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\title{Progetto Sorveglianza Infezioni}
\author{}
\date{\vspace{-2.5em}}

\begin{document}
\maketitle

{
\setcounter{tocdepth}{2}
\tableofcontents
}
\hypertarget{petalo-infectionlight}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{Petalo Infectionlight}}{Petalo Infectionlight}}\label{petalo-infectionlight}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{Petalo Infectionlight}}

Anno 2023

Periodo analizzato 2023-01-01 - 2023-12-31

Popolazione complessiva: 9 TI

TI Veneto

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}{Flow-chart sulla tipologia dei pazienti}}\label{flow-chart-sulla-tipologia-dei-pazienti}}

\begin{figure}[h!]
  \includegraphics{/home/local/MNEGRI/dmagatti/farewellDirac/svn/Results/INFECTIONLIGHT/2023/Veneto/latex/flowchart.png}
\end{figure}

Per N = 25 pazienti non è presente l'informazione completa relativa allo stato di infezione.\vspace{1.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/piePazienti-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Pazienti NON infetti & 2414 & 65.8\\
Pazienti infetti solo in degenza & 148 & 4.0\\
Pazienti infetti solo all'ammissione & 1007 & 27.5\\
Pazienti infetti all'ammissione e in degenza & 97 & 2.6\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale viene calcolata sul totale dei pazienti ammessi con informazione completa rispetto lo stato di infezione (N = 3666).

\newpage

\hypertarget{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{durata-degenza-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/degTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}c>{}c>{}c}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza in TI ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{2414} & \cellcolor{white}{65.4} & \cellcolor{white}{1} & \cellcolor{white}{( 1 - 3 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{1007} & \cellcolor{white}{27.3} & \cellcolor{white}{4} & \cellcolor{white}{( 1 - 8 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{97} & \cellcolor{white}{2.6} & \cellcolor{white}{19} & \cellcolor{white}{( 11 - 29 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{148} & \cellcolor{white}{4.0} & \cellcolor{white}{13} & \cellcolor{white}{( 7 - 23 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1104} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{29.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{4} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 2 - 9 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{245} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{6.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{15} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 7 - 25 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Durata degenza ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{durata-degenza-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/degOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccl}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Degenza ospedaliera ( giorni )} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & \% & Mediana & ( Q1 - Q3 )\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{2414} & \cellcolor{white}{65.4} & \cellcolor{white}{11} & \cellcolor{white}{( 5 - 21 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{1007} & \cellcolor{white}{27.3} & \cellcolor{white}{16} & \cellcolor{white}{( 8 - 30 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{97} & \cellcolor{white}{2.6} & \cellcolor{white}{36} & \cellcolor{white}{( 20 - 52 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{148} & \cellcolor{white}{4.0} & \cellcolor{white}{22} & \cellcolor{white}{( 12 - 41 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1104} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{29.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{17} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 9 - 32 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{245} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{6.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{27} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 15 - 48 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 119)

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità in TI nei sottogruppi di pazienti}\label{mortalituxe0-in-ti-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaTI-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalità in TI} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalità & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{2414} & \cellcolor{white}{258} & \cellcolor{white}{10.7} & \cellcolor{white}{( 9.5 - 12 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{1007} & \cellcolor{white}{199} & \cellcolor{white}{19.8} & \cellcolor{white}{( 17.4 - 22.4 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{97} & \cellcolor{white}{24} & \cellcolor{white}{24.7} & \cellcolor{white}{( 16.5 - 34.5 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{148} & \cellcolor{white}{34} & \cellcolor{white}{23.0} & \cellcolor{white}{( 16.5 - 30.6 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1104} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{223} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{20.2} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 17.9 - 22.7 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{245} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{58} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{23.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 18.5 - 29.5 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera nei sottogruppi di pazienti *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-nei-sottogruppi-di-pazienti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{}l>{}c>{}ccc}
\toprule
\multicolumn{5}{c}{Mortalità ospedaliera} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-5}
Pazienti & N & N morti & Mortalità & Intervallo di confidenza\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti NON infetti} & \cellcolor{white}{2414} & \cellcolor{white}{375} & \cellcolor{white}{16.0} & \cellcolor{white}{( 14.6 - 17.6 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{1007} & \cellcolor{white}{268} & \cellcolor{white}{28.0} & \cellcolor{white}{( 25.2 - 31 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{97} & \cellcolor{white}{39} & \cellcolor{white}{42.4} & \cellcolor{white}{( 32.1 - 53.1 )}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{148} & \cellcolor{white}{41} & \cellcolor{white}{28.9} & \cellcolor{white}{( 21.6 - 37.1 )}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1104} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{307} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{29.3} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 26.6 - 32.2 )}\\
\addlinespace
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{245} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{80} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{34.2} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{( 28.1 - 40.7 )}\\
\bottomrule
\end{longtable}

* escluse le riammissioni (N = 119)

\newpage

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione}\label{gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3.5cm}ccccccc}
\toprule
Pazienti & N & No sepsi & Sepsi & Shock settico & \% no sepsi & \% sepsi & \% shock settico\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{1007} & \cellcolor{white}{228} & \cellcolor{white}{435} & \cellcolor{white}{343} & \cellcolor{white}{22.7} & \cellcolor{white}{43.2} & \cellcolor{white}{34.1}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{97} & \cellcolor{white}{18} & \cellcolor{white}{35} & \cellcolor{white}{44} & \cellcolor{white}{18.6} & \cellcolor{white}{36.1} & \cellcolor{white}{45.4}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{148} & \cellcolor{white}{69} & \cellcolor{white}{57} & \cellcolor{white}{21} & \cellcolor{white}{46.9} & \cellcolor{white}{38.8} & \cellcolor{white}{14.3}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{1104} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{246} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{470} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{387} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{22.3} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{42.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{35.1}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{245} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{87} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{92} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{65} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{35.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{37.7} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{26.6}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/graficoMortalitaGravita-1} \end{center}

\newpage

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti senza sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{228} & \cellcolor{white}{21} & \cellcolor{white}{9.2} & \cellcolor{white}{212} & \cellcolor{white}{38} & \cellcolor{white}{17.9}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{18} & \cellcolor{white}{1} & \cellcolor{white}{5.6} & \cellcolor{white}{18} & \cellcolor{white}{8} & \cellcolor{white}{44.4}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{69} & \cellcolor{white}{10} & \cellcolor{white}{14.5} & \cellcolor{white}{68} & \cellcolor{white}{15} & \cellcolor{white}{22.1}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{246} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{22} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{8.9} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{230} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{46} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{20.0}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{87} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{11} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{12.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{86} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{23} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{26.7}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti con sepsi} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{435} & \cellcolor{white}{40} & \cellcolor{white}{9.2} & \cellcolor{white}{408} & \cellcolor{white}{73} & \cellcolor{white}{17.9}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{35} & \cellcolor{white}{5} & \cellcolor{white}{14.3} & \cellcolor{white}{34} & \cellcolor{white}{9} & \cellcolor{white}{26.5}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{57} & \cellcolor{white}{12} & \cellcolor{white}{21.1} & \cellcolor{white}{55} & \cellcolor{white}{14} & \cellcolor{white}{25.5}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{470} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{45} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{9.6} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{442} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{82} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{18.6}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{92} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{17} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{18.5} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{89} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{23} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{25.8}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.5cm}}
\toprule
\multicolumn{7}{c}{Mortalità - Pazienti con shock settico} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-7}
Pazienti & N paz. & N morti TI & TI (\%) & N paz. (escluso riamm.) & N morti ospedalieri & Ospedaliera (\%)\\
\midrule
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO all'ammissione} & \cellcolor{white}{343} & \cellcolor{white}{137} & \cellcolor{white}{40.1} & \cellcolor{white}{335} & \cellcolor{white}{156} & \cellcolor{white}{46.6}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti sia in degenza che all'ammissione} & \cellcolor{white}{44} & \cellcolor{white}{18} & \cellcolor{white}{40.9} & \cellcolor{white}{40} & \cellcolor{white}{22} & \cellcolor{white}{55.0}\\
\cellcolor{white}{Pazienti infetti SOLO in degenza} & \cellcolor{white}{21} & \cellcolor{white}{12} & \cellcolor{white}{57.1} & \cellcolor{white}{18} & \cellcolor{white}{12} & \cellcolor{white}{66.7}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti all'ammissione} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{387} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{155} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{40.2} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{375} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{178} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{47.5}\\
\cellcolor[HTML]{F8F8F8}{Pazienti infetti in degenza} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{65} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{30} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{46.2} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{58} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{34} & \cellcolor[HTML]{F8F8F8}{58.6}\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}{%
\subsubsection{Mortalità - Pazienti infetti all'ammissione con shock settico - COVID VS NON COVID}\label{mortalituxe0---pazienti-infetti-allammissione-con-shock-settico---covid-vs-non-covid}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/mortalitaShockSetticoCovid-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcccccc}
\toprule
\multicolumn{1}{c}{ } & \multicolumn{6}{c}{Mortalità} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){2-7}
Pazienti & N pazienti & N morti TI & TI & N pazienti (escluso riamm.) & N morti H & H\\
\midrule
Covid & 17 & 9 & 52.9 & 17 & 9 & 52.9\\
Non covid & 370 & 146 & 39.6 & 361 & 169 & 47.2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage
      \vspace{-1.5cm}

\hypertarget{tutti-i-pazienti-n-3691}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Tutti i pazienti} ( N = 3691 )}{Tutti i pazienti ( N = 3691 )}}\label{tutti-i-pazienti-n-3691}}

\hypertarget{sesso}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/sesso-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 2242 & 60.7\\
Femmina & 1449 & 39.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/eta1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 48 & 1.3\\
17-45 & 348 & 9.4\\
46-65 & 998 & 27.0\\
66-75 & 941 & 25.5\\
>75 & 1356 & 36.7\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTI-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 4.1\\
DS & 11.8\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-3\\
Missing & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Provenienza-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 588 & 16.0\\
Reparto chirurgico & 1395 & 38.0\\
Pronto soccorso & 1254 & 34.2\\
Altra TI & 354 & 9.6\\
Terapia subintensiva & 79 & 2.2\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 21 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Trauma-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 3167 & 86.1\\
Sì & 510 & 13.9\\
Missing & 14 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgico-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 1944 & 52.9\\
Chirurgico d'elezione & 732 & 19.9\\
Chirurgico d'urgenza & 1001 & 27.2\\
Missing & 14 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissione-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 1565 & 42.6\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 2094 & 57.0\\
Sedazione Palliativa & 9 & 0.2\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 4 & 0.1\\
\addlinespace
Missing & 19 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuro-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 2606 & 87.2\\
Coma cerebrale & 191 & 6.4\\
Coma metabolico & 81 & 2.7\\
Coma postanossico & 92 & 3.1\\
Coma tossico & 17 & 0.6\\
\addlinespace
Missing & 704 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Gcs-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 13.1\\
DS & 3.4\\
Mediana & 15\\
Q1-Q3 & 13-15\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsorta-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 3635 & 99.2\\
Coma cerebrale & 17 & 0.5\\
Coma metabolico & 8 & 0.2\\
Coma postanossico & 7 & 0.2\\
Missing & 25 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTI-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 3151 & 85.8\\
Deceduti & 521 & 14.2\\
Missing & 19 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedaliera-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalità ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 2805 & 79.4\\
Deceduti & 729 & 20.6\\
Missing & 36 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 3570 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 121 ).

