.1\\
46-65 & 1821 & 25.0\\
66-75 & 1874 & 25.8\\
>75 & 2887 & 39.7\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTI-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 3.3\\
DS & 8.9\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-2\\
Missing & 30\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Provenienza-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 1025 & 14.3\\
Reparto chirurgico & 2558 & 35.6\\
Pronto soccorso & 3111 & 43.3\\
Altra TI & 347 & 4.8\\
Terapia subintensiva & 137 & 1.9\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 93 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Trauma-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 6258 & 86.4\\
Sì & 989 & 13.6\\
Missing & 24 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgico-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 4033 & 55.7\\
Chirurgico d'elezione & 1499 & 20.7\\
Chirurgico d'urgenza & 1714 & 23.7\\
Missing & 25 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissione-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 3080 & 42.8\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 4070 & 56.5\\
Sedazione Palliativa & 23 & 0.3\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 28 & 0.4\\
\addlinespace
Missing & 70 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuro-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 5355 & 87.9\\
Coma cerebrale & 442 & 7.3\\
Coma metabolico & 95 & 1.6\\
Coma postanossico & 173 & 2.8\\
Coma tossico & 29 & 0.5\\
\addlinespace
Missing & 1177 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Gcs-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 13.3\\
DS & 3.4\\
Mediana & 15\\
Q1-Q3 & 14-15\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsorta-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 7164 & 99.0\\
Coma cerebrale & 53 & 0.7\\
Coma metabolico & 14 & 0.2\\
Coma postanossico & 8 & 0.1\\
Missing & 32 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTI-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 6019 & 83.2\\
Deceduti & 1213 & 16.8\\
Missing & 39 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedaliera-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalità ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 5492 & 78.0\\
Deceduti & 1549 & 22.0\\
Missing & 49 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 7090 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 181 ).

\newpage

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorni-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 6.3 (9.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 3 (1-7)\\
Missing & 36\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 16.3 (16.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 12 (6-21)\\
Missing & 50\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 7090 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 181 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-n-2961}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti} ( N = 2961 )}{Pazienti infetti ( N = 2961 )}}\label{pazienti-infetti-n-2961}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Gravita-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 811 & 27.4\\
Sepsi & 1168 & 39.5\\
Shock settico & 979 & 33.1\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaInfez-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione non complessa & 8.3 & 11.7\\
Sepsi & 16.5 & 24.0\\
Shock settico & 45.1 & 51.1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-non-infetti-n-4278}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti non infetti} ( N = 4278 )}{Pazienti non infetti ( N = 4278 )}}\label{pazienti-non-infetti-n-4278}}

\hypertarget{sesso-1}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/SessoNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 2476 & 58.0\\
Femmina & 1794 & 42.0\\
Missing & 8 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0-1}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/etaNonNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 19 & 0.4\\
17-45 & 454 & 10.6\\
46-65 & 1026 & 24.0\\
66-75 & 1051 & 24.6\\
>75 & 1728 & 40.4\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTINonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 2.5\\
DS & 7.5\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-1\\
Missing & 4\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto-1}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaNonInfetti1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}


\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 411 & 9.7\\
Reparto chirurgico & 1898 & 44.7\\
Pronto soccorso & 1749 & 41.2\\
Altra TI & 122 & 2.9\\
Terapia subintensiva & 63 & 1.5\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 35 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-1}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 3494 & 81.7\\
Sì & 783 & 18.3\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-1}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 2018 & 47.2\\
Chirurgico d'elezione & 1361 & 31.8\\
Chirurgico d'urgenza & 898 & 21.0\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-1}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-1}}

\begin{minipage}{0.45\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.55\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 2509 & 59.1\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 1694 & 39.9\\
Sedazione Palliativa & 18 & 0.4\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 25 & 0.6\\
\addlinespace
Missing & 32 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 3280 & 89.2\\
Coma cerebrale & 255 & 6.9\\
Coma metabolico & 29 & 0.8\\
Coma postanossico & 91 & 2.5\\
Coma tossico & 21 & 0.6\\
\addlinespace
Missing & 602 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GcsNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 11.6\\
DS & 3.2\\
Mediana & 13\\
Q1-Q3 & 13-13\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 4249 & 99.3\\
Coma cerebrale & 24 & 0.6\\
Coma metabolico & 3 & 0.1\\
Coma postanossico & 2 & 0.0\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-1}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTINonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 3764 & 88.0\\
Deceduti & 512 & 12.0\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-1}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 3491 & 83.1\\
Deceduti & 708 & 16.9\\
Missing & 8 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 4207 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 71 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 3.2 (4.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 2 (1-4)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-1}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 13.0 (14.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 9 (5-16)\\
Missing & 9\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 4207 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 71 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-infezione-allammissione}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}\label{pazienti-con-infezione-allammissione}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}

Sono presenti 2582 pazienti che contraggono un'infezione all'ammissione,
i quali rappresentano il 35.51\% della popolazione
totale ammessa in TI.

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione & 2582 & 35.51\\
Non infetti all'ammissione & 4689 & 64.49\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 7271).

I pazienti infetti all'ammissione possono presentare peritonite o polmonite:

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfAmmPerPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione 
 (no peritonite, no polmonite) & 1600 & 61.97\\
Peritonite all'ammissione & 516 & 19.98\\
Polmonite all'ammissione & 866 & 33.54\\
\bottomrule
\end{longtable}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti infetti all'ammissione (N = 2582).

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-allammissione-n-2582}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti all'ammissione} (N = 2582)}{Pazienti infetti all'ammissione (N = 2582)}}\label{pazienti-infetti-allammissione-n-2582}}

\hypertarget{provenienza-reparto-2}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaInfAmm1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 563 & 22.1\\
Reparto chirurgico & 594 & 23.3\\
Pronto soccorso & 1141 & 44.8\\
Altra TI & 183 & 7.2\\
Terapia subintensiva & 67 & 2.6\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 34 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-2}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 2493 & 96.6\\
Sì & 89 & 3.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-2}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 1774 & 68.7\\
Chirurgico d'elezione & 102 & 4.0\\
Chirurgico d'urgenza & 706 & 27.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-2}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-2}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 511 & 19.9\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 2053 & 79.8\\
Sedazione Palliativa & 5 & 0.2\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 3 & 0.1\\
\addlinespace
Missing & 10 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezioni-allammissione-top-10}{%
\subsection{Infezioni all'ammissione ( top 10 )}\label{infezioni-allammissione-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfAdmTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 866 & 33.5\\
Peritonite secondaria NON chir. & 292 & 11.3\\
IVU NON catetere correlata & 206 & 8.0\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 166 & 6.4\\
Positivit al COVID & 138 & 5.3\\
\addlinespace
Peritonite post-chirurgica & 136 & 5.3\\
Batteriemia primaria sconosciuta & 131 & 5.1\\
Colecistite/colangite & 126 & 4.9\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 117 & 4.5\\
Polmonite interstiziale da COVID & 109 & 4.2\\
\addlinespace
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 2226 & 86.2\\
Sì & 356 & 13.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità massima raggiunta in degenza dell'infezione all'ammissione}\label{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaInfAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione all'ammissione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 633 & 24.5\\
Sepsi & 1030 & 39.9\\
Shock settico & 917 & 35.5\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 931 & 35.2\\
Sì & 1716 & 64.8\\
Missing & 6 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{2653} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{2192} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 191 & 11.1 & 148 & 27 & 18.2\\
Staphylococcus capitis & 14 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 19 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 13 & 0.8 & 12 & 7 & 58.3\\
Staphylococcus hominis & 27 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 48 & 2.8 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 28 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 11 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 110 & 6.4 & 79 & 4 & 5.1\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 40 & 2.3 & 26 & 3 & 11.5\\
Enterococco faecalis & 98 & 5.7 & 66 & 4 & 6.1\\
Enterococco faecium & 72 & 4.2 & 50 & 20 & 40\\
Enterococco altra specie & 14 & 0.8 & 3 & 1 & 33.3\\
Clostridium difficile & 11 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 6 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{705} & \textbf{41.1} & \textbf{384} & \textbf{66} & \textbf{17.2}\\
Klebsiella pneumoniae & 232 & 13.5 & 173 & 31 & 17.9\\
Klebsiella altra specie & 47 & 2.7 & 35 & 3 & 8.6\\
Enterobacter spp & 57 & 3.3 & 37 & 3 & 8.1\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 25 & 1.5 & 12 & 1 & 8.3\\
Serratia & 28 & 1.6 & 22 & 1 & 4.5\\
Pseudomonas aeruginosa & 150 & 8.7 & 101 & 26 & 25.7\\
Pseudomonas altra specie & 3 & 0.2 & 2 & 1 & 50\\
Escherichia coli & 359 & 20.9 & 263 & 3 & 1.1\\
\addlinespace
Proteus & 58 & 3.4 & 42 & 2 & 4.8\\
Acinetobacter & 28 & 1.6 & 14 & 10 & 71.4\\
Emofilo & 70 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 40 & 2.3 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 15 & 0.9 & 12 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 13 & 0.8 & 11 & 0 & 0\\
Providencia & 3 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 17 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1146} & \textbf{66.8} & \textbf{724} & \textbf{81} & \textbf{11.2}\\
\addlinespace
Candida albicans & 76 & 4.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 25 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 10 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 10 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 2 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 13 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 17 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 19 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{174} & \textbf{10.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Influenza A & 39 & 2.3 &  &  & \\
Influenza B & 2 & 0.1 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 2 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 12 & 0.7 &  &  & \\
Herpes simplex & 4 & 0.2 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 33 & 1.9 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{92} & \textbf{5.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 5 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 4 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{10} & \textbf{0.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 171 & Ertapenem & 25 & 14.62\\
Klebsiella pneumoniae & 173 & Meropenem & 26 & 15.03\\
Klebsiella altra specie & 34 & Ertapenem & 2 & 5.88\\
Klebsiella altra specie & 35 & Meropenem & 1 & 2.86\\
Enterobacter spp & 36 & Ertapenem & 3 & 8.33\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 12 & Ertapenem & 1 & 8.33\\
Escherichia coli & 260 & Ertapenem & 2 & 0.77\\
Escherichia coli & 263 & Meropenem & 2 & 0.76\\
Proteus & 42 & Ertapenem & 2 & 4.76\\
Proteus & 42 & Meropenem & 1 & 2.38\\
\addlinespace
Serratia & 22 & Ertapenem & 1 & 4.55\\
Acinetobacter & 14 & Imipenem & 9 & 64.29\\
Acinetobacter & 14 & Meropenem & 10 & 71.43\\
Pseudomonas aeruginosa & 101 & Imipenem & 23 & 22.77\\
Pseudomonas aeruginosa & 101 & Meropenem & 13 & 12.87\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 2 & Imipenem & 1 & 50.00\\
Pseudomonas altra specie & 2 & Meropenem & 1 & 50.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 12 & Meticillina & 7 & 58.33\\
Staphylococcus aureus & 148 & Meticillina & 27 & 18.24\\
Streptococcus pneumoniae & 79 & Penicillina & 4 & 5.06\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 26 & Penicillina & 3 & 11.54\\
Enterococco faecalis & 66 & Vancomicina & 4 & 6.06\\
Enterococco faecium & 50 & Vancomicina & 20 & 40.00\\
Enterococco altra specie & 3 & Vancomicina & 1 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 41 & 8.91\\
No & 152 & 33.04\\
Non testato & 267 & 58.04\\
Missing & 377 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 2.1 & 183 & 267\\
kpc & 22 & 45.8 & 166 & 266\\
ndm & 13 & 27.1 & 174 & 268\\
oxa & 4 & 8.3 & 181 & 267\\
vim & 8 & 16.7 & 178 & 267\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmm-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-516}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con peritonite all'ammissione} (N = 516)}{Pazienti con peritonite all'ammissione (N = 516)}}\label{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-516}}

\hypertarget{tipologia-di-peritonite}{%
\subsection{Tipologia di peritonite}\label{tipologia-di-peritonite}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipologiaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Peritonite primaria & 80 & 15.5\\
Peritonite secondaria NON chir. & 292 & 56.6\\
Peritonite terziaria & 8 & 1.6\\
Peritonite post-chirurgica & 136 & 26.4\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipo-di-infezione}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipoInfPeritoniteAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 364 & 70.5\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 148 & 28.7\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 4 & 0.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-batteriemica}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPeritoniteAmm2-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 449 & 87.0\\
Sì & 67 & 13.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-multisito}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Multisito & N & \%\\
\midrule
No & 453 & 87.8\\
Sì & 63 & 12.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 42 & 9.3\\
Sepsi & 176 & 38.9\\
Shock settico & 235 & 51.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 453 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 63 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-2}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 379 & 73.4\\
Deceduti & 137 & 26.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-2}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 314 & 65.8\\
Deceduti & 163 & 34.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 477 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 39 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 8.1 (10.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 5 (2-10)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-2}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 20.3 (16.9)\\
Mediana (Q1-Q3) & 16 (9-28)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 477 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 39 ).

\newpage

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 325 & 63.0\\
Sì & 191 & 37.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{516} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{293} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 5 & 2.6 & 2 & 1 & 50\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 4 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Staphylococcus hominis & 4 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 8 & 4.2 & 7 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 19 & 9.9 & 16 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 37 & 19.4 & 26 & 9 & 34.6\\
Enterococco altra specie & 3 & 1.6 & 2 & 1 & 50\\
Clostridium difficile & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 2 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{88} & \textbf{46.1} & \textbf{54} & \textbf{11} & \textbf{20.4}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 34 & 17.8 & 27 & 1 & 3.7\\
Klebsiella altra specie & 9 & 4.7 & 6 & 1 & 16.7\\
Enterobacter spp & 11 & 5.8 & 8 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 3 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Serratia & 3 & 1.6 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 11 & 5.8 & 5 & 2 & 40\\
Escherichia coli & 81 & 42.4 & 55 & 0 & 0\\
Proteus & 6 & 3.1 & 6 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 4 & 2.1 & 3 & 2 & 66.7\\
Citrobacter & 2 & 1.0 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 3 & 1.6 & 3 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 3 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{170} & \textbf{89.0} & \textbf{117} & \textbf{6} & \textbf{5.1}\\
Candida albicans & 17 & 8.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 8 & 4.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida krusei & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 5 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{33} & \textbf{17.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Altro Virus & 1 & 0.5 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 27 & Ertapenem & 1 & 3.70\\
Klebsiella pneumoniae & 27 & Meropenem & 1 & 3.70\\
Klebsiella altra specie & 5 & Ertapenem & 1 & 20.00\\
Acinetobacter & 3 & Imipenem & 2 & 66.67\\
Acinetobacter & 3 & Meropenem & 2 & 66.67\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 5 & Imipenem & 2 & 40.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 5 & Meropenem & 1 & 20.00\\
Staphylococcus aureus & 2 & Meticillina & 1 & 50.00\\
Enterococco faecium & 26 & Vancomicina & 9 & 34.62\\
Enterococco altra specie & 2 & Vancomicina & 1 & 50.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 1 & 1.54\\
No & 22 & 33.85\\
Non testato & 42 & 64.62\\
Missing & 64 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 23 & 42\\
kpc & 0 & 0 & 23 & 42\\
ndm & 0 & 0 & 23 & 42\\
oxa & 1 & 100 & 22 & 42\\
vim & 0 & 0 & 23 & 42\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPeritAMM-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-866}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite all'ammissione} (N = 866)}{Pazienti con polmonite all'ammissione (N = 866)}}\label{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-866}}