\newpage

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorni-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 4.9 (7.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 2 (1-6)\\
Missing & 19\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 19.7 (21.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 13 (6-26)\\
Missing & 36\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 3570 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 121 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-n-1252}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti} ( N = 1252 )}{Pazienti infetti ( N = 1252 )}}\label{pazienti-infetti-n-1252}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Gravita-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 315 & 25.2\\
Sepsi & 527 & 42.2\\
Shock settico & 408 & 32.6\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaInfez-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione non complessa & 10.2 & 20.5\\
Sepsi & 10.8 & 19.3\\
Shock settico & 41.0 & 48.3\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-non-infetti-n-2414}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti non infetti} ( N = 2414 )}{Pazienti non infetti ( N = 2414 )}}\label{pazienti-non-infetti-n-2414}}

\hypertarget{sesso-1}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/SessoNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 1461 & 60.5\\
Femmina & 953 & 39.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0-1}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/etaNonNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 28 & 1.2\\
17-45 & 254 & 10.5\\
46-65 & 634 & 26.3\\
66-75 & 594 & 24.6\\
>75 & 904 & 37.4\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTINonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 3.6\\
DS & 12.1\\
Mediana & 0\\
Q1-Q3 & 0-2\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto-1}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaNonInfetti1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}


\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 260 & 10.8\\
Reparto chirurgico & 1064 & 44.2\\
Pronto soccorso & 829 & 34.4\\
Altra TI & 222 & 9.2\\
Terapia subintensiva & 33 & 1.4\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 6 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-1}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 1972 & 81.7\\
Sì & 442 & 18.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-1}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 1115 & 46.2\\
Chirurgico d'elezione & 664 & 27.5\\
Chirurgico d'urgenza & 635 & 26.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-1}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-1}}

\begin{minipage}{0.45\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.55\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 1284 & 53.2\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 1118 & 46.4\\
Sedazione Palliativa & 7 & 0.3\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 3 & 0.1\\
\addlinespace
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 1689 & 87.6\\
Coma cerebrale & 127 & 6.6\\
Coma metabolico & 34 & 1.8\\
Coma postanossico & 65 & 3.4\\
Coma tossico & 13 & 0.7\\
\addlinespace
Missing & 486 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GcsNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 11.3\\
DS & 3.4\\
Mediana & 13\\
Q1-Q3 & 12-13\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-1}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 2402 & 99.5\\
Coma cerebrale & 5 & 0.2\\
Coma metabolico & 3 & 0.1\\
Coma postanossico & 5 & 0.2\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-1}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTINonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 2156 & 89.3\\
Deceduti & 258 & 10.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-1}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 1963 & 84.0\\
Deceduti & 375 & 16.0\\
Missing & 10 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 2348 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 66 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-1}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 3.1 (4.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-3)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-1}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-1}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraNonInfetti-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 17.2 (19.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 11 (5-21)\\
Missing & 10\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 2348 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 66 ).

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-infezione-allammissione}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}\label{pazienti-con-infezione-allammissione}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI CON INFEZIONE ALL'AMMISSIONE}}

Sono presenti 1104 pazienti che contraggono un'infezione all'ammissione,
i quali rappresentano il 29.91\% della popolazione
totale ammessa in TI.

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione & 1104 & 29.91\\
Non infetti all'ammissione & 2587 & 70.09\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 3691).

I pazienti infetti all'ammissione possono presentare peritonite o polmonite:

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfAmmPerPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti all'ammissione 
 (no peritonite, no polmonite) & 763 & 69.11\\
Peritonite all'ammissione & 171 & 15.49\\
Polmonite all'ammissione & 324 & 29.35\\
\bottomrule
\end{longtable}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti infetti all'ammissione (N = 1104).

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-allammissione-n-1104}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti all'ammissione} (N = 1104)}{Pazienti infetti all'ammissione (N = 1104)}}\label{pazienti-infetti-allammissione-n-1104}}

\hypertarget{provenienza-reparto-2}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaInfAmm1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 306 & 27.8\\
Reparto chirurgico & 307 & 27.9\\
Pronto soccorso & 366 & 33.2\\
Altra TI & 82 & 7.4\\
Terapia subintensiva & 40 & 3.6\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-2}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 1068 & 96.7\\
Sì & 36 & 3.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-2}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 729 & 66.0\\
Chirurgico d'elezione & 54 & 4.9\\
Chirurgico d'urgenza & 321 & 29.1\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-2}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-2}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 254 & 23.0\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 849 & 76.9\\
Sedazione Palliativa & 1 & 0.1\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 0 & 0.0\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezioni-allammissione-top-10}{%
\subsection{Infezioni all'ammissione ( top 10 )}\label{infezioni-allammissione-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfAdmTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 324 & 29.3\\
Peritonite secondaria NON chir. & 101 & 9.1\\
Positivit al COVID & 89 & 8.1\\
IVU NON catetere correlata & 77 & 7.0\\
Colecistite/colangite & 72 & 6.5\\
\addlinespace
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 67 & 6.1\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 54 & 4.9\\
Sepsi clinica & 50 & 4.5\\
Batteriemia primaria sconosciuta & 49 & 4.4\\
Polmonite interstiziale da COVID & 43 & 3.9\\
\addlinespace
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 969 & 87.8\\
Sì & 135 & 12.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità massima raggiunta in degenza dell'infezione all'ammissione}\label{gravituxe0-massima-raggiunta-in-degenza-dellinfezione-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaInfAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione all'ammissione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 246 & 22.3\\
Sepsi & 470 & 42.6\\
Shock settico & 387 & 35.1\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 361 & 33.4\\
Sì & 719 & 66.6\\
Missing & 2 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{1082} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{916} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 81 & 11.3 & 77 & 22 & 28.6\\
Staphylococcus capitis & 8 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 4 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 7 & 1.0 & 7 & 6 & 85.7\\
Staphylococcus hominis & 11 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus lugdunensis & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 17 & 2.4 & 0 & 0 & 0\\
Pyogens & 14 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 4 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 44 & 6.1 & 32 & 1 & 3.1\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 25 & 3.5 & 23 & 1 & 4.3\\
Enterococco faecalis & 38 & 5.3 & 33 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 26 & 3.6 & 22 & 5 & 22.7\\
Enterococco altra specie & 5 & 0.7 & 4 & 1 & 25\\
Clostridium difficile & 6 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clostridium altra specie & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{292} & \textbf{40.6} & \textbf{198} & \textbf{36} & \textbf{18.2}\\
Klebsiella pneumoniae & 59 & 8.2 & 47 & 8 & 17\\
Klebsiella altra specie & 27 & 3.8 & 25 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 32 & 4.5 & 28 & 2 & 7.1\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 13 & 1.8 & 9 & 0 & 0\\
Serratia & 14 & 1.9 & 11 & 1 & 9.1\\
Pseudomonas aeruginosa & 53 & 7.4 & 43 & 11 & 25.6\\
Pseudomonas altra specie & 2 & 0.3 & 2 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 156 & 21.7 & 129 & 1 & 0.8\\
\addlinespace
Proteus & 20 & 2.8 & 19 & 3 & 15.8\\
Acinetobacter & 4 & 0.6 & 3 & 1 & 33.3\\
Emofilo & 28 & 3.9 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 7 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 8 & 1.1 & 7 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 9 & 1.3 & 7 & 0 & 0\\
Providencia & 6 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Clamidia & 1 & 0.1 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 14 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{453} & \textbf{63.0} & \textbf{330} & \textbf{27} & \textbf{8.2}\\
\addlinespace
Candida albicans & 38 & 5.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 12 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida altra specie & 7 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 10 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 4 & 0.6 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 10 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{90} & \textbf{12.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Influenza A & 2 & 0.3 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 1 & 0.1 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 1 & 0.1 &  &  & \\
Citomegalovirus & 2 & 0.3 &  &  & \\
Herpes simplex & 3 & 0.4 &  &  & \\
\addlinespace
Altro Virus & 19 & 2.6 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{28} & \textbf{3.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 7 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 3 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{13} & \textbf{1.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmm1-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 47 & Ertapenem & 6 & 12.77\\
Klebsiella pneumoniae & 47 & Meropenem & 7 & 14.89\\
Enterobacter spp & 27 & Ertapenem & 2 & 7.41\\
Escherichia coli & 128 & Meropenem & 1 & 0.78\\
Proteus & 19 & Ertapenem & 2 & 10.53\\
\addlinespace
Proteus & 19 & Meropenem & 1 & 5.26\\
Serratia & 11 & Ertapenem & 1 & 9.09\\
Acinetobacter & 3 & Imipenem & 1 & 33.33\\
Acinetobacter & 3 & Meropenem & 1 & 33.33\\
Pseudomonas aeruginosa & 43 & Imipenem & 10 & 23.26\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 43 & Meropenem & 7 & 16.28\\
Staphylococcus haemolyticus & 7 & Meticillina & 6 & 85.71\\
Staphylococcus aureus & 77 & Meticillina & 22 & 28.57\\
Streptococcus pneumoniae & 32 & Penicillina & 1 & 3.12\\
Streptococcus altra specie & 23 & Penicillina & 1 & 4.35\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 22 & Vancomicina & 5 & 22.73\\
Enterococco altra specie & 4 & Vancomicina & 1 & 25.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 2 & 1.04\\
No & 69 & 35.94\\
Non testato & 121 & 63.02\\
Missing & 152 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 70 & 122\\
kpc & 2 & 100 & 69 & 121\\
ndm & 0 & 0 & 70 & 122\\
oxa & 0 & 0 & 70 & 122\\
vim & 0 & 0 & 70 & 122\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmm-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-171}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con peritonite all'ammissione} (N = 171)}{Pazienti con peritonite all'ammissione (N = 171)}}\label{pazienti-con-peritonite-allammissione-n-171}}

\hypertarget{tipologia-di-peritonite}{%
\subsection{Tipologia di peritonite}\label{tipologia-di-peritonite}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipologiaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Peritonite primaria & 27 & 15.8\\
Peritonite secondaria NON chir. & 101 & 59.1\\
Peritonite terziaria & 2 & 1.2\\
Peritonite post-chirurgica & 41 & 24.0\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipo-di-infezione}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipoInfPeritoniteAmm1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 130 & 76.5\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 39 & 22.9\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 1 & 0.6\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-batteriemica}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPeritoniteAmm2-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 150 & 88.2\\
Sì & 20 & 11.8\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-multisito}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Multisito & N & \%\\
\midrule
No & 151 & 88.3\\
Sì & 20 & 11.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 22 & 14.6\\
Sepsi & 54 & 35.8\\
Shock settico & 75 & 49.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 151 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 20 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-2}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 138 & 80.7\\
Deceduti & 33 & 19.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-2}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 112 & 70.4\\
Deceduti & 47 & 29.6\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 161 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 10 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 6.4 (10.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 3 (1-7)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-2}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPeritoniteAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 27.2 (25.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 19 (10-37.5)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 161 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 10 ).