\hypertarget{trauma-3}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 840 & 97.0\\
Sì & 26 & 3.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-3}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 801 & 92.5\\
Chirurgico d'elezione & 17 & 2.0\\
Chirurgico d'urgenza & 48 & 5.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipo-di-infezione-1}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipoInfPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 662 & 76.5\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 160 & 18.5\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 43 & 5.0\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezione-batteriemica-1}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmAmm1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 733 & 84.8\\
Sì & 131 & 15.2\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezioni-multisito-1}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 648 & 74.8\\
Sì & 218 & 25.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 186 & 28.7\\
Sepsi & 306 & 47.2\\
Shock settico & 156 & 24.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su
648 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 218 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-3}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 607 & 70.3\\
Deceduti & 256 & 29.7\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-3}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 535 & 64.1\\
Deceduti & 299 & 35.9\\
Missing & 5 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 839 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 27 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-3}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 11.1 (11.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 7 (3.8-15)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-3}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 20.7 (18.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 16 (8-28)\\
Missing & 5\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 839 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 27 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmoniti}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 276 & 31.9\\
Sì & 589 & 68.1\\
Missing & 1 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{866} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{782} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 75 & 12.7 & 59 & 9 & 15.3\\
Staphylococcus capitis & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & 0.3 & 2 & 2 & 100\\
Staphylococcus hominis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 6 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 11 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 3 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 81 & 13.8 & 59 & 1 & 1.7\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 8 & 1.4 & 5 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 12 & 2.0 & 8 & 1 & 12.5\\
Enterococco faecium & 8 & 1.4 & 5 & 4 & 80\\
Enterococco altra specie & 5 & 0.8 & 1 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{218} & \textbf{37.0} & \textbf{139} & \textbf{17} & \textbf{12.2}\\
Klebsiella pneumoniae & 64 & 10.9 & 46 & 6 & 13\\
Klebsiella altra specie & 23 & 3.9 & 17 & 2 & 11.8\\
Enterobacter spp & 18 & 3.1 & 11 & 1 & 9.1\\
Altro enterobacterales & 8 & 1.4 & 6 & 1 & 16.7\\
\addlinespace
Serratia & 15 & 2.5 & 11 & 1 & 9.1\\
Pseudomonas aeruginosa & 68 & 11.5 & 49 & 12 & 24.5\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.3 & 2 & 1 & 50\\
Escherichia coli & 53 & 9.0 & 43 & 0 & 0\\
Proteus & 11 & 1.9 & 7 & 1 & 14.3\\
\addlinespace
Acinetobacter & 15 & 2.5 & 6 & 6 & 100\\
Emofilo & 49 & 8.3 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 39 & 6.6 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 5 & 0.8 & 3 & 0 & 0\\
Morganella & 3 & 0.5 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clamidia & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 5 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{379} & \textbf{64.3} & \textbf{203} & \textbf{31} & \textbf{15.3}\\
Candida albicans & 16 & 2.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 7 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida krusei & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 8 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 9 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pneumocistie Jirovecii & 15 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 3 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{62} & \textbf{10.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 33 & 5.6 &  &  & \\
Influenza B & 2 & 0.3 &  &  & \\
\addlinespace
Influenza tipo non specificato & 1 & 0.2 &  &  & \\
Citomegalovirus & 6 & 1.0 &  &  & \\
Altro Virus & 21 & 3.6 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{63} & \textbf{10.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 4 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Mycobacterium tuberculosis & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{6} & \textbf{1.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 45 & Ertapenem & 4 & 8.89\\
Klebsiella pneumoniae & 46 & Meropenem & 6 & 13.04\\
Klebsiella altra specie & 17 & Ertapenem & 1 & 5.88\\
Klebsiella altra specie & 17 & Meropenem & 1 & 5.88\\
Enterobacter spp & 10 & Ertapenem & 1 & 10.00\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 6 & Ertapenem & 1 & 16.67\\
Proteus & 7 & Ertapenem & 1 & 14.29\\
Proteus & 7 & Meropenem & 1 & 14.29\\
Serratia & 11 & Ertapenem & 1 & 9.09\\
Acinetobacter & 6 & Imipenem & 5 & 83.33\\
\addlinespace
Acinetobacter & 6 & Meropenem & 6 & 100.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 49 & Imipenem & 10 & 20.41\\
Pseudomonas aeruginosa & 49 & Meropenem & 7 & 14.29\\
Pseudomonas altra specie & 2 & Imipenem & 1 & 50.00\\
Pseudomonas altra specie & 2 & Meropenem & 1 & 50.00\\
\addlinespace
Staphylococcus haemolyticus & 2 & Meticillina & 2 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 59 & Meticillina & 9 & 15.25\\
Streptococcus pneumoniae & 59 & Penicillina & 1 & 1.69\\
Enterococco faecalis & 8 & Vancomicina & 1 & 12.50\\
Enterococco faecium & 5 & Vancomicina & 4 & 80.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 14 & 12.5\\
No & 38 & 33.93\\
Non testato & 60 & 53.57\\
Missing & 88 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 5.3 & 49 & 60\\
kpc & 6 & 31.6 & 45 & 60\\
ndm & 7 & 36.8 & 44 & 60\\
oxa & 2 & 10.5 & 48 & 60\\
vim & 3 & 15.8 & 47 & 60\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmAmm-1} \end{center}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 237 & 33.6\\
Sì & 468 & 66.4\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{705} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{608} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 58 & 12.4 & 45 & 6 & 13.3\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.2 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 4 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 11 & 2.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 79 & 16.9 & 59 & 1 & 1.7\\
Streptococcus altra specie & 7 & 1.5 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 10 & 2.1 & 7 & 1 & 14.3\\
Enterococco faecium & 4 & 0.9 & 3 & 2 & 66.7\\
Enterococco altra specie & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{185} & \textbf{39.5} & \textbf{119} & \textbf{11} & \textbf{9.2}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 36 & 7.7 & 23 & 3 & 13\\
Klebsiella altra specie & 14 & 3.0 & 11 & 1 & 9.1\\
Enterobacter spp & 12 & 2.6 & 7 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 7 & 1.5 & 5 & 0 & 0\\
Serratia & 10 & 2.1 & 7 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 43 & 9.2 & 31 & 11 & 35.5\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.4 & 2 & 1 & 50\\
Escherichia coli & 34 & 7.3 & 27 & 0 & 0\\
Proteus & 8 & 1.7 & 5 & 1 & 20\\
Acinetobacter & 10 & 2.1 & 3 & 3 & 100\\
\addlinespace
Emofilo & 46 & 9.8 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 38 & 8.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 3 & 0.6 & 2 & 0 & 0\\
Morganella & 3 & 0.6 & 2 & 0 & 0\\
Clamidia & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{268} & \textbf{57.3} & \textbf{125} & \textbf{20} & \textbf{16}\\
Candida albicans & 12 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 3 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 5 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 8 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 13 & 2.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 2 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{46} & \textbf{9.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 33 & 7.1 &  &  & \\
Influenza B & 2 & 0.4 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 1 & 0.2 &  &  & \\
\addlinespace
Citomegalovirus & 6 & 1.3 &  &  & \\
Altro Virus & 20 & 4.3 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{62} & \textbf{13.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 4 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{4} & \textbf{0.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 23 & Ertapenem & 2 & 8.70\\
Klebsiella pneumoniae & 23 & Meropenem & 3 & 13.04\\
Klebsiella altra specie & 11 & Meropenem & 1 & 9.09\\
Proteus & 5 & Ertapenem & 1 & 20.00\\
Proteus & 5 & Meropenem & 1 & 20.00\\
\addlinespace
Acinetobacter & 3 & Imipenem & 3 & 100.00\\
Acinetobacter & 3 & Meropenem & 3 & 100.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 31 & Imipenem & 9 & 29.03\\
Pseudomonas aeruginosa & 31 & Meropenem & 7 & 22.58\\
Pseudomonas altra specie & 2 & Imipenem & 1 & 50.00\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 2 & Meropenem & 1 & 50.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 45 & Meticillina & 6 & 13.33\\
Streptococcus pneumoniae & 59 & Penicillina & 1 & 1.69\\
Enterococco faecalis & 7 & Vancomicina & 1 & 14.29\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 3 & Vancomicina & 2 & 66.67\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 4 & 12.5\\
No & 9 & 28.12\\
Non testato & 19 & 59.38\\
Missing & 33 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 13 & 19\\
kpc & 1 & 25 & 12 & 19\\
ndm & 1 & 25 & 12 & 19\\
oxa & 0 & 0 & 13 & 19\\
vim & 2 & 50 & 11 & 19\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmOsp-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}\label{pazienti-infetti-in-degenza}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}

I pazienti infetti in degenza comprendono tutti i pazienti che contraggono un'infezione durante la loro degenza a prescindere dal fatto che siano infetti all'ammissione o meno.

Sono presenti 661 pazienti infetti in degenza, che rappresentano il 9.1\% della popolazione totale ammessa in TI.

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza & 661 & 9.1\\
Non infetti in degenza & 6610 & 90.9\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 7271).

I pazienti infetti in degenza possono presentare VAP o batteriemia:

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfDegVAPCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza (no vap, no batteriemia) & 288 & 43.6\\
VAP & 187 & 28.3\\
Batteriemia primaria di origine sconosciuta & 72 & 10.9\\
Batteriemia da catetere & 97 & 14.7\\
Batteriemia secondaria & 111 & 16.8\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale à calcolata sul totale di pazienti infetti in degenza (N = 661)

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza-n-661}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti in degenza} (N = 661)}{Pazienti infetti in degenza (N = 661)}}\label{pazienti-infetti-in-degenza-n-661}}

\hypertarget{sesso-2}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/sessoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 444 & 67.2\\
Femmina & 217 & 32.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0-2}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/etaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 3 & 0.5\\
17-45 & 53 & 8.0\\
46-65 & 203 & 30.7\\
66-75 & 178 & 26.9\\
>75 & 224 & 33.9\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTIInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 4.7\\
DS & 10.4\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-4\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto-3}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaInfDeg1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 120 & 18.3\\
Reparto chirurgico & 112 & 17.1\\
Pronto soccorso & 334 & 51.0\\
Altra TI & 69 & 10.5\\
Terapia subintensiva & 20 & 3.1\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 6 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-4}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 528 & 79.9\\
Sì & 133 & 20.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-4}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 440 & 66.6\\
Chirurgico d'elezione & 46 & 7.0\\
Chirurgico d'urgenza & 175 & 26.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-3}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-3}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 79 & 12.0\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 578 & 88.0\\
Sedazione Palliativa & 0 & 0.0\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 0 & 0.0\\
\addlinespace
Missing & 4 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 354 & 71.8\\
Coma cerebrale & 86 & 17.4\\
Coma metabolico & 26 & 5.3\\
Coma postanossico & 27 & 5.5\\
Coma tossico & 0 & 0.0\\
\addlinespace
Missing & 168 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GcsInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 9.1\\
DS & 4.2\\
Mediana & 11\\
Q1-Q3 & 6-13\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 641 & 97.0\\
Coma cerebrale & 14 & 2.1\\
Coma metabolico & 3 & 0.5\\
Coma postanossico & 3 & 0.5\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-4}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 506 & 76.9\\
Deceduti & 152 & 23.1\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-4}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 457 & 72.5\\
Deceduti & 173 & 27.5\\
Missing & 7 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 637 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 24 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-4}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-4}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 23.0 (16.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 19 (11-30)\\
Missing & 3\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-4}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-4}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1InfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 32.5 (21.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 28 (17.2-42.8)\\
Missing & 7\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 637 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 24 ).