\newpage

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 103 & 60.6\\
Sì & 67 & 39.4\\
Missing & 1 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{171} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{106} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 1.5 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus hominis & 3 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 4 & 6.0 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 7 & 10.4 & 5 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 9 & 13.4 & 8 & 2 & 25\\
\addlinespace
Enterococco altra specie & 3 & 4.5 & 3 & 1 & 33.3\\
Clostridium difficile & 1 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Clostridium altra specie & 1 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{29} & \textbf{43.3} & \textbf{20} & \textbf{4} & \textbf{20}\\
Klebsiella pneumoniae & 10 & 14.9 & 8 & 0 & 0\\
\addlinespace
Klebsiella altra specie & 6 & 9.0 & 6 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 7 & 10.4 & 6 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 3 & 4.5 & 3 & 0 & 0\\
Serratia & 1 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 5 & 7.5 & 5 & 1 & 20\\
\addlinespace
Pseudomonas altra specie & 1 & 1.5 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 28 & 41.8 & 24 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 3.0 & 2 & 1 & 50\\
Emofilo & 1 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 1 & 1.5 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 2 & 3.0 & 2 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 1 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{68} & \textbf{101.5} & \textbf{58} & \textbf{2} & \textbf{3.4}\\
Candida albicans & 6 & 9.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 2 & 3.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida tropicalis & 1 & 1.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{9} & \textbf{13.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPeritAMM-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPeritAMM-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Proteus & 2 & Meropenem & 1 & 50.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 5 & Imipenem & 1 & 20.00\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100.00\\
Enterococco faecium & 8 & Vancomicina & 2 & 25.00\\
Enterococco altra specie & 3 & Vancomicina & 1 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con peritonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-peritonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 6 & 24\\
Non testato & 19 & 76\\
Missing & 23 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 6 & 19\\
kpc & 0 & 0 & 6 & 19\\
ndm & 0 & 0 & 6 & 19\\
oxa & 0 & 0 & 6 & 19\\
vim & 0 & 0 & 6 & 19\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPeritAMM-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-324}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite all'ammissione} (N = 324)}{Pazienti con polmonite all'ammissione (N = 324)}}\label{pazienti-con-polmonite-allammissione-n-324}}

\hypertarget{trauma-3}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 320 & 98.8\\
Sì & 4 & 1.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-3}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 297 & 91.7\\
Chirurgico d'elezione & 8 & 2.5\\
Chirurgico d'urgenza & 19 & 5.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipo-di-infezione-1}{%
\subsection{Tipo di infezione}\label{tipo-di-infezione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TipoInfPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipo di infezione & N & \%\\
\midrule
Extraospedaliera & 257 & 79.3\\
Ospedaliera (non in TI) o lungodegenza & 47 & 14.5\\
Acquisita in altra Terapia Intensiva & 20 & 6.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezione-batteriemica-1}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmAmm1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 269 & 83.0\\
Sì & 55 & 17.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezioni-multisito-1}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 230 & 71.0\\
Sì & 94 & 29.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}{%
\subsection{Gravità dell'infezione all'ammissione *}\label{gravituxe0-dellinfezione-allammissione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 41 & 17.8\\
Sepsi & 126 & 54.8\\
Shock settico & 63 & 27.4\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su
230 pazienti,
escludendo i pazienti con infezioni multiple ( N = 94 ).

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-3}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 241 & 74.6\\
Deceduti & 82 & 25.4\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-3}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 191 & 62.6\\
Deceduti & 114 & 37.4\\
Missing & 2 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 307 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 17 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-3}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 10.0 (12.2)\\
Mediana (Q1-Q3) & 6 (3-13)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-3}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedalieraPolmAmm-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 24.2 (22.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 18 (9-31)\\
Missing & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 307 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 17 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmoniti}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmoniti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 115 & 35.5\\
Sì & 209 & 64.5\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{324} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{268} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 27 & 12.9 & 25 & 8 & 32\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & 1.0 & 2 & 2 & 100\\
Staphylococcus hominis & 2 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 2 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pyogens & 4 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 29 & 13.9 & 20 & 1 & 5\\
Streptococcus altra specie & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 2 & 1.0 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{71} & \textbf{34.0} & \textbf{50} & \textbf{11} & \textbf{22}\\
Klebsiella pneumoniae & 19 & 9.1 & 13 & 3 & 23.1\\
Klebsiella altra specie & 4 & 1.9 & 4 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 6 & 2.9 & 5 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 3 & 1.4 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 4 & 1.9 & 3 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 20 & 9.6 & 16 & 1 & 6.2\\
Escherichia coli & 13 & 6.2 & 9 & 1 & 11.1\\
Proteus & 3 & 1.4 & 3 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Emofilo & 17 & 8.1 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 7 & 3.3 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 2 & 1.0 & 2 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 1.0 & 1 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clamidia & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 2 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{105} & \textbf{50.2} & \textbf{59} & \textbf{5} & \textbf{8.5}\\
Candida albicans & 9 & 4.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 4 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida krusei & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 5 & 2.4 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 9 & 4.3 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 4 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{33} & \textbf{15.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Influenza A & 2 & 1.0 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 1 & 0.5 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 1 & 0.5 &  &  & \\
Altro Virus & 10 & 4.8 &  &  & \\
\addlinespace
\textbf{Totale Virus} & \textbf{14} & \textbf{6.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Mycoplasma & 2 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 4 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{7} & \textbf{3.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmAmm-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmAmm-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 13 & Ertapenem & 3 & 23.08\\
Klebsiella pneumoniae & 13 & Meropenem & 3 & 23.08\\
Escherichia coli & 9 & Meropenem & 1 & 11.11\\
Pseudomonas aeruginosa & 16 & Imipenem & 1 & 6.25\\
Pseudomonas aeruginosa & 16 & Meropenem & 1 & 6.25\\
\addlinespace
Staphylococcus haemolyticus & 2 & Meticillina & 2 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 25 & Meticillina & 8 & 32.00\\
Streptococcus pneumoniae & 20 & Penicillina & 1 & 5.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite all'ammissione}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-allammissione}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 14 & 50\\
Non testato & 14 & 50\\
Missing & 29 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 14 & 14\\
kpc & 0 & 0 & 14 & 14\\
ndm & 0 & 0 & 14 & 14\\
oxa & 0 & 0 & 14 & 14\\
vim & 0 & 0 & 14 & 14\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmAmm-1} \end{center}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsection{Microrganismi isolati nelle infezioni da polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{microrganismi-isolati-nelle-infezioni-da-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 93 & 33.6\\
Sì & 184 & 66.4\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{277} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{239} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 25 & 13.6 & 23 & 8 & 34.8\\
Staphylococcus capitis & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & 1.1 & 2 & 2 & 100\\
Staphylococcus hominis & 2 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pyogens & 4 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus agalactiae & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 28 & 15.2 & 19 & 1 & 5.3\\
Streptococcus altra specie & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{66} & \textbf{35.9} & \textbf{46} & \textbf{11} & \textbf{23.9}\\
Klebsiella pneumoniae & 13 & 7.1 & 10 & 1 & 10\\
Klebsiella altra specie & 3 & 1.6 & 3 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 5 & 2.7 & 4 & 0 & 0\\
Altro enterobacterales & 3 & 1.6 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 4 & 2.2 & 3 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 15 & 8.2 & 12 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 10 & 5.4 & 6 & 1 & 16.7\\
Proteus & 3 & 1.6 & 3 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 1 & 0.5 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Emofilo & 16 & 8.7 & 0 & 0 & 0\\
Legionella & 7 & 3.8 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 2 & 1.1 & 2 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 1.1 & 1 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Clamidia & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{87} & \textbf{47.3} & \textbf{47} & \textbf{2} & \textbf{4.3}\\
Candida albicans & 8 & 4.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 3 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida krusei & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
Candida altra specie & 3 & 1.6 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 8 & 4.3 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 4 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{27} & \textbf{14.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Influenza A & 2 & 1.1 &  &  & \\
Influenza AH3N2 & 1 & 0.5 &  &  & \\
Influenza tipo non specificato & 1 & 0.5 &  &  & \\
Altro Virus & 10 & 5.4 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{14} & \textbf{7.6} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
Mycoplasma & 2 & 1.1 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium tuberculosis & 4 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Mycobacterium altra specie & 1 & 0.5 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{7} & \textbf{3.8} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolmOsp-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppPolmOsp-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 10 & Ertapenem & 1 & 10.00\\
Klebsiella pneumoniae & 10 & Meropenem & 1 & 10.00\\
Escherichia coli & 6 & Meropenem & 1 & 16.67\\
Staphylococcus haemolyticus & 2 & Meticillina & 2 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 23 & Meticillina & 8 & 34.78\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 19 & Penicillina & 1 & 5.26\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con polmonite ospedaliera o da altra TI}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-ospedaliera-o-da-altra-ti}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 0 & 0\\
Non testato & 1 & 100\\
Missing & 3 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 0 & 1\\
kpc & 0 & 0 & 0 & 1\\
ndm & 0 & 0 & 0 & 1\\
oxa & 0 & 0 & 0 & 1\\
vim & 0 & 0 & 0 & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaPolmOsp-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza}{%
\section*{\texorpdfstring{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}\label{pazienti-infetti-in-degenza}}
\addcontentsline{toc}{section}{\textbf{PAZIENTI INFETTI IN DEGENZA}}

I pazienti infetti in degenza comprendono tutti i pazienti che contraggono un'infezione durante la loro degenza a prescindere dal fatto che siano infetti all'ammissione o meno.

Sono presenti 245 pazienti infetti in degenza, che rappresentano il 6.6\% della popolazione totale ammessa in TI.

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza & 245 & 6.6\\
Non infetti in degenza & 3446 & 93.4\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

Le percentuali sono calcolate sul numero di pazienti ammessi (N = 3691).