\hypertarget{infezioni-in-degenza-top-10}{%
\subsection{Infezioni in degenza ( top 10 )}\label{infezioni-in-degenza-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfDegTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 234 & 35.4\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 148 & 22.4\\
IVU catetere correlata & 108 & 16.3\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 97 & 14.7\\
Batteriemia primaria sconosciuta & 72 & 10.9\\
\addlinespace
Peritonite post-chirurgica & 32 & 4.8\\
IVU NON catetere correlata & 23 & 3.5\\
Peritonite secondaria NON chir. & 20 & 3.0\\
Positivit al COVID & 18 & 2.7\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 18 & 2.7\\
\addlinespace
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito-1}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 483 & 73.1\\
Sì & 178 & 26.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-in-degenza}{%
\subsection{Infezioni in degenza}\label{infezioni-in-degenza}}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
  & N\\
\midrule
Numero totale di episodi infettivi  * & 849\\
Numero totale di microrganismi isolati & 926\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Non sono considerati gli episodi multipli nella stessa infezione.

\hypertarget{giorni-per-contrarre-linfezione}{%
\subsection{Giorni per contrarre l'infezione}\label{giorni-per-contrarre-linfezione}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniContrazioneInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 8.4\\
DS & 7.2\\
Mediana & 6\\
Q1-Q3 & 3-12\\
Missing & 8\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}{%
\subsection{Incidenza di infezione in degenza: Incidenza 1 e Incidenza 2}\label{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\raggedright\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) **\\
\midrule
Stima & 18.0 & 12.6 \%\\
CI ( 95\% ) & 16.6 - 19.4 & 11.6 - 13.6\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per le infezioni in degenza,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ Giornate di degenza pre-infezione}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-infezione} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
dell'infezione o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa infezione
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza dell'infezione
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{** Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ ( Giornate di degenza pre-infezione )}/7} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano infezione in degenza?'}.

\hypertarget{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}{%
\subsection{Incidenza di infezioni in degenza e percentuale di infezioni multiresistenti}\label{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}}

\vspace{0.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GraficoDispersione-1} \end{center}

Il grafico sovrastante incrocia le variabili \emph{Incidenza di infezioni in degenza} e
\emph{Percentuale di infezioni multiresistenti}
( ad esclusione del germe S. Coagulasi negativo meticillina resistente ).
La nuvola di punti rappresenta i dati delle TI nazionali. .
Le due linee rosse intersecano il grafico in corrispondenza dei valori mediani
nazionali e delineano 4 aree.
L'area \textbf{A1} identifica i centri che sembrano praticare un'efficace prevenzione
delle infezioni e una buona gestione dell'antibiotico terapia.
Per contro a cadere nell'area \textbf{A3} sono i centri che, osservando un'elevata
incidenza di infezioni in degenza ed un'alta percentuale di multiresistenze,
paiono non riuscire a controllare efficacemente i fenomeni.
È bene sottolineare che ad influire notevolmente su tali statistiche sono
i case-mix delle TI. È pertanto importante valutare con estrema cautela
tale grafico e tenere in considerazione che quella appena fornita è
solo una delle tante possibili chiavi di lettura.

\textbf{Rischio di contrarre infezioni in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurvaSopravINFEZDeg-1} \end{center}

\end{col}\vspace{1cm}

\color{white}{....} \color{black}

\textbf{Rischio di contrarre sepsi severa o shock settico in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurvaSopravSEPSIDeg-1} \end{center}

\end{col}

I due grafici sovrastanti mostrano le curve di rischio di contrarre infezione e
sepsi/shock settico in TI all'aumentare dei giorni trascorsi in reparto.
Come è logico, il rischio aumenta all'aumentare della degenza del paziente.

Per esempio, la probabilità di aver contratto un'infezione in TI è
pari al 77\% alla decima giornata di degenza.
Tale probabilità sfiora il 94\% se il
paziente rimane ricoverato per almeno 20 giorni ( Dati nazionali ).
Entrambi i grafici sono `troncati' alla ventesima giornata di degenza poichè
le stime successive, basate sui pochi pazienti con degenza superiore a 20 giorni,
sarebbero risultate instabili.
Le aree ombreggiate delineano l'intervallo di confidenza al 95\% delle stime.