I pazienti infetti in degenza possono presentare VAP o batteriemia:

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/pazInfDegVAPCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{lrr}
\toprule
Pazienti & N & \%\\
\midrule
Infetti in degenza (no vap, no batteriemia) & 141 & 57.6\\
VAP & 39 & 15.9\\
Batteriemia primaria di origine sconosciuta & 26 & 10.6\\
Batteriemia da catetere & 25 & 10.2\\
Batteriemia secondaria & 29 & 11.8\\
\bottomrule
\end{longtable}

La percentuale à calcolata sul totale di pazienti infetti in degenza (N = 245)

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-in-degenza-n-245}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti in degenza} (N = 245)}{Pazienti infetti in degenza (N = 245)}}\label{pazienti-infetti-in-degenza-n-245}}

\hypertarget{sesso-2}{%
\subsection{Sesso}\label{sesso-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/sessoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lll}
\toprule
Sesso & N & \%\\
\midrule
Maschio & 135 & 55.1\\
Femmina & 110 & 44.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{etuxe0-2}{%
\subsection{Età}\label{etuxe0-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/etaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Range et\`a & N & \%\\
\midrule
<17 & 0 & 0.0\\
17-45 & 21 & 8.6\\
46-65 & 76 & 31.0\\
66-75 & 69 & 28.2\\
>75 & 79 & 32.2\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-pre-ti-giorni-2}{%
\subsection{Degenza Pre TI ( giorni )}\label{degenza-pre-ti-giorni-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaPreTIInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 6.0\\
DS & 13.3\\
Mediana & 1\\
Q1-Q3 & 0-6\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{provenienza-reparto-3}{%
\subsection{Provenienza ( reparto )}\label{provenienza-reparto-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ProvenienzaInfDeg1-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Provenienza & N & \%\\
\midrule
Reparto medico & 47 & 19.2\\
Reparto chirurgico & 41 & 16.7\\
Pronto soccorso & 88 & 35.9\\
Altra TI & 56 & 22.9\\
Terapia subintensiva & 13 & 5.3\\
\addlinespace
Neonatologia & 0 & 0.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{trauma-4}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 209 & 85.3\\
Sì & 36 & 14.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-4}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 164 & 66.9\\
Chirurgico d'elezione & 16 & 6.5\\
Chirurgico d'urgenza & 65 & 26.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{motivo-di-ammissione-3}{%
\subsection{Motivo di ammissione}\label{motivo-di-ammissione-3}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MotivoAmmissioneInfDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Motivo di ammissione & N & \%\\
\midrule
Monitoraggio/Svezzamento & 29 & 11.8\\
Ricovero per presidi o trattamenti & 0 & 0.0\\
Trattamento intensivo & 215 & 87.8\\
Sedazione Palliativa & 0 & 0.0\\
Accertamento morte/Prelievo d'organo & 1 & 0.4\\
\addlinespace
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica}\label{insufficienza-neurologica-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsufficienzaNeuroInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 133 & 71.5\\
Coma cerebrale & 34 & 18.3\\
Coma metabolico & 10 & 5.4\\
Coma postanossico & 8 & 4.3\\
Coma tossico & 1 & 0.5\\
\addlinespace
Missing & 59 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}{%
\subsection{GCS ( Glasgow Coma Scale ) nelle prime 24 ore}\label{gcs-glasgow-coma-scale-nelle-prime-24-ore-2}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GcsInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 9.1\\
DS & 4.1\\
Mediana & 11\\
Q1-Q3 & 6-13\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{insufficienza-neurologica-insorta-2}{%
\subsection{Insufficienza neurologica insorta}\label{insufficienza-neurologica-insorta-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InsuffNeuroInsortaInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Insufficienza neurologica insorta & N & \%\\
\midrule
Nessuna & 237 & 96.7\\
Coma cerebrale & 5 & 2.0\\
Coma metabolico & 2 & 0.8\\
Coma postanossico & 1 & 0.4\\
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-4}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 187 & 76.3\\
Deceduti & 58 & 23.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-4}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-4}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a Ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 154 & 65.8\\
Deceduti & 80 & 34.2\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 237 pazienti, escludendo le riammissioni da reparto ( N = 8 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-4}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-4}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 19.4 (18.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 15 (7-25)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-4}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-4}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1InfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 35.7 (30.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 27 (15.2-48)\\
Missing & 3\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 237 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 8 ).

\hypertarget{infezioni-in-degenza-top-10}{%
\subsection{Infezioni in degenza ( top 10 )}\label{infezioni-in-degenza-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfDegTop10_1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 70 & 28.6\\
Polmonite & 51 & 20.8\\
IVU catetere correlata & 43 & 17.6\\
Batteriemia primaria sconosciuta & 26 & 10.6\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 25 & 10.2\\
\addlinespace
Sepsi clinica & 15 & 6.1\\
Peritonite post-chirurgica & 7 & 2.9\\
IVU NON catetere correlata & 7 & 2.9\\
Infezione cute/tessuti molli NON chir. & 6 & 2.4\\
Gastroenterite & 5 & 2.0\\
\addlinespace
Missing & 0 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{infezione-multisito-1}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 209 & 85.3\\
Sì & 36 & 14.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-in-degenza}{%
\subsection{Infezioni in degenza}\label{infezioni-in-degenza}}

\begin{longtable}{lc}
\toprule
  & N\\
\midrule
Numero totale di episodi infettivi  * & 270\\
Numero totale di microrganismi isolati & 328\\
\bottomrule
\end{longtable}

* Non sono considerati gli episodi multipli nella stessa infezione.

\hypertarget{giorni-per-contrarre-linfezione}{%
\subsection{Giorni per contrarre l'infezione}\label{giorni-per-contrarre-linfezione}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniContrazioneInfDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media & 8.3\\
DS & 9.4\\
Mediana & 6\\
Q1-Q3 & 2-10\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}{%
\subsection{Incidenza di infezione in degenza: Incidenza 1 e Incidenza 2}\label{incidenza-di-infezione-in-degenza-incidenza-1-e-incidenza-2}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\raggedright\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza infezioni in degenza 

(Paz. con infez. in deg./1000 gg. di deg.) **\\
\midrule
Stima & 15.0 & 10.5 \%\\
CI ( 95\% ) & 13.1 - 17.1 & 9.2 - 12.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per le infezioni in degenza,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ Giornate di degenza pre-infezione}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-infezione} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
dell'infezione o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa infezione
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza dell'infezione
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{** Incidenza infezioni in degenza} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con infezioni in degenza}}
{\text{ ( Giornate di degenza pre-infezione )}/7} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano infezione in degenza?'}.

\hypertarget{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}{%
\subsection{Incidenza di infezioni in degenza e percentuale di infezioni multiresistenti}\label{incidenza-di-infezioni-in-degenza-e-percentuale-di-infezioni-multiresistenti}}

\vspace{0.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GraficoDispersione-1} \end{center}

Il grafico sovrastante incrocia le variabili \emph{Incidenza di infezioni in degenza} e
\emph{Percentuale di infezioni multiresistenti}
( ad esclusione del germe S. Coagulasi negativo meticillina resistente ).
La nuvola di punti rappresenta i dati delle TI nazionali. .
Le due linee rosse intersecano il grafico in corrispondenza dei valori mediani
nazionali e delineano 4 aree.
L'area \textbf{A1} identifica i centri che sembrano praticare un'efficace prevenzione
delle infezioni e una buona gestione dell'antibiotico terapia.
Per contro a cadere nell'area \textbf{A3} sono i centri che, osservando un'elevata
incidenza di infezioni in degenza ed un'alta percentuale di multiresistenze,
paiono non riuscire a controllare efficacemente i fenomeni.
È bene sottolineare che ad influire notevolmente su tali statistiche sono
i case-mix delle TI. È pertanto importante valutare con estrema cautela
tale grafico e tenere in considerazione che quella appena fornita è
solo una delle tante possibili chiavi di lettura.

\textbf{Rischio di contrarre infezioni in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurvaSopravINFEZDeg-1} \end{center}

\end{col}\vspace{1cm}

\color{white}{....} \color{black}

\textbf{Rischio di contrarre sepsi severa o shock settico in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{col}{1\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurvaSopravSEPSIDeg-1} \end{center}

\end{col}

I due grafici sovrastanti mostrano le curve di rischio di contrarre infezione e
sepsi/shock settico in TI all'aumentare dei giorni trascorsi in reparto.
Come è logico, il rischio aumenta all'aumentare della degenza del paziente.

Per esempio, la probabilità di aver contratto un'infezione in TI è
pari al 77\% alla decima giornata di degenza.
Tale probabilità sfiora il 94\% se il
paziente rimane ricoverato per almeno 20 giorni ( Dati nazionali ).
Entrambi i grafici sono `troncati' alla ventesima giornata di degenza poichè
le stime successive, basate sui pochi pazienti con degenza superiore a 20 giorni,
sarebbero risultate instabili.
Le aree ombreggiate delineano l'intervallo di confidenza al 95\% delle stime.

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 25 & 9.4\\
Sì & 241 & 90.6\\
Missing & 4 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{270} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{328} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 27 & 11.2 & 25 & 5 & 20\\
Staphylococcus capitis & 5 & 2.1 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 5 & 2.1 & 5 & 4 & 80\\
Staphylococcus hominis & 9 & 3.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 18 & 7.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus pneumoniae & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 0.4 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 11 & 4.5 & 9 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 13 & 5.4 & 13 & 1 & 7.7\\
\addlinespace
Clostridium difficile & 4 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{95} & \textbf{39.3} & \textbf{53} & \textbf{10} & \textbf{18.9}\\
Klebsiella pneumoniae & 18 & 7.4 & 13 & 2 & 15.4\\
Klebsiella altra specie & 11 & 4.5 & 9 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 18 & 7.4 & 13 & 1 & 7.7\\
\addlinespace
Altro enterobacterales & 1 & 0.4 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 14 & 5.8 & 12 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 37 & 15.3 & 29 & 5 & 17.2\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.4 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 37 & 15.3 & 31 & 0 & 0\\
\addlinespace
Proteus & 13 & 5.4 & 12 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 4 & 1.7 & 1 & 0 & 0\\
Emofilo & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 9 & 3.7 & 7 & 0 & 0\\
Morganella & 3 & 1.2 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Providencia & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 4 & 1.7 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{172} & \textbf{71.1} & \textbf{131} & \textbf{8} & \textbf{6.1}\\
Candida albicans & 30 & 12.4 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 8 & 3.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida krusei & 2 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 3 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 2 & 0.8 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 6 & 2.5 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 1 & 0.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Funghi altra specie & 3 & 1.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{55} & \textbf{22.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 0.4 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 13 & Ertapenem & 2 & 15.38\\
Klebsiella pneumoniae & 13 & Meropenem & 2 & 15.38\\
Enterobacter spp & 13 & Ertapenem & 1 & 7.69\\
Pseudomonas aeruginosa & 28 & Imipenem & 4 & 14.29\\
Pseudomonas aeruginosa & 29 & Meropenem & 3 & 10.34\\
\addlinespace
Staphylococcus haemolyticus & 5 & Meticillina & 4 & 80.00\\
Staphylococcus aureus & 25 & Meticillina & 5 & 20.00\\
Enterococco faecium & 13 & Vancomicina & 1 & 7.69\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 2 & 2.86\\
No & 17 & 24.29\\
Non testato & 51 & 72.86\\
Missing & 59 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 18 & 51\\
kpc & 1 & 50 & 18 & 51\\
ndm & 0 & 0 & 18 & 51\\
oxa & 0 & 0 & 18 & 51\\
vim & 1 & 50 & 17 & 51\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-97}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza} (N = 97)}{Pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza (N = 97)}}\label{pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza-n-97}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 31 & 13.7\\
Sì & 196 & 86.3\\
Missing & 3 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{230} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{276} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 11 & 10.6 & 11 & 5 & 45.5\\
Staphylococcus capitis & 3 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 4 & 3.8 & 4 & 3 & 75\\
Staphylococcus hominis & 5 & 4.8 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 8 & 7.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Streptococcus pneumoniae & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 4 & 3.8 & 3 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 6 & 5.8 & 6 & 1 & 16.7\\
Clostridium difficile & 2 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{44} & \textbf{42.3} & \textbf{24} & \textbf{9} & \textbf{37.5}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 9 & 8.7 & 7 & 1 & 14.3\\
Klebsiella altra specie & 4 & 3.8 & 3 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 5 & 4.8 & 5 & 2 & 40\\
Altro enterobacterales & 1 & 1.0 & 1 & 0 & 0\\
Serratia & 6 & 5.8 & 6 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 17 & 16.3 & 14 & 2 & 14.3\\
Escherichia coli & 15 & 14.4 & 11 & 0 & 0\\
Proteus & 6 & 5.8 & 6 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 2 & 1.9 & 1 & 1 & 100\\
Emofilo & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 3 & 2.9 & 3 & 0 & 0\\
Morganella & 2 & 1.9 & 1 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{73} & \textbf{70.2} & \textbf{58} & \textbf{6} & \textbf{10.3}\\
\addlinespace
Candida albicans & 21 & 20.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 3 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 3 & 2.9 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 6 & 5.8 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 1 & 1.0 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 2 & 1.9 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{38} & \textbf{36.5} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiAmmRaggruppDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 13 & Ertapenem & 1 & 7.69\\
Klebsiella pneumoniae & 13 & Meropenem & 3 & 23.08\\
Enterobacter spp & 10 & Ertapenem & 2 & 20.00\\
Enterobacter spp & 10 & Meropenem & 1 & 10.00\\
Escherichia coli & 22 & Meropenem & 1 & 4.55\\
\addlinespace
Acinetobacter & 2 & Imipenem & 2 & 100.00\\
Acinetobacter & 2 & Meropenem & 2 & 100.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 16 & Imipenem & 1 & 6.25\\
Pseudomonas aeruginosa & 16 & Meropenem & 1 & 6.25\\
Staphylococcus haemolyticus & 5 & Meticillina & 4 & 80.00\\
\addlinespace
Staphylococcus aureus & 26 & Meticillina & 7 & 26.92\\
Enterococco faecium & 12 & Vancomicina & 1 & 8.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti sia all'ammissione che in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-sia-allammissione-che-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 2 & 2.22\\
No & 22 & 24.44\\
Non testato & 66 & 73.33\\
Missing & 74 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 23 & 66\\
kpc & 1 & 50 & 23 & 66\\
ndm & 0 & 0 & 23 & 66\\
oxa & 0 & 0 & 23 & 66\\
vim & 1 & 50 & 22 & 66\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaAmmDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-148}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti infetti solo in degenza} (N = 148)}{Pazienti infetti solo in degenza (N = 148)}}\label{pazienti-infetti-solo-in-degenza-n-148}}