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 83 & 9.8\\
Sì & 760 & 90.2\\
Missing & 6 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{849} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{926} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 91 & 11.9 & 54 & 10 & 18.5\\
Staphylococcus capitis & 8 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 9 & 1.2 & 7 & 5 & 71.4\\
Staphylococcus hominis & 14 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 43 & 5.6 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 9 & 1.2 & 6 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 6 & 0.8 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 41 & 5.4 & 23 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 26 & 3.4 & 18 & 5 & 27.8\\
Enterococco altra specie & 5 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 7 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 4 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{267} & \textbf{34.9} & \textbf{112} & \textbf{20} & \textbf{17.9}\\
Klebsiella pneumoniae & 107 & 14.0 & 68 & 17 & 25\\
Klebsiella altra specie & 28 & 3.7 & 20 & 2 & 10\\
Enterobacter spp & 27 & 3.5 & 20 & 5 & 25\\
Altro enterobacterales & 10 & 1.3 & 5 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 28 & 3.7 & 20 & 3 & 15\\
Pseudomonas aeruginosa & 144 & 18.8 & 89 & 18 & 20.2\\
Pseudomonas altra specie & 6 & 0.8 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 104 & 13.6 & 61 & 0 & 0\\
Proteus & 27 & 3.5 & 20 & 0 & 0\\
\addlinespace
Acinetobacter & 35 & 4.6 & 23 & 12 & 52.2\\
Emofilo & 14 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 14 & 1.8 & 7 & 0 & 0\\
Morganella & 10 & 1.3 & 3 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{557} & \textbf{72.7} & \textbf{338} & \textbf{57} & \textbf{16.9}\\
Candida albicans & 32 & 4.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 6 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 2 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 16 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 7 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 10 & 1.3 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{79} & \textbf{10.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 4 & 0.5 &  &  & \\
Herpes simplex & 2 & 0.3 &  &  & \\
Altro Virus & 2 & 0.3 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{8} & \textbf{1.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 66 & Ertapenem & 10 & 15.15\\
Klebsiella pneumoniae & 68 & Meropenem & 15 & 22.06\\
Klebsiella altra specie & 20 & Ertapenem & 2 & 10.00\\
Klebsiella altra specie & 20 & Meropenem & 2 & 10.00\\
Enterobacter spp & 20 & Ertapenem & 5 & 25.00\\
\addlinespace
Serratia & 19 & Ertapenem & 3 & 15.79\\
Serratia & 20 & Meropenem & 1 & 5.00\\
Acinetobacter & 23 & Imipenem & 6 & 26.09\\
Acinetobacter & 23 & Meropenem & 12 & 52.17\\
Pseudomonas aeruginosa & 88 & Imipenem & 18 & 20.45\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 89 & Meropenem & 7 & 7.87\\
Staphylococcus haemolyticus & 7 & Meticillina & 5 & 71.43\\
Staphylococcus aureus & 54 & Meticillina & 10 & 18.52\\
Enterococco faecium & 18 & Vancomicina & 5 & 27.78\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 21 & 11.11\\
No & 77 & 40.74\\
Non testato & 91 & 48.15\\
Missing & 195 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 2 & 7.7 & 96 & 93\\
kpc & 7 & 26.9 & 91 & 93\\
ndm & 10 & 38.5 & 89 & 93\\
oxa & 3 & 11.5 & 94 & 94\\
vim & 4 & 15.4 & 94 & 93\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-282}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza} (N = 282)}{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza (N = 282)}}\label{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-282}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 97 & 14.0\\
Sì & 598 & 86.0\\
Missing & 7 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{702} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{766} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 14 & 4.3 & 10 & 4 & 40\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 3 & 0.9 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus hominis & 6 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 16 & 4.9 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 3 & 0.9 & 2 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 21 & 6.4 & 13 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 12 & 3.7 & 9 & 4 & 44.4\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 6 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 1 & 0.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{86} & \textbf{26.3} & \textbf{35} & \textbf{9} & \textbf{25.7}\\
Klebsiella pneumoniae & 51 & 15.6 & 31 & 9 & 29\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 18 & 5.5 & 12 & 3 & 25\\
Enterobacter spp & 14 & 4.3 & 14 & 5 & 35.7\\
Altro enterobacterales & 4 & 1.2 & 3 & 0 & 0\\
Serratia & 12 & 3.7 & 11 & 1 & 9.1\\
Pseudomonas aeruginosa & 84 & 25.7 & 55 & 14 & 25.5\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.6 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 35 & 10.7 & 23 & 0 & 0\\
Proteus & 12 & 3.7 & 9 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 23 & 7.0 & 17 & 11 & 64.7\\
Emofilo & 5 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 4 & 1.2 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{264} & \textbf{80.7} & \textbf{177} & \textbf{43} & \textbf{24.3}\\
Candida albicans & 28 & 8.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 5 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 15 & 4.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 7 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 3 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 9 & 2.8 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 2 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{71} & \textbf{21.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 3 & 0.9 &  &  & \\
Herpes simplex & 2 & 0.6 &  &  & \\
Altro Virus & 1 & 0.3 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{6} & \textbf{1.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 47 & Ertapenem & 6 & 12.77\\
Klebsiella pneumoniae & 48 & Meropenem & 11 & 22.92\\
Klebsiella altra specie & 20 & Ertapenem & 4 & 20.00\\
Klebsiella altra specie & 20 & Meropenem & 3 & 15.00\\
Enterobacter spp & 19 & Ertapenem & 6 & 31.58\\
\addlinespace
Escherichia coli & 56 & Ertapenem & 1 & 1.79\\
Serratia & 14 & Ertapenem & 2 & 14.29\\
Acinetobacter & 18 & Imipenem & 6 & 33.33\\
Acinetobacter & 18 & Meropenem & 12 & 66.67\\
Pseudomonas aeruginosa & 74 & Imipenem & 19 & 25.68\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 75 & Meropenem & 8 & 10.67\\
Staphylococcus haemolyticus & 3 & Meticillina & 2 & 66.67\\
Staphylococcus aureus & 32 & Meticillina & 8 & 25.00\\
Enterococco faecalis & 24 & Vancomicina & 2 & 8.33\\
Enterococco faecium & 19 & Vancomicina & 7 & 36.84\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 26 & 10.7\\
No & 98 & 40.33\\
Non testato & 119 & 48.97\\
Missing & 239 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 3 & 8.3 & 124 & 124\\
kpc & 11 & 30.6 & 117 & 124\\
ndm & 13 & 36.1 & 115 & 125\\
oxa & 4 & 11.1 & 122 & 125\\
vim & 5 & 13.9 & 122 & 124\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmmDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-379}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti solo in degenza} (N = 379)}{Pazienti infetti solo in degenza (N = 379)}}\label{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-379}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaSoloDegenza-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 178 & 47.1\\
Sepsi & 138 & 36.5\\
Shock settico & 62 & 16.4\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaInfezSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione non complessa & 9.6 & 13.2\\
Sepsi & 17.4 & 22.1\\
Shock settico & 45.9 & 49.2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti solo in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 52 & 9.6\\
Sì & 492 & 90.4\\
Missing & 2 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{546} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{612} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 82 & 18.7 & 45 & 6 & 13.3\\
Staphylococcus capitis & 8 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 8 & 1.8 & 7 & 5 & 71.4\\
Staphylococcus hominis & 11 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 29 & 6.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 6 & 1.4 & 4 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 7 & 1.6 & 4 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 28 & 6.4 & 13 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 14 & 3.2 & 9 & 1 & 11.1\\
Enterococco altra specie & 4 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 3 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{203} & \textbf{46.2} & \textbf{82} & \textbf{12} & \textbf{14.6}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 75 & 17.1 & 44 & 10 & 22.7\\
Klebsiella altra specie & 15 & 3.4 & 11 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 19 & 4.3 & 9 & 1 & 11.1\\
Altro enterobacterales & 7 & 1.6 & 3 & 0 & 0\\
Serratia & 22 & 5.0 & 12 & 2 & 16.7\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 81 & 18.5 & 42 & 8 & 19\\
Pseudomonas altra specie & 4 & 0.9 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 78 & 17.8 & 38 & 0 & 0\\
Proteus & 16 & 3.6 & 12 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 18 & 4.1 & 10 & 3 & 30\\
\addlinespace
Emofilo & 9 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 11 & 2.5 & 6 & 0 & 0\\
Morganella & 12 & 2.7 & 5 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 4 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{372} & \textbf{84.7} & \textbf{193} & \textbf{24} & \textbf{12.4}\\
Candida albicans & 11 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 3 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 5 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 1 & 0.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 3 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{25} & \textbf{5.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 0.2 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 2 & 0.5 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{3} & \textbf{0.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDegRaggrup-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 43 & Ertapenem & 8 & 18.60\\
Klebsiella pneumoniae & 44 & Meropenem & 9 & 20.45\\
Enterobacter spp & 9 & Ertapenem & 1 & 11.11\\
Serratia & 12 & Ertapenem & 2 & 16.67\\
Serratia & 12 & Meropenem & 1 & 8.33\\
\addlinespace
Acinetobacter & 10 & Imipenem & 2 & 20.00\\
Acinetobacter & 10 & Meropenem & 3 & 30.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 42 & Imipenem & 8 & 19.05\\
Pseudomonas aeruginosa & 42 & Meropenem & 4 & 9.52\\
Staphylococcus haemolyticus & 7 & Meticillina & 5 & 71.43\\
\addlinespace
Staphylococcus aureus & 45 & Meticillina & 6 & 13.33\\
Enterococco faecium & 9 & Vancomicina & 1 & 11.11\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 9 & 8.33\\
No & 46 & 42.59\\
Non testato & 53 & 49.07\\
Missing & 135 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 1 & 7.7 & 53 & 53\\
kpc & 3 & 23.1 & 51 & 53\\
ndm & 5 & 38.5 & 50 & 53\\
oxa & 3 & 23.1 & 51 & 53\\
vim & 1 & 7.7 & 53 & 53\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipica_soloDeg-1} \end{center}

\hypertarget{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}{%
\subsection{\texorpdfstring{\textbf{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}\label{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TabInfezioniAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo isolato & N & Ammissione & \% amm. & Degenza & \% deg.\\
\midrule
Acinetobacter & 78 & 34 & 43.6 & 44 & 56.4\\
Pseudomonas aeruginosa & 348 & 161 & 46.3 & 187 & 53.7\\
Candida albicans & 128 & 84 & 65.6 & 44 & 34.4\\
Coronavirus & 45 & 45 & 100 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 98 & 61 & 62.2 & 37 & 37.8\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 96 & 49 & 51 & 47 & 49\\
Escherichia coli & 508 & 383 & 75.4 & 125 & 24.6\\
Enterococco faecalis & 156 & 104 & 66.7 & 52 & 33.3\\
Enterococco faecium & 109 & 80 & 73.4 & 29 & 26.6\\
Candida glabrata & 39 & 31 & 79.5 & 8 & 20.5\\
\addlinespace
Emofilo & 91 & 76 & 83.5 & 15 & 16.5\\
Staphylococcus hominis & 47 & 28 & 59.6 & 19 & 40.4\\
Influenza A & 44 & 44 & 100 & 0 & 0\\
Legionella & 43 & 43 & 100 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 41 & 28 & 68.3 & 13 & 31.7\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 86 & 50 & 58.1 & 36 & 41.9\\
Streptococcus altra specie & 50 & 41 & 82 & 9 & 18\\
Altro Virus & 40 & 36 & 90 & 4 & 10\\
Candida parapsilosis & 34 & 13 & 38.2 & 21 & 61.8\\
Klebsiella pneumoniae & 389 & 247 & 63.5 & 142 & 36.5\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 133 & 124 & 93.2 & 9 & 6.8\\
Proteus & 91 & 63 & 69.2 & 28 & 30.8\\
Serratia & 67 & 30 & 44.8 & 37 & 55.2\\
Staphylococcus aureus & 311 & 203 & 65.3 & 108 & 34.7\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-234}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite in degenza} (N = 234)}{Pazienti con polmonite in degenza (N = 234)}}\label{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-234}}

\hypertarget{trauma-5}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 173 & 73.9\\
Sì & 61 & 26.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-5}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 152 & 65.0\\
Chirurgico d'elezione & 12 & 5.1\\
Chirurgico d'urgenza & 70 & 29.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezione-batteriemica-2}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 189 & 81.1\\
Sì & 44 & 18.9\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-multisito-2}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 211 & 90.2\\
Sì & 23 & 9.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/NuoviEpisodiPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 183 & 78.9\\
Sì & 49 & 21.1\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}{%
\subsection{Polmonite associata a ventilazione ( VAP ) *}\label{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/PolmoniteDaVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Polmonite associata a VAP & N & \%\\
\midrule
No & 47 & 20.1\\
Sì & 187 & 79.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* VAP: polmonite associata a ventilazione invasiva ( polmonite con esordio successivo al secondo giorno di ventilazione o sviluppata entro i due giorni dal termine della ventilazione ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con polmonite in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 43 & 19.6 & 20 & 4 & 20\\
Staphylococcus epidermidis & 2 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 4 & 1.8 & 4 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 6 & 2.7 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco altra specie & 3 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{60} & \textbf{27.4} & \textbf{29} & \textbf{4} & \textbf{13.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 41 & 18.7 & 22 & 6 & 27.3\\
Klebsiella altra specie & 11 & 5.0 & 6 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 6 & 2.7 & 1 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 3 & 1.4 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 13 & 5.9 & 8 & 1 & 12.5\\
Pseudomonas aeruginosa & 55 & 25.1 & 32 & 6 & 18.8\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.9 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Escherichia coli & 21 & 9.6 & 10 & 0 & 0\\
Proteus & 11 & 5.0 & 9 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 12 & 5.5 & 6 & 2 & 33.3\\
Emofilo & 8 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 7 & 3.2 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 3 & 1.4 & 2 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 2 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{195} & \textbf{89.0} & \textbf{102} & \textbf{15} & \textbf{14.7}\\
Candida albicans & 4 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 2 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 8 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{15} & \textbf{6.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 0.5 &  &  & \\
Altro Virus & 1 & 0.5 &  &  & \\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{2} & \textbf{0.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolm-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-vap-in-degenza-n-187}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con VAP in degenza} (N = 187)}{Pazienti con VAP in degenza (N = 187)}}\label{pazienti-con-vap-in-degenza-n-187}}

\hypertarget{vap-precoce}{%
\subsection{VAP precoce}\label{vap-precoce}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/VAPprecoce-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
VAP precoce & N & \%\\
\midrule
No & 102 & 54.5\\
Sì & 85 & 45.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{diagnosi}{%
\subsection{Diagnosi}\label{diagnosi}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DiagnosiVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Diagnosi & N & \%\\
\midrule
Possibile & 86 & 46.2\\
Probabile - certa & 100 & 53.8\\
Missing & 111 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{criteri-diagnostici-microbiologici}{%
\subsection{Criteri diagnostici microbiologici}\label{criteri-diagnostici-microbiologici}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CriteriDiagnosticiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Criteri diagnostici microbiologici & N & \%\\
\midrule
Sierologia/tecniche di biologia molecolare/antigeni urinari (legionella, ecc) & 1 & 0.5\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) quantitativo & 6 & 3.2\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) qualitativo & 2 & 1.1\\
Campione distale protetto qualitativo (bal, psb) & 11 & 5.9\\
Campione distale protetto quantitativo (bal, psb) & 55 & 29.6\\
\addlinespace
Aspirato tracheale quantitativo >= 10 alla 5a cfu/ml & 29 & 15.6\\
Aspirato tracheale qualitativo + emocoltura e/o liquido pleurico concordati & 9 & 4.8\\
Aspirato tracheale qualitativo & 65 & 34.9\\
Agente eziologico NON ricercato o NON isolato & 8 & 4.3\\
Missing & 111 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{fattori-di-rischio-per-vap-n-7271}{%
\subsection{Fattori di rischio per VAP ( N = 7271 )}\label{fattori-di-rischio-per-vap-n-7271}}

\hypertarget{ventilazione-invasiva}{%
\subsubsection{Ventilazione invasiva}\label{ventilazione-invasiva}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/VentilazioneInvasiva-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Ventilazione invasiva & N & \%\\
\midrule
No & 3536 & 48.8\\
Sì & 3705 & 51.2\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{3418} & \textbf{47.0}\\
Missing & 30 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{durata-ventilazione-invasiva-giorni}{%
\subsubsection{Durata ventilazione invasiva ( giorni )}\label{durata-ventilazione-invasiva-giorni}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 6.2 (9.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 2 (1-7)\\
Missing & 3\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{duratadegenza-in-ti}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataSuDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 70.3 (30.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 75 (50-100)\\
Missing & 4\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{giorni-di-vm-pre-vap}{%
\subsection{Giorni di VM pre-VAP}\label{giorni-di-vm-pre-vap}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniVMpreVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 187\\
Media (DS) & 9.1 (7.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 7 (4-11)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-vap}{%
\subsection{Incidenza di VAP}\label{incidenza-di-vap}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/1000 gg. di VM pre-VAP) * & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/paz. ventilati per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 9.4 & 6.6 \%\\
CI ( 95\% ) & 8.1 - 10.9 & 5.7 - 7.6\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di VAP.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP} è pari alla
somma delle giornate di ventilazione meccanica pre-VAP di tutti i pazienti ammessi in reparto.
E grave; pari alla durata totale della ventilazione meccanica per i pazienti che
non sviluppano VAP e alla differenza tra la data di insorgenza della VAP e la data
di inizio della ventilazione meccanica per i pazienti infetti.
Sono esclusi dal denominatore i giorni di ventilazione meccanica dei pazienti dimessi
o deceduti entro 2 giorni dall'inizio della ventilazione.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ ( Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura piu grave; semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti ventilati per 7 giorni in TI, quanti sviluppano VAP?'}.
Il cutoff di una settimana e grave; stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\vspace{1.0cm}

\textbf{Rischio di contrarre VAP in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurveSopravv-1} \end{center}

\vspace{1.0cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-5}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalita grave; in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 146 & 78.1\\
Deceduti & 41 & 21.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-5}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalita grave; ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 135 & 74.6\\
Deceduti & 46 & 25.4\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 183 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 4 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-5}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-5}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaTIVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 28.5 (17.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 25 (14-37.5)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-5}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-5}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 35.3 (20.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 31 (20-49)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 183 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 4 ).

\newpage

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 23 & 7.7\\
Sì & 274 & 92.3\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{297} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{343} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 43 & 15.5 & 19 & 3 & 15.8\\
Staphylococcus capitis & 5 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & 0.7 & 2 & 1 & 50\\
Staphylococcus hominis & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 19 & 6.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 3 & 1.1 & 3 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 2 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 7 & 2.5 & 5 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 7 & 2.5 & 5 & 2 & 40\\
Enterococco altra specie & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium difficile & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{93} & \textbf{33.6} & \textbf{35} & \textbf{6} & \textbf{17.1}\\
Klebsiella pneumoniae & 47 & 17.0 & 24 & 7 & 29.2\\
Klebsiella altra specie & 14 & 5.1 & 8 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 11 & 4.0 & 5 & 1 & 20\\
Altro enterobacterales & 2 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 17 & 6.1 & 11 & 1 & 9.1\\
Pseudomonas aeruginosa & 59 & 21.3 & 35 & 9 & 25.7\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Escherichia coli & 31 & 11.2 & 12 & 0 & 0\\
Proteus & 10 & 3.6 & 8 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 7 & 2.5 & 6 & 2 & 33.3\\
Emofilo & 5 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 5 & 1.8 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 7 & 2.5 & 2 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{218} & \textbf{78.7} & \textbf{116} & \textbf{20} & \textbf{17.2}\\
Candida albicans & 6 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 4 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 6 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 2 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{22} & \textbf{7.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Citomegalovirus & 1 & 0.4 &  &  & \\
Herpes simplex & 1 & 0.4 &  &  & \\
Altro Virus & 1 & 0.4 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{3} & \textbf{1.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 23 & Ertapenem & 3 & 13.04\\
Klebsiella pneumoniae & 24 & Meropenem & 5 & 20.83\\
Enterobacter spp & 5 & Ertapenem & 1 & 20.00\\
Serratia & 10 & Ertapenem & 1 & 10.00\\
Acinetobacter & 6 & Meropenem & 2 & 33.33\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 34 & Imipenem & 9 & 26.47\\
Pseudomonas aeruginosa & 35 & Meropenem & 3 & 8.57\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & Meticillina & 1 & 50.00\\
Staphylococcus aureus & 19 & Meticillina & 3 & 15.79\\
Enterococco faecium & 5 & Vancomicina & 2 & 40.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 100 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{100} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{117} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 18 & 18 & 10 & 3 & 30\\
Staphylococcus epidermidis & 1 & 1 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 1 & 1 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 1 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 4 & 4 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 1 & 1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{26} & \textbf{26} & \textbf{16} & \textbf{3} & \textbf{18.8}\\
Klebsiella pneumoniae & 15 & 15 & 7 & 3 & 42.9\\
Klebsiella altra specie & 4 & 4 & 3 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 1 & 1 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 9 & 9 & 5 & 1 & 20\\
Pseudomonas aeruginosa & 26 & 26 & 18 & 5 & 27.8\\
Escherichia coli & 8 & 8 & 6 & 0 & 0\\
Proteus & 5 & 5 & 5 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 4 & 4 & 3 & 2 & 66.7\\
\addlinespace
Emofilo & 4 & 4 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 2 & 2 & 2 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 2 & 2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{80} & \textbf{80} & \textbf{50} & \textbf{11} & \textbf{22}\\
Candida albicans & 2 & 2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 1 & 1 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 4 & 4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{7} & \textbf{7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 1 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 7 & Ertapenem & 2 & 28.57\\
Klebsiella pneumoniae & 7 & Meropenem & 2 & 28.57\\
Serratia & 5 & Ertapenem & 1 & 20.00\\
Acinetobacter & 3 & Meropenem & 2 & 66.67\\
Pseudomonas aeruginosa & 17 & Imipenem & 5 & 29.41\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 18 & Meropenem & 2 & 11.11\\
Staphylococcus aureus & 10 & Meticillina & 3 & 30.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 3 & 4.8\\
Sì & 60 & 95.2\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{63} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{81} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 11 & 17.5 & 5 & 1 & 20\\
Staphylococcus capitis & 1 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus hominis & 1 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 6 & 9.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 2 & 3.2 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 1 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 2 & 3.2 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco altra specie & 1 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{25} & \textbf{39.7} & \textbf{8} & \textbf{1} & \textbf{12.5}\\
Klebsiella pneumoniae & 9 & 14.3 & 4 & 2 & 50\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 4 & 6.3 & 2 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 7 & 11.1 & 2 & 0 & 0\\
Serratia & 3 & 4.8 & 1 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 7 & 11.1 & 5 & 2 & 40\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Escherichia coli & 9 & 14.3 & 6 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 2 & 3.2 & 2 & 1 & 50\\
Emofilo & 2 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 2 & 3.2 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 1 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{49} & \textbf{77.8} & \textbf{24} & \textbf{5} & \textbf{20.8}\\
Candida albicans & 1 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 2 & 3.2 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{4} & \textbf{6.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Altro Virus & 1 & 1.6 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{1.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP2NuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 4 & Meropenem & 2 & 50\\
Acinetobacter & 2 & Meropenem & 1 & 50\\
Pseudomonas aeruginosa & 5 & Imipenem & 2 & 40\\
Pseudomonas aeruginosa & 5 & Meropenem & 1 & 20\\
Staphylococcus aureus & 5 & Meticillina & 1 & 20\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-251}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia in degenza} (N = 251)}{Pazienti con batteriemia in degenza (N = 251)}}\label{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-251}}