\hypertarget{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}{%
\subsection{Gravità massima dell'infezione}\label{gravituxe0-massima-dellinfezione-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GravitaSoloDegenza-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Gravit\`a massima dell'infezione & N & \%\\
\midrule
Infezione non complessa & 69 & 46.9\\
Sepsi & 57 & 38.8\\
Shock settico & 21 & 14.3\\
Missing & 1 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}{%
\subsection{Mortalità per gravità dell'infezione}\label{mortalituxe0-per-gravituxe0-dellinfezione-1}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaInfezSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a per gravit\`a infezione ( \% ) & TI & Ospedaliera\\
\midrule
Infezione non complessa & 14.5 & 22.1\\
Sepsi & 21.1 & 25.5\\
Shock settico & 57.1 & 66.7\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati in pazienti infetti solo in degenza}\label{microrganismi-isolati-in-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 16 & 10.3\\
Sì & 139 & 89.7\\
Missing & 2 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{157} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{184} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 16 & 11.6 & 14 & 0 & 0\\
Staphylococcus capitis & 2 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 0.7 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus hominis & 5 & 3.6 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 10 & 7.2 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 7 & 5.1 & 6 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 9 & 6.5 & 9 & 1 & 11.1\\
Clostridium difficile & 2 & 1.4 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{54} & \textbf{39.1} & \textbf{31} & \textbf{2} & \textbf{6.5}\\
Klebsiella pneumoniae & 10 & 7.2 & 7 & 1 & 14.3\\
Klebsiella altra specie & 7 & 5.1 & 6 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 14 & 10.1 & 9 & 0 & 0\\
Serratia & 9 & 6.5 & 7 & 0 & 0\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & 24 & 17.4 & 18 & 3 & 16.7\\
Pseudomonas altra specie & 1 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 22 & 15.9 & 20 & 0 & 0\\
Proteus & 8 & 5.8 & 7 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 3 & 2.2 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 6 & 4.3 & 4 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 0.7 & 1 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 3 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{108} & \textbf{78.3} & \textbf{81} & \textbf{4} & \textbf{4.9}\\
Candida albicans & 11 & 8.0 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 6 & 4.3 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Candida tropicalis & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 0.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{21} & \textbf{15.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 0.7 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{0.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDeg-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiSoloDegRaggrup-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 7 & Ertapenem & 1 & 14.29\\
Klebsiella pneumoniae & 7 & Meropenem & 1 & 14.29\\
Pseudomonas aeruginosa & 17 & Imipenem & 3 & 17.65\\
Pseudomonas aeruginosa & 18 & Meropenem & 2 & 11.11\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100.00\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 9 & Vancomicina & 1 & 11.11\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti infetti solo in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-infetti-solo-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 2 & 5.56\\
No & 9 & 25\\
Non testato & 25 & 69.44\\
Missing & 41 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 11 & 25\\
kpc & 1 & 50 & 10 & 25\\
ndm & 0 & 0 & 11 & 25\\
oxa & 0 & 0 & 11 & 25\\
vim & 1 & 50 & 10 & 25\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipica_soloDeg-1} \end{center}

\hypertarget{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}{%
\subsection{\texorpdfstring{\textbf{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}{Confronto tra microrganismi isolati all'ammissione e in degenza }}\label{confronto-tra-microrganismi-isolati-allammissione-e-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TabInfezioniAmmDeg-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo isolato & N & Ammissione & \% amm. & Degenza & \% deg.\\
\midrule
Pseudomonas aeruginosa & 106 & 60 & 56.6 & 46 & 43.4\\
Candida albicans & 72 & 38 & 52.8 & 34 & 47.2\\
Aspergillo & 18 & 10 & 55.6 & 8 & 44.4\\
Citrobacter & 18 & 8 & 44.4 & 10 & 55.6\\
Coronavirus & 31 & 30 & 96.8 & 1 & 3.2\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 53 & 33 & 62.3 & 20 & 37.7\\
Staphylococcus epidermidis & 39 & 19 & 48.7 & 20 & 51.3\\
Escherichia coli & 204 & 167 & 81.9 & 37 & 18.1\\
Enterococco faecalis & 53 & 42 & 79.2 & 11 & 20.8\\
Enterococco faecium & 44 & 27 & 61.4 & 17 & 38.6\\
\addlinespace
Candida glabrata & 22 & 13 & 59.1 & 9 & 40.9\\
Emofilo & 32 & 30 & 93.8 & 2 & 6.2\\
Staphylococcus hominis & 24 & 12 & 50 & 12 & 50\\
Altro gram negativo & 19 & 15 & 78.9 & 4 & 21.1\\
Klebsiella altra specie & 46 & 32 & 69.6 & 14 & 30.4\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & 27 & 25 & 92.6 & 2 & 7.4\\
Altro Virus & 20 & 20 & 100 & 0 & 0\\
Klebsiella pneumoniae & 85 & 66 & 77.6 & 19 & 22.4\\
Streptococcus pneumoniae & 50 & 49 & 98 & 1 & 2\\
Proteus & 41 & 27 & 65.9 & 14 & 34.1\\
\addlinespace
Serratia & 33 & 15 & 45.5 & 18 & 54.5\\
Staphylococcus aureus & 123 & 93 & 75.6 & 30 & 24.4\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-51}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con polmonite in degenza} (N = 51)}{Pazienti con polmonite in degenza (N = 51)}}\label{pazienti-con-polmonite-in-degenza-n-51}}

\hypertarget{trauma-5}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 42 & 82.4\\
Sì & 9 & 17.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-5}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 38 & 74.5\\
Chirurgico d'elezione & 3 & 5.9\\
Chirurgico d'urgenza & 10 & 19.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezione-batteriemica-2}{%
\subsection{Infezione batteriemica}\label{infezione-batteriemica-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/BatteriemicaPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Batteriemica & N & \%\\
\midrule
No & 42 & 82.4\\
Sì & 9 & 17.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{infezioni-multisito-2}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MultisitoPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 45 & 88.2\\
Sì & 6 & 11.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/NuoviEpisodiPolmDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 44 & 86.3\\
Sì & 7 & 13.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}{%
\subsection{Polmonite associata a ventilazione ( VAP ) *}\label{polmonite-associata-a-ventilazione-vap}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/PolmoniteDaVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Polmonite associata a VAP & N & \%\\
\midrule
No & 12 & 23.5\\
Sì & 39 & 76.5\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

* VAP: polmonite associata a ventilazione invasiva ( polmonite con esordio successivo al secondo giorno di ventilazione o sviluppata entro i due giorni dal termine della ventilazione ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con polmonite in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-polmonite-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolm-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 7 & 15.6 & 6 & 2 & 33.3\\
Enterococco faecalis & 1 & 2.2 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{8} & \textbf{17.8} & \textbf{7} & \textbf{2} & \textbf{28.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 3 & 6.7 & 2 & 0 & 0\\
Klebsiella altra specie & 4 & 8.9 & 3 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 4 & 8.9 & 2 & 0 & 0\\
Serratia & 2 & 4.4 & 2 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 16 & 35.6 & 14 & 3 & 21.4\\
Escherichia coli & 4 & 8.9 & 3 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 4.4 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 2 & 4.4 & 1 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{39} & \textbf{86.7} & \textbf{29} & \textbf{3} & \textbf{10.3}\\
Candida albicans & 3 & 6.7 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida glabrata & 1 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida krusei & 1 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 1 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 5 & 11.1 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 1 & 2.2 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{12} & \textbf{26.7} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiPolm-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-vap-in-degenza-n-39}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con VAP in degenza} (N = 39)}{Pazienti con VAP in degenza (N = 39)}}\label{pazienti-con-vap-in-degenza-n-39}}

\hypertarget{vap-precoce}{%
\subsection{VAP precoce}\label{vap-precoce}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/VAPprecoce-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
VAP precoce & N & \%\\
\midrule
No & 19 & 48.7\\
Sì & 20 & 51.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{diagnosi}{%
\subsection{Diagnosi}\label{diagnosi}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DiagnosiVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Diagnosi & N & \%\\
\midrule
Possibile & 13 & 33.3\\
Probabile - certa & 26 & 66.7\\
Missing & 9 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{criteri-diagnostici-microbiologici}{%
\subsection{Criteri diagnostici microbiologici}\label{criteri-diagnostici-microbiologici}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CriteriDiagnosticiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Criteri diagnostici microbiologici & N & \%\\
\midrule
Sierologia/tecniche di biologia molecolare/antigeni urinari (legionella, ecc) & 0 & 0.0\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) quantitativo & 0 & 0.0\\
Campione distale non protetto (bal non broncoscopico) qualitativo & 2 & 5.1\\
Campione distale protetto qualitativo (bal, psb) & 2 & 5.1\\
Campione distale protetto quantitativo (bal, psb) & 11 & 28.2\\
\addlinespace
Aspirato tracheale quantitativo >= 10 alla 5a cfu/ml & 14 & 35.9\\
Aspirato tracheale qualitativo + emocoltura e/o liquido pleurico concordati & 1 & 2.6\\
Aspirato tracheale qualitativo & 6 & 15.4\\
Agente eziologico NON ricercato o NON isolato & 3 & 7.7\\
Missing & 9 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{fattori-di-rischio-per-vap-n-3691}{%
\subsection{Fattori di rischio per VAP ( N = 3691 )}\label{fattori-di-rischio-per-vap-n-3691}}

\hypertarget{ventilazione-invasiva}{%
\subsubsection{Ventilazione invasiva}\label{ventilazione-invasiva}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/VentilazioneInvasiva-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Ventilazione invasiva & N & \%\\
\midrule
No & 1472 & 40.1\\
Sì & 2203 & 59.9\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{2047} & \textbf{55.5}\\
Missing & 16 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{durata-ventilazione-invasiva-giorni}{%
\subsubsection{Durata ventilazione invasiva ( giorni )}\label{durata-ventilazione-invasiva-giorni}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 4.0 (6.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 1 (1-4)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{duratadegenza-in-ti}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataSuDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 74.6 (29.8)\\
Mediana (Q1-Q3) & 94.4 (50-100)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{giorni-di-vm-pre-vap}{%
\subsection{Giorni di VM pre-VAP}\label{giorni-di-vm-pre-vap}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniVMpreVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 39\\
Media (DS) & 10.7 (12.5)\\
Mediana (Q1-Q3) & 8 (3.5-12.5)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-vap}{%
\subsection{Incidenza di VAP}\label{incidenza-di-vap}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/1000 gg. di VM pre-VAP) * & Incidenza VAP 

 (Paz. con VAP/paz. ventilati per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 5.2 & 3.6 \%\\
CI ( 95\% ) & 3.7 - 7.1 & 2.6 - 5.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di VAP.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP} è pari alla
somma delle giornate di ventilazione meccanica pre-VAP di tutti i pazienti ammessi in reparto.
E grave; pari alla durata totale della ventilazione meccanica per i pazienti che
non sviluppano VAP e alla differenza tra la data di insorgenza della VAP e la data
di inizio della ventilazione meccanica per i pazienti infetti.
Sono esclusi dal denominatore i giorni di ventilazione meccanica dei pazienti dimessi
o deceduti entro 2 giorni dall'inizio della ventilazione.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza VAP} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con VAP in degenza}}
{\text{ ( Giornate di ventilazione meccanica pre-VAP )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura piu grave; semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti ventilati per 7 giorni in TI, quanti sviluppano VAP?'}.
Il cutoff di una settimana e grave; stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\vspace{1.0cm}

\textbf{Rischio di contrarre VAP in TI}

\vspace{0.5cm}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CurveSopravv-1} \end{center}

\vspace{1.0cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-5}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalita grave; in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 29 & 74.4\\
Deceduti & 10 & 25.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-5}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-5}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalita grave; ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 25 & 64.1\\
Deceduti & 14 & 35.9\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 39 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 0 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-5}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-5}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaTIVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 30.2 (22.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 21 (15-40)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-5}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni ) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-5}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspVAP-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 51.1 (35.6)\\
Mediana (Q1-Q3) & 45 (22-67.5)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}

* Statistiche calcolate su 39 escludendo le
riammissioni da reparto ( N = 0 ).

\newpage

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 4 & 8.3\\
Sì & 44 & 91.7\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{48} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{64} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 7 & 15.9 & 6 & 2 & 33.3\\
Staphylococcus capitis & 1 & 2.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 2.3 & 1 & 1 & 100\\
Staphylococcus hominis & 1 & 2.3 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 2 & 4.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 1 & 2.3 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{13} & \textbf{29.5} & \textbf{8} & \textbf{3} & \textbf{37.5}\\
Klebsiella pneumoniae & 2 & 4.5 & 1 & 0 & 0\\
Klebsiella altra specie & 4 & 9.1 & 3 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 4 & 9.1 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 2 & 4.5 & 2 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 13 & 29.5 & 11 & 3 & 27.3\\
Escherichia coli & 4 & 9.1 & 3 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 4.5 & 2 & 0 & 0\\
Citrobacter & 3 & 6.8 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 1 & 2.3 & 0 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 2.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{36} & \textbf{81.8} & \textbf{25} & \textbf{3} & \textbf{12}\\
Candida albicans & 4 & 9.1 & 0 & 0 & 0\\
Candida parapsilosis & 3 & 6.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Aspergillo & 3 & 6.8 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 1 & 2.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{11} & \textbf{25.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAP-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Pseudomonas aeruginosa & 10 & Imipenem & 2 & 20.00\\
Pseudomonas aeruginosa & 11 & Meropenem & 2 & 18.18\\
Staphylococcus haemolyticus & 1 & Meticillina & 1 & 100.00\\
Staphylococcus aureus & 6 & Meticillina & 2 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 26 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{26} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{38} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 7 & 26.9 & 6 & 2 & 33.3\\
Enterococco faecalis & 1 & 3.8 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{8} & \textbf{30.8} & \textbf{7} & \textbf{2} & \textbf{28.6}\\
Klebsiella pneumoniae & 2 & 7.7 & 1 & 0 & 0\\
Klebsiella altra specie & 1 & 3.8 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterobacter spp & 1 & 3.8 & 0 & 0 & 0\\
Serratia & 1 & 3.8 & 1 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 9 & 34.6 & 8 & 2 & 25\\
Escherichia coli & 2 & 7.7 & 1 & 0 & 0\\
Proteus & 2 & 7.7 & 2 & 0 & 0\\
\addlinespace
Citrobacter & 1 & 3.8 & 0 & 0 & 0\\
Morganella & 1 & 3.8 & 0 & 0 & 0\\
Providencia & 1 & 3.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{21} & \textbf{80.8} & \textbf{13} & \textbf{2} & \textbf{15.4}\\
Candida albicans & 3 & 11.5 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 1 & 3.8 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 2 & 7.7 & 0 & 0 & 0\\
Pneumocistie Jirovecii & 1 & 3.8 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{7} & \textbf{26.9} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPCerte-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppVAPCerte-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP certe}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-certe}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Pseudomonas aeruginosa & 7 & Imipenem & 1 & 14.29\\
Pseudomonas aeruginosa & 8 & Meropenem & 1 & 12.50\\
Staphylococcus aureus & 6 & Meticillina & 2 & 33.33\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 5 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{5} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{7} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 1 & 20 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{1} & \textbf{20} & \textbf{1} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Pseudomonas aeruginosa & 2 & 40 & 2 & 1 & 50\\
Escherichia coli & 1 & 20 & 1 & 0 & 0\\
Citrobacter & 1 & 20 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{4} & \textbf{80} & \textbf{4} & \textbf{1} & \textbf{25}\\
Candida albicans & 1 & 20 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{1} & \textbf{20} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAPNuoviEpisodi-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiVAP2NuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti infetti in degenza con VAP (nuovi episodi)}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-infetti-in-degenza-con-vap-nuovi-episodi}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Pseudomonas aeruginosa & 2 & Meropenem & 1 & 50\\
\bottomrule
\end{longtable}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-75}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia in degenza} (N = 75)}{Pazienti con batteriemia in degenza (N = 75)}}\label{pazienti-con-batteriemia-in-degenza-n-75}}

\hypertarget{trauma-6}{%
\subsection{Trauma}\label{trauma-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/TraumaBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Trauma & N & \%\\
\midrule
No & 69 & 92.0\\
Sì & 6 & 8.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{stato-chirurgico-6}{%
\subsection{Stato Chirurgico}\label{stato-chirurgico-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/StatoChirurgicoBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Stato chirurgico & N & \%\\
\midrule
Medico & 53 & 70.7\\
Chirurgico d'elezione & 3 & 4.0\\
Chirurgico d'urgenza & 19 & 25.3\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{tipologia}{%
\subsection{Tipologia}\label{tipologia}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/Tipologia-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Tipologia & N & \%\\
\midrule
Batteriemia primaria sconosciuta & 26 & 32.5\\
Batteriemia da catetere (CR-BSI) & 25 & 31.2\\
Batteriemia secondaria & 29 & 36.2\\
Missing & 0 & 0.0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}{%
\subsection{Nuovi episodi oltre il primo}\label{nuovi-episodi-oltre-il-primo-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/NuoviEpisodiBattDeg-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Nuovi episodi oltre il primo & N & \%\\
\midrule
No & 44 & 91.7\\
Sì & 4 & 8.3\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 2 & 4.1 & 2 & 1 & 50\\
Staphylococcus capitis & 5 & 10.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 5 & 10.2 & 5 & 4 & 80\\
Staphylococcus hominis & 8 & 16.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Staphylococcus epidermidis & 13 & 26.5 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 2.0 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 1 & 2.0 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 2 & 4.1 & 2 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{38} & \textbf{77.6} & \textbf{11} & \textbf{5} & \textbf{45.5}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 3 & 6.1 & 2 & 1 & 50\\
Klebsiella altra specie & 3 & 6.1 & 2 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 2 & 4.1 & 2 & 0 & 0\\
Serratia & 1 & 2.0 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 4 & 8.2 & 4 & 0 & 0\\
\addlinespace
Proteus & 1 & 2.0 & 1 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 2 & 4.1 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 1 & 2.0 & 1 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 1 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{18} & \textbf{36.7} & \textbf{13} & \textbf{1} & \textbf{7.7}\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 1 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
Funghi altra specie & 1 & 2.0 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{2} & \textbf{4.1} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatte2-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 2 & Ertapenem & 1 & 50\\
Klebsiella pneumoniae & 2 & Meropenem & 1 & 50\\
Staphylococcus haemolyticus & 5 & Meticillina & 4 & 80\\
Staphylococcus aureus & 2 & Meticillina & 1 & 50\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 1 & 11.11\\
No & 3 & 33.33\\
Non testato & 5 & 55.56\\
Missing & 6 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 3 & 5\\
kpc & 0 & 0 & 4 & 5\\
ndm & 0 & 0 & 3 & 5\\
oxa & 0 & 0 & 3 & 5\\
vim & 1 & 100 & 2 & 5\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattDeg-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-primaria-origine-sconosciuta-in-degenza-n-26}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia primaria (origine sconosciuta) in degenza} (N = 26)}{Pazienti con batteriemia primaria (origine sconosciuta) in degenza (N = 26)}}\label{pazienti-con-batteriemia-primaria-origine-sconosciuta-in-degenza-n-26}}

\hypertarget{infezioni-multisito-3}{%
\subsection{Infezioni multisito}\label{infezioni-multisito-3}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 18 & 69.2\\
Sì & 8 & 30.8\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}{%
\subsection{Incidenza di batteriemia ( origine sconosciuta )}\label{incidenza-di-batteriemia-origine-sconosciuta}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza BO 

 (Paz. con BO in deg./1000 gg. di deg.) * & Incidenza BO 

 (Paz. con BO/paz.degenti per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 1.5 & 1.0 \%\\
CI ( 95\% ) & 1.0 - 2.2 & 0.7 - 1.5\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza di batteriemia di origine sconosciuta,
completati con i rispettivi intervalli di confidenza al 95\%.