\hypertarget{trauma-6}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 213 & 84.9\\
Sì & 38 & 15.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-6}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 170 & 67.7\\
Chirurgico d'elezione & 12 & 4.8\\
Chirurgico d'urgenza & 69 & 27.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipologia}{%
\subsection{Tipologia}\label{tipologia}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Tipologia-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Batteriemia primaria sconosciuta & 72 & 25.7\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 97 & 34.6\\
Batteriemia secondaria & 111 & 39.6\\
Missing & 0 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/NuoviEpisodiBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 148 & 87.6\\
Sì & 21 & 12.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 14 & 8.3 & 9 & 3 & 33.3\\
Staphylococcus capitis & 7 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 5 & 3.0 & 4 & 3 & 75\\
Staphylococcus hominis & 11 & 6.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 39 & 23.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 1 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 4 & 2.4 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 11 & 6.5 & 5 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 5 & 3.0 & 3 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{97} & \textbf{57.4} & \textbf{24} & \textbf{6} & \textbf{25}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 17 & 10.1 & 7 & 2 & 28.6\\
Klebsiella altra specie & 1 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 5 & 3.0 & 4 & 1 & 25\\
Altro enterobacterales & 1 & 0.6 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 5 & 3.0 & 5 & 2 & 40\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 13 & 7.7 & 7 & 1 & 14.3\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 17 & 10.1 & 6 & 0 & 0\\
Proteus & 1 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 9 & 5.3 & 5 & 2 & 40\\
\addlinespace
Citrobacter & 3 & 1.8 & 2 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{76} & \textbf{45.0} & \textbf{37} & \textbf{8} & \textbf{21.6}\\
Candida albicans & 9 & 5.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 1 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 6 & 3.6 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 1.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{20} & \textbf{11.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte2-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 7 & Meropenem & 2 & 28.57\\
Enterobacter spp & 4 & Ertapenem & 1 & 25.00\\
Serratia & 5 & Ertapenem & 2 & 40.00\\
Serratia & 5 & Meropenem & 1 & 20.00\\
Acinetobacter & 5 & Imipenem & 1 & 20.00\\
\addlinespace
Acinetobacter & 5 & Meropenem & 2 & 40.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 7 & Imipenem & 1 & 14.29\\
Pseudomonas aeruginosa & 7 & Meropenem & 1 & 14.29\\
Staphylococcus haemolyticus & 4 & Meticillina & 3 & 75.00\\
Staphylococcus aureus & 9 & Meticillina & 3 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 2 & 9.52\\
No & 11 & 52.38\\
Non testato & 8 & 38.1\\
Missing & 34 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 13 & 8\\
kpc & 2 & 100 & 11 & 8\\
ndm & 0 & 0 & 13 & 8\\
oxa & 0 & 0 & 13 & 8\\
vim & 0 & 0 & 13 & 8\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-primaria-origine-sconosciuta-in-degenza-n-72}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia primaria (origine sconosciuta) in degenza} (N = 72)}{Pazienti con batteriemia primaria (origine sconosciuta) in degenza (N = 72)}}\label{pazienti-con-batteriemia-primaria-origine-sconosciuta-in-degenza-n-72}}

\hypertarget{infezioni-multisito-3}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 38 & 52.8\\
Sì & 34 & 47.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}{%
\subsection{Incidenza di batteriemia ( origine sconosciuta )}\label{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza BO 

 (Paz. con BO in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza BO 

 (Paz. con BO/paz.degenti per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 1.6 & 1.2 \%\\
CI ( 95\% ) & 1.3 - 2.1 & 0.9 - 1.5\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza di batteriemia di origine sconosciuta,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO}}
{\text{ Giornate di degenza pre-batteriemia}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-batteriemia} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
della batteriemia o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa batteriemia
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza della batteriemia
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO }}
{\text{ ( Numero pazienti ricoverati )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano batteriemia di origine sconosciuta?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-6}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 48 & 66.7\\
Deceduti & 24 & 33.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-6}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOSPBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 45 & 66.2\\
Deceduti & 23 & 33.8\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 69 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 3 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-6}{%
\subsection{Degenza in TI (giorni)}\label{degenza-in-ti-giorni-6}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaTIBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 27.8 (17.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 25.5 (13-36.2)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-6}{%
\subsection{Degenza ospedaliera (giorni) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-6}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 35.4 (16.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 32 (23.8-45)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 69 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 3 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 6 & 8.3 & 2 & 0 & 0\\
Staphylococcus capitis & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & 2.8 & 1 & 0 & 0\\
Staphylococcus hominis & 4 & 5.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 11 & 15.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 1.4 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 2 & 2.8 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 2 & 2.8 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{30} & \textbf{41.7} & \textbf{6} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 12 & 16.7 & 5 & 2 & 40\\
Enterobacter spp & 2 & 2.8 & 2 & 1 & 50\\
Altro enterobacterales & 1 & 1.4 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 3 & 4.2 & 3 & 2 & 66.7\\
Pseudomonas aeruginosa & 7 & 9.7 & 3 & 1 & 33.3\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 12 & 16.7 & 5 & 0 & 0\\
Proteus & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 5 & 6.9 & 4 & 2 & 50\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{44} & \textbf{61.1} & \textbf{23} & \textbf{8} & \textbf{34.8}\\
\addlinespace
Candida albicans & 5 & 6.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 1 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{8} & \textbf{11.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 5 & Meropenem & 2 & 40.00\\
Enterobacter spp & 2 & Ertapenem & 1 & 50.00\\
Serratia & 3 & Ertapenem & 2 & 66.67\\
Serratia & 3 & Meropenem & 1 & 33.33\\
Acinetobacter & 4 & Imipenem & 1 & 25.00\\
\addlinespace
Acinetobacter & 4 & Meropenem & 2 & 50.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 3 & Imipenem & 1 & 33.33\\
Pseudomonas aeruginosa & 3 & Meropenem & 1 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 2 & 15.38\\
No & 8 & 61.54\\
Non testato & 3 & 23.08\\
Missing & 18 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 10 & 3\\
kpc & 2 & 100 & 8 & 3\\
ndm & 0 & 0 & 10 & 3\\
oxa & 0 & 0 & 10 & 3\\
vim & 0 & 0 & 10 & 3\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattOrigScon-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-97}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza} (N = 97)}{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza (N = 97)}}\label{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-97}}

\hypertarget{infezione-multisito-2}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 42 & 43.3\\
Sì & 55 & 56.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{fattori-di-rischio}{%
\subsection{Fattori di rischio}\label{fattori-di-rischio}}

\hypertarget{cvc-catetere-venoso-centrale-n-7271}{%
\subsubsection{CVC ( Catetere Venoso Centrale ) ( N = 7271 )}\label{cvc-catetere-venoso-centrale-n-7271}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CVCInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Cvc & N & \%\\
\midrule
No & 2747 & 37.9\\
Sì & 4494 & 62.1\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{4307} & \textbf{59.2}\\
Missing & 30 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{durata-giorni}{%
\subsubsection{Durata (giorni)}\label{durata-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 7.8 (9.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 4 (2-10)\\
Missing & 3\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{duratadegenza-in-ti-1}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataSuDegInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 92.9 (16.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 100 (96.8-100)\\
Missing & 7\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezione-locale-da-catetere-n-7271}{%
\subsubsection{Infezione locale da catetere ( N = 7271 )}\label{infezione-locale-da-catetere-n-7271}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezLocaleBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione locale da catetere & N & \%\\
\midrule
No & 7240 & 100.0\\
Sì & 1 & 0.0\\
Missing & 30 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}{%
\subsection{Giorni di CVC pre-batteriemia}\label{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniCVCBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 92\\
Media (DS) & 11.3 (10.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 9 (4-16)\\
Missing & 5\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}{%
\subsection{Incidenza di CR-BSI (Catheter-related bloodstream infection)}\label{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/1000 gg. di CVC pre-CR-BSI) * & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/paz. con catetere per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 2.8 & 2.0 \%\\
CI ( 95\% ) & 2.3 - 3.4 & 1.6 - 2.4\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di CR-BSI:

Il primo:

\[ \text{* Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ Giornate con catetere pre-CR-BSI }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate con catetere pre-CR-BSI} è pari alla
somma delle giornate di tutti i pazienti con catetere.
È quindi pari alle giornate con catetere per i pazienti non infetti
e alla differenza tra il giorno di insorgenza della CR-BSI e il primo
giorno di catetere per i pazienti infetti.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ ( Giornate con catetere pre-CR-BSI )/7}} \times 100 \]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura più semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti sottoposti a catetere per 7 giorni in TI, quanti sviluppano CR-BSI?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{rischio-di-contrarre-cr-bsi}{%
\subsection{Rischio di contrarre CR-BSI}\label{rischio-di-contrarre-cr-bsi}}

\vspace{0.5cm}\begin{col}{1\textwidth}


\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/RischioCRBSI-1} \end{center}

\end{col}\vspace{1cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-7}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-7}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 78 & 80.4\\
Deceduti & 19 & 19.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-7}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-7}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 70 & 74.5\\
Deceduti & 24 & 25.5\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 96 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 1 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-7}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-7}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 28.3 (18.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 26 (16-36)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-7}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-7}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 36.2 (22.0)\\
Mediana (Q1-Q3) & 31 (20.2-48)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 96 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 1 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 97 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{97} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{113} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 8 & 8.2 & 7 & 3 & 42.9\\
Staphylococcus capitis & 6 & 6.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 3 & 3.1 & 3 & 3 & 100\\
Staphylococcus hominis & 7 & 7.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 28 & 28.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 3 & 3.1 & 2 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 9 & 9.3 & 4 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 3 & 3.1 & 2 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{67} & \textbf{69.1} & \textbf{18} & \textbf{6} & \textbf{33.3}\\
Klebsiella pneumoniae & 5 & 5.2 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 3 & 3.1 & 2 & 0 & 0\\
Serratia & 2 & 2.1 & 2 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 6 & 6.2 & 4 & 0 & 0\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Escherichia coli & 5 & 5.2 & 1 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 4 & 4.1 & 1 & 0 & 0\\
Citrobacter & 3 & 3.1 & 2 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{32} & \textbf{33.0} & \textbf{14} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Candida albicans & 4 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 5 & 5.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 2 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{12} & \textbf{12.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Staphylococcus haemolyticus & 3 & Meticillina & 3 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 7 & Meticillina & 3 & 42.86\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 3 & 37.5\\
Non testato & 5 & 62.5\\
Missing & 16 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 3 & 5\\
kpc & 0 & 0 & 3 & 5\\
ndm & 0 & 0 & 3 & 5\\
oxa & 0 & 0 & 3 & 5\\
vim & 0 & 0 & 3 & 5\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattCat-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-111}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza} (N = 111)}{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza (N = 111)}}\label{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-111}}

\hypertarget{infezioni-associate-top-10}{%
\subsection{Infezioni associate ( top 10 )}\label{infezioni-associate-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezAssociateBS1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 44 & 39.6\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 18 & 16.2\\
IVU catetere correlata & 16 & 14.4\\
Peritonite secondaria NON chir. & 8 & 7.2\\
Peritonite post-chirurgica & 6 & 5.4\\
\addlinespace
Infezione cute/tessuti molli post-chir. & 4 & 3.6\\
IVU NON catetere correlata & 4 & 3.6\\
Altra infezione fungina & 4 & 3.6\\
Infezione delle alte vie respiratorie & 3 & 2.7\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 3 & 2.7\\
\addlinespace
Missing & 1 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-8}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-8}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 75 & 68.2\\
Deceduti & 35 & 31.8\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-8}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-8}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 66 & 62.9\\
Deceduti & 39 & 37.1\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 107 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 4 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-8}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-8}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 27.6 (19.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 26 (11-38)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-8}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-8}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 35.3 (21.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 31 (19-46)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 107 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 4 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 5 & 4.2\\
Sì & 115 & 95.8\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{120} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{147} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 9 & 7.8 & 6 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.9 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus epidermidis & 2 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 1 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 2 & 1.7 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 6 & 5.2 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 5 & 4.3 & 3 & 1 & 33.3\\
Enterococco altra specie & 2 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium difficile & 1 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 1 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{30} & \textbf{25.9} & \textbf{12} & \textbf{2} & \textbf{16.7}\\
Klebsiella pneumoniae & 24 & 20.7 & 17 & 4 & 23.5\\
Klebsiella altra specie & 8 & 6.9 & 4 & 1 & 25\\
Enterobacter spp & 3 & 2.6 & 3 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 2 & 1.7 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 7 & 6.0 & 6 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 19 & 16.4 & 10 & 2 & 20\\
Escherichia coli & 16 & 13.8 & 7 & 0 & 0\\
Proteus & 5 & 4.3 & 3 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 8 & 6.9 & 5 & 4 & 80\\
\addlinespace
Emofilo & 3 & 2.6 & 0 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 0.9 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{96} & \textbf{82.8} & \textbf{57} & \textbf{11} & \textbf{19.3}\\
Candida albicans & 7 & 6.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 2 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 4 & 3.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 2 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 0.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{17} & \textbf{14.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Altro Virus & 2 & 1.7 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{2} & \textbf{1.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 17 & Ertapenem & 3 & 17.65\\
Klebsiella pneumoniae & 17 & Meropenem & 3 & 17.65\\
Klebsiella altra specie & 4 & Ertapenem & 1 & 25.00\\
Klebsiella altra specie & 4 & Meropenem & 1 & 25.00\\
Acinetobacter & 5 & Imipenem & 2 & 40.00\\
\addlinespace
Acinetobacter & 5 & Meropenem & 4 & 80.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 10 & Imipenem & 2 & 20.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100.00\\
Enterococco faecium & 3 & Vancomicina & 1 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 6 & 18.75\\
No & 12 & 37.5\\
Non testato & 14 & 43.75\\
Missing & 34 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0.0 & 18 & 14\\
kpc & 3 & 50.0 & 15 & 14\\
ndm & 2 & 33.3 & 16 & 14\\
oxa & 0 & 0.0 & 18 & 14\\
vim & 1 & 16.7 & 17 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattSec-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-21}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza} (N = 21)}{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza (N = 21)}}\label{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-21}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus capitis & 1 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus hominis & 1 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 7 & 33.3 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 1 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 2 & 9.5 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{14} & \textbf{66.7} & \textbf{1} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Klebsiella pneumoniae & 3 & 14.3 & 1 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 1 & 4.8 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 1 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 3 & 14.3 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{8} & \textbf{38.1} & \textbf{3} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Candida albicans & 1 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 1 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 1 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{3} & \textbf{14.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza AH3N2, Influenza altro A ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 13 & 12 & 5 & 7 & 58.33 & 1\\
Enterococco & 184 & 119 & 94 & 25 & 21.01 & 65\\
Escpm & 99 & 75 & 72 & 3 & 4.00 & 24\\
Klebsiella & 279 & 208 & 174 & 34 & 16.35 & 71\\
Pseudomonas & 153 & 103 & 76 & 27 & 26.21 & 50\\
\addlinespace
Streptococco & 40 & 26 & 23 & 3 & 11.54 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Non sono stati individuati microrganismi resistenti ad alcun antibiotico.
Per maggiori informazioni sulle resistenze testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 0 & 0\\
Non testato & 0 & 0\\
Missing & 8 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{appendice}{%
\section*{Appendice}\label{appendice}}
\addcontentsline{toc}{section}{Appendice}

\hypertarget{definizione-di-mdr}{%
\subsection*{Definizione di MDR}\label{definizione-di-mdr}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Definizione di MDR}

Per microrganismo MDR intendiamo un microrganismo che presenti almeno una delle resistenze ai relativi antibiotici elencati in tabella:

\begin{longtable}{ll}
\toprule
Microrganismo & Antibiotico\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Klebsiella altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Citrobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Enterobacter spp & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Altro enterobacterales & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Escherichia coli & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Morganella & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Proteus & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Serratia & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Acinetobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Pseudomonas altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Staphylococcus haemolyticus & Meticillina\\
Staphylococcus aureus & Meticillina\\
Streptococcus pneumoniae & Penicillina\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & Penicillina\\
Enterococco faecalis & Vancomicina\\
Enterococco faecium & Vancomicina\\
Enterococco altra specie & Vancomicina\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{raggruppamento-microrganismi}{%
\subsection*{Raggruppamento Microrganismi}\label{raggruppamento-microrganismi}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Raggruppamento Microrganismi}

Il seguente raggruppamento è stato pensato per fornire una visualizzazione delle categorie principali di microrganismi, che sono state così definite:

\begin{itemize}
\tightlist
\item
  \textbf{Cons}: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus capitis, Staphylococcus lugdunensis
\item
  \textbf{Streptococco}: Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Streptococcus altra specie
\item
  \textbf{Enterococco}: Enterococco faecalis, Enterococco faecium, Enterococco altra specie
\item
  \textbf{Klebsiella}: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella altra specie
\item
  \textbf{Escpm}: Proteus, Serratia, Providencia, Morganella
\item
  \textbf{Pseudomonas}: Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas altra specie
\item
  \textbf{Atipici}: Clamidia, Emofilo, Legionella
\item
  \textbf{Candida}: Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Candida altra specie
\end{itemize}

\end{document}