Il primo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO}}
{\text{ Giornate di degenza pre-batteriemia}} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate di degenza pre-batteriemia} è pari alla somma,
per tutti i pazienti ammessi in TI, delle giornate di degenza sino all'insorgenza
della batteriemia o alla dimissione del paziente.
È quindi pari alla degenza totale se il paziente non sviluppa batteriemia
mentre è pari alla differenza tra la data di insorgenza della batteriemia
e la data di ingresso in TI se il paziente è infetto.

Il secondo:

\[ \text{* Incidenza BO} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con BO }}
{\text{ ( Numero pazienti ricoverati )/7}} \times 100\]

corrisponde ad una rielaborazione del primo e risponde alla domanda:
\emph{`Su 100 settimane di degenza, quanti pazienti sviluppano batteriemia di origine sconosciuta?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-6}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 21 & 80.8\\
Deceduti & 5 & 19.2\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-6}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-6}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOSPBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 15 & 65.2\\
Deceduti & 8 & 34.8\\
Missing & 3 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 26 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 0 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-6}{%
\subsection{Degenza in TI (giorni)}\label{degenza-in-ti-giorni-6}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaTIBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 17.4 (16.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 11.5 (4.5-28.2)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-6}{%
\subsection{Degenza ospedaliera (giorni) *}\label{degenza-ospedaliera-giorni-6}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspBO-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 35.7 (32.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 24 (9.5-59)\\
Missing & 3\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 26 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 0 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 2 & 8.3 & 2 & 1 & 50\\
Staphylococcus capitis & 1 & 4.2 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus hominis & 3 & 12.5 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 5 & 20.8 & 0 & 0 & 0\\
Streptococcus altra specie & 1 & 4.2 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecium & 1 & 4.2 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{13} & \textbf{54.2} & \textbf{4} & \textbf{1} & \textbf{25}\\
Klebsiella pneumoniae & 3 & 12.5 & 2 & 1 & 50\\
Klebsiella altra specie & 2 & 8.3 & 1 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 1 & 4.2 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Serratia & 1 & 4.2 & 1 & 0 & 0\\
Escherichia coli & 3 & 12.5 & 3 & 0 & 0\\
Proteus & 1 & 4.2 & 1 & 0 & 0\\
Acinetobacter & 2 & 8.3 & 0 & 0 & 0\\
Citrobacter & 1 & 4.2 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Altro gram negativo & 1 & 4.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{15} & \textbf{62.5} & \textbf{10} & \textbf{1} & \textbf{10}\\
Funghi altra specie & 1 & 4.2 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{1} & \textbf{4.2} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteOrigSconosciut-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & 2 & Ertapenem & 1 & 50\\
Klebsiella pneumoniae & 2 & Meropenem & 1 & 50\\
Staphylococcus aureus & 2 & Meticillina & 1 & 50\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia di origine sconosciuta in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-di-origine-sconosciuta-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 1 & 14.29\\
No & 2 & 28.57\\
Non testato & 4 & 57.14\\
Missing & 5 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 2 & 4\\
kpc & 0 & 0 & 3 & 4\\
ndm & 0 & 0 & 2 & 4\\
oxa & 0 & 0 & 2 & 4\\
vim & 1 & 100 & 1 & 4\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattOrigScon-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-25}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza} (N = 25)}{Pazienti con batteriemia da catetere in degenza (N = 25)}}\label{pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza-n-25}}

\hypertarget{infezione-multisito-2}{%
\subsection{Infezione multisito}\label{infezione-multisito-2}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezMultisitoInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione multisito & N & \%\\
\midrule
No & 12 & 48.0\\
Sì & 13 & 52.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{fattori-di-rischio}{%
\subsection{Fattori di rischio}\label{fattori-di-rischio}}

\hypertarget{cvc-catetere-venoso-centrale-n-3691}{%
\subsubsection{CVC ( Catetere Venoso Centrale ) ( N = 3691 )}\label{cvc-catetere-venoso-centrale-n-3691}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/CVCInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Cvc & N & \%\\
\midrule
No & 1490 & 40.5\\
Sì & 2185 & 59.5\\
\textbf{Iniziata il primo giorno} & \textbf{2039} & \textbf{55.2}\\
Missing & 16 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{durata-giorni}{%
\subsubsection{Durata (giorni)}\label{durata-giorni}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 6.4 (8.4)\\
Mediana (Q1-Q3) & 4 (1-8)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{duratadegenza-in-ti-1}{%
\subsubsection{Durata/degenza in TI ( \% )}\label{duratadegenza-in-ti-1}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DurataSuDegInfBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 93.6 (15.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 100 (100-100)\\
Missing & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{infezione-locale-da-catetere-n-3691}{%
\subsubsection{Infezione locale da catetere ( N = 3691 )}\label{infezione-locale-da-catetere-n-3691}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezLocaleBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione locale da catetere & N & \%\\
\midrule
No & 3675 & 100.0\\
Sì & 1 & 0.0\\
Missing & 15 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}{%
\subsection{Giorni di CVC pre-batteriemia}\label{giorni-di-cvc-pre-batteriemia}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/GiorniCVCBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
N & 25\\
Media (DS) & 12.6 (11.3)\\
Mediana (Q1-Q3) & 10 (7-16)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}{%
\subsection{Incidenza di CR-BSI (Catheter-related bloodstream infection)}\label{incidenza-di-cr-bsi-catheter-related-bloodstream-infection}}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{2cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}>{\centering\arraybackslash}p{7cm}}
\toprule
Indicatore & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/1000 gg. di CVC pre-CR-BSI) * & Incidenza CR-BSI 

 (Paz. con CR-BSI/paz. con catetere per 7 gg.) **\\
\midrule
Stima & 1.8 & 1.3 \%\\
CI ( 95\% ) & 1.2 - 2.7 & 0.8 - 1.9\\
\bottomrule
\end{longtable}

È possibile calcolare due indicatori di incidenza per i casi di CR-BSI:

Il primo:

\[ \text{* Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ Giornate con catetere pre-CR-BSI }} \times 1000\]

dove la variabile \emph{Giornate con catetere pre-CR-BSI} è pari alla
somma delle giornate di tutti i pazienti con catetere.
È quindi pari alle giornate con catetere per i pazienti non infetti
e alla differenza tra il giorno di insorgenza della CR-BSI e il primo
giorno di catetere per i pazienti infetti.

Il secondo invece:

\[ \text{** Incidenza CR-BSI} = 
\frac{\text{ Numero di pazienti con CR-BSI in degenza}}
{\text{ ( Giornate con catetere pre-CR-BSI )/7}} \times 100 \]

corrisponde ad una rielaborazione del precedente,
per permettere una lettura più semplice del dato. Risponde infatti alla domanda:
\emph{`Su 100 pazienti sottoposti a catetere per 7 giorni in TI, quanti sviluppano CR-BSI?'}.
Il cutoff di una settimana è stato stabilito per convenzione.

I tassi sono corredati dagli intervalli di confidenza al 95\%.

\hypertarget{rischio-di-contrarre-cr-bsi}{%
\subsection{Rischio di contrarre CR-BSI}\label{rischio-di-contrarre-cr-bsi}}

\vspace{0.5cm}\begin{col}{1\textwidth}


\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/RischioCRBSI-1} \end{center}

\end{col}\vspace{1cm}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-7}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-7}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 22 & 88.0\\
Deceduti & 3 & 12.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-7}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-7}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 18 & 78.3\\
Deceduti & 5 & 21.7\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 23 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 2 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-7}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-7}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 33.5 (26.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 25 (18-36)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-7}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-7}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BC-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 56.2 (44.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 48 (24.5-65.5)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 23 pazienti, escludendo
le riammissioni da reparto ( N = 2 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 25 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{25} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{31} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus capitis & 4 & 16 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus CoNS altra specie & 1 & 4 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus haemolyticus & 5 & 20 & 5 & 4 & 80\\
Staphylococcus hominis & 5 & 20 & 0 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 8 & 32 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Enterococco faecalis & 1 & 4 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 1 & 4 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{25} & \textbf{100} & \textbf{7} & \textbf{4} & \textbf{57.1}\\
Klebsiella altra specie & 1 & 4 & 1 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 1 & 4 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Escherichia coli & 1 & 4 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{3} & \textbf{12} & \textbf{3} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Candida parapsilosis & 1 & 4 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{1} & \textbf{4} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBatteCatet-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattCat-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Staphylococcus haemolyticus & 5 & Meticillina & 4 & 80\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia da catetere in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-da-catetere-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 1 & 50\\
Non testato & 1 & 50\\
Missing & 1 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 1 & 1\\
kpc & 0 & 0 & 1 & 1\\
ndm & 0 & 0 & 1 & 1\\
oxa & 0 & 0 & 1 & 1\\
vim & 0 & 0 & 1 & 1\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattCat-1} \end{center}

\newpage

\hypertarget{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-29}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza} (N = 29)}{Pazienti con batteriemia secondaria in degenza (N = 29)}}\label{pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza-n-29}}

\hypertarget{infezioni-associate-top-10}{%
\subsection{Infezioni associate ( top 10 )}\label{infezioni-associate-top-10}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/InfezAssociateBS1-1} \end{center}

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Infezione & N & \%\\
\midrule
Polmonite & 9 & 31\\
Inf. basse vie respiratorie NON polmonite & 5 & 17.2\\
IVU catetere correlata & 5 & 17.2\\
Infezione del S.N.C. NON post-chirurgica & 2 & 6.9\\
Peritonite post-chirurgica & 2 & 6.9\\
\addlinespace
Infezione del S.N.C. da device & 1 & 3.4\\
Endocardite NON post-chirurgica & 1 & 3.4\\
Peritonite terziaria & 1 & 3.4\\
IVU NON catetere correlata & 1 & 3.4\\
Colecistite/colangite & 1 & 3.4\\
\addlinespace
Missing & 1 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{mortalituxe0-in-ti-8}{%
\subsection{Mortalità in TI}\label{mortalituxe0-in-ti-8}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaTIBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a in TI & N & \%\\
\midrule
Vivi & 21 & 72.4\\
Deceduti & 8 & 27.6\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\newpage

\hypertarget{mortalituxe0-ospedaliera-8}{%
\subsection{Mortalità ospedaliera *}\label{mortalituxe0-ospedaliera-8}}

\begin{minipage}{0.5\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MortalitaOspedalieraBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.5\textwidth}
\begin{longtable}{lcc}
\toprule
Mortalit\`a ospedaliera & N & \%\\
\midrule
Vivi & 20 & 69.0\\
Deceduti & 9 & 31.0\\
Missing & 0 & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\vspace{1.5cm}

* Statistiche calcolate su 29 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto
( N = 0 ).

\hypertarget{degenza-in-ti-giorni-8}{%
\subsection{Degenza in TI ( giorni )}\label{degenza-in-ti-giorni-8}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaGiorniBS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 29.8 (26.7)\\
Mediana (Q1-Q3) & 19 (11-41)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}

\end{minipage}\vspace{1.5cm}

\hypertarget{degenza-ospedaliera-giorni-8}{%
\subsection{Degenza ospedaliera ( giorni )*}\label{degenza-ospedaliera-giorni-8}}

\begin{minipage}{0.6\textwidth}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/DegenzaOspedaliera1BS-1} \end{center}

\end{minipage}\begin{minipage}{0.4\textwidth}
\begin{longtable}{lc}
\toprule
Indicatore & Valore\\
\midrule
Media (DS) & 44.9 (33.1)\\
Mediana (Q1-Q3) & 35 (27-54)\\
Missing & 0\\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{minipage}\newpage

* Statistiche calcolate su 29 pazienti,
escludendo le riammissioni da reparto ( N = 0 ).

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella seguente tabella vengono considerate tutte le infezioni, ad esclusione dell'influenza A/H1N1 e del Covid-19.

\begin{longtable}{lcc}
\toprule
\multicolumn{3}{c}{Infezioni con Microrganismi isolati} \\
\cmidrule(l{3pt}r{3pt}){1-3}
 & N & \%\\
\midrule
No & 0 & 0.0\\
Sì & 30 & 100.0\\
Missing & 0 & \\
\midrule\\
\textbf{Totale infezioni} & \textbf{30} & \textbf{}\\
\textbf{Totale microrganismi isolati} & \textbf{40} & \textbf{}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus aureus & 5 & 16.7 & 5 & 1 & 20\\
Staphylococcus epidermidis & 1 & 3.3 & 0 & 0 & 0\\
Enterococco faecalis & 1 & 3.3 & 1 & 0 & 0\\
Enterococco faecium & 3 & 10.0 & 3 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{10} & \textbf{33.3} & \textbf{9} & \textbf{1} & \textbf{11.1}\\
\addlinespace
Klebsiella pneumoniae & 3 & 10.0 & 1 & 0 & 0\\
Enterobacter spp & 2 & 6.7 & 2 & 0 & 0\\
Serratia & 2 & 6.7 & 0 & 0 & 0\\
Pseudomonas aeruginosa & 7 & 23.3 & 3 & 1 & 33.3\\
Escherichia coli & 4 & 13.3 & 1 & 0 & 0\\
\addlinespace
Morganella & 1 & 3.3 & 0 & 0 & 0\\
Altro gram negativo & 1 & 3.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{20} & \textbf{66.7} & \textbf{7} & \textbf{1} & \textbf{14.3}\\
Candida albicans & 3 & 10.0 & 0 & 0 & 0\\
Candida glabrata & 1 & 3.3 & 0 & 0 & 0\\
\addlinespace
Candida parapsilosis & 2 & 6.7 & 0 & 0 & 0\\
Aspergillo & 1 & 3.3 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{7} & \textbf{23.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Citomegalovirus & 1 & 3.3 &  &  & \\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{1} & \textbf{3.3} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0.0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattSec-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattSec-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nella tabella seguente sono riportate le resistenze agli antibiotici
che sono state individuate.
Per l'elenco completo delle resistenze
che vengono testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\begin{longtable}{lrlrr}
\toprule
Microrganismo & N & Resistenza & N resistenza & \%\\
\midrule
Pseudomonas aeruginosa & 3 & Imipenem & 1 & 33.33\\
Pseudomonas aeruginosa & 3 & Meropenem & 1 & 33.33\\
Staphylococcus aureus & 5 & Meticillina & 1 & 20.00\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con batteriemia secondaria in degenza}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-secondaria-in-degenza}}

Nelle tabelle seguenti viene mostrato se sono stati effettuati dei test di resistenza genotipica e gli eventuali meccanismi di resistenza individuati.
È sufficiente che un microrganismo sia resistente/non testato secondo un meccanismo affinché venga considerato resistente/non testato.
Per risultare negativo dovrà quindi essere negativo per tutti i test.
La seconda tabella fa invece riferimento alla singola resistenza microrganismo-meccanismo di resistenza.
La percentuale di resistenza viene calcolata sul totale dei genotipi resistenti.

\begin{longtable}{lcl}
\toprule
 & N & \%\\
\midrule
Sì & 0 & 0\\
No & 1 & 33.33\\
Non testato & 2 & 66.67\\
Missing & 9 & \\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{longtable}{lcccc}
\toprule
Meccanismo & Resistente & \% resistente & Sensibile & Non testato\\
\midrule
imp & 0 & 0 & 1 & 2\\
kpc & 0 & 0 & 1 & 2\\
ndm & 0 & 0 & 1 & 2\\
oxa & 0 & 0 & 1 & 2\\
vim & 0 & 0 & 1 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/ResistenzaGenotipicaBattSec-1} \end{center}

\hypertarget{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-4}{%
\section{\texorpdfstring{\textbf{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza} (N = 4)}{Pazienti con nuovi episodi di batteriemia in degenza (N = 4)}}\label{pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia-in-degenza-n-4}}

\hypertarget{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}{%
\subsection{Microrganismi isolati nei pazienti con batteriemia (nuovi episodi)}\label{microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-batteriemia-nuovi-episodi}}

Nel seguente grafico e nella seguente tabella vengono riportati
tutti i microrganismi isolati per questa categoria di pazienti.
La percentuale riportata in tabella è calcolata sul totale di infezioni con microrganismi isolati (``\% su inf. con isolati'').
Vengono mostrati fino ad un massimo di 30 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{lccccc}
\toprule
Microrganismo & N & \% su inf. con isolati & N con antibiogramma & N MDR & \% MDR\\
\midrule
Staphylococcus haemolyticus & 1 & 25 & 1 & 0 & 0\\
Staphylococcus epidermidis & 2 & 50 & 0 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram +} & \textbf{3} & \textbf{75} & \textbf{1} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
Escherichia coli & 1 & 25 & 1 & 0 & 0\\
\textbf{Totale Gram -} & \textbf{1} & \textbf{25} & \textbf{1} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\addlinespace
\textbf{Totale Funghi} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Virus} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\textbf{Totale Altri Microrganismi} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0} & \textbf{0}\\
\bottomrule
\end{longtable}

Nel seguente grafico sono riportati i microrganismi che
possono sviluppare resistenze: in rosso i germi resistenti,
in verde quelli sensibili e in grigio quelli per cui non è
possibile risalire all'informazione.
Vengono mostrati fino ad un massimo di 20 microrganismi.

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiBattNuoviEpisodi-2} \end{center}

Nel grafico e nella tabella precedenti non sono stati riportati
i germi che non sono stati isolati ( Candida auris, Candida specie non determinata, Influenza altro A, Influenza B ).
Per la definizione di MDR si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Raggruppamento dei microrganismi isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{raggruppamento-dei-microrganismi-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

\begin{center}\includegraphics{ReportInfectionLight_files/figure-latex/MicrorganismiRaggruppBattNuoviEpisodi-1} \end{center}

\begin{longtable}{>{\raggedright\arraybackslash}p{3cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}>{\centering\arraybackslash}p{1.2cm}}
\toprule
Microrganismo & N & N con antibiogramma & N sensibili & N MDR & \% MDR & N missing\\
\midrule
Cons & 7 & 7 & 1 & 6 & 85.71 & 0\\
Enterococco & 69 & 59 & 53 & 6 & 10.17 & 10\\
Escpm & 43 & 37 & 33 & 4 & 10.81 & 6\\
Klebsiella & 86 & 72 & 64 & 8 & 11.11 & 14\\
Pseudomonas & 55 & 45 & 34 & 11 & 24.44 & 10\\
\addlinespace
Streptococco & 25 & 23 & 22 & 1 & 4.35 & 2\\
\bottomrule
\end{longtable}

Per ulteriori informazioni riguardanti il criterio di raggruppamento
eseguito si veda la sezione \protect\hyperlink{raggruppamento-microrganismi}{Raggruppamento microrganismi}.

\hypertarget{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Resistenze antibiotiche di microrganismi responsabili MDR isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{resistenze-antibiotiche-di-microrganismi-responsabili-mdr-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Non sono stati individuati microrganismi resistenti ad alcun antibiotico.
Per maggiori informazioni sulle resistenze testate si veda la sezione \protect\hyperlink{definizione-di-mdr}{Definizione di MDR}.

\hypertarget{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}{%
\subsubsection{Meccanismi di resistenza genotipica per gli Enterobacterales isolati nei pazienti con nuovi episodi di batteriemia}\label{meccanismi-di-resistenza-genotipica-per-gli-enterobacterales-isolati-nei-pazienti-con-nuovi-episodi-di-batteriemia}}

Non sono presenti informazioni relative al meccanismo di resistenza.

\hypertarget{appendice}{%
\section*{Appendice}\label{appendice}}
\addcontentsline{toc}{section}{Appendice}

\hypertarget{definizione-di-mdr}{%
\subsection*{Definizione di MDR}\label{definizione-di-mdr}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Definizione di MDR}

Per microrganismo MDR intendiamo un microrganismo che presenti almeno una delle resistenze ai relativi antibiotici elencati in tabella:

\begin{longtable}{ll}
\toprule
Microrganismo & Antibiotico\\
\midrule
Klebsiella pneumoniae & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Klebsiella altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Citrobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Enterobacter spp & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Altro enterobacterales & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Escherichia coli & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Morganella & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Proteus & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Serratia & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Acinetobacter & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
\addlinespace
Pseudomonas aeruginosa & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Pseudomonas altra specie & Ertapenem, Imipenem, Meropenem\\
Staphylococcus haemolyticus & Meticillina\\
Staphylococcus aureus & Meticillina\\
Streptococcus pneumoniae & Penicillina\\
\addlinespace
Streptococcus altra specie & Penicillina\\
Enterococco faecalis & Vancomicina\\
Enterococco faecium & Vancomicina\\
Enterococco altra specie & Vancomicina\\
\bottomrule
\end{longtable}

\hypertarget{raggruppamento-microrganismi}{%
\subsection*{Raggruppamento Microrganismi}\label{raggruppamento-microrganismi}}
\addcontentsline{toc}{subsection}{Raggruppamento Microrganismi}

Il seguente raggruppamento è stato pensato per fornire una visualizzazione delle categorie principali di microrganismi, che sono state così definite:

\begin{itemize}
\tightlist
\item
  \textbf{Cons}: Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus capitis, Staphylococcus lugdunensis
\item
  \textbf{Streptococco}: Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Streptococcus altra specie
\item
  \textbf{Enterococco}: Enterococco faecalis, Enterococco faecium, Enterococco altra specie
\item
  \textbf{Klebsiella}: Klebsiella pneumoniae, Klebsiella altra specie
\item
  \textbf{Escpm}: Proteus, Serratia, Providencia, Morganella
\item
  \textbf{Pseudomonas}: Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas altra specie
\item
  \textbf{Atipici}: Clamidia, Emofilo, Legionella
\item
  \textbf{Candida}: Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida specie non determinata, Candida altra specie
\end{itemize}

\end{document}
